2021年云南省手足口病病例中柯萨奇病毒A2型的测序定型和基因特征分析

作     者：刘艳艳 杨善蕊 段忠文 姜黎黎 周晓芳 寸建萍 伏晓庆 罗春蕊 田炳均 Liu Yanyan;Yang Shanrui;Duan Zhongwen;Jiang Lili;Zhou Xiaofang;Cun Jianping;Fu Xiaoqing;Luo Chunrui;Tian Bingjun

作者机构：昆明市疾病预防控制中心微生物检验科昆明650228 德宏州疾病预防控制中心微生物检验室德宏678400 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022 

出 版 物：《中华微生物学和免疫学杂志》 (Chinese Journal of Microbiology and Immunology)

年 卷 期：2023年第43卷第1期

页      面：27-34页

核心收录：

学科分类：1002[医学-临床医学] 1010[医学-医学技术（可授医学、理学学位）] 100202[医学-儿科学] 10[医学] 

基　　金：昆明市卫生科技人才培养项目暨"十百千"工程(2019-sw(后备)-51) 

主　　题：手足口病 柯萨奇病毒A组2型 VP4/VP2 VP1 基因特征分析 

摘      要：目的对2021年云南省昆明市及曲靖市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中非肠道病毒A组71型(enterovirus A71,EVA71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackie-virus A16,CVA16)的其他肠道病毒进行VP4/VP2区及VP1区基因测序检测,并对检测到的CVA2 VP1区基因进行基因进化分析,为CVA2的预防及控制提供实验室证据。方法按《手足口病实验室手册(2018年版)》,对2021年昆明市和曲靖市送到云南省疾病预防控制中心HFMD实验室的标本进行前处理,提取病毒RNA后,先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒VP4/VP2结合区基因并测序,编辑后的序列在GenBank上搜索确定病毒型别,再用肠道病毒A组引物分两段扩增CVA2 VP1区基因完整序列并测序,通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping tool Version 0.1)进行病毒型别确认。按文献下载CVA2 VP1区基因型/亚型代表株序列,Mega5.2软件构建基因进化树,分析病毒基因特征。结果共检测749份非EVA71和非CVA16的肠道病毒标本,两地皆以A组肠道病毒为主,B组肠道病毒有少量报告,CVA16居病原谱第一位。其中CVA25份,检出率为0.67%(5/749),为HFMD的稀有病原。VP4/VP2和VP1两个基因片段的测序检测、定型结果一致。基因特征分析表明,昆明市3株为基因型A,曲靖市2株为基因型D。结论2021年云南省HFMD监测网络中昆明市和曲靖市CVA2的检出率为0.67%,CVA2在这两个市是HFMD的稀有病原。基因进化分析表明,两个基因型分别在昆明市和曲靖市传播但尚未引起流行。昆明市CVA2基因型A为国内首次报道。加强云南省CVA2的实验室监测特别是分子流行病学监测,对追踪和分析病毒传染来源具有重要意义。