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基于TCGA数据库分析乳腺癌组织RBP7 mRNA表达与肿瘤免疫细胞浸润及预后的相关性

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现代检验医学杂志 2024年第2期39卷 75-80,180页

作者：陈冉王维伊杨翊柠江苏省肿瘤医院江苏省肿瘤防治研究所南京医科大学附属肿瘤医院检验科南京210009

目的通过生物信息学的方法探讨视黄醇结合蛋白7(retinol binding protein 7,RBP7)在乳腺癌中的作用。方法使用R语言基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库探索基... 详细信息

目的通过生物信息学的方法探讨视黄醇结合蛋白7(retinol binding protein 7,RBP7)在乳腺癌中的作用。方法使用R语言基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库探索基因RBP7在乳腺癌组织中的差异表达。通过Kaplan-Meier生存分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线,评估RBP7与乳腺癌临床数据的关系。基于TCGA数据库分析RBP7高低表达分组与不同肿瘤浸润免疫细胞(tumor-infiltrating immune cells,TIICs)的相关性。基因组富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)评估RBP7在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势。结果与癌旁组织相比,乳腺癌中RBP7 mRNA表达水平下调,该分子表达在细胞核中。ROC曲线分析显示RBP7诊断乳腺癌的曲线下面积(area under curve,AUC)是0.943(95%CI:0.926~0.960),RBP7的最佳截断值是6.29,敏感度和特异度分别为82.32%,93.69%。Kaplan-Meier生存分析显示RBP7低表达与乳腺癌患者的总生存率相关(HR=0.68,95%CI:0.49~0.93,P=0.017),RBP7是乳腺癌发生的独立危险因素。Spearman相关性揭示RBP7与乳腺癌中pDC细胞和NK细胞呈正相关(r=0.290,0.253,均P<0.05),与Th2细胞呈负相关(r=-0.217,P<0.05)。GSEA表明RBP7富集在脂肪生成、核糖体、肽配体结合受体、钙信号途径等通路中(均P<0.001)。结论RBP7影响乳腺癌的发生发展,可能成为乳腺癌潜在生物标志物和治疗靶点。

关键词：乳腺癌癌症基因组图谱视黄醇结合蛋白7 肿瘤浸润免疫细胞

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乳腺癌相关tsRNAs表达谱的鉴定及分析

乳腺癌相关tsRNAs表达谱的鉴定及分析

作者：杨翊柠南京医科大学

学位级别：硕士

目的转运RNA（transfer RNA,t RNA）是一类具有携带转运氨基酸能力的小分子核糖核酸,能促进信使RNA（m RNA）翻译成蛋白质。近期有研究表明,t RNA来源的非编码小RNA（t RNA-derived small RNA,ts RNA）在大小、核苷酸组成、生物发生和... 详细信息

目的转运RNA（transfer RNA,t RNA）是一类具有携带转运氨基酸能力的小分子核糖核酸,能促进信使RNA（m RNA）翻译成蛋白质。近期有研究表明,t RNA来源的非编码小RNA（t RNA-derived small RNA,ts RNA）在大小、核苷酸组成、生物发生和功能上均显示出显著的异质性。ts RNA可分为两大类:ti RNA（t RNA半分子）和t RF（t RNA相关衍生片段）。近年来,越来越多的研究表明,ts RNAs在多种癌症的发生发展过程中发挥着重要作用。在本研究中,我们检测了乳腺癌组织样本中ts RNAs的表达水平,并探讨其作为乳腺癌诊断新型生物标志物的临床应用前景,从而为进一步探索ts RNAs对乳腺癌发生发展调控作用提供了前期实验基础。方法我们首先提取乳腺癌患者肿瘤组织/癌旁组织（n=6）中总RNA,逆转录之后,通过PCR扩增得到量化的待测序ts RNA文库。随后,我们使用Illumina系统进行测序,得到的结果与Gt RNAdb数据库和MINTbase数据库进行比对,删除重复、不匹配和不完全的序列,从而得到了差异表达显著的ts RNAs。随后我们利用实时定量PCR（Quantitative Real-time PCR）对乳腺癌患者肿瘤组织/癌旁组织（n=16）中表达差异显著的6个ts RNAs进行表达验证,并分析了ts RNAs的表达与临床病理特征的关系。最后我们利用Gene Ontology生物学途径分析和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes富集分析对表达差异显著的ts RNAs进行联合分析,并进行了靶基因的预测。结果测序结果显示:与癌旁组织相比,乳腺癌患者肿瘤组织中有29个ts RNAs表达呈现显著差异,其中16个ts RNAs表达上调,13个ts RNAs表达下调。实时定量PCR结果表明与癌旁组织相比,t RF-32-Q99P9P9NH57SJ（FC=-2.6476,p=0.0189）、t RF-17-79MP9PP（FC=-4.8984,p=0.0276）、t RF-32-XSXMSL73VL4YK（FC=6.5781,p=0.0226）在乳腺癌患者肿瘤组织中存在显著差异,其中t RF-32-XSXMSL73VL4YK表达明显上调（p＜0.001）,t RF-32-Q99P9P9NH57SJ和t RF-17-79MP9PP表达明显下调（p＜0.001）。此外,本研究发现t RF-32-Q99P9P9NH57SJ与乳腺癌肿瘤分期和淋巴结转移中存在紧密联系（p＜0.05）。通过GO与KEGG联合分析,我们发现t RF-32-Q99P9P9NH57SJ在脂肪细胞脂解的调控通路、t RF-17-79MP9PP在AMPK信号通路、t RF-32-XSXMSL73VL4YK在药物代谢通路中发挥重要作用,FZD3、PIK3CB、PRKCA和PTCH1可能是t RF-32-Q99P9P9NH57SJ的靶基因。结论本研究表明,与癌旁组织相比,t RF-32-Q99P9P9NH57SJ、,t RF-17-79MP9PP、t RF-32-XSXMSL73VL4YK在乳腺癌组织中的表达存在显著差异,这提示它们在乳腺癌诊断中的潜在应用价值,并为后续机制研究奠定了理论基础。

关键词：乳腺癌 tsRNAs 表达谱实时定量PCR

术前血液学炎症指标对胃癌脉管癌栓的预测价值

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中国临床研究 2023年第9期36卷 1307-1311页

作者：莫冬萍王承霞王晓杨翊柠严枫江苏省肿瘤医院江苏省肿瘤防治研究所南京医科大学附属肿瘤医院检验科江苏南京210009 江苏省肿瘤医院江苏省肿瘤防治研究所南京医科大学附属肿瘤医院CT室江苏南京210009

目的探讨在胃癌合并脉管癌栓的预测中,术前血液炎症指标的价值。方法以2020年10月至2022年7月在江苏省肿瘤医院接受手术切除且均经病理学检查证实为胃癌的341例患者为对象进行回顾性研究。按术后病理有无脉管癌栓分为脉管癌栓阳性组(n=1... 详细信息

目的探讨在胃癌合并脉管癌栓的预测中,术前血液炎症指标的价值。方法以2020年10月至2022年7月在江苏省肿瘤医院接受手术切除且均经病理学检查证实为胃癌的341例患者为对象进行回顾性研究。按术后病理有无脉管癌栓分为脉管癌栓阳性组(n=163)和脉管癌栓阴性组(n=178)。收集患者术前中性粒细胞与淋巴细胞比值(NLR),血小板与淋巴细胞比值(PLR),淋巴细胞与单核细胞比值(LMR),纤维蛋白原与淋巴细胞比值(FLR)及常用肿瘤标志物水平和临床资料,采用受试者工作特征曲线(ROC)评价NLR、PLR、FLR对脉管癌栓形成的预测能力并寻找最佳截断值,logistic回归行单因素分析胃癌患者脉管癌栓形成的影响因素,同时构建logistic回归胃癌脉管癌栓预测模型。结果与脉管癌栓阴性患者相比,阳性患者的NLR、PLR、FLR以及糖类抗原(CA)19-9水平显著增高,同时肿瘤浸润程度增加、淋巴结转移率更高(P115.29(OR=2.436,95%CI:1.386~4.282,P=0.002)、cT分期(OR=1.331,95%CI:1.013~1.749,P=0.030)和发生淋巴结转移(OR=2.503,95%CI:1.507~4.156,P<0.01)是预测胃癌患者发生脉管癌栓的独立危险因素。结论术前监测PLR水平对评估胃癌患者发生脉管癌栓有一定预测价值,可以作为判断癌栓形成的辅助手段。

关键词：胃癌炎症指标脉管癌栓纤维蛋白原中性粒细胞淋巴细胞血小板单核细胞

术前纤维蛋白原与淋巴细胞比值在胃癌神经侵犯预测价值研究

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现代检验医学杂志 2023年第2期38卷 160-165页

作者：王承霞侯宁杨翊柠莫冬萍江苏省肿瘤医院/南京医科大学附属肿瘤医院/江苏省肿瘤防治研究所检验科南京210009 江苏省肿瘤医院/南京医科大学附属肿瘤医院/江苏省肿瘤防治研究所病理科南京210009

目的探索术前纤维蛋白原与淋巴细胞比值(fibrinogen lymphocyte ratio,FLR)在胃癌神经侵犯(perineural invasion,PNI)中的临床意义。方法收集2020年10月~2022年2月在江苏省肿瘤医院接受手术切除且经病理学检查证实为胃癌并符合入组的患... 详细信息

目的探索术前纤维蛋白原与淋巴细胞比值(fibrinogen lymphocyte ratio,FLR)在胃癌神经侵犯(perineural invasion,PNI)中的临床意义。方法收集2020年10月~2022年2月在江苏省肿瘤医院接受手术切除且经病理学检查证实为胃癌并符合入组的患者360例,同时收集临床病理资料。受试者工作曲线(ROC)确定术前FLR判断胃癌神经侵犯发生的最佳截断值。采用二分类Logistic回归进行单因素和多因素分析,确定与神经侵犯发生相关的危险因素。结果神经侵犯阳性患者的FLR水平(2.37±1.31)明显高于神经侵犯阴性组的FLR水平(1.87±0.90),差异有统计学意义(t=4.184,P1.82(OR=2.155,95%CI:1.086~4.277,P=0.028),肿瘤浸润程度(OR=6.405,95%CI:2.040~20.107,P=0.001),II期(OR=7.002,95%CI:1.614~30.374,P=0.009)和Ⅲ期(OR=10.718,95%CI:1.809~63.498,P=0.009)是胃癌患者发生神经侵犯的独立危险因素。在淋巴结发生转移组中,多因素分析显示,FLR>1.82(OR=2.311,95%CI:1.074~4.974,P=0.032)和肿瘤浸润程度(OR=12.401,95%CI:4.549~33.806,P<0.001)是患者发生神经侵犯的独立危险因素。结论术前监测FLR水平对预测胃癌患者发生神经侵犯有一定参考价值。

关键词：胃癌神经侵犯纤维蛋白原与淋巴细胞比值淋巴结转移

基于一项国家通用语言测试的考生认知技能诊断研究

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语言教学与研究 2024年第4期 23-34页

作者：杨翊北京语言大学语言科学院 100083

认知诊断评价可以将语言测试分析引入到微观领域,使得研究考生的认知技能成为可能,为改进语言教学提供了新的研究视角。本研究基于认知诊断评价,分析了民族地区大学生在一项国家通用语言能力测试中的认知技能表现。本次测试试题共涉及7... 详细信息

认知诊断评价可以将语言测试分析引入到微观领域,使得研究考生的认知技能成为可能,为改进语言教学提供了新的研究视角。本研究基于认知诊断评价,分析了民族地区大学生在一项国家通用语言能力测试中的认知技能表现。本次测试试题共涉及7项认知技能,其中“解释”“总结”“推断”为低阶认知技能,“区别”“组织”“归因”“检查”为高阶认知技能。研究发现:考生认知技能总体表现中等,高阶认知技能表现较差;考生认知技能掌握模式聚类明显,低阶认知技能多成组掌握,高阶认知技能多分散掌握;语言水平不同的考生低阶认知技能表现的差异大,高阶认知技能表现差异略小;多数语言水平较高考生的属性掌握模式全面、系统,语言水平较低考生的属性掌握模式则呈现出零散、随机的特点。基于上述发现,本研究提出了相应的国家通用语言教学建议。

关键词：国家通用语言语言测试认知诊断评价认知技能语言教学

燃料组件定位格架冲击屈曲仿真分析方法与屈曲行为研究

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核动力工程 2024年第3期45卷 161-169页

作者：刘胜李朋洲杨翊仁中国核动力研究设计院成都610213 西南交通大学力学与航空航天学院成都610031

燃料组件定位格架作为反应堆堆芯的重要部件,其动态屈曲行为直接关系着反应堆结构的安全。本文建立了燃料组件定位格架多次重复冲击仿真分析方法,对比了单次简单冲击仿真、多次重复冲击仿真结果与试验结果的差异,讨论了仿真分析方法对... 详细信息

燃料组件定位格架作为反应堆堆芯的重要部件,其动态屈曲行为直接关系着反应堆结构的安全。本文建立了燃料组件定位格架多次重复冲击仿真分析方法,对比了单次简单冲击仿真、多次重复冲击仿真结果与试验结果的差异,讨论了仿真分析方法对格架冲击动态屈曲行为的影响。研究发现:多次重复冲击仿真分析方法能够模拟试验重复冲击的累积变形过程,其仿真结果与试验结果吻合更好;多次重复冲击仿真和试验的冲击力-冲击初速度曲线在屈曲点附近形成屈服平台,屈服平台内回弹系数和冲击动刚度维持稳定,屈服平台后冲击力快速下降,同时回弹速度与回弹系数剧烈变化,单次简单冲击仿真的冲击力和回弹速度在屈曲点后维持稳定并缓慢增长;屈曲前,冲击加速度时程曲线具有近似对称特征,随着冲击初速度的增加,冲击回弹阶段出现“拖尾”,加速度曲线对称性破坏;多次重复冲击仿真和试验的格架屈曲变形表现为以底部横向剪切变形为主的一阶屈曲破坏,单次简单冲击仿真无法准确预测屈曲形态。本文提出的多次重复冲击仿真分析方法能建立更准确的分析模型,并更准确地揭示定位格架屈曲试验中的动态力学行为。

关键词：定位格架冲击屈曲重复冲击冲击力回弹系数冲击动刚度

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EGFR突变对非小细胞肺癌预后的影响

中国肿瘤外科杂志 2020年第3期12卷 192-197页

作者：冒学莲杨翊柠汤珣竺明晨王承霞陈艳严枫南京医科大学附属肿瘤医院(江苏省肿瘤医院江苏省肿瘤防治研究所)检验科江苏南京210009 南京医科大学附属肿瘤医院(江苏省肿瘤医院江苏省肿瘤防治研究所)病理科江苏南京210009

目的探讨EGFR基因突变对非小细胞肺癌(NSCLC)患者临床特征,预后的价值,揭示总生存期(OS)≥3年的生存特点。方法回顾性分析2013年1月1日至2018年6月30日南京医科大学附属肿瘤医院接受个体化治疗的349例NSCLC患者临床资料。对应收集石蜡... 详细信息

目的探讨EGFR基因突变对非小细胞肺癌(NSCLC)患者临床特征,预后的价值,揭示总生存期(OS)≥3年的生存特点。方法回顾性分析2013年1月1日至2018年6月30日南京医科大学附属肿瘤医院接受个体化治疗的349例NSCLC患者临床资料。对应收集石蜡包埋组织标本,采用HRM法,检测组织中EGFR基因第18、19、20、21外显子的突变状态,分析EGFR基因突变与患者临床病理参数的相关性。Kaplan-Meier方法和χ2分析随访资料完整的249例患者EGFR基因突变对生存的影响,揭示OS≥3年生存影响因素。结果在349例NSCLC肺癌患者中,EGFR基因突变率为50.4%,EGFR基因主要高突变人群是女性(62.2%)和腺癌患者(52.0%),0.05)。截至2018年12月15日,249例随访完整的患者中,中位生存时间为23个月。EGFR基因的总突变和21突变,与野生型相比较,能显著提高无进展生存期(PFS)和OS,差异具有统计学意义(P0.05)。OS≥3年和OS≤1年的患者在性别、TNM分期、淋巴结转移、EGFR总突变率、21的突变率及靶向治疗率方面差异有统计学意义(P<0.05)。结论EGFR基因的总突变和21突变的患者均能明显延长生存期。

关键词：基因突变非小细胞肺癌表皮生长因子受体 HRM 生存分析

轴向流作用下均布非线性弹簧支承二维壁板的复杂响应

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计算力学学报 2024年第3期41卷 506-512页

作者：董宇郑辉杨翊仁湖南工业大学土木工程学院株洲412007 西南交通大学力学与工程学院成都610031

考虑刚性导流段和尾流段对流场的影响,建立轴向流作用下二维板的非线性流固耦合运动控制方程,用有限差分法对控制方程进行离散。为了克服差分网格较多时带来的计算规模较大的问题,对控制方程用主模态缩减法缩减自由度,然后对离散方程进... 详细信息

考虑刚性导流段和尾流段对流场的影响,建立轴向流作用下二维板的非线性流固耦合运动控制方程,用有限差分法对控制方程进行离散。为了克服差分网格较多时带来的计算规模较大的问题,对控制方程用主模态缩减法缩减自由度,然后对离散方程进行数值积分,得到系统的复杂响应,分析其分岔和混沌特性。计算结果表明,以来流流速幅值和阻尼参数为可变参数时,系统具有极其复杂的动态响应,通过分岔图、相图和庞加莱截面图等方法判断了系统多种形式的周期、拟周期和混沌运动,在以来流流速幅值为可变参数时,系统一开始经由周期倍化分岔的方式进入混沌;在以阻尼系数为可变参数时,经由倒周期倍化分岔的方式从混沌运动退回到周期振动。

关键词：二维壁板周期倍化分岔模态缩减

中国大学生高阶思维能力测试的本土开发与质量验证

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教育科学 2024年第1期40卷 78-86页

作者：赵婷婷杨翊厦门大学高等教育发展研究中心福建厦门361005 北京语言大学语言科学院北京100083

随着信息化、智能化社会的到来,大学生高阶思维能力的培养受到了前所未有的关注。本研究从中国实情出发,秉持“科学性”和“本土性”的原则,依据大学生学习成果评价和2001版布鲁姆教育目标分类学等理论,开发了中国大学生高阶思维能力测... 详细信息

随着信息化、智能化社会的到来,大学生高阶思维能力的培养受到了前所未有的关注。本研究从中国实情出发,秉持“科学性”和“本土性”的原则,依据大学生学习成果评价和2001版布鲁姆教育目标分类学等理论,开发了中国大学生高阶思维能力测试,阐述了这项测试的具体研发过程,并依据三所高校的实测数据,基于教育测量学标准化测试的质量分析方法,对这项测试的信度、效度、试题质量、等值方案的合理性进行了分析。结果表明,这项测试具有良好的信度,合理的结构效度,对我国不同类型高校的学生和不同年级的学生具有较好的区分能力。依据经典测验理论完成的试题参数分析表明,试题质量良好;测试采用非等组共同题设计完成不同版本试卷间的等值,等值方案科学。这些分析表明,中国大学生高阶思维能力测试作为一项严格意义上的标准化测试稳定、可靠、有效,适用于我国大学生学习成果评价实践,其研发过程和质量验证方法对同类测试具有重要的启发意义和参考价值。

关键词：高阶思维能力大学生学习成果测试质量中国等值