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培养基成份影响水稻花培效率的变量分析和主次因子研究

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作物学报 1990年第2期16卷 123-130页

作者：孙之荣倪丕冲黄卓忠清华大学生物科学与技术系中国农业科学院作物育种栽培研究所

以 N_6培养基为基础,培养基各组份用量的多少对培养率的影响,进行了全面的优化试验。1987年变化了20个组份的因素水平。在对87年试验结果进行变量分析和主次因子研究的基础上,又设计了1988年的试验,继续改变了17个组份的因素水平。连续... 详细信息

以 N_6培养基为基础,培养基各组份用量的多少对培养率的影响,进行了全面的优化试验。1987年变化了20个组份的因素水平。在对87年试验结果进行变量分析和主次因子研究的基础上,又设计了1988年的试验,继续改变了17个组份的因素水平。连续两个周期的试验研究表明,培养基各组份的合适用量,以及它们之间的一定的组合关系可导致花培效率较大幅度提高。对中花9号试验材料,最好的试验培养基其绿苗总诱导率达到57.23%,而且出现了多个培养率很高的培养基配方(最优点群)。

关键词：水稻花药培养基变量分析

The pattern of frequently occurring supersecondary motifs in proteins

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Chinese Science Bulletin 1995年第14期40卷 1201-1206页

作者：孙之荣 Department of Biological Sciences and Biotechnology Tsinghua University Beijing 100084 China

Supersecondary motifs have been analysed in 240 proteins defined at resolutionsof 0.25 nm or better. The supersecondary motifs have been classified into four types:αα,αβ,βαand ββ, and cluster analyses carried out based on the 3D structures of supersecondarymotifs to assess the optimal basis of classification. Using five classes of residueconformation—a, b, e, l, t—in the non-regular structure regions, we have identified 50classes of supersecondary motifs that occur more than 5 times, and 11 classes that occurmore than 25 times. The sequence and pattern of solvent accessibility of the 11 more fre-quently occurring supersecondary structures have been characterized. The results

关键词： protein supersecondary motifs pattern conformation short connecting peptide.

一种基于二代测序辨识短串联重复序列长度变异的新方法及其在人类遗传疾病研究中的应用（英文）

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生物化学与生物物理进展 2016年第8期43卷 768-777页

作者：严章明王瑶刘珂向书念孙之荣清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室北京100084 南昌大学第一附属医院南昌330006 Department of Statistics University of California Berkeley CA 94720 USA

二代测序技术的涌现推动了基因组学研究,特别是在疾病相关的遗传变异研究中发挥了重要作用.虽然大多数遗传变异类型都可以借助于各种二代测序分析工具进行检测,但是仍然存在局限性,比如短串联重复序列的长度变异.许多遗传疾病是由短串... 详细信息

二代测序技术的涌现推动了基因组学研究,特别是在疾病相关的遗传变异研究中发挥了重要作用.虽然大多数遗传变异类型都可以借助于各种二代测序分析工具进行检测,但是仍然存在局限性,比如短串联重复序列的长度变异.许多遗传疾病是由短串联重复序列的长度扩张导致的,尤其是亨廷顿病等多种神经系统疾病.然而,现在几乎没有工具能够利用二代测序检测长度大于测序读长的短串联重复序列变异.为了突破这一限制,我们开发了一个全新的方法,该方法基于双末端二代测序辨识短串联重复序列长度变异,并可估计其扩张长度,将其应用于一项基于全外显子组测序的运动神经元疾病临床研究中,成功地鉴定出致病的短串联重复序列长度扩张.该方法首次原创性地利用测序读长覆盖深度特征来解决短串联重复序列变异检测问题,在人类遗传疾病研究中具有广泛的应用价值,并且对于其他二代测序分析方法的开发具有启发性意义.

关键词：二代测序短串联重复序列长度变异运动神经元疾病

通过系统分析揭示组蛋白修饰模式与转录因子结合之间的关联(英文)

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生物化学与生物物理进展 2013年第2期40卷 177-187页

作者：李雯李文婷曹书娟余文祥李文杰戴俊彪孙之荣清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室生物膜与膜工程国家重点实验室北京100084

转录因子对顺势调控元件的选择性结合,在哺乳动物细胞类型特异的基因表达中扮演重要的角色.这个过程受到染色质表观遗传状态的潜在调控.近期,染色质免疫共沉淀结合测序的研究提供了大量泛基因组水平的数据,阐述转录因子结合以及组蛋白... 详细信息

转录因子对顺势调控元件的选择性结合,在哺乳动物细胞类型特异的基因表达中扮演重要的角色.这个过程受到染色质表观遗传状态的潜在调控.近期,染色质免疫共沉淀结合测序的研究提供了大量泛基因组水平的数据,阐述转录因子结合以及组蛋白修饰的位点,这为系统地研究转录因子和表观遗传标记之间的空间及调控关系提供了基础.该研究对公共数据库中的染色质免疫共沉淀结合测序数据进行整合分析,涉及5个细胞系中的85种转录因子、9种组蛋白修饰,目的是研究转录因子结合位点与组蛋白修饰模式以及基因表达在泛基因组水平上的关联.作者发现,不同转录因子与组蛋白修饰的共定位模式高度一致,并且组蛋白修饰在距离转录因子结合位点约500碱基对的位置富集.作者还发现,转录因子结合位点的占有率与活性组蛋白修饰的水平和双峰模式正相关,并且启动子区域组蛋白修饰的双峰和共定位模式和基因的高转录水平相一致.组蛋白修饰模式、转录因子结合位点的占有率与基因转录之间的关联暗示了细胞可能利用的基因表达调控机制.

关键词：表观遗传组转录因子系统生物学整合方法

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乳酸生产菌的选育及发酵的研究

清华大学学报（自然科学版） 1990年第6期30卷 21-27页

作者：郑佐兴刘祖同孙之荣生物科学与技术系

以分离到的一株德氏乳杆菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｄｅｌｂｒｕｃｋｉｉ）１－１为出发菌株，经紫外线、硫酸二乙酯、亚硝酸钠等诱变剂处理，筛选出一株产乳酸较高的突变株ＺＬ－５１３，乳酸钙产量由５．８％提高至９．４％。... 详细信息

以分离到的一株德氏乳杆菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓｄｅｌｂｒｕｃｋｉｉ）１－１为出发菌株，经紫外线、硫酸二乙酯、亚硝酸钠等诱变剂处理，筛选出一株产乳酸较高的突变株ＺＬ－５１３，乳酸钙产量由５．８％提高至９．４％。以正交试验为基础对发酵培养基进行优化，采用优化后的培养基发酵３ｄ，残糖降至０．１％以下，乳酸钙产量达１５％。比优化前产酸提高６０％，缩短发酵周期１ｄ。以质量分数８％～１５％的玉米粉为原料进行发酵，乳酸钙产量分别为１０％～１８．５％。

关键词：德氏乳杆菌乳酸发酵菌种选育

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蛋白质超家族分子进化研究的一种新方法

科学通报 2000年第21期45卷 2310-2315页

作者：胡胜民王钰贺福初孙之荣清华大学生物科学与技术系生物信息研究所北京100084 军事医学科学院放射医学研究所北京100850

选取丝氨酸蛋白酶超家族作为研究对象, 采用SSAP算法从结构比较的层次上进行蛋白质超家族分子进化的研究. 分析了相同或相似物种中酶结构和功能的演化、鼠类胰蛋白酶突变体结构的聚类关系以及不同抑制剂对牛?-胰蛋白酶天然结构的影响, ... 详细信息

选取丝氨酸蛋白酶超家族作为研究对象, 采用SSAP算法从结构比较的层次上进行蛋白质超家族分子进化的研究. 分析了相同或相似物种中酶结构和功能的演化、鼠类胰蛋白酶突变体结构的聚类关系以及不同抑制剂对牛?-胰蛋白酶天然结构的影响, 探索了结构比较对于蛋白质工程中定点突变改造蛋白质结构与功能以及蛋白质抑制剂设计等方面的指导作用. 基于结构比较的方法是蛋白质分子进化研究的一种新方法.

关键词：丝氨酸蛋白酶超家族结构比较分子进化

基于序列保守性和蛋白质相互作用的真核蛋白质亚细胞定位预测

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生物化学与生物物理进展 2008年第5期35卷 531-535页

作者：张松夏学峰沈金城孙之荣清华大学生物科学与技术系教育部生物信息学重点实验室生物膜和膜生物技术国家重点实验室北京100084

蛋白质的亚细胞定位是进行蛋白质功能研究的重要信息.蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,有效地发挥功能.尝试了将保守序列及蛋白质相互作用数据的编码信息结合传统的氨基酸组成编码... 详细信息

蛋白质的亚细胞定位是进行蛋白质功能研究的重要信息.蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,有效地发挥功能.尝试了将保守序列及蛋白质相互作用数据的编码信息结合传统的氨基酸组成编码,采用支持向量机进行蛋白质亚细胞定位预测,在真核生物中5轮交叉验证精度达到91.8%,得到了显著的提高.

关键词：亚细胞定位氨基酸组成序列保守性蛋白质相互作用支持向量机

p-SAGE：基因集合的参数统计分析方法(英文)

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生物化学与生物物理进展 2009年第11期36卷 1415-1422页

作者：黄波李文婷李雯夏雪峰孙之荣清华大学生物信息与系统生物学研究所生物信息学教育部重点实验室生物膜与膜技术国家重点实验室清华大学生物科学与技术系北京100084

肿瘤的发生与发展通常是由重要的细胞通路表达水平的反常导致的.尽管目前已经有很多工作利用基因表达谱数据以及一些其他的先验知识来寻找那些与肿瘤相关的基因集合,但还是没有一个恰当的基因集合的统计学方法.大多数研究都是直接将单... 详细信息

肿瘤的发生与发展通常是由重要的细胞通路表达水平的反常导致的.尽管目前已经有很多工作利用基因表达谱数据以及一些其他的先验知识来寻找那些与肿瘤相关的基因集合,但还是没有一个恰当的基因集合的统计学方法.大多数研究都是直接将单基因的检验方法直接应用到基因集合上来.提出了基因集合的参数统计分析方法(p-SAGE),这个方法应用到大脑肿瘤的实验中,识别了许多显著的基因集合.一些新发现的基因集合是与信号转导和免疫相关的.这个简便有效的方法可以得出有生物学意义的结果.

关键词：参数统计分析方法基因集合反常基因

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基于基因表达谱的肿瘤分型和特征基因选取

生物物理学报 2002年第4期18卷 413-417页

作者：李泽包雷黄英武孙之荣清华大学生物科学与技术系北京100084

在分析基因表达谱数据特性的基础上,提出了一个将之用于肿瘤分子分型和选取相应亚型特征基因的策略。该策略包括三个步骤: 首先采用一个无监督的基因过滤算法以降低用于分型计算的数据的噪声, 其次提出了一个概率模型对样本中的分类结... 详细信息

在分析基因表达谱数据特性的基础上,提出了一个将之用于肿瘤分子分型和选取相应亚型特征基因的策略。该策略包括三个步骤: 首先采用一个无监督的基因过滤算法以降低用于分型计算的数据的噪声, 其次提出了一个概率模型对样本中的分类结构进行建模,最后基于聚类的结果采用相对熵的方法获得对分类贡献大的基因作为特征基因。应用该策略对两个公开发表的数据集进行了再挖掘,结果表明不但获得了其他方法可以得到的信息,而且还提供了更精细、更具有显著生物学意义的信息,具有明显的优越性。

关键词：基因表达谱聚类特征基因