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云南省2022年手足口病病例中柯萨奇病毒B5型VP1区基因特征分析

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国际病毒学杂志 2024年第4期31卷 322-326页

作者：罗定富姜黎黎寸建萍杨溪周晓芳曹亿会伏晓庆郭天巧田炳均云南省德宏州疾病预防控制中心中心检验室芒市678400 云南省疾病预防控制中心急性传染病控制科昆明650022

目的对云南省2022年从手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中分离到的7株CVB5病毒进行分子生物学鉴定并对它们的VP1区基因特征进行分析。方法对2022年云南省手足口病实验室监测网络收集到的病例粪便标本进行病毒分离,对阳... 详细信息

目的对云南省2022年从手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中分离到的7株CVB5病毒进行分子生物学鉴定并对它们的VP1区基因特征进行分析。方法对2022年云南省手足口病实验室监测网络收集到的病例粪便标本进行病毒分离,对阳性标本先进行VP4/VP2结合区逆转录聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)和基因测序分型,再对VP1区进行RT-PCR和测序,用MEGA 7.0软件构建病毒VP1区基因进化树,进行基因特征分析。结果2022年云南省共从HFMD病例粪便标本中检测到7株CVB5病毒,基于VP1区基因序列同源性分析表明,该7株病毒最接近2010年分离于河南省1株CVB5病毒COXB5-Henan-2010,7株病毒之间的核苷酸相似性为98.00%~99.65%,氨基酸同源性为99.30%~100%;7株病毒与河南株的核苷酸相似性为87.36%~88.68%,氨基酸同源性为82.96%~84.85%。基因进化分析表明,CVB5可分为4个基因型(基因型A~D),云南分离株属于基因型C并单独成为一个进化分支。4个基因型之间的核苷酸差异率为18.90~22.30%,大于75%,符合肠道病毒基因分型惯例。结论云南省手足口病实验室检测网络2022年共检测到7株CVB5,虽然数量不多,但证明该病毒是HFMD的病原体之一并在云南省HFMD病例中存在,且单独为一个进化分支。应进一步加强对非EV-A71和非CVA16等其他肠道病毒尤其是CVB5的检测和分子流行病学分析。

关键词：手足口病肠道病毒柯萨奇病毒B组5型 VP1基因基因特征分析

2021年云南省红河州手足口病病例标本中分离的2株新型肠道病毒EV-C96 VP1区基因特征分析

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中国病毒病杂志 2024年第2期14卷 124-129页

作者：普伟赵福琴柏桦姜黎黎田炳均伏晓庆罗春蕊蒙自市疾病预防控制中心云南蒙自661199 昆明医科大学公共卫生学院云南昆明650000 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所云南昆明650022

目的对2021年云南省红河州手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例标本中分离的2株新型肠道病毒EV-C96的基因特征进行分析,为今后对该病毒的防控提供分子流行病学数据。方法收集2021年1—12月红河州手足口病病例的粪便和咽拭... 详细信息

目的对2021年云南省红河州手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例标本中分离的2株新型肠道病毒EV-C96的基因特征进行分析,为今后对该病毒的防控提供分子流行病学数据。方法收集2021年1—12月红河州手足口病病例的粪便和咽拭子标本,从处理后的标本中提取病毒RNA,采用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(real-time quantitative reverse transcription PCR,real-time qRT-PCR)法进行病毒鉴定。对鉴定出的其他肠道病毒进行基因测序定型。用肠道病毒特异性引物扩增VP1区基因,用DNAStar软件中的Seqman程序对病毒基因进行编辑、整理,得到其VP1区序列。按文献下载EV-C96病毒VP1基因代表株参考序列,用Mega 5.2软件进行基因特征分析。结果2021年红河州共报告手足口病病例6017例,发病率为171.73/10万,其中,经real-time qRT-PCR法确诊的429例手足口病病例中,EV-A71感染57例,占13.29%(57/429),CVA16感染137例,占31.93%(137/429),其他肠道病毒感染235例,占54.78%(235/429),用基因测序法从235例其他肠道病毒感染病例样本中检测到2株EV-C96,占0.85%(2/235)。基因特征分析表明这2株EV-C96病毒属C基因型。结论2021年云南省红河州手足口病病原体以其他肠道病毒为主,其中2株为EV-C96,属C基因型。这是云南省首次从手足口病病例中检测到新型肠道病毒EV-C96。

关键词：手足口病肠道病毒C组96型 VP1区基因基因特征分析

云南省2022年手足口病病例中2株埃可病毒11型VP1区基因特征分析

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中国病毒病杂志 2024年第1期14卷 59-65页

作者：罗春蕊徐敏姜黎黎寸建萍杨溪周晓芳曹亿会伏晓庆田炳均罗定富云南省疾病预防控制中心云南昆明650022 西藏自治区藏医院西藏拉萨850000 云南省德宏州疾病预防控制中心云南芒市678400

目的对云南省2022年从手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中分离到的2株埃可病毒11型(echovirus 11,E11)进行分子生物学鉴定并对它们的VP1区基因特征进行分析。方法对2022年云南省手足口病实验室监测网络收集到的手足口病... 详细信息

目的对云南省2022年从手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中分离到的2株埃可病毒11型(echovirus 11,E11)进行分子生物学鉴定并对它们的VP1区基因特征进行分析。方法对2022年云南省手足口病实验室监测网络收集到的手足口病病例粪便标本进行病毒分离,对阳性标本先进行VP4/VP2结合区逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)和基因测序定型,再对VP4/VP2结合区初步定型的标本进行VP1区RT-PCR和测序,用MEGA 7.0软件构建病毒VP1区基因进化树,进行基因特征分析。结果2022年从云南省手足口病病例粪便标本中检测到2株E11病毒,VP1区基因序列同源性分析结果表明,2株病毒最接近3株在欧洲葡萄膜炎(uveitis)病例中分离的病毒。本研究分离的2株病毒与欧洲3株病毒之间核苷酸相似性(nucleotide,nt)和氨基酸(amino acid,aa)同源性分别为84.37%(差异率15.63%)和95.21%(差异率4.79%)。云南2株和E11原始株(Silva)之间的核苷酸相似性为80.03%(差异率为19.97%),氨基酸同源性为93.50%(差异率6.50%),与原型株(Gregory)的核苷酸相似性为76.95%(差异率23.05%),氨基酸同源性为88.02%(差异率11.98%)。本次云南分离的2株E11为D5亚型。结论2022年云南省手足口病实验室检测到的2株E11为D5亚型,是目前云南和整个中国最为流行的基因亚型。应进一步加强对非脊灰肠道病毒(non-polio enteroviruses,NPEVs)和非EV-A71、非CVA16等手足口病中“其他肠道病毒”(other enteroviruses)尤其是E11病毒的分子生物学检测。

关键词：手足口病肠道病毒埃可病毒11型基因特征分析

2023年临沂市手足口病流行特征及柯萨奇病毒A10型VP1区基因特征分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2024年第2期38卷 150-155页

作者：蒋春云季圣翔王传宝刘祥亮尹德清张戈临沂市疾病预防控制中心临沂276001 山东第一医科大学第二附属医院泰安271000

目的了解临沂市手足口病病原情况,并对柯萨奇病毒A10型(Coxsackievirus A10,CV-A10)完整VP1区基因进行基因特征分析。方法对临沂市2023年手足口病例样本进行检测分型及毒株分离,扩增CV-A10分离株VP1区基因并进行测序,将获得的序列与NCB... 详细信息

目的了解临沂市手足口病病原情况,并对柯萨奇病毒A10型(Coxsackievirus A10,CV-A10)完整VP1区基因进行基因特征分析。方法对临沂市2023年手足口病例样本进行检测分型及毒株分离,扩增CV-A10分离株VP1区基因并进行测序,将获得的序列与NCBI数据库中的序列进行比对,构建系统进化树,进行基因特征及分子流行病学分析。结果2023年全年共采集手足口病样本861例,核酸检测阳性594例(68.99%),阳性病例中男女比例1.56∶1。5岁以内儿童占81.65%,高发季节为6~8月份(83.84%)。病原体以CV-A6为主(84.51%),其次为CV-A10(9.93%)。13株CV-A10分离株株间VP1区基因序列核苷酸和氨基酸同源性分别为93.29%~100.00%、97.65%~100.00%,与A型原型株AF081300-Kowalik/USA/1950的核苷酸和氨基酸同源性较低(75.95%~76.62%、91.72%~92.41%)。与C2c代表株的氨基酸和核苷酸同源性最高(94.28%~96.76%、98.28%~100.00%),遗传距离最近(0.04~0.06)。氨基酸位点变异分析显示,分离株与原型株AF081300-Kowalik/USA/1950相比存在较多位点变异,与C2c代表株相比仅部分分离株发生I80V、E141K、P147S、T219I、E240K、V261I位点突变。遗传进化树显示分离株均与C2c代表株在同一分支,均属C2c基因型,且分离株进一步分为2个较小分支。结论2023年临沂市手足口病病原以CV-A6为主,其次为CV-A10。CV-A10分离株均为C2c基因型,并可分为2个进化分支,应加强对CV-A10的持续监测和基因特征分析。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A10型 VP1区基因特征分析

银川市2016-2022年手足口病柯萨奇病毒A6型分离株VP1基因特征分析

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宁夏医学杂志 2024年第1期46卷 19-23页

作者：秦红张伟宏马杰纳玮马晓瑞王彦海王光俊樊瑞军银川市疾病预防控制中心宁夏银川750002 宁夏回族自治区人民医院临床医学检验诊断中心宁夏银川750011

目的分析银川市2016-2022年引起手足口病的柯萨奇病毒A6型(CV-A6)VP1的基因特征,为手足口病的防治工作提供有效的参考依据。方法收集2016-2022年银川市手足口病所有CV-A6核酸呈阳性的标本进行病毒分离培养,应用一步法聚合酶链式反应(R... 详细信息

目的分析银川市2016-2022年引起手足口病的柯萨奇病毒A6型(CV-A6)VP1的基因特征,为手足口病的防治工作提供有效的参考依据。方法收集2016-2022年银川市手足口病所有CV-A6核酸呈阳性的标本进行病毒分离培养,应用一步法聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增其VP1区完整基因核酸片段进行核苷酸序列测定,利用测序结果进行系统发育树构建、同源性分析及氨基酸突变位点分析。结果 2016-2022年银川市共分离到手足口病CV-A6型毒株90株,测序后成功获得CV-A6 VP1区全长序列的毒株83株。完整VP1区基因均由915个核苷酸组成,编码305个氨基酸。系统发育分析显示,2016-2022年银川市83株CV-A6分离株均属于D3基因亚型的D3a分支;同源性分析表明,银川市83株CV-A6分离株与原型株Gdula株(AY421764-USA-1949)之间核苷酸相似性为82.1%~84.1%,氨基酸相似性为76.2%~80.5%,遗传距离较远;银川市83株CV-A6分离株与原型株Gdula株的VP1区氨基酸序列比较发现32个氨基酸位点出现变异。结论 2016-2022年银川市手足口病83株CV-A6分离株均属于D3基因亚型的D3a分支。加强对CV-A6的持续监测及基因特征分析,对科学防控CV-A6引起的手足口病及其疫苗研发具有重要意义。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A6型基因特征分析

2021年云南省两地区手足口病病原构成及柯萨奇病毒B2型VP1区基因特征分析

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中国病毒病杂志 2024年第2期14卷 119-123页

作者：寸建萍李楠皮自林周雪花曹亿会姜黎黎周晓芳杨溪伏晓庆田炳均云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所云南昆明650022 云南省曲靖市疾病预防控制中心检验科云南曲靖655000 云南省文山州疾病预防控制中心检验科云南文山663099

目的对2021年云南省曲靖市和文山州两地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原构成及检测到的6株柯萨奇病毒B组2型(coxsackievirus B2,CVB2)VP1区基因特征进行分析,为今后手足口病及CVB2感染的防控提供科学依据。方法对2021... 详细信息

目的对2021年云南省曲靖市和文山州两地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原构成及检测到的6株柯萨奇病毒B组2型(coxsackievirus B2,CVB2)VP1区基因特征进行分析,为今后手足口病及CVB2感染的防控提供科学依据。方法对2021年1—12月云南省曲靖市和文山州收集到的手足口病病例粪便标本开展肠道病毒实时荧光定量反转录聚合酶链反应(real-time quantitative reverse transcription PCR,real-time qRT-PCR)检测,并对结果为其他肠道病毒(非EV-A71及非CVA16)的标本进行VP1区核酸序列测定。按文献下载CVB2病毒VP1基因代表株参考序列,用Mega 5.2软件进行基因特征分析,用邻位相接法构建系统进化树,所用模式为Kimura二参数置换法(Kimura 2-parameter substitution model)。结果2021年云南省曲靖市和文山州共收集手足口病病例粪便标本1164份,经real-time qRT-PCR检测,检出肠道病毒阳性标本927份,阳性率为79.64%(927/1164),其中EV-A71型109份,占9.36%(109/1164);CV A16型343份,占29.47%(343/1164);其他肠道病毒475份,占51.24%(475/927)。对其他肠道病毒进行基因测序,鉴定出6株CVB2(曲靖市2株、文山州4株),占比为1.26%(6/475),基因特征分析结果表明6株CVB2病毒属于基因型D中的分支2。结论2021年云南省曲靖市和文山州的手足口病病例标本中其他肠道病毒阳性检出率最高,两地区均检出CVB2病毒,且同为D基因型中的分支2,提示在今后手足口病病原监测中应加强对其他肠道病毒的分型分析,以便全面了解手足口病的病原构成,为科学防控提供依据。

关键词：手足口病病原柯萨奇病毒B2型 VP1区基因基因特征分析

2020年云南省曲靖市手足口病病原学监测及基因特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2022年第2期42卷 148-155页

作者：昌思思杨溪伏晓庆姜黎黎周晓芳寸建萍田炳均昆明市疾病预防控制中心行政办昆明650228 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022

目的了解2020年云南省曲靖市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原学分布并分析病原体的基因特征。方法采集曲靖市2020年儿童HFMD病例粪便标本,从便悬液中直接提取病毒RNA,先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒(enterovirus,EV)... 详细信息

目的了解2020年云南省曲靖市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原学分布并分析病原体的基因特征。方法采集曲靖市2020年儿童HFMD病例粪便标本,从便悬液中直接提取病毒RNA,先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒(enterovirus,EV)VP4区基因并测序,序列在GenBank进行BLAST搜索确定病毒型别,再用各型病毒的相关引物扩增病毒VP1区全序并测序,通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping Tool Version 0.1)进行病毒型别鉴定,按文献下载各病原体VP1区基因型/亚型代表株序列,用MEGA5.2软件构建基因进化树,分析各病原体的基因特征。结果2020年共从460份标本中检测到47株EV,总阳性检出率为10.22%(47/460)。检出的病毒依次为柯萨奇病毒A4型(coxsackievirus A4,CVA4,0.65%,3/460)、CVA6(7.83%,36/460)、CVA10(0.87%,4/460)和CVA16(0.87%,4/460),全为A组病毒(enterovirus species A,EVA),未检测到其他组病毒,其中CVA6检出36株,占7.83%,是检出最多的病毒。EVA71的检出率为零。基因特征分析表明,CVA4的C2、C4两个基因亚型同时在曲靖市流行,CVA6的D3a亚型、CVA16的B1a亚型也在曲靖市流行,而CVA10单独为一个进化分支,可能为曲靖市特有。结论与往年全国的情况一样,EVA71和CVA16的检出率少甚至为零,而CVA6检出率最高,说明2020年曲靖市发生了以CVA6为主的手足口病流行。CVA10基因进化分析表明,曲靖市分离株位于单独的进化分支,可能是曲靖市特有的分支。今后应加强非EVA71和非CVA16尤其是CVA6和CVA10等病毒的实验室和分子流行病学监测。

关键词：手足口病病原学肠道病毒A组病毒基因特征分析

2021—2022年度山东省流感流行分布及基因特征分析

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中华预防医学杂志 2022年第11期56卷 1554-1559页

作者：宋绍霞孙林何玉洁吴巨龙孙文魁张淑李忠寇增强刘倜山东省重大疾病和传染病防治工作领导小组办公室济南250014 山东省疾病预防控制中心传染病防制所山东大学预防医学研究院山东省传染病预防控制重点实验室济南250014

目的分析2021—2022年度山东省流感流行分布特征、流行毒株病原学及其血凝素(HA)基因特性。方法收集2021—2022年度山东省流感样病例(ILI)哨点监测数据,进行描述性分析;采用荧光定量PCR核酸检测、病毒分离方法对采集的ILI标本开展检测,... 详细信息

目的分析2021—2022年度山东省流感流行分布特征、流行毒株病原学及其血凝素(HA)基因特性。方法收集2021—2022年度山东省流感样病例(ILI)哨点监测数据,进行描述性分析;采用荧光定量PCR核酸检测、病毒分离方法对采集的ILI标本开展检测,分析不同时间流感病毒的分布,按每市选取3株病毒进行基因测序,进行HA基因进化分析。结果2021—2022年度,山东省54所流感监测哨点医院共报告ILI 528263例,ILI就诊比例为4.07%,0~4岁ILI最多,为45.86%;呈冬春季流行高峰,最高峰为2021年第52周(6.62%)。共对26754份标本开展了核酸检测,阳性率27.10%,均为B型Victoria系流感病毒,PCR阳性率高峰为2021年第49周(63.78%);共报告ILI聚集性或暴发疫情295起,经实验室确诊269起为流感病毒阳性,以小学发生的疫情为主,2021年12月份报告疫情数最多。基因进化分析显示:HA基因与2020—2023年度推荐的疫苗株遗传距离均较近,介于98.6%~99.5%,且分成2个分支(V1A.3a.1,V1A.3a.2)。结论2021—2022年度,山东省流感流行高峰在12月,毒株型别单一,流感病毒阳性率和暴发疫情报告数均较高,毒株与WHO疫苗推荐株HA基因同源性较好,但整体上流感病毒群体免疫屏障较弱。

关键词：流感流行特征流感病毒核酸检测基因特征分析

云南省柯萨奇病毒B2型VP1区3′端序列的基因特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2019年第7期39卷 492-498页

作者：周永明徐闻付晓庆向以斌周晓芳寸建萍姜黎黎田炳均云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所昆明650022

目的对云南省柯萨奇病毒B组2型(coxsackievirus B2,CV-B2)不同时间分离的15株病毒VP1区3′端编码序列基因特征进行分析。方法对云南省2005—2006年从急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例、2013年从健康儿童和2014年从手足... 详细信息

目的对云南省柯萨奇病毒B组2型(coxsackievirus B2,CV-B2)不同时间分离的15株病毒VP1区3′端编码序列基因特征进行分析。方法对云南省2005—2006年从急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例、2013年从健康儿童和2014年从手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中分离到的15株CV-B2的VP1区3′端进行基因扩增和测序;根据文献从GenBank下载CV-B2VP1编码序列作为参考序列,用MEGA5.2软件计算不同毒株间的核苷酸(nucleotide,nt)和氨基酸(amino acid,aa)差异率,并构建系统进化树,进行VP1区3′端编码序列基因特征和分子流行病学分析。结果2005年云南省从232例AFP病例中分离到1株CV-B2,2006年从240例AFP病例中分离到1株CV-B2,2013年从400名健康儿童中分离到12株CV-B2,2014年从500例HFMD病例中分离到1株CV-B2。对15株CV-B2基因特征分析表明,CV-B2可分为5个基因型。基因型1(genotype1)由原型株(prototype)Ohio-1和1988年中国台湾分离株01-1组成;基因型2由2006、2007和2010年法国株组成;基因型3由云南株、山东株、河南株、福建株和中国台湾株组成;基因型4由俄罗斯分离株、云南2005及2006年AFP分离株和印度株组成;基因型5由中国台湾分离株、山东株和澳大利亚新南威尔士株组成。CV-B2的基因型分布具有地理多样性的特点。结论云南省从健康儿童中分离的12株和从HFMD病例中分离到的1株CV-B2为基因型3,从AFP病例中分离到的2株CV-B2为基因型4。健康儿童分离株与HFMD分离株之间的nt差异率仅为0.76%,aa差异率仅为0.03%,它们具有同一进化来源。而健康儿童分离株、HFMD分离株(基因型3)与2005年、2006年两株AFP分离株(基因型4)的nt差异率为15.11%和15.25%,aa差异率为2.76%和2.72%。CV-B2与AFP和HFMD的致病关系值得深入研究。

关键词：柯萨奇病毒B2型 VP1基因基因特征分析