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肿瘤内微生物组的研究进展

中国癌症杂志 2023年第9期33卷 866-873页

作者：李欣然梁依依屠红上海交通大学医学院附属仁济医院上海市肿瘤研究所肿瘤系统医学全国重点实验室上海200032 复旦大学基础医学院上海200032

肿瘤内微生物组是指存在于肿瘤中并构成肿瘤微环境的微生物群体。虽然肿瘤病毒的研究已有百余年历史,但细菌、真菌等其他微生物在肿瘤中的存在现象及生物学意义却一直未有定论。近年来,随着高通量测序技术的发展,日益增多的证据表明,细... 详细信息

肿瘤内微生物组是指存在于肿瘤中并构成肿瘤微环境的微生物群体。虽然肿瘤病毒的研究已有百余年历史,但细菌、真菌等其他微生物在肿瘤中的存在现象及生物学意义却一直未有定论。近年来,随着高通量测序技术的发展,日益增多的证据表明,细菌等微生物确实能够存活于肿瘤组织中,并与肿瘤的发生、发展及耐药有一定的相关性。本文综述了肿瘤内微生物组的最新研究进展,总结了各肿瘤组织中微生物种群的特征及潜在功能,重点讨论了细菌微生物组在乳腺癌、胰腺癌和肺癌中的作用机制,并展望了其未来临床应用前景。

关键词：癌肿瘤内微生物肿瘤免疫微环境宏基因组测序

transformer在底层视觉应用上的发展综述

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信息技术与信息化 2024年第2期 47-51,57页

作者：屠红艳管其杰上海电力大学上海201306 华东送变电工程有限公司上海201803

transformer,一种基于自注意机制的序列网络,首次被引入到自然语言处理范畴。由于其强大的长距离特征表示能力以及高性能和对视觉特定感应偏差的需求减少,基于transformer的模型被广泛应用于计算机视觉任务。在各种视觉基准测试中,基于t... 详细信息

transformer,一种基于自注意机制的序列网络,首次被引入到自然语言处理范畴。由于其强大的长距离特征表示能力以及高性能和对视觉特定感应偏差的需求减少,基于transformer的模型被广泛应用于计算机视觉任务。在各种视觉基准测试中,基于transformer模型性能类似于或优于其他类型的网络,如卷积神经网络和递归神经网络。首先讨论基于transformer的不同底层视觉任务;然后分析了它们的优缺点;最后,总结了视觉transformer存在的问题,并提供了进一步的研究方向。

关键词： transformer 计算机视觉深度学习图像生成

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肝癌中乙型肝炎病毒整合位点的分离鉴定

中华肝脏病杂志 2004年第9期12卷 567-568页

作者：高海峰屠红上海市肿瘤研究所上海交通大学肿瘤研究所上海200032

乙型肝炎病毒(HBV)慢性感染是导致肝癌发生的重要原因.HBV整合是致癌的可能机制之一.传统上,HBV整合位点的鉴定主要通过反复的筛选肝细胞癌(HCC)基因文库获得.现报道一种快速分离鉴定HBV整合位点的新方法,为探讨肝癌发生的分子机制提供... 详细信息

乙型肝炎病毒(HBV)慢性感染是导致肝癌发生的重要原因.HBV整合是致癌的可能机制之一.传统上,HBV整合位点的鉴定主要通过反复的筛选肝细胞癌(HCC)基因文库获得.现报道一种快速分离鉴定HBV整合位点的新方法,为探讨肝癌发生的分子机制提供新的研究手段.

关键词：肝癌 HBV 乙型肝炎病毒癌发生 HCC 肝细胞癌分子机制整合位点基因文库快速分离

氨基酸转运蛋白SLC38A2促进NK细胞对肿瘤细胞的杀伤作用

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肿瘤 2023年第11期43卷 854-865页

作者：杨含草高见赵丹李倩李进屠红甘愉上海交通大学医学院附属仁济医院上海市肿瘤研究所肿瘤系统医学全国重点实验室上海200032

目的:探讨溶质载体家族38成员2(solute carrier family 38 member 2,SLC38A2)对自然杀伤(natural killer,NK)细胞肿瘤杀伤活性的影响。方法:采用实时荧光定量PCR法检测谷氨酰胺缺失NK细胞和节食小鼠脾脏中谷氨酰胺相关氨基酸转运蛋白(SL... 详细信息

目的:探讨溶质载体家族38成员2(solute carrier family 38 member 2,SLC38A2)对自然杀伤(natural killer,NK)细胞肿瘤杀伤活性的影响。方法:采用实时荧光定量PCR法检测谷氨酰胺缺失NK细胞和节食小鼠脾脏中谷氨酰胺相关氨基酸转运蛋白(SLC38A2、SLC1A5、SLC7A5、SLC7A1和SLC1A4)mRNA的表达情况。通过慢病毒感染的方法将携带有SLC38A2基因重组慢病毒载体转入NK-92MI细胞使SLC38A2过表达。在SLC38A2过表达或谷氨酰胺浓度提高后,利用乳酸脱氢酶释放实验检测NK-92MI细胞对胰腺癌细胞PANC-1和肝癌细胞HUH-7的杀伤活性,并通过FCM法(FITC-Annexin V/7-AAD染色)检测NK-92MI细胞对PANC-1和HUH-7细胞凋亡的影响。最后,通过FCM法进一步检测NK-92MI细胞中杀伤效应分子干扰素-γ(interferon-γ,IFN-γ)和肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)的表达水平以及脱颗粒标志分子CD107a的表达水平。结果:在缺失谷氨酰胺的培养条件下以及节食小鼠模型中获得的NK细胞中氨基酸转运蛋白SLC38A2 mRNA的表达显著增高(P<0.001和P<0.01)。成功构建SLC38A2过表达的NK-92MI细胞;SLC38A2过表达或谷氨酰胺处理均可以明显提升NK-92MI细胞对胰腺癌PANC-1和肝癌HUH-7细胞的杀伤能力(P均<0.05),同时对肿瘤细胞的凋亡具有明显的促进作用(P均<0.01)。流式细胞分析结果显示,过表达SLC38A2的NK-92MI细胞在杀伤肿瘤细胞的过程中,细胞内IFN-γ和TNF-α的含量均显著增加(P均<0.001),细胞膜表面CD107a的表达水平显著提高(P<0.001)。结论:氨基酸转运蛋白SLC38A2能显著增强NK细胞对肿瘤细胞的杀伤活性。

关键词：自然杀伤细胞氨基酸转运蛋白 SLC38A2 肿瘤细胞

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免疫检查点抑制剂治疗晚期肝癌的研究进展

肿瘤 2021年第12期41卷 866-875页

作者：李鑫高见屠红上海交通大学医学院附属仁济医院上海市肿瘤研究所癌基因与相关基因国家重点实验室上海200032

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是中国发病率和死亡率较高的恶性肿瘤之一,大多数患者确诊时已进入晚期。酪氨酸激酶抑制剂索拉非尼和仑伐替尼是中晚期HCC的一线治疗药物,但疗效十分有限。近年来,针对程序性死亡受体-1(programm... 详细信息

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是中国发病率和死亡率较高的恶性肿瘤之一,大多数患者确诊时已进入晚期。酪氨酸激酶抑制剂索拉非尼和仑伐替尼是中晚期HCC的一线治疗药物,但疗效十分有限。近年来,针对程序性死亡受体-1(programmed cell death protein-1,PD-1)、程序性死亡配体-1(programmed cell death ligand-1,PD-L1)以及细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4(cytotoxic T lymphocyte-associated antigen-4,CTLA-4)等免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitor,ICI)的单抗治疗在多种实体瘤的临床试验中取得了令人瞩目的成效。纳武单抗、帕博利珠单抗和卡瑞利珠单抗等ICI也先后获批用于晚期HCC的治疗。基于ICI的联合治疗方案,包括ICI联合血管内皮生长因子抑制剂、ICI联合酪氨酸激酶抑制剂、2种ICI的联合应用以及ICI联合HCC局部治疗等均已进入临床试验阶段,尤其是阿特珠单抗与贝伐珠单抗的联合治疗的效果优于索拉非尼,能显著延长患者的总生存期,目前已获批成为晚期HCC的一线治疗方案。本文就ICI在晚期HCC治疗中的效果及机制进行总结,重点介绍ICI联合治疗方案所取得的突破性进展,并对其瓶颈问题和应用前景进行了讨论和展望。

关键词：肝细胞癌免疫检查点抑制剂联合治疗

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用多聚酶链反应诊断脑膜炎球菌性脑膜炎

国外医学(微生物学分册) 1993年第4期 187-188页

作者：屠红

目前,流行性脑脊髓膜炎(简称流脑)的病原学诊断常用脑脊液(CSF)直接涂片镜检及分离培养两种方法。然而,由于入院前抗菌药物使用,使该两种方法对脑膜炎球菌的检出率大为降低。为此,本文作者设计了IS1106多聚酶链反应(PCR)方法。引物1:(85... 详细信息

目前,流行性脑脊髓膜炎(简称流脑)的病原学诊断常用脑脊液(CSF)直接涂片镜检及分离培养两种方法。然而,由于入院前抗菌药物使用,使该两种方法对脑膜炎球菌的检出率大为降低。为此,本文作者设计了IS1106多聚酶链反应(PCR)方法。引物1:(850)5′-ATTATTCAGACCGCCGGCAG3′(869);引物2′:(1445)5′-CCGATA-ATCAGGCATCCG-3′(1428)。首先以3pg不同来源的纯化DNA作为模板进行PCR扩增。这些DNA分别来源于:9种血清型的脑膜炎球菌、2株淋球菌、2株乳屑球菌、1株大肠杆菌、1株流感嗜血杆菌、BCG及人DNA。结果所有9株脑膜炎球菌的PCR产物均出现约596bp的电泳条带,而其他非脑膜炎球菌

关键词： PCR 产物扩增两种方法脑膜炎球菌 DNA 引物多聚酶链反应多聚酶链式反应

淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒结合蛋白的鉴定:一种可能的细胞病毒受体

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国外医学(微生物学分册) 1993年第4期 182-183页

作者：屠红

迄今,对砂粒病毒科病毒的细胞受体尚未明了。本研究中,作者选用8种不同的细胞系与生物素标记的砂粒病毒科原型病毒淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）共育,经"荧光激活细胞分类法"（FACS）分析,发现除2种淋巴细胞（RMA、WIL;）无明显结合... 详细信息

迄今,对砂粒病毒科病毒的细胞受体尚未明了。本研究中,作者选用8种不同的细胞系与生物素标记的砂粒病毒科原型病毒淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）共育,经"荧光激活细胞分类法"（FACS）分析,发现除2种淋巴细胞（RMA、WIL;）无明显结合外,其余所有6种啮齿类动物成纤维细胞系均能与LCMV结合,且呈剂量-效应关系。此结合能被非生物素化的LCMV竞争性抑制,但不被无关的其他包膜病毒如HSV-1所阻断,LCMV若预先经中和性抗体（人恢复期血清或抗-LCMV GP-1单克隆抗体WE-36.1）作甩,则与易感细胞结合量显著降低;而抗-LCMV GP-2单克隆抗体却无此阻断

关键词：淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒病毒科砂粒病毒受体细胞

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肝癌血清标志物研究的新进展

肿瘤 2009年第4期29卷 389-393页

作者：王维林白鑫屠红上海交通大学肿瘤研究所中心实验室上海200032

原发性肝癌是我国常见的一种恶性肿瘤,位居肿瘤死亡的第二位。肝癌的早期诊断是提高患者生存率的一项最重要因素。虽然甲胎球蛋白(alphafetoprotein,AFP)在肝癌的诊断中起了积极的作用,但随着新技术的开发而促使新发病例中AFP阴性肝癌... 详细信息

原发性肝癌是我国常见的一种恶性肿瘤,位居肿瘤死亡的第二位。肝癌的早期诊断是提高患者生存率的一项最重要因素。虽然甲胎球蛋白(alphafetoprotein,AFP)在肝癌的诊断中起了积极的作用,但随着新技术的开发而促使新发病例中AFP阴性肝癌比例的不断增加,AFP诊断肝癌的特异性及敏感度已有下降,因此目前急需开发一些新的具有诊断或联合诊断价值的肝癌血清标志物。然而理想的肝癌标志物应在肝脏结节恶变的早期阶段即能敏感和特异性地从外周血中检出,且方法简便,重复性好。近年来,随着基因芯片和蛋白质质谱等新技术的发展及其应用而呈现出多种新的肝癌候选标志物,它们在实验室阶段已被证实与肝癌的发生发展相关,但其临床应用价值尚待进一步作多中心及大样本的临床试验。

关键词：肝肿瘤血清学诊断肿瘤标记生物学

平衡离心法研究提示:丙型肝炎病毒存在循环免疫复合物

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国外医学(微生物学分册) 1994年第2期17卷 89-90页

作者：屠红

作者应用逆转录-多聚酶链反应(RT-PCR)方法定量研究了丙型肝炎病毒(HCV)核酸含量与动物感染剂量之间的关系,发现:来自丙型肝炎急性期血浆中的HCV H株具有较高的感染性,而自病人慢性期血浆中的HCV F株感染性相对较低。用蔗糖密度梯度平... 详细信息

作者应用逆转录-多聚酶链反应(RT-PCR)方法定量研究了丙型肝炎病毒(HCV)核酸含量与动物感染剂量之间的关系,发现:来自丙型肝炎急性期血浆中的HCV H株具有较高的感染性,而自病人慢性期血浆中的HCV F株感染性相对较低。用蔗糖密度梯度平衡离心法对上述2株病毒离心后测得,H株病毒核酸的浮力密度≤1.09g/ml(主要约为1.06g/ml);F株病毒核酸的浮力密度为1.06g/ml及1.17g/ml两种。将H、F血浆置

关键词：丙型肝炎病毒病毒核酸抗体丙肝病毒浮力密度 HCV 离心法