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重构基因调控网络是了解生物过程的关键问题,其下游研究可以为药物定位和精准医疗提供有意义的策略。微阵列方法提供了大量基因表达数据,这为重构基因调控网络提供了可行的基础。许多计算方法诸如聚类,线性规划等方法因此被提出来解决此问题,但目前最有效的方法之一是集成路径一致算法和条件信息熵,因为条件信息熵不仅具有度量非线性相关的优势(非线性相关广泛出现在生物数据中),而且也可以用来区分直接相关和间接相关。PCA-CMI和CMI2NI就是基于上述思想,并被广泛应用于重构基因调控网络。然而PCA-CMI和CMI2NI如何选择合理的条件基因仍然是一个挑战,这也直接影响了算法的性能和时间复杂度。本文首先从原理上分析了路径一致性算法,解释了为何路径一致性算法结合条件互信息可以有效的构建基因调控网络,并分别从理论上和实例中分析了目前算法的缺陷。基于上述研究结合生物体频繁出现的调控模块,定义了三种调控模型:共调控、间接调控和混合调控,并以此来指导条件基因的选择。求解调控模式仅需要确认上下游而非直接上下游,这解释了为何找到调控模型的结果不能直接用来重构网络,但这个结果恰好符合路径一致算法的需求。最后,本文基于候选模型开发了一个新的基于候选基因选择的算法(RPNI)重构基因调控网络。为了验证算法的性能,本文首先将算法应用于DREAM竞赛仿真数据,证明了RPNI算法具有更高的准确率,能在实例分析中克服现有算法的缺陷,并具有更低时间损耗,更进一步,我们验证了算法在不同噪声下的表现,本文模拟了三种常见噪声,实验表明RPNI算法在不同类型的噪声下相比CMI2NI具有更高的鲁棒性。之后,为了验证本文算法在临床数据上的有效性,本文基于TCGA髓性白血病的表达数据重构了髓性白血病调控网络,通过CaGe工具证实了RPNI算法相比CMI2NI算法找到的差异靶基因在髓性白血病调控通路上更加富集。最后,本文对比了常见的调控网络加方向的策略。综上所述,本文提出的调控模型可以有效的解决现有构建基因调控网络无法确定条件基因的问题。另外,本文提出的调控模型不仅可用于路径一致性算法与互信息的结合,还可依据问题背景推广到与任意条件相关性度量的结合。

关键词：基因调控网络条件信息熵候选模型 DREAM竞赛噪声扰动分析

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新疆绵羊种质资源调查、保护及遗传多样性

新疆绵羊种质资源调查、保护及遗传多样性

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作者：肖非石河子大学

学位级别：硕士

本实验对新疆8个地方品种绵羊进行了资源调查,采集了各品种羊的耳组织和血液样本,提取其血液DNA,构建了新疆地方品种绵羊基因库或资源库;运用AFLP分子标记技术,对策勒黑羊、多浪和柯尔克孜羊进行了遗传多态性分析。研究结果如下：1.分... 详细信息

本实验对新疆8个地方品种绵羊进行了资源调查,采集了各品种羊的耳组织和血液样本,提取其血液DNA,构建了新疆地方品种绵羊基因库或资源库;运用AFLP分子标记技术,对策勒黑羊、多浪和柯尔克孜羊进行了遗传多态性分析。研究结果如下：1.分别对策勒黑羊、多浪、柯尔克孜羊、塔什库尔干羊、和田羊、哈萨克羊、阿勒泰羊和巴什拜羊的种质资源与保种状况进行调查。策勒黑羊的保种工作主要是在策勒县策勒乡建立保种区,实行自群繁育,同时加强本地区品种选育工作,巩固和提高多胎性能。多浪羊保种工作主要是在喀什地区麦盖提县的多浪羊种羊场进行,通过采用活畜原地保存和冷冻精液保存相结合的方法开展保种工作,同时加强本品种选育工作。柯尔克孜羊、塔什库尔干羊、和田羊有核心群,但尽早建立原种场就可以很好的保护这一品种。哈萨克羊、阿勒泰羊由于盲目杂交现象严重,要进一步加大保种措施。巴什拜羊已在裕民县建立了保种场和基因库,因此得到了很好的保护。2.分别随机采集了策勒黑羊、多浪羊、柯尔克孜羊、塔什库尔干羊、和田羊、哈萨克羊、阿勒泰羊、巴什拜羊的耳组织样、血样及部分冷冻精液样品。采用萨姆布鲁克等的方法,制备了各品种绵羊基因组DNA,其DNA片段平均大小在50kb以上。建成了国内较完整的地方绵羊品种资源库,包括新疆8个地方绵羊品种的基因库(收集DNA样本30～100份)、离体材料库(收集耳组织样本30～100份)和绵羊生殖细胞库(收集多浪羊的冻精颗粒)。分别保存于-80℃冰箱和-196℃的液氮中。3.本研究共对64对MseI和EcoRI引物组合进行多次重复筛选,其中均扩增出条带多且多态性百分率高、带型丰富、条带清晰的引物组合11对(E01/M02、E01/M07、E02/M02、E04/M01、E05/M05、E05/M08、E06/M02、E06/M04、E06/M05、E07/M03、E07/M08)。在3个地方绵羊品种中共检测到543条带,平均每个引物组合产生49.37条,变化范围在39-64条,其中多态性条带总数为54条,占扩增总带数的9.94%,每对引物平均扩增多态性带4.90条。4.用筛选出的11对E+3/M+3引物,对策勒黑羊、多浪和柯尔克孜羊基因组DNA进行AFLP扩增。根据AFLP分析结果,统计了每个引物组合在各品种中检测到的多态性条带和特异性条带,计算了3个绵羊品种的遗传相似系数和遗传距离,并构建了UPGMA聚类关系图。5.通过UPGMA聚类分析,将3个地方绵羊品种种群划分为2类。3个地方绵羊品种均得到一定的遗传多样性,其遗传相似系数和聚类结果与各绵羊品种的地理分布、现实状况相吻合。

关键词：地方绵羊品种种质资源调查保护遗传多样性

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中国的随班就读:历史·现状·展望

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中国特殊教育 2005年第3期 3-7页

作者：肖非北京师范大学教育学院特殊教育系北京100875

随班就读是中国政府在解决残疾儿童入学问题方面采取的一种教育政策。经过十多年的努力,随班就读已从最初的行政推广逐渐变成了普通学校自觉接纳残疾学生,并为其提供良好的服务。本文回顾中国随班就读的简短历史,描述随班就读工作的现... 详细信息

随班就读是中国政府在解决残疾儿童入学问题方面采取的一种教育政策。经过十多年的努力,随班就读已从最初的行政推广逐渐变成了普通学校自觉接纳残疾学生,并为其提供良好的服务。本文回顾中国随班就读的简短历史,描述随班就读工作的现实情况,并对随班就读的未来发展提出了自己的看法。

关键词：历史展望随班就读工作教育政策入学问题残疾儿童中国政府残疾学生普通学校

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