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2021年云南省红河州手足口病病例标本中分离的2株新型肠道病毒EV-C96 VP1区基因特征分析

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中国病毒病杂志 2024年第2期14卷 124-129页

作者：普伟赵福琴柏桦姜黎黎田炳均伏晓庆罗春蕊蒙自市疾病预防控制中心云南蒙自661199 昆明医科大学公共卫生学院云南昆明650000 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所云南昆明650022

目的对2021年云南省红河州手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例标本中分离的2株新型肠道病毒EV-C96的基因特征进行分析,为今后对该病毒的防控提供分子流行病学数据。方法收集2021年1—12月红河州手足口病病例的粪便和咽拭... 详细信息

目的对2021年云南省红河州手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例标本中分离的2株新型肠道病毒EV-C96的基因特征进行分析,为今后对该病毒的防控提供分子流行病学数据。方法收集2021年1—12月红河州手足口病病例的粪便和咽拭子标本,从处理后的标本中提取病毒RNA,采用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(real-time quantitative reverse transcription PCR,real-time qRT-PCR)法进行病毒鉴定。对鉴定出的其他肠道病毒进行基因测序定型。用肠道病毒特异性引物扩增VP1区基因,用DNAStar软件中的Seqman程序对病毒基因进行编辑、整理,得到其VP1区序列。按文献下载EV-C96病毒VP1基因代表株参考序列,用Mega 5.2软件进行基因特征分析。结果2021年红河州共报告手足口病病例6017例,发病率为171.73/10万,其中,经real-time qRT-PCR法确诊的429例手足口病病例中,EV-A71感染57例,占13.29%(57/429),CVA16感染137例,占31.93%(137/429),其他肠道病毒感染235例,占54.78%(235/429),用基因测序法从235例其他肠道病毒感染病例样本中检测到2株EV-C96,占0.85%(2/235)。基因特征分析表明这2株EV-C96病毒属C基因型。结论2021年云南省红河州手足口病病原体以其他肠道病毒为主,其中2株为EV-C96,属C基因型。这是云南省首次从手足口病病例中检测到新型肠道病毒EV-C96。

关键词：手足口病肠道病毒C组96型 VP1区基因基因特征分析

云南省2022年手足口病病例中2株埃可病毒11型VP1区基因特征分析

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中国病毒病杂志 2024年第1期14卷 59-65页

作者：罗春蕊徐敏姜黎黎寸建萍杨溪周晓芳曹亿会伏晓庆田炳均罗定富云南省疾病预防控制中心云南昆明650022 西藏自治区藏医院西藏拉萨850000 云南省德宏州疾病预防控制中心云南芒市678400

目的对云南省2022年从手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中分离到的2株埃可病毒11型(echovirus 11,E11)进行分子生物学鉴定并对它们的VP1区基因特征进行分析。方法对2022年云南省手足口病实验室监测网络收集到的手足口病... 详细信息

目的对云南省2022年从手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中分离到的2株埃可病毒11型(echovirus 11,E11)进行分子生物学鉴定并对它们的VP1区基因特征进行分析。方法对2022年云南省手足口病实验室监测网络收集到的手足口病病例粪便标本进行病毒分离,对阳性标本先进行VP4/VP2结合区逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)和基因测序定型,再对VP4/VP2结合区初步定型的标本进行VP1区RT-PCR和测序,用MEGA 7.0软件构建病毒VP1区基因进化树,进行基因特征分析。结果2022年从云南省手足口病病例粪便标本中检测到2株E11病毒,VP1区基因序列同源性分析结果表明,2株病毒最接近3株在欧洲葡萄膜炎(uveitis)病例中分离的病毒。本研究分离的2株病毒与欧洲3株病毒之间核苷酸相似性(nucleotide,nt)和氨基酸(amino acid,aa)同源性分别为84.37%(差异率15.63%)和95.21%(差异率4.79%)。云南2株和E11原始株(Silva)之间的核苷酸相似性为80.03%(差异率为19.97%),氨基酸同源性为93.50%(差异率6.50%),与原型株(Gregory)的核苷酸相似性为76.95%(差异率23.05%),氨基酸同源性为88.02%(差异率11.98%)。本次云南分离的2株E11为D5亚型。结论2022年云南省手足口病实验室检测到的2株E11为D5亚型,是目前云南和整个中国最为流行的基因亚型。应进一步加强对非脊灰肠道病毒(non-polio enteroviruses,NPEVs)和非EV-A71、非CVA16等手足口病中“其他肠道病毒”(other enteroviruses)尤其是E11病毒的分子生物学检测。

关键词：手足口病肠道病毒埃可病毒11型基因特征分析

2021年云南省手足口病病例中柯萨奇病毒A2型的测序定型和基因特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2023年第1期43卷 27-34页

作者：刘艳艳杨善蕊段忠文姜黎黎周晓芳寸建萍伏晓庆罗春蕊田炳均昆明市疾病预防控制中心微生物检验科昆明650228 德宏州疾病预防控制中心微生物检验室德宏678400 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022

目的对2021年云南省昆明市及曲靖市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中非肠道病毒A组71型(enterovirus A71,EVA71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackie-virus A16,CVA16)的其他肠道病毒进行VP4/VP2区及VP1区基因测序检测,并对检测到的CVA2 VP1区基因进行基因进化分析,为CVA2的预防及控制提供实验室证据。方法按《手足口病实验室手册(2018年版)》,对2021年昆明市和曲靖市送到云南省疾病预防控制中心HFMD实验室的标本进行前处理,提取病毒RNA后,先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒VP4/VP2结合区基因并测序,编辑后的序列在GenBank上搜索确定病毒型别,再用肠道病毒A组引物分两段扩增CVA2 VP1区基因完整序列并测序,通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping tool Version 0.1)进行病毒型别确认。按文献下载CVA2 VP1区基因型/亚型代表株序列,Mega5.2软件构建基因进化树,分析病毒基因特征。结果共检测749份非EVA71和非CVA16的肠道病毒标本,两地皆以A组肠道病毒为主,B组肠道病毒有少量报告,CVA16居病原谱第一位。其中CVA25份,检出率为0.67%(5/749),为HFMD的稀有病原。VP4/VP2和VP1两个基因片段的测序检测、定型结果一致。基因特征分析表明,昆明市3株为基因型A,曲靖市2株为基因型D。结论2021年云南省HFMD监测网络中昆明市和曲靖市CVA2的检出率为0.67%,CVA2在这两个市是HFMD的稀有病原。基因进化分析表明,两个基因型分别在昆明市和曲靖市传播但尚未引起流行。昆明市CVA2基因型A为国内首次报道。加强云南省CVA2的实验室监测特别是分子流行病学监测,对追踪和分析病毒传染来源具有重要意义。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A组2型 VP4/VP2 VP1 基因特征分析

奥密克戎BA.2引起的12起云南省边境地区本土疫情首例病例新冠病毒基因特征分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2023年第1期37卷 13-19页

作者：张美玲伏晓庆张勇罗春蕊刘照生赵晓南周洁楠云南省疾病预防控制中心昆明650022

目的了解云南省边境地区新型冠状病毒肺炎本土疫情特征, 分析感染的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组变异情况并进行溯源。方法收集2022年2月中旬至4月期间云南省边境地区12起本土疫... 详细信息

目的了解云南省边境地区新型冠状病毒肺炎本土疫情特征, 分析感染的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组变异情况并进行溯源。方法收集2022年2月中旬至4月期间云南省边境地区12起本土疫情首例病例基本信息及标本, 应用全基因组测序技术进行病毒基因序列测定, 通过在线分析平台和软件, 判断病毒型别, 分析病毒突变情况, 结合流调内容, 推测疫情病毒感染来源。结果 12起云南省边境地区本土疫情首例病例职业较多样, 且活动区域均未离开过当地。Pangolin分型结果显示12起疫情SARS-CoV-2基因组均属Omicron (BA.2)变异株, 其中各2起疫情SARS-CoV-2基因组进一步分属BA.2.10和BA.2.3.2进化分支。全基因组核苷酸突变分析表明, 有十起疫情首例病例病毒基因序列存在1个及以上数目的特有核苷酸突变位点, 结合流行病学调查内容, 提示12起疫情可能均存在不同的病毒感染来源。进一步分析氨基酸突变发现, 病例间基因序列除具备进化分支代表性突变位点外, 还具有特有的氨基酸突变位点(如S:E1188D), 其影响同样值得关注。序列系统发育树分析结果与Pangolin分型及突变分析结果相吻合。结论 12起云南本土疫情可能存在各自不同的病毒感染来源, 这提示云南省边境地区疫情极具复杂性和挑战性。加强重点人群范围及核酸筛查频次, 跟踪监测病毒变异规律, 对疫情精准防控具有重要指导意义。

关键词：新型冠状病毒病毒基因组 Omicron变异株突变位点病毒感染来源

2018-2021年云南省手足口病病例柯萨奇病毒A4型流行株基因特征

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中国疫苗和免疫 2022年第6期28卷 690-694页

作者：杨溪姜黎黎周晓芳寸建萍罗春蕊张勇伏晓庆田炳均云南省疾病预防控制中心云南昆明650022

目的分析云南省手足口病(Hand, foot and mouth disease, HFMD)病例柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)分离株基因特征。方法在云南省7个市州采集2018-2021年HFMD病例粪便标本,进行肠道病毒RNA提取、VP1区基因扩增、序列测定... 详细信息

目的分析云南省手足口病(Hand, foot and mouth disease, HFMD)病例柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)分离株基因特征。方法在云南省7个市州采集2018-2021年HFMD病例粪便标本,进行肠道病毒RNA提取、VP1区基因扩增、序列测定和基因型别鉴定;构建CVA4分离株与基因库中参考株系统进化树,分析核苷酸和氨基酸相似性。结果从28 565例HFMD病例粪便标本中获得13株CVA4,其中2018年1株、2019年1株、2020年6株、2021年5株;C2基因亚型11株、C4基因亚型2株。C4和C2基因亚型之间核苷酸、氨基酸平均相似性分别为85.77%、93.27%;与原型株HighPoint相比,C2基因亚型核苷酸、氨基酸平均相似性分别为84.51%、93.27%,C4基因亚型分别为84.44%、93.78%。结论 2018-2021年云南省HFMD病例CVA4的优势流行株为C2基因亚型;需继续加强CVA4分子流行病学监测。

关键词：手足口病肠道病毒柯萨奇病毒A组4型基因特征

云南省2007-2011年学校突发公共卫生事件分析

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中国学校卫生 2012年第12期33卷 1468-1470页

作者：罗春蕊伏晓庆徐闻云南省疾病预防控制中心昆明650022

目的了解云南省学校突发公共卫生事件的流行特点,为有效预防和控制学校突发公共卫生事件提供科学依据。方法应用描述性流行病学方法,对云南省2007-2011年通过网络报告的学校突发公共卫生事件资料进行统计分析。结果 2007-2011年云南省... 详细信息

目的了解云南省学校突发公共卫生事件的流行特点,为有效预防和控制学校突发公共卫生事件提供科学依据。方法应用描述性流行病学方法,对云南省2007-2011年通过网络报告的学校突发公共卫生事件资料进行统计分析。结果 2007-2011年云南省共报告学校突发公共卫生事件660起,占同期突发公共卫生事件报告起数的65.02%(660/1 015)。学校突发公共卫生事件以传染病事件为主,占总起数的89.09%(588/660),呼吸道传染病占传染病事件数的84.18%(495/588);报告事件数最多的是2009年,占总报告起数的35%(231/660);出现2个发病高峰期,分别为4-6月和9-12月;农村学校的事件数和发病数均高于城市学校,死亡病例仅出现在乡镇学校。结论学校突发公共卫生事件频发,应更加关注学校卫生工作,特别是农村学校的传染病预防控制。加强突发公共卫生事件的监测和及时预警是关键。

关键词：公共卫生生活变动事件流行病学研究学生保健服务

2017年云南省乙型流感病毒监测结果及其血凝素基因特征分析

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病毒学报 2019年第4期35卷 606-611页

作者：李多徐闻伏晓庆罗春蕊云南省疾病预防控制中心

2017~2018年间,流感病毒在我国流行态势严重,以Yamagata(By)谱系为主的乙型流感病毒(Influenza B virus,IBV)与甲型H1N1和H3N2亚型在我国区域流行。为了解2017年云南省IBV的监测结果及其流感病毒的血凝素(Hemagglutinin,HA)基因分子特征... 详细信息

2017~2018年间,流感病毒在我国流行态势严重,以Yamagata(By)谱系为主的乙型流感病毒(Influenza B virus,IBV)与甲型H1N1和H3N2亚型在我国区域流行。为了解2017年云南省IBV的监测结果及其流感病毒的血凝素(Hemagglutinin,HA)基因分子特征,本研究对2017年云南省流感监测哨点医院采集的21 672份标本使用real-time RT-PCR方法检测流感病毒,核酸阳性标本使用MDCK细胞进行病毒分离,并采用HA凝集试验及抑制试验进行病毒鉴定。随机选取24株IBV毒株进行高通量测序,使用MEGA软件分析其HA基因特征。云南省2017年哨点医院监测和暴发疫情监测资料均显示IBV已成为流感流行的优势株之一,由IBV Victoria(Bv)谱系引起9起暴发疫情(42.86%),而由By系引起4起暴发疫情(19.05%)。IBV HA基因无明显变异,提示今年疫苗株可起到很好的保护效果。本研究结果提示,今后云南省需要继续加强监测力度,提高监测敏感性并做到及时预警,从而控制流感流行风险。

关键词：流感监测乙型流感病毒(IBV) 血凝素(HA)基因系统发育树

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思茅市一起学校流感爆发疫情调查

中国学校卫生 2008年第2期29卷 169-170页

作者：罗春蕊赵群宁德明云南省疾病预防控制中心昆明650022

流感是由流感病毒所致的急性呼吸道传染病,人群普遍易感,多发生于学校、单位、工厂及公共娱乐场所等人群聚集的地方[1].2005年9月13日,云南省思茅市疾病预防控制中心报告,该市部分学校发生多例流感样病例.

关键词：流感,人疾病爆发流行学生

云南省2006～2010年流感监测结果分析

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现代预防医学 2012年第16期39卷 4275-4278页

作者：罗春蕊赵群向以斌宁德明李娟蒋立徐闻云南省疾病预防控制中心

目的探讨2006～2010年云南省流感的流行特征,为制定流感防制策略提供科学依据。方法对2006～2010年云南省流感监测的流感样病例(ILI)监测资料、实验室检测结果、暴发疫情信息进行分析。结果 2006～2010年,全省哨点医院共报告的ILI%平均... 详细信息

目的探讨2006～2010年云南省流感的流行特征,为制定流感防制策略提供科学依据。方法对2006～2010年云南省流感监测的流感样病例(ILI)监测资料、实验室检测结果、暴发疫情信息进行分析。结果 2006～2010年,全省哨点医院共报告的ILI%平均为3.56%,流行高峰为9月～次年3月。采集标本23618份,分离毒株785株,阳性率3.32%,优势株为B型(288株,36.69%)。2009～2010年检出哨点医院核酸阳性标本2394份,核酸阳性率为14.57%,主要型别为新甲H1N1型(1599份,66.80%)。2006～2010年全省共报告流感暴发疫情139起,均发生在中小学校。暴发疫情高峰发生在3～4月(63起,45.32%)和9月(37起,26.62%)。采集标本3952份,分离病毒314株,阳性率7.95%,优势株为B型(229株,72.93%)。2009～2010年检出暴发疫情核酸阳性标本1408份,核酸阳性率为42.84%,主要型别为新甲H1N1型(869份,61.72%)。结论 2006～2010年,云南省哨点医院和暴发疫情监测结果基本吻合,出现春季和秋季两个流感流行高峰,不同型别的毒株表现出交替占优势的特征,暴发疫情均发生在中小学校。

关键词：流感流行病学病原学暴发