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自噬:细胞自身物质更新代谢的重要机制

科学通报 2016年第36期61卷 3903-3906页

作者：张慧张宏中国科学院生物物理研究所

细胞自噬是一种溶酶体介导的降解通路,对维持细胞稳态平衡有重要作用.2016年诺贝尔生理学或医学奖授予了揭示细胞自噬分子机制的大隅良典教授,以表彰他对该领域的贡献.本文全面解析了自噬这一重要生理过程的研究进展.

关键词： autophagy yeast ATG autophagosome CVT

蛋白质组学结合生物信息学分析干眼的蛋白标志物

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国际眼科杂志 2025年第1期25卷 104-111页

作者：杨延婷师雅君杨光纪海洋刘婕洪珏张丹马晓芃中国上海市针灸经络研究所 200030 上海中医药大学附属岳阳中西医结合医院上海200437

目的:通过生物信息学方法分析与干眼(DE)发病机制相关的差异蛋白质,以期揭示其潜在的分子机制。方法:通过检索从建库至2023-08-31发表在PubMed和EMBASE数据库中的采用蛋白质组学方法检测干眼临床样本中蛋白质表达的文章,挑选出差异蛋白... 详细信息

目的:通过生物信息学方法分析与干眼(DE)发病机制相关的差异蛋白质,以期揭示其潜在的分子机制。方法:通过检索从建库至2023-08-31发表在PubMed和EMBASE数据库中的采用蛋白质组学方法检测干眼临床样本中蛋白质表达的文章,挑选出差异蛋白,并通过STRING数据库和Cytoscape软件进行枢纽基因筛选和模块分析,进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析、基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:最终纳入21篇文献,确定74个差异表达的蛋白质。频率最高的差异蛋白为钙粒蛋白A(calgranulin A,SA1008)、脂质运载蛋白1(LCN1)、溶菌酶(LYZ)、乳腺珠蛋白-B(SCGB2A1)、富脯氨酸蛋白4(PRR4)、转铁蛋白(TF)和钙粒蛋白B(S100A9)。前10个枢纽基因为血清白蛋白(ALB)、肿瘤坏死因子(TNF)、白介素6(IL6)、IL1β、IL8、基质金属蛋白酶9(MMP9)、α-抗胰蛋白酶(SERPINA1)、IL10、补体C3(C3)和乳铁蛋白(LTF)。模块分析推测种子基因为MMP9和PRR4。KEGG分析显示差异表达的蛋白主要富集在IL17信号通路(61.9%)。结论:研究结果揭示了DE的潜在分子靶点和途径,并证实了DE的发病机制与炎症之间的关联。然而,还需要进一步深入研究以证实这些生物标志物在临床实践中的意义。

关键词：干眼蛋白质组学质谱分析生物标志物

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体积图控制的近似刚性的网格变形

计算机辅助设计与图形学学报 2016年第2期28卷 218-227页

作者：杜正君张慧清华大学软件学院北京100084 清华信息科学与技术国家实验室北京100084

现有的形状变形方法大多只关注变形的实时性、保细节性以及交互的灵活性,往往忽视了模型内部的刚性,导致变形过程中不合理的体积变化,进而网格表面的细节难以继续保持.为此,提出一种基于体积图的近似刚性的网格变形方法来约束变形过程... 详细信息

现有的形状变形方法大多只关注变形的实时性、保细节性以及交互的灵活性,往往忽视了模型内部的刚性,导致变形过程中不合理的体积变化,进而网格表面的细节难以继续保持.为此,提出一种基于体积图的近似刚性的网格变形方法来约束变形过程中体积的变化.首先构建模型的简单体积图,然后分别在模型表面、内部和体积图边界建立变形单元并根据其不同的类别设计不同的变形权重,最后使用近似刚性的方法实现既保细节又整体近似刚性的变形;另外,文中还对模型加入了材质属性,使得用户可以方便地控制局部的形变.实验结果表明,文中方法操作简单、实用性强.

关键词：网格变形体积图保细节刚性

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基于GPU并行加速的逆时偏移成像方法

石油地球物理勘探 2013年第5期48卷 707-710,670+854页

作者：张慧蔡其新秦广胜高爱荣中国石化中原油田分公司物探研究院河南濮阳457001

现今逆时偏移的应用面临海量数据存储及计算量巨大的问题。本文应用震源重构方法解决了逆时偏移互相关成像条件需要的海量存储问题,引入GPU Kernel解决逆时偏移计算效率低的问题。在此基础上,本文建立了一套基于GPU加速的叠前逆时偏移... 详细信息

现今逆时偏移的应用面临海量数据存储及计算量巨大的问题。本文应用震源重构方法解决了逆时偏移互相关成像条件需要的海量存储问题,引入GPU Kernel解决逆时偏移计算效率低的问题。在此基础上,本文建立了一套基于GPU加速的叠前逆时偏移成像方法,并成功地应用于四川盆地A复杂区块。

关键词：逆时偏移 GPU 震源重构偏移成像

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聚碳酸酯微孔塑料的动态力学热分析

北京航空航天大学学报 2006年第9期32卷 1109-1112页

作者：卢子兴张慧北京航空航天大学航空科学与工程学院北京100083

通过对聚碳酸酯微孔塑料进行动态力学热分析，得到了不同密度微孔塑料动态力学性能的温度图谱和频率图谱，研究了储能模量和损耗因子与温度、频率及密度之间的变化规律和玻璃化转变温度与密度之间的关系．结果表明：在高频或低温时，随... 详细信息

通过对聚碳酸酯微孔塑料进行动态力学热分析，得到了不同密度微孔塑料动态力学性能的温度图谱和频率图谱，研究了储能模量和损耗因子与温度、频率及密度之间的变化规律和玻璃化转变温度与密度之间的关系．结果表明：在高频或低温时，随着温度的升高，微孔塑料储能模量降低，损耗因子增加；当温度高于材料的玻璃化转变温度或者频率较低时，随着频率的降低和温度的升高，储能模量和损耗因子都急剧地降低；聚碳酸酯微孔塑料的玻璃化转变温度Tg在175℃左右，次级转变在70～100℃之间，结果与密度几乎无关．

关键词：微孔塑料动态性能粘弹性储能模量损耗因子

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多药耐药相关蛋白及其在肿瘤耐药中的作用

药学学报 2011年第5期46卷 479-486页

作者：张慧符立梧中由大学且中瘤防治中心华南肿瘤学国家重点实验室广东广州510060

多药耐药(multidrug resistance,MDR)是导致肿瘤患者化疗失败的主要原因。介导多药耐药的重要机制之一是多药耐药相关蛋白(multidrug resistance-associated proteins,MRPs)的表达增加。MRPs是一类ATP能量依赖型跨膜转运蛋白,是具有选... 详细信息

多药耐药(multidrug resistance,MDR)是导致肿瘤患者化疗失败的主要原因。介导多药耐药的重要机制之一是多药耐药相关蛋白(multidrug resistance-associated proteins,MRPs)的表达增加。MRPs是一类ATP能量依赖型跨膜转运蛋白,是具有选择性和特异性的药物外排泵。本文主要针对MRPs的生理特征、结构特点、耐药谱特征及其逆转进行综述。

关键词：肿瘤多药耐药多药耐药相关蛋白药物外排泵逆转

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哈密顿量宇称-时间对称性的刻画

物理学报 2024年第4期73卷 27-36页

作者：张慧洁贺衎太原理工大学数学学院太原030024

宇称-时间(PT)对称性理论描述了具有实能级的非厄密特哈密顿量,在量子物理学和量子信息科学中起着重要作用,是量子力学中活跃且重要的主题.研究者们对如何描述哈密顿量的PT对称性的问题给予了高度关注.本文基于PT对称理论和哈密顿量归... 详细信息

宇称-时间(PT)对称性理论描述了具有实能级的非厄密特哈密顿量,在量子物理学和量子信息科学中起着重要作用,是量子力学中活跃且重要的主题.研究者们对如何描述哈密顿量的PT对称性的问题给予了高度关注.本文基于PT对称理论和哈密顿量归一化特征函数,提出了算子F的定义.然后,在找到算子CPT和算子F的对易子和反对易子的特性后,给出了刻画了无量纲情况下哈密顿量的PT对称性的第一种方法.进一步研究发现,该方法还可以量化哈密顿量在无量纲情况下的PT对称性.此外,提出了另一种基于哈密顿量特征值实部和虚部来描述哈密顿量PT对称性的方法,该方法仅用于判断哈密顿量是否具有PT对称性.

关键词：哈密顿量 PT对称性对易子归一化特征函数

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室内场景中包含平面的网格简化模型的构建

计算机辅助设计与图形学学报 2018年第10期30卷 1785-1793页

作者：赵智彪张慧清华大学软件学院计算机辅助设计图形学与可视化研究所北京100084

为了构建带有平面的网格简化模型模拟室内场景,提出了一种快速网格建模算法.首先通过基于热传导原理的平面提取算法,快速、鲁棒地从有噪声的网格中重建出水平和竖直方向的平面部分;然后使用QEM算法对网格进行简化处理,同时在简化过程中... 详细信息

为了构建带有平面的网格简化模型模拟室内场景,提出了一种快速网格建模算法.首先通过基于热传导原理的平面提取算法,快速、鲁棒地从有噪声的网格中重建出水平和竖直方向的平面部分;然后使用QEM算法对网格进行简化处理,同时在简化过程中通过对连接条件的判断避免产生非流形边;最后对网格边界的顶点进行分类处理,保证平面网格与非平面网格公共边界拓扑连接的一致性.以TUM-RGBD数据集生成的网格模型为输入,与Guided Normal Filter等算法进行了对比,结果表明,文中算法可以重建出拓扑连接一致的带有平面的简化网格,重建速度基本满足实时交互的要求.

关键词：平面提取网格简化流形拓扑一致性

粗糙语义引导的同时预测前背景的透明度图估计算法

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计算机辅助设计与图形学学报 2022年第9期34卷 1432-1440页

作者：王宸昊张慧清华大学软件学院北京100085

针对抠图算法中的“溢色”现象,提出一种同时预测前景、背景和透明度图的算法,并设计了一个结合粗糙语义的自动抠图网络.该算法包括2个阶段:粗糙语义生成阶段和同时预测前背景的抠图阶段.在粗糙语义生成阶段,利用语义分割网络得到中间结... 详细信息

针对抠图算法中的“溢色”现象,提出一种同时预测前景、背景和透明度图的算法,并设计了一个结合粗糙语义的自动抠图网络.该算法包括2个阶段:粗糙语义生成阶段和同时预测前背景的抠图阶段.在粗糙语义生成阶段,利用语义分割网络得到中间结果,再通过一个粗糙语义信息融合模块,在多个尺度上对语义信息进行粗略估计;在抠图阶段,利用一个编码器-解码器结构的神经网络对粗糙的语义信息进行编解码,最终得到前景、背景和透明度图的预测.上述2阶段网络可以更加准确地提取出前景物体,得到的透明度图可直接应用于影视特效、图像处理等下游任务.在Adobe数据集和Distinction-646数据集上的实验结果表明,所提算法的绝对误差和分别为42.5和50.3,梯度误差分别为27.1和28.0;抠图的细节也更为准确.

关键词：图像抠图前景预测语义分割