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暗纹东方鲀TGF-β1基因的克隆、表达特征及生长性状相关SNP位点筛选

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海洋渔业 2024年第2期46卷 129-139页

作者：马思思喻伟峰张凯张雯雯唐晓东刘雨曦尹绍武王涛南京师范大学海洋科学与工程学院南京210023 江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心南京210023

为探究暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)TGF-β1基因与其生长性状的关联及作用,采用RACE技术克隆了暗纹东方鲀TGF-β1基因,分析了其基因结构与表达特征,并通过直接PCR扩增法对TGF-β1基因进行多片段比对,在此基础上筛选出与生长性状相关... 详细信息

为探究暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)TGF-β1基因与其生长性状的关联及作用,采用RACE技术克隆了暗纹东方鲀TGF-β1基因,分析了其基因结构与表达特征,并通过直接PCR扩增法对TGF-β1基因进行多片段比对,在此基础上筛选出与生长性状相关的SNP位点。研究发现TGF-β1基因cDNA全长共2217 bp,包含5′UTR 51 bp,3′UTR 1014 bp,ORF 1152 bp,编码383个氨基酸。氨基酸序列比对分析表明,暗纹东方鲀TGF-β1基因与红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)同源性最高(92.82%)。进化树分析表明,暗纹东方鲀TGF-β1基因编码氨基酸序列与红鳍东方鲀聚为一支,与鲈形目鱼类亲缘关系最近(68.46%~73.33%)。qRT-PCR检测显示,TGF-β1基因在暗纹东方鲀8种不同组织(心脏、肝脏、脑、脾脏、肾脏、肌肉、中肠和鳃)都有表达,其中肾脏表达量最高,心脏和脾脏表达量次之。通过SNP位点不同基因型与个体生长性状的相关性分析,发现TGF-β1上的SNP g.3908 C>A位点与暗纹东方鲀多项生长性状有关,其中CC型是优势基因型,且CC型个体体宽、肥满度较高。研究结果证实TGF-β1基因与暗纹东方鲀生长性状有一定的相关性,可为暗纹东方鲀分子标记辅助育种提供基础资料。

关键词：暗纹东方鲀 TGF-β1 表达特征生长性状 SNP

瓦氏黄颡鱼全基因组微卫星的分布特征及其定位的初步研究

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南方水产科学 2022年第1期18卷 90-98页

作者：彭冶李杰王涛张凯宁先会暨杰尹绍武南京师范大学海洋科学与工程学院/江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心江苏南京210023

文章探究了瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)全基因组微卫星的分布特征及其规律,旨在为相关功能性微卫星分子标记的筛选提供依据。利用MISA (MIcroSAtellite identification tool)软件对其全基因组微卫星进行筛查和分析,并对外显子中... 详细信息

文章探究了瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)全基因组微卫星的分布特征及其规律,旨在为相关功能性微卫星分子标记的筛选提供依据。利用MISA (MIcroSAtellite identification tool)软件对其全基因组微卫星进行筛查和分析,并对外显子中含有微卫星的基因进行了GO (Gene Ontology)注释和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析。在瓦氏黄颡鱼全基因组(约663.53 Mb)中筛查到6种完整型微卫星共417 724个,相对丰度为630个·Mb-1,在全基因组总长度中占比1.48%。其中二碱基重复类型的微卫星个数最多,占微卫星总数的43.36%,其他依次分别是单碱基(39.02%)、四碱基(9.05%)、三碱基(7.34%)、五碱基(1.12%)和六碱基(0.12%)。对筛选得到的完整型微卫星进行初步定位,发现其中10 924个微卫星分布在外显子区,共定位到5 788个基因上。GO分析表明注释到生物过程的基因数量最多,GO富集较为显著的条目为结合活性和细胞大分子代谢过程。KEGG富集表明这些基因共富集到273条通路,其中黄酮与黄酮醇生物合成等通路最为显著(P=0)。联合分析预测瓦氏黄颡鱼定位到外显子上的微卫星和其体内的生物代谢过程密切相关。

关键词：瓦氏黄颡鱼基因组微卫星分布规律

不同品种中华绒螯蟹的生长指标、形态特征和遗传多样性的比较分析

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海洋渔业 2023年

作者：蒋苏邢秀梅许伟鹤祝斐宁先会暨杰张凯尹绍武南京市高淳区青松水产专业合作社江苏省海洋水产研究所南京师范大学海洋科学与工程学院/江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心

随着我国中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）人工选育新品种的不断涌现，有必要全面了解不同品种中华绒螯蟹的生长性能和种质资源现状。本研究以中华绒螯蟹“长江1号”（CJ）、“江海21号”（JH）、“诺亚1号”（NY）和“固城湖1号”（GC... 详细信息

随着我国中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）人工选育新品种的不断涌现，有必要全面了解不同品种中华绒螯蟹的生长性能和种质资源现状。本研究以中华绒螯蟹“长江1号”（CJ）、“江海21号”（JH）、“诺亚1号”（NY）和“固城湖1号”（GCH）为研究对象，通过形态特征测量和微卫星序列分析相结合的方法，对其生长指标、形态特征和遗传多样性进行比较分析。结果表明：（1）从扣蟹至成蟹的5次蜕壳过程中，CJ群体表现出明显的生长优势，雌雄蟹第一次蜕壳后头胸甲圈围均显著高于其他3个群体（P < 0.05）。CJ、NY和GCH群体有多个形态学指标显著高于JH群体（P < 0.05）。体重随蜕壳次数逐步增加，增量间无显著差异，JH（♀）群体的增重率显著优于其他3个群体。雌雄蟹的生长指标具有明显差异，雄蟹有更高的增重率。（2）通过地标点法发现，CJ和NY群体的头胸甲整体形态特征与平均形相比无显著变化。GCH和JH群体头胸甲差异主要集中在内外额齿和背甲底部。（3）利用24对微卫星引物对4个品种中华绒螯蟹进行遗传多样性分析，发现遗传多样性相似且均为高度多态性群体，可见其种质资源较丰富，良种选育效果好；同时聚类分析发现NY和GCH群体的亲缘关系较近。本研究结果可为中华绒螯蟹种质资源鉴定及新品种选育提供一定的参考依据。

关键词：中华绒螯蟹新品种生长指标形态特征遗传多样性

暗纹东方鲀肠上皮细胞体外培养方法的建立及皮质醇对其生理生化的影响

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渔业科学进展 2023年

作者：刘雨曦孙亦如王思进马思思喻伟峰尹绍武王涛南京师范大学海洋科学与工程学院江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心

应激反应对暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)养殖业危害极大，而皮质醇(Cortisol)是判断鱼类应激反应的重要标志物。肠道是鱼体与外界环境接触的媒介，肠道生理状态能反应鱼体的应激水平，但目前肠道在鱼类响应应激反应中的作用不详。本... 详细信息

应激反应对暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)养殖业危害极大，而皮质醇(Cortisol)是判断鱼类应激反应的重要标志物。肠道是鱼体与外界环境接触的媒介，肠道生理状态能反应鱼体的应激水平，但目前肠道在鱼类响应应激反应中的作用不详。本研究以暗纹东方鲀肠上皮细胞为对象，分别采用胰蛋白酶和DMEM培养基、胰蛋白酶和1640培养基、Ⅰ型胶原酶和DMEM培养基、Ⅰ型胶原酶和1640培养基4种方法对其进行原代培养，旨在建立暗纹东方鲀原代肠上皮细胞体外培养方法，并在此基础上探讨皮质醇对暗纹东方鲀肠上皮细胞氧化应激、细胞凋亡和脂代谢的影响。利用CCK-8法检测肠上皮细胞活力，透射电镜观察皮质醇处理后细胞内线粒体的形态结构，荧光定量PCR (qRT-PCR)检测氧化应激相关基因、细胞凋亡相关基因及脂代谢相关基因在肠上皮细胞内的表达模式，Annexin V-FITC/PI法检测细胞凋亡等。结果显示，在4种培养方法中，采用胰蛋白酶消化和DMEM培养基进行培养的肠上皮细胞增殖率最高，贴壁情况最佳；与对照组相比，当皮质醇浓度高于2 000 nmol/L时，肠上皮细胞活力显著下降(P<0.05)；透射电镜显示，所有皮质醇处理组肠上皮细胞内线粒体结构发生改变，线粒体数量增加；随皮质醇处理浓度的升高，肠上皮细胞内氧化应激相关基因(sod、cat和gsh-px)及促凋亡基因(caspase-3、caspase-7、caspase-9、bax和p53)表达量和凋亡指数均显著上升，抗凋亡基因bcl-2表达量显著下降(P<0.05)；脂肪合成相关基因(g6pd、6gpd、pparγ、fas和acc)表达量显著下降，脂肪分解相关基因(hsl、pparα、lpl和cpt-1)表达量显著上升(P<0.05)；TG和TC含量显著下降，NEFA含量显著上升(P<0.05)。结果表明，皮质醇能够促进暗纹东方鲀肠上皮细胞的氧化应激和细胞凋亡，同时促进脂肪的分解并抑制脂肪的合成。本研究以期为暗纹东方鲀抗应激养殖提供一定的参考资料。

关键词：暗纹东方鲀肠上皮细胞皮质醇氧化应激细胞凋亡脂代谢

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中华绒螯蟹新品种种质创制的研究进展

水产科学 2023年第4期42卷 742-746页

作者：邢秀梅沈铭浩李杰宁先会张凯尹绍武南京师范大学海洋科学与工程学院江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心江苏南京210023 南京市高淳区青松水产专业合作社江苏南京211300

中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis),属节肢动物门甲壳纲十足目方蟹科绒螯蟹属,又名河蟹、大闸蟹[1]。中华绒螯蟹因含有矿物质元素、脂肪酸、氨基酸、核苷酸和胆固醇等多类营养物质而深受长江流域居民喜爱,其肌肉中蛋白质品质高且肌苷酸的... 详细信息

中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis),属节肢动物门甲壳纲十足目方蟹科绒螯蟹属,又名河蟹、大闸蟹[1]。中华绒螯蟹因含有矿物质元素、脂肪酸、氨基酸、核苷酸和胆固醇等多类营养物质而深受长江流域居民喜爱,其肌肉中蛋白质品质高且肌苷酸的含量丰富,雄蟹性腺中更是包含25种脂肪酸[2]。近年来,我国中华绒螯蟹的种业保护措施较薄弱,加上无序引种和苗种盲目放流,导致种质混杂和退化,严重制约了该产业的绿色发展[3-4]。国外水产选育多以种业企业为主体,投入大、效果显著;国内则以科研单位为主,这样会造成产业集中度低、良种化水平和覆盖率均较低、苗种质量不稳定等一系列问题[5]。

关键词：中华绒螯蟹育种方法种质创制研究进展

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福寿螺实用养殖技术

暗纹东方鲀TGF-β1基因的克隆、表达特征及生长性状相关SNP位点筛选

2001年

作者：尹绍武许芳

本书详细介绍了福寿螺的生物学特征，分级及多级轮养放养密度，人工繁殖与养殖，食性及饵料，不同生态因子对各级螺生长发育的影响，越冬保种技术，集约化人工养殖及福寿螺的综合利用等。

ISBN: (纸本)750821479X

关键词：养殖福寿螺

来源：汇雅图书（南通市图书馆... 评论

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海洋渔业 2023年

作者：马思思喻伟峰张凯张雯雯唐晓东刘雨曦尹绍武王涛江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心南京师范大学海洋科学与工程学院

为探究暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)TGF-β1基因与其生长性状的关联及作用，本研究采用RACE技术克隆了暗纹东方鲀TGF-β1基因，分析了其基因结构与表达特征，并通过直接PCR扩增法对TGF-β1基因进行多片段比对，在此基础上筛选出与生... 详细信息

为探究暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)TGF-β1基因与其生长性状的关联及作用，本研究采用RACE技术克隆了暗纹东方鲀TGF-β1基因，分析了其基因结构与表达特征，并通过直接PCR扩增法对TGF-β1基因进行多片段比对，在此基础上筛选出与生长性状相关的SNP位点。研究发现TGF-β1基因cDNA全长共2217 bp，包含5’UTR 51 bp，3’UTR 1014 bp，ORF 1152 bp，编码383个氨基酸。氨基酸序列比对分析表明暗纹东方鲀TGF-β1基因与红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)同源性最高(92.82%)。进化树分析表明暗纹东方鲀TGF-β1基因编码氨基酸序列与红鳍东方鲀聚为一支，与鲈形目鱼类亲缘关系最近(68.46%～73.33%)。qRT-PCR检测显示TGF-β1基因在暗纹东方鲀8种不同组织(心脏、肝脏、脑、脾脏、肾脏、肌肉、中肠和鳃)都有表达，其中肾脏表达量最高，心脏和脾脏表达量次之。通过SNP位点不同基因型与个体生长性状的相关性分析，发现TGF-β1上的SNP g. 3908 C＞A位点与暗纹东方鲀多项生长性状有关，其中CC型是优势基因型，且CC型个体体宽、肥满度较高。研究结果证实了TGF-β1基因与暗纹东方鲀生长性状有一定的相关性，有望为暗纹东方鲀分子标记辅助育种提供基础资料。

关键词：暗纹东方鲀 TGF-β1 表达特征生长性状 SNP

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斑点叉尾鮰全基因组微卫星分布特征分析

渔业科学进展 2022年第2期43卷 89-97页

作者：唐荣叶苏孟园杨汶珊徐杰杰王涛尹绍武南京师范大学海洋科学与工程学院江苏省特色水产育种与绿色高效养殖技术工程研究中心江苏南京210023

为了解斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)全基因组中完整型微卫星的分布特征,本研究使用生物信息学软件MISA对其全基因组微卫星进行了搜索并分析。结果显示,在斑点叉尾鮰29条染色体中,筛选到完整型微卫星共510256个,总长度达11036941 bp... 详细信息

为了解斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)全基因组中完整型微卫星的分布特征,本研究使用生物信息学软件MISA对其全基因组微卫星进行了搜索并分析。结果显示,在斑点叉尾鮰29条染色体中,筛选到完整型微卫星共510256个,总长度达11036941 bp。其中,微卫星数量最多的是2号染色体(25284个),其次分别是3号、1号和5号染色体,29号染色体的微卫星数量最少,只有11591个。每条染色体长度与位于其上的微卫星的数量均显著相关(SPSS,r=0.98,P<0.01)。27号染色体的微卫星相对丰度最大(785.03个/Mb),11号染色体的微卫星相对丰度最小(615.89个/Mb)。6种重复拷贝类型的微卫星中,单碱基的数量最多,占总数的45.31%,随后依次是二碱基(38.53%)、三碱基(8.73%)、四碱基(6.93%)、五碱基(0.46%)和六碱基(0.04%)。斑点叉尾鮰全基因组微卫星中,前10种优势重复拷贝类别为A、AC、AG、AT、AAT、AAAT、C、AAC、AAAC和AAG,表现出明显的A、T碱基优势。本研究结果可为进一步研究斑点叉尾鮰全基因组特征提供参考,并为今后进行斑点叉尾鮰分子标记辅助育种及遗传信息评估等工作提供基础资料。

关键词：斑点叉尾鮰全基因组微卫星分布特征

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湖泊河蟹捕捞规律与方法的研究

淡水渔业 2002年第1期32卷 58-60页

作者：尹绍武胡自强湖南师范大学生命科学院 420081