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染色体外环状DNA在肺腺癌血浆中的分子学特征

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染色体外环状DNA在肺腺癌血浆中的分子学特征

作者：曾文创广州医科大学

学位级别：硕士

背景:肺癌是全球发病率和死亡率最高的癌症之一,其中又以肺腺癌病人占比居多。靶向治疗和免疫治疗在肺腺癌病人中的应用使病人生存率得到很大提升,但随之而来的药物耐受性、癌基因突变又对临床带来新的挑战。寻找影响肿瘤基因突变的机... 详细信息

背景:肺癌是全球发病率和死亡率最高的癌症之一,其中又以肺腺癌病人占比居多。靶向治疗和免疫治疗在肺腺癌病人中的应用使病人生存率得到很大提升,但随之而来的药物耐受性、癌基因突变又对临床带来新的挑战。寻找影响肿瘤基因突变的机制成为重中之重。染色体外环状DNA(Extrachromosomal circular DNA,eccDNA)基于其特有的功能和结构,成为近年来的研究热点。其游离于染色体基因组之外而不被受到调控;环状结构令其更加稳定,不易被降解;自身片段中又能携带一定数量的基因,eccDNA这些特点在肿瘤的形成和发展中起到重要的作用。因此,本研究基于高通量测序技术并结合生物信息学,从分子学水平对血浆中游离的eccDNA结构做初步分析,探索其在肺腺癌当中的影响。方法:经伦理审查委员会审核并批准后,采集来自广州医科大学附属第一医院共计12例肺腺癌病人和6例健康人群血液,提取血浆中游离DNA;此外,提取肺腺癌细胞系H3122和H1975染色体基因组DNA。对所提取的DNA,利用核酸外切酶Ⅴ降解线性DNA的外切酶活性,酶切去除线性DNA,并通过q PCR方法验证去除效果。接着用Phi29 DNA聚合酶和随机引物对其环形扩增。基于华大公司MGISeq-2000RS测序方法,对提取的eccDNA进行文库构建,并通过滚环扩增和双末端测序原理上机、测序。采用Circle-Map算法,寻找比对上参考基因组的Reads中的环状片段,并重新组装环状DNA片段。最后,利用UCSC、Repeat Masker等生物数据库,比对分析eccDNA片段序列的分子学特征,并使用R Studio软件对结果做统计分析、作图。结果:(1)肺腺癌病人和健康人群的血浆中均检测出微量的短片段eccDNA。(2)肺腺癌病人eccDNA片段长度整体要比健康人群短(中位值分别为340bp和361bp),但分析片段长度3000bp以上eccDNA在血浆总eccDNA的占比发现,肺腺癌病人长片段eccDNA的占比显著高于健康人群。(3)分析大于3000bp eccDNA的基因组结构元件,肺腺癌病人长片段eccDNA中5’-UTR和3’-UTR区域比例显著高于健康人群。进行基因组功能元件分析时,发现与健康人群相比,在肺腺癌病人长片段eccDNA中可被H3K4Me1、H3K4Me3、H3K27Ac组蛋白修饰的功能调控元件显著富集。(4)肺腺癌病人eccDNA片段中重复元件数量比健康人群高,且在LINE、LTR两类重复元件占比高于健康人群。结论:本研究分析发现肺腺癌血浆中的eccDNA在长度、基因组元件、调控元件、重复元件均与健康人群存在差异。这些特征的差异将有助于对肺腺癌的分子机制和潜在临床价值的进一步理解和研究。

关键词： eccDNA 肺腺癌调控元件高通量测序

基于拟合优度度量的交通方式选择决策树结构研究

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交通运输系统工程与信息 2010年第6期10卷 128-132页

作者：温惠英曾文创华南理工大学土木与交通学院广州510640

Nested-Logit(NL)模型是交通方式划分的最重要的模型之一,在分析公共交通和个人交通划分方法的理论依据的基础上,根据人们在选择交通方式过程中首要考虑因素的不同,构造了不同于公共交通和个人交通的虚拟交通方式——高费用和低费用虚... 详细信息

Nested-Logit(NL)模型是交通方式划分的最重要的模型之一,在分析公共交通和个人交通划分方法的理论依据的基础上,根据人们在选择交通方式过程中首要考虑因素的不同,构造了不同于公共交通和个人交通的虚拟交通方式——高费用和低费用虚拟交通方式,并分析其内相关性.在两个交通方式选择决策树结构都存在相关性和合理性的情况下,提出基于拟合优度度量比较两者的优劣,从而选定交通方式选择决策树结构.根据实例旅客出行调查数据,利用SAS软件实现两个交通方式选择决策树结构的拟合度度量分析.结果表明:基于拟合优度度量选定的高费用和低费用虚拟交通方式比公共交通和个人交通的虚拟交通方式更接近实际调查值,此方法具有一定的实用性.

关键词：城市交通决策树结构 NL模型拟合优度度量交通方式之间的相关性

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中小城市自行车道网络规划——以中山市为例

交通企业管理 2016年第6期31卷 47-49页

作者：董琦曾文创中山市规划设计院

在城市交通拥堵加剧、能源供应趋紧的背景下,自行车交通因具备＂绿色、环保＂的特征而成为城市交通发展的方向,而自行车道网络的构建是发展自行车交通的关键。笔者对中小城市自行车道网络的规划策略、方法进行分析研究,并将规划方法应... 详细信息

在城市交通拥堵加剧、能源供应趋紧的背景下,自行车交通因具备＂绿色、环保＂的特征而成为城市交通发展的方向,而自行车道网络的构建是发展自行车交通的关键。笔者对中小城市自行车道网络的规划策略、方法进行分析研究,并将规划方法应用于中山市主城区,为其它城市自行车道网络规划提供参考。

关键词：自行车交通网络规划发展目标交通分区道路分级宽度设置中山市

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农村公路摩托车交通事故原因分析与对策

农村经济与科技 2009年第9期20卷 65-66页

作者：温惠英曾文创华南理工大学土木与交通学院广东广州510640

在目前农村公路摩托车交通安全形势严峻的情况下,从人、车、路和管理等方面深入分析了农村公路摩托车交通事故发生的原因,并以此提出了以"人性化管理——完善运输网络——转变宣传教育方式"为主要模式的摩托车事故防治对策。

关键词：交通事故农村公路摩托车防治对策

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中山市建设项目停车配建指标研究

中山市建设项目停车配建指标研究

2015年中国城市交通规划年会暨第28次学术研讨会

作者：曾文创陈向科中山市规划设计院

建设项目配建停车是城市停车设施供应的主体,是解决城市停车问题的关键。中山市建设项目停车配建指标在新型城镇化背景下研究制定,坚持"供需统筹、以供定需、区域差别化"的发展理念,从优化交通结构的角度落实公共交通优先和慢行交通友... 详细信息

建设项目配建停车是城市停车设施供应的主体,是解决城市停车问题的关键。中山市建设项目停车配建指标在新型城镇化背景下研究制定,坚持"供需统筹、以供定需、区域差别化"的发展理念,从优化交通结构的角度落实公共交通优先和慢行交通友好的发展战略,提出区域差异化供应、配套公交场站、配套公共自行车、停车共享折减等策略,以实现城市整体交通协调发展,提高城市交通系统的整体运行效率。

关键词：停车配建指标停车共享公交场站公共自行车

来源： cnki会议评论

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大型建设项目公交场站配套标准探讨

大型建设项目公交场站配套标准探讨

2016年中国城市交通规划年会

作者：曾文创董琦谢祥椿中山市规划设计院

大型建设项目公交场站配套标准研究,在分析各类建设项目的交通特征的基础上,从建设项目产生的公交需求出发,建立建设项目开发量与公交出行需求之间的关系,再分析公交需求与场站规模之间的关系,从而提出大型建设项目公交场站、公交线路... 详细信息

大型建设项目公交场站配套标准研究,在分析各类建设项目的交通特征的基础上,从建设项目产生的公交需求出发,建立建设项目开发量与公交出行需求之间的关系,再分析公交需求与场站规模之间的关系,从而提出大型建设项目公交场站、公交线路的配套标准。

关键词：建设项目公交场站配套标准

来源： cnki会议评论

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新型城镇化背景下小城镇交通发展的思考

适于交通方式划分的NL模型巢式层次结构研究

中国科技纵横 2017年第15期 222-223页

作者：谭玉龙曾文创中山市规划设计院广东中山528403

小城镇发展已经成为我国城镇化战略的重要组成部分,在新型城镇化背景下,为加快小城镇的发展,推动城市公共服务均等化,需构建完善的城镇交通体系.本文从新型城镇化对交通发展的要求出发,分析了小城镇交通特征,探索新型城镇化背景下小城... 详细信息

小城镇发展已经成为我国城镇化战略的重要组成部分,在新型城镇化背景下,为加快小城镇的发展,推动城市公共服务均等化,需构建完善的城镇交通体系.本文从新型城镇化对交通发展的要求出发,分析了小城镇交通特征,探索新型城镇化背景下小城镇交通发展规划思路,提出加强对外交通、集约内部交通以及慢行交通策略.

关键词：小城镇交通规划新型城镇化

来源：评论

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交通信息与安全 2010年第4期28卷 35-38页

作者：温惠英曾文创华南理工大学土木与交通学院广州510640

为准确把握Nested-Logit模型(NL模型)在交通方式划分中的应用,以交通方式巢式层次结构为研究对象,在分析交通方式选择影响因素和各交通方式之间的相关性的基础上,根据人们在选择交通方式过程中首先考虑因素的不同,构造了不同的交通方式... 详细信息

为准确把握Nested-Logit模型(NL模型)在交通方式划分中的应用,以交通方式巢式层次结构为研究对象,在分析交通方式选择影响因素和各交通方式之间的相关性的基础上,根据人们在选择交通方式过程中首先考虑因素的不同,构造了不同的交通方式巢式层次结构方案,并提出基于拟合优度度量的判断方法优选巢式层次结构方案。根据实例旅客出行调查数据,利用SAS软件对拟合优度度量系列组进行比较分析,分析结果表明:基于拟合优度度量构造的巢式层次结构更能反映交通方式选择的真实性,克服了NL模型层次结构明显的主观判断偏离客观实际的缺陷。

关键词： NL模型交通方式划分巢式层次结构拟合优度度量 SAS

基于离散选择模型的交通方式结构优化模型研究

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交通与运输 2013年第H7期29卷 40-44页

作者：曾文创陈向科中山市规划设计院中山528400

城市交通方式结构从根本上是出行者对交通方式选择的结果。根据出行者行为选择特征和交通方式服务属性,运用计量经济学中离散选择模型理论,从居民交通方式选择的可控制影响因素的角度,利用不同类型居民的敏感度不同,建立交通方式结构优... 详细信息

城市交通方式结构从根本上是出行者对交通方式选择的结果。根据出行者行为选择特征和交通方式服务属性,运用计量经济学中离散选择模型理论,从居民交通方式选择的可控制影响因素的角度,利用不同类型居民的敏感度不同,建立交通方式结构优化模型,探索城市交通方式结构优化的实施策略,以达到最有效、最快速地形成合理的城市交通方式结构的效果。

关键词：城市交通离散选择模型出行结构优化 SAS