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基于微阵列数据构建基因调控网络

遗传 2007年第12期29卷 1434-1442页

作者：刘万霖李栋朱云平贺福初蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心北京放射医学研究所北京100850

随着微阵列数据的快速增长,微阵列基因表达数据日益成为生物信息学研究的重要数据源。利用微阵列基因表达数据构建基因调控网络也成为一个研究热点。通过构建基因调控网络,可以解读复杂的调控关系,发现细胞内的调控模式,并进而在系统尺... 详细信息

随着微阵列数据的快速增长,微阵列基因表达数据日益成为生物信息学研究的重要数据源。利用微阵列基因表达数据构建基因调控网络也成为一个研究热点。通过构建基因调控网络,可以解读复杂的调控关系,发现细胞内的调控模式,并进而在系统尺度上理解生物学进程。近年来,人们引入了多种算法来利用基因芯片数据构建基因调控网络。文章回顾了这些算法的发展历史,尤其是其在理论和方法上的改进,给出了一些相关的软件平台,并预测了该领域可能的发展趋势。

关键词：微阵列时间序列基因调控网络贝叶斯网络布尔网络

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小鼠肝脏蛋白质组数据门户

生物工程学报 2019年第9期35卷 1715-1722页

作者：刘洋冯晋文刘万霖秦钧丁琛贺福初复旦大学生物医学研究院上海200032 复旦大学生命科学学院上海200438 国家蛋白质科学中心·北京北京102206

肝脏是哺乳动物体内的代谢中枢,系统性研究肝脏蛋白质组在不同的生理和病理状态下的表达情况有助于我们理解肝脏的功能机理。随着高精度质谱技术的不断发展,众多小鼠肝脏生理病理研究产生了大量蛋白质组学数据。文中系统性整理了834例... 详细信息

肝脏是哺乳动物体内的代谢中枢,系统性研究肝脏蛋白质组在不同的生理和病理状态下的表达情况有助于我们理解肝脏的功能机理。随着高精度质谱技术的不断发展,众多小鼠肝脏生理病理研究产生了大量蛋白质组学数据。文中系统性整理了834例小鼠肝脏的蛋白质组学实验,建立了小鼠肝脏蛋白质组数据门户(Mouse Liver Portal,http://***),该门户中包含了肝脏在不同生理和病理状态下的蛋白质组学数据,如不同性别、年龄、昼夜节律、细胞类型和不同时间阶段的部分肝切除、非酒精性脂肪肝等状态。该门户能够提供肝脏在不同状态下蛋白的表达变化情况、差异显著的蛋白质和它们参与的生物学过程以及潜在的信号转导和调控网络。作为目前最全面的小鼠肝脏蛋白质组数据门户,该数据库能够给肝脏生物学研究提供重要的资源和参考。

关键词：肝脏蛋白质组学数据库

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石竹丰产技术

广西热带农业 2006年第2期 23-24页

作者：刘万霖福建省尤溪县台溪林业站 365100

石竹,刚竹属(Phyllostachys *** Zucc).是当地农民普遍熟悉和喜爱的笋材两用竹种.在尤溪县台溪、溪尾、中仙、洋中、汤川等乡(镇)均有大量分布,是山区很有发展前途的一个竹种.该竹出笋期位于毛竹等竹笋的淡季(4月中旬～6月中或下旬),竹... 详细信息

石竹,刚竹属(Phyllostachys *** Zucc).是当地农民普遍熟悉和喜爱的笋材两用竹种.在尤溪县台溪、溪尾、中仙、洋中、汤川等乡(镇)均有大量分布,是山区很有发展前途的一个竹种.该竹出笋期位于毛竹等竹笋的淡季(4月中旬～6月中或下旬),竹笋脆嫩、清甜,品质优良;竹材杆壁厚,是搭架及加工利用的好材料.长期以来,石竹处于野生状态,只取不予,只收不管.近年来,有些乡(镇)虽有开发石竹生产,但由于管理措施不当,竹林结构不合理,产量不高,经济效益低下.因此,对石竹林进行改造并建立石竹丰产基地,提高经济、生态和社会效益具有一定意义.现对这几年石竹林试验示范情况和丰产技术总结如下.

关键词：丰产技术石竹竹林结构经济效益笋材两用品质优良加工利用社会效益技术总结试验示范

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毛竹林笋期管护技术

广西热带农业 2006年第3期 17-19页

作者：刘万霖福建省尤溪县林业局台溪林业站 365000

毛竹林,竹连鞭,鞭生笋,笋成竹,竹养鞭,循环增殖,不断发展.毛竹地下茎(竹鞭)先端的幼嫩部分和鞭节上膨大的芽称之为笋.毛竹笋按其着生部位,生长时期和生长方式可分为鞭笋、冬笋、春笋、大年笋和小年笋.鞭笋是竹鞭在春、夏、秋季横向生长... 详细信息

毛竹林,竹连鞭,鞭生笋,笋成竹,竹养鞭,循环增殖,不断发展.毛竹地下茎(竹鞭)先端的幼嫩部分和鞭节上膨大的芽称之为笋.毛竹笋按其着生部位,生长时期和生长方式可分为鞭笋、冬笋、春笋、大年笋和小年笋.鞭笋是竹鞭在春、夏、秋季横向生长的先端幼嫩部分.冬笋是竹鞭节上的芽,从夏末秋初开始膨大生长至冬季逐渐肥大,因冬季气温低在地下缓慢生长的笋称之冬笋.春笋是冬笋在春季气温回升,生长加速突出地面,在地上生长的笋.毛竹林大量发笋长竹的当年称大年笋,反之为小年笋.笋是新竹新鞭和实现毛竹林新老更替的基础,是维持毛竹林'青山常在,永续利用'之关键,搞好笋期管护和合理挖笋是毛竹生产的关键技术.

关键词：管护技术毛竹林笋期生长方式膨大生长冬季气温着生部位生长时期夏末秋初春季气温

三束延时飞秒激光在4H-SiC表面调控制备亚波长纳米结构

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光学学报 2024年

作者：和万霖秦彦军西安石油大学理学院新疆理工学院理学院

亚波长尺度纳米结构的飞秒激光制备是现代光子学的前沿研究领域之一，在多个领域具有广泛的应用前景。利用三束飞秒激光直写加工技术，对4H-SiC材料表面亚波长周期结构特性及产生机理进行了研究。通过控制三束入射激光偏振方向和延迟时... 详细信息

亚波长尺度纳米结构的飞秒激光制备是现代光子学的前沿研究领域之一，在多个领域具有广泛的应用前景。利用三束飞秒激光直写加工技术，对4H-SiC材料表面亚波长周期结构特性及产生机理进行了研究。通过控制三束入射激光偏振方向和延迟时间在样品表面诱导产生了不同尺度和不同维度亚波长纳米结构。实验结果表明，通过调节入射激光脉冲数目和延迟时间可以实现诱导的纳米结构空间周期由高空间频率向低空间频率的转变。同时，通过控制三束入射激光之间的偏振方向，在样品表面诱导产生了二维低空间频率纳米方块结构和菱形结构。理论分析认为，在激光辐照材料表面的过程中瞬态温度光栅（或瞬态折射率光栅）扮演着重要角色，瞬态温度光栅的演化及其后续能量弛豫过程最终重塑了永久性的纳米结构；同时，激光辐照样品引起的粗糙度，则进一步促进了瞬态温度光栅的激发和永久性纳米结构的形成。研究结果对激光诱导表面周期结构的可控制备及形成机理研究具有重要意义。

关键词：激光光学飞秒激光表面周期结构表面等离激元(SPP) 瞬态温度光栅

6H-SiC表面亚波长周期结构的飞秒激光制备及机理研究

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同方期刊数据库

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中国激光 2024年

作者：和万霖秦彦军西安石油大学理学院新疆理工学院理学院

飞秒激光在材料表面诱导产生亚波长周期性表面结构不仅可以改变材料表面的物化性质，而且具有加工速度快、无需使用光刻等昂贵的设备等优点，在多个领域具有广泛的应用前景。利用飞秒激光直写微加工技术，对6H-SiC材料表面亚波长周期结... 详细信息

飞秒激光在材料表面诱导产生亚波长周期性表面结构不仅可以改变材料表面的物化性质，而且具有加工速度快、无需使用光刻等昂贵的设备等优点，在多个领域具有广泛的应用前景。利用飞秒激光直写微加工技术，对6H-SiC材料表面亚波长周期结构特性及产生机理进行了研究。通过控制入射激光功率在样品表面诱导产生了亚波长尺度高频率条纹结构。对实验结果的研究分析表明，亚波长周期条纹结构的形成与入射激光功率大小存在强烈依赖关系；在两种不同偏振情况下，飞秒激光在样品表面诱导形成的亚波长表面条纹结构具有可重复擦写特性。初步讨论了半导体材料表面亚波长周期性结构形成的物理机制，热熔效应与表面等离激元决定了激光诱导表面微结构的形貌和烧蚀特性，研究结果对激光诱导表面周期结构的可控制备及形成机理研究具有重要意义。

关键词：激光光学激光微加工表面周期结构表面等离激元(SPP) 飞秒激光

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一种新的度量生物复杂网络模块性的方法

计算机工程与科学 2010年第8期32卷 112-116,148页

作者：刘齐军王正华郭昊孙汉昌刘万霖朱云平并行与分布处理国家重点实验室湖南长沙410073 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206 国防科学技术大学机电工程与自动化学院自动控制系湖南长沙410073

在生命科学领域,生物网络的概念也被大量引入,用以系统地表示复杂的生物过程。模块性是很多复杂网络都具有的特征,因此生物网络模块性的研究成为系统生物学一个重要的研究方向。为了更加深入地了解生物系统的组成和机理,本文提出了一种... 详细信息

在生命科学领域,生物网络的概念也被大量引入,用以系统地表示复杂的生物过程。模块性是很多复杂网络都具有的特征,因此生物网络模块性的研究成为系统生物学一个重要的研究方向。为了更加深入地了解生物系统的组成和机理,本文提出了一种度量网络模块性的新方法,并将该序列指标应用于酵母转录因子调控网络和多个物种的代谢网络,结果发现酵母转录因子调控网络并不具有模块性而代谢网络具有显著的模块性。在应用中,代谢网络的功能模块度与平均聚类系数的相关性还说明我们的指标比平均聚类系数更适合刻画网络的功能模块性。另外,该指标的提出使得各种不同物种网络模块性的比较或者各种不同模块划分(或识别)方法的评价成为可能。

关键词：复杂网络生物网络模块性内聚性耦合性

一种基于基因表达模型识别酵母细胞周期条件特异调控子网的方法(英文)

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生物化学与生物物理进展 2010年第4期37卷 402-415页

作者：刘齐军王正华刘万霖李栋贺福初朱云平国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室长沙410073 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京102206 复旦大学生物医学科学研究所上海200032

由高通量微阵列技术产生的数据集可以用于解释生物系统基因调控的未知机制.生物过程是动态的,所以很有必要关注某些条件下特异的基因调控子网络.细胞周期是一个基本的细胞过程,识别酵母的细胞周期特异调控子网是理解细胞周期过程的基础... 详细信息

由高通量微阵列技术产生的数据集可以用于解释生物系统基因调控的未知机制.生物过程是动态的,所以很有必要关注某些条件下特异的基因调控子网络.细胞周期是一个基本的细胞过程,识别酵母的细胞周期特异调控子网是理解细胞周期过程的基础,并且有助于揭示其他细胞条件的基因调控机理.使用一个基因表达微分方程模型(GEDEM),从静态网络中识别了动态的细胞周期相关调控关系.与已经报道的细胞周期相关调控相互作用相比,该方法识别了更多的真实存在的条件特异调控关系,取得了比当前的方法更好的性能.在大数据集上,GEDEM 识别了具有高敏感性和特异性的调控子网.组合调控的深入分析显示,条件特异调控子网的转录因子之间的相关性呈现出比静态网络中转录因子相关性更强,这说明条件特异网络比静态网络更加接近真实情况.另外,GEDEM 方法还识别更多潜在的共调控转录因子.

关键词：基因调控网络细胞周期基因表达模型条件特异子网微分方程模型

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时空信息的基本内涵与赋能机理

地理学报 2024年第5期79卷 1099-1114页

作者：刘万增陈军国家基础地理信息中心北京100830 自然资源部时空信息与智能服务重点实验室北京100830

时空信息赋能是充分释放和放大时空信息作为生产要素的价值,助力经济社会各领域的高质量发展的时代需求。当前时空信息赋能的基础研究还相对薄弱,应用即赋能的观点占主导地位,缺乏对时空信息赋能机理的深层次认知和探究,导致时空信息的... 详细信息

时空信息赋能是充分释放和放大时空信息作为生产要素的价值,助力经济社会各领域的高质量发展的时代需求。当前时空信息赋能的基础研究还相对薄弱,应用即赋能的观点占主导地位,缺乏对时空信息赋能机理的深层次认知和探究,导致时空信息的内涵与外延不清,时空信息赋能的内在机理不明,制约着其科学高效赋能,亟需厘清其基本内涵、赋能机理与赋能模式等。本文针对时空信息赋能问题,梳理了时空信息的基本概念、丰富内涵和基本特征;指出熵是时空信息赋能的物理基础,熵减是时空信息赋能的内生动力;时空信息赋能的本质是以时空信息为载体,以负熵流转为动能,以不确定性转化为特征,通过人、机、物(环境)相互影响、相互作用,实现系统结构优化、效能提升的过程;并提出了时空信息作为自在信息直接赋能、作为自为信息间接赋能、转为时空知识倍增赋能3种模式;最后,探讨了时空信息赋能自然资源高质量发展的路径。

关键词：时空信息高质量发展赋能机理信息熵国土空间