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基于线粒体COI序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性和遗传结构分析

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淡水渔业 2023年第4期53卷 3-11页

作者：李大命杨子萍刘燕山谷先坤殷稼雯蔡永久唐晟凯张彤晴江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室南京210017 南京师范大学海洋科学与工程学院南京210023 中国科学院南京地理与湖泊研究所湖泊与环境国家重点实验室南京210008

本研究采用线粒体COI序列为分子标记,探究了长江、淮河下游8个湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)群体的遗传多样性和遗传结构。通过PCR和测序技术,获得鲢COI基因序列片段。分析结果显示:COI序列片段长度为630 bp,243条COI序列共检出2... 详细信息

本研究采用线粒体COI序列为分子标记,探究了长江、淮河下游8个湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)群体的遗传多样性和遗传结构。通过PCR和测序技术,获得鲢COI基因序列片段。分析结果显示:COI序列片段长度为630 bp,243条COI序列共检出23个变异位点,定义14种单倍型,平均单倍型多样性(H_(d))和核苷酸多样性(P_(i))分别为0.692和0.00512。8个群体的单倍型多样性为0.508~0.803,核苷酸多样性为0.00241~0.00694,表明鲢群体的遗传多样性有较大差异。分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自于群体内,遗传分化指数(F_(ST))为0.0083,表明群体间没有显著遗传分化。系统发育树和网络结构图显示,单倍型分化为2个分支,但群体没有形成特定的地理遗传结构。中性检验结果和歧点分布曲线表明,鲢群体没有显著偏离中性选择,群体大小保持相对稳定。

关键词：鲢(Hypophthalmichthys molitrix) COI基因遗传多样性遗传结构

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骆马湖秋冬季鱼类资源的空间分布

江苏农业科学 2019年第24期47卷 158-162页

作者：朱滨清唐晟凯李鹏张彤晴张伟李大命刘燕山南京师范大学生命科学学院/江苏省生物多样性与生物技术重点实验室江苏南京210023 江苏省淡水水产研究所/江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏南京210017 江苏省骆马湖渔业管理委员会办公室江苏宿迁223800

2017年对骆马湖秋冬季鱼类资源进行调查,分析鱼类群落组成、优势种、多样性、空间分布等。共监测到54种鱼类,隶属于7目、14科,其中鲤形目占总种数的61.1%,新记录的种类为纹缟鰕虎鱼。4个监测点的鱼类优势种有所差异,共同优势种为鲫、刀... 详细信息

2017年对骆马湖秋冬季鱼类资源进行调查,分析鱼类群落组成、优势种、多样性、空间分布等。共监测到54种鱼类,隶属于7目、14科,其中鲤形目占总种数的61.1%,新记录的种类为纹缟鰕虎鱼。4个监测点的鱼类优势种有所差异,共同优势种为鲫、刀鲚、鲤等。4个监测点的生物多样性指数相比,S1的H′、J′均值均显著高于S2、S3(P0.05),但J′均值差异显著(P<0.05)。整体上看,在4个监测点中,S1的多样性指数最高,其次为S4,S2与S3的多样性指数较低。对4个监测点的鱼类种类组成进行对应分析和聚类分析,结果表明,4个监测点的种类组成具有一定的差异,S2与S3的鱼类群落相似程度最高,S4与S2、S3的鱼类群落组成比较接近,S1的鱼类群落结构与S2、S3、S4差异相对较大。为保护骆马湖鱼类资源,建议优化增殖放流品种结构,保护和修复底质环境,同时须重视外来物种入侵问题。

关键词：骆马湖鱼类资源群落结构空间分布多样性

基于线粒体控制区的江苏湖鲚群体遗传多样性和遗传结构分析

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海洋渔业 2021年第2期43卷 149-159页

作者：李大命唐晟凯刘燕山谷先坤殷稼雯蒋琦辰朱凛李春宁张彤晴潘建林江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室南京210017

为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,... 详细信息

为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(F_(st))为0.06199(P0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。

关键词：湖鲚线粒体控制区遗传多样性遗传结构

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一种用于增殖河蚬的捕捞策略

水产科学 2018年第3期37卷 409-413页

作者：刘燕山张彤晴唐晟凯李大命刘小维王莲莲穆欢黄越峰江苏省淡水水产研究所江苏南京210017 江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏南京210017 中国科学院南京地理与湖泊研究所江苏南京210008 江苏省洪泽湖渔业管理委员会办公室江苏淮安223002

为对河蚬的种质资源进行保护,实现河蚬资源的可持续发展,2013年3月,在洪泽湖选取约666.7hm^2的水域进行河蚬增殖,在增殖区施行捕大留小、区域轮捕的捕捞策略,将增殖区划分为灰色区和白色区,用网目尺寸为12mm的划耙于2014年11月和2016年1... 详细信息

为对河蚬的种质资源进行保护,实现河蚬资源的可持续发展,2013年3月,在洪泽湖选取约666.7hm^2的水域进行河蚬增殖,在增殖区施行捕大留小、区域轮捕的捕捞策略,将增殖区划分为灰色区和白色区,用网目尺寸为12mm的划耙于2014年11月和2016年11月对灰色区域进行捕捞,2015年11月捕捞白色区域,统计其产量和经济效益,同时于2013年11月、2014年11月、2015年11月和2016年11月分别对两个区域河蚬的生物量和生物学参数进行监测。结果显示,2014年11月,2015年11月和2016年11月增殖区的河蚬产量分别达到1027.4、1222.4kg/hm^2和1274.9kg/hm^2,经济效益分别达到25.9、32.4万元和34.2万元;增殖区河蚬的生物量总体呈先增长后趋于平稳的变化趋势,2016年增殖区河蚬生物量最大,为143.9g/m^2,且2015年11月白色区河蚬的生物量显著高于灰色区;捕捞河蚬的壳长和质量的最小值分别为13.97mm和1.29g,且2015年11月河蚬形态学指标和质量均为白色区大于灰色区。分析表明,该捕捞策略既能够达到休渔和保种的目的,又能够调节河蚬的资源量,带来经济效益的同时使河蚬资源健康稳定发展,是一种值得提倡和推广的捕捞策略。

关键词：洪泽湖河蚬捕捞策略产量经济效益生物量生物学参数

基于线粒体Ctyb基因的滆湖3种黄颡鱼遗传多样性分析

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安徽农业科学 2023年第21期51卷 105-108,121页

作者：李大命刘洋刘燕山唐晟凯谷先坤殷稼雯江苏省淡水水产研究所/江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏南京210017 南京师范大学海洋科学与工程学院江苏南京210046

为掌握滆湖3种黄颡鱼野生资源的种质遗传状况,采用线粒体Ctyb基因探索黄颡鱼、光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼的遗传多样性和进化历史动态。通过PCR扩增、测序和序列分析,获得3种黄颡鱼的Ctyb基因全序列,长度均为1 138 bp。3种黄颡鱼Cytb基因... 详细信息

为掌握滆湖3种黄颡鱼野生资源的种质遗传状况,采用线粒体Ctyb基因探索黄颡鱼、光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼的遗传多样性和进化历史动态。通过PCR扩增、测序和序列分析,获得3种黄颡鱼的Ctyb基因全序列,长度均为1 138 bp。3种黄颡鱼Cytb基因的碱基组成具有偏倚性,碱基A+T的含量(55.6%)高于G+C的含量(44.4%)。49尾黄颡鱼的Cytb基因序列有23个多态位点,定义17种单倍型,单倍型多样性为0.903,核苷酸多样性为0.002 40;40尾光泽黄颡鱼的Cytb基因序列有25个多态位点,定义17种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.936和0.004 59;32尾长须黄颡鱼的Cytb基因序列有20个多态位点,定义11种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.829和0.002 25。整体来看,3种黄颡鱼的单倍型多样性较为丰富,但核苷酸多样性较低。黄颡鱼、光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼的种内遗传距离分别为0~0.006、0~0.012和0~0.008。3种黄颡鱼的种间遗传距离为0.078~0.138,长须黄颡鱼与黄颡鱼的亲缘关系较近、与光泽黄颡鱼的亲缘关系较远。Tajima’s D和Fu’s F_s中性检验值均为负值,且核苷酸不配对分布图呈现单峰型,表明3种黄颡鱼经历过明显的种群扩张过程。该研究结果可为滆湖3种黄颡鱼的种质资源保护及开发利用提供参考依据。

关键词：遗传多样性 Cytb基因黄颡鱼光泽黄颡鱼长须黄颡鱼

基于线粒体Cyt b基因的洪泽湖翘嘴鲌群体遗传多样性分析

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水产科技情报 2023年第6期50卷 341-348页

作者：李大命杨子萍刘燕山谷先坤唐晟凯杨家新江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏南京210017 南京师范大学海洋科学与工程学院江苏南京210023

为全面了解洪泽湖翘嘴鲌的种质资源遗传状况,采用Cyt b基因(线粒体细胞色素b基因),分析了洪泽湖6个群体共计210尾翘嘴鲌的遗传多样性及遗传结构。结果显示,Cyt b基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(56.0%)大于G+C的含量(44.0%)。试验... 详细信息

为全面了解洪泽湖翘嘴鲌的种质资源遗传状况,采用Cyt b基因(线粒体细胞色素b基因),分析了洪泽湖6个群体共计210尾翘嘴鲌的遗传多样性及遗传结构。结果显示,Cyt b基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(56.0%)大于G+C的含量(44.0%)。试验共检测到31个变异位点,定义26个单倍型,平均单倍型多样性(H d)和核苷酸多样性(P i)分别为0.735±0.032和0.0019±0.0001;6个群体的单倍型多样性(H d)为(0.618±0.096)~(0.788±0.064),核苷酸多样性(P i)为(0.0015±0.0003)~(0.0021±0.0002);翘嘴鲌的遗传多样性属于高H d低P i类型,暗示其遗传多样性较低。分子方差分析显示,遗传差异主要来源于群体内部,群体间的遗传分化指数F st为-0.0177~0.0182,P>0.05,表明群体间没有显著的遗传分化。单倍型邻接关系树和单倍型网络结构图显示,所有单倍型聚为1个分支,6个群体未形成特定的地理遗传结构。Tajima’s D和Fu’s F s中性检验均为负值,且具有显著性差异,核苷酸错配分布曲线呈现明显的单峰分布,均表明翘嘴鲌在历史上经历了显著的群体扩张事件。研究结果表明,洪泽湖翘嘴鲌6个群体间没有显著的遗传分化,应作为1个整体进行管理和保护。洪泽湖翘嘴鲌资源遗传多样性较低,需要采取措施增加翘嘴鲌种群数量,提高其遗传多样性。

关键词：洪泽湖翘嘴鲌 Cyt b基因遗传多样性群体历史动态

长江南京段渔业资源监测与分析(2010-2012年)

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水产养殖 2015年第1期36卷 18-22页

作者：刘小维唐晟凯张彤晴刘丽平丁玉江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏省淡水水产研究所江苏南京210017

2010年至2012年对长江南京段的渔业资源进行了调查,分析了鱼类资源和饵料生物的状况。共监测到鱼类43种,优势种组成稍有变动,鲫、鲤等经济鱼类的数量与生物量有所增长,在渔获物中的优势地位明显提高。鱼类群落中物种间个体均匀分布的程... 详细信息

2010年至2012年对长江南京段的渔业资源进行了调查,分析了鱼类资源和饵料生物的状况。共监测到鱼类43种,优势种组成稍有变动,鲫、鲤等经济鱼类的数量与生物量有所增长,在渔获物中的优势地位明显提高。鱼类群落中物种间个体均匀分布的程度无显著变化,群落多样性稍有增长,丰富度指数略提高。浮游生物资源总体保持稳定,但底栖动物的生物量、密度均较低。

关键词：长江南京段渔业资源多样性

基于Cyt b基因的江苏省湖泊鳙群体遗传多样性和遗传结构研究

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水产养殖 2024年第6期45卷 11-16页

作者：李大命刘燕山唐晟凯谷先坤殷稼雯朱凛江苏省淡水水产研究所江苏省内陆水域渔业资源重点实验室江苏南京210017

为了解江苏省湖泊鳙群体遗传资源现状,科学地开展鳙增殖放流,采用线粒体Cyt b基因,分析了6个湖泊群体、223个个体的遗传多样性和遗传结构。结果表明,223条Cyt b序列共有10个变异位点,定义9个单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)... 详细信息

为了解江苏省湖泊鳙群体遗传资源现状,科学地开展鳙增殖放流,采用线粒体Cyt b基因,分析了6个湖泊群体、223个个体的遗传多样性和遗传结构。结果表明,223条Cyt b序列共有10个变异位点,定义9个单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为(0.725±0.017)和(0.00191±0.00080),整个鳙群体呈现出高Hd和低Pi的遗传多样性模式。6个群体的单倍型多样性为(0.625±0.077)~(0.771±0.032),核苷酸多样性为(0.00159±0.00027)~(0.00221±0.00011)。分子方差分析结果显示,遗传变异主要来源于群体内部(97.17%),总遗传分化系数(Fst)为0.0283。群体间Fst为-0.0258~0.0907,遗传距离为0.0016~0.0022,表明6个群体间遗传分化水平较低。中性检验结果和错配分布分析表明,鳙群体保持稳定,未经历群体扩张。指出,鳙群体遗传多样性较低,遗传结构趋于同质化,需要采取措施,提高湖泊鳙群体遗传多样性。

关键词：鳙 Cyt b基因遗传多样性遗传结构增殖放流江苏省湖泊

红色物种海丰沙塘鳢地理分布及其线粒体基因组研究

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红色物种海丰沙塘鳢地理分布及其线粒体基因组研究