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纳米孔基因测序技术在DNA甲基化修饰检测中的应用研究进展

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基因组学与应用生物学 2022年第4期41卷 927-934页

作者：谢水莲袁丰华李梦婷万绍贵赣南医学院基础医学院分子病理中心赣州341000

DNA甲基化是最常见的表观遗传修饰类型之一,其中哺乳动物基因组中最常见的5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)甲基化修饰参与了许多重要的生命活动,其含量的异常与疾病,尤其是癌症的发生发展密切相关。当前检测5mC修饰最常用的方法是... 详细信息

DNA甲基化是最常见的表观遗传修饰类型之一,其中哺乳动物基因组中最常见的5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)甲基化修饰参与了许多重要的生命活动,其含量的异常与疾病,尤其是癌症的发生发展密切相关。当前检测5mC修饰最常用的方法是基于亚硫酸氢盐转化的第二代基因测序技术,该方法虽然转化效率高且测定准确,但仍然存在不足之处,包括DNA分子降解、处理过程繁杂、测序读长较短、检测特异性不高等。近些年发展起来的纳米孔基因测序技术凭借其能对DNA修饰直接进行检测,且具有读长长、通量高、速度快等特点,在DNA表观遗传修饰检测方面展现了良好优势。本文对DNA的5mC修饰的形成及其经典的检测方法进行了简要介绍,并重点介绍了纳米孔基因测序技术在DNA的5mC修饰检测中的应用研究进展。

关键词：纳米孔基因测序技术 DNA甲基化 5-甲基胞嘧啶

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游离核酸在肿瘤液体活检中的应用及临床意义

肿瘤 2016年第11期36卷 1260-1265页

作者：陈楠鲍登克万绍贵河南大学药学院河南开封475000

随着分子生物学技术的不断发展,以检测游离核酸作为无创分子诊断标志物的液体活检技术得以实现,且日益受到关注。与传统分子诊断技术相比,液体活检技术主要以游离核酸为检测对象,具有更全面地反映肿瘤特性、克服肿瘤异质性难题以及可以... 详细信息

随着分子生物学技术的不断发展,以检测游离核酸作为无创分子诊断标志物的液体活检技术得以实现,且日益受到关注。与传统分子诊断技术相比,液体活检技术主要以游离核酸为检测对象,具有更全面地反映肿瘤特性、克服肿瘤异质性难题以及可以非侵入性多次取样等优点,既可以减轻患者痛苦,也提高了对肿瘤特性及其负荷评估的准确性。游离核酸无创分子标志物的研究在肿瘤早期诊断、治疗监测和预后评价等方面具有重要的临床意义。本文对游离核酸作为肿瘤液体活检标志物的临床意义及其初步应用的研究进展进行综述。

关键词：肿瘤循环游离核酸循环游离DNA 循环游离RNA 液体活检

eccDNA的高通量基因测序技术检测方法及其作为生物标志物的临床意义

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赣南医学院学报 2022年第4期42卷 338-341,370页

作者：李梦婷万绍贵赣南医学院赣南医学院基础医学院分子病理中心江西赣州341000

染色体外环状DNA(extrachromosomal circular DNA,eccDNA)广泛存在真核生物中,现已证实eccDNA与癌症的发生发展密切相关。电子显微镜等传统检测方法,证实了eccDNA的存在,而基于高通量基因测序技术检测eccDNA分子,不仅丰富了eccDNA的检... 详细信息

染色体外环状DNA(extrachromosomal circular DNA,eccDNA)广泛存在真核生物中,现已证实eccDNA与癌症的发生发展密切相关。电子显微镜等传统检测方法,证实了eccDNA的存在,而基于高通量基因测序技术检测eccDNA分子,不仅丰富了eccDNA的检测手段,且阐明了eccDNA的部分生物学功能和其作为生物标志物的潜在意义。本文就高通量基因测序技术在eccDNA中的应用及其作为生物标志物的临床意义进行简要阐述,并总结目前高通量基因测序技术检测eccDNA的优缺点及已知作为生物标志物的eccDNA分子特征。有望基于高通量基因测序技术进一步挖掘eccDNA未知的生物学功能及不同疾病对外周血eccDNA分子特征的影响。

关键词：染色体外环状DNA 高通量基因测序技术生物标志物

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线粒体损伤相关模式分子与宿主免疫调节

中国生物化学与分子生物学报 2017年第1期33卷 38-43页

作者：赵静万绍贵鲍登克河南大学药学院河南开封475000

线粒体是真核细胞至关重要的细胞器,参与机体细胞能量代谢和细胞凋亡等多种生物学过程。线粒体还参与机体的天然免疫反应的调节。线粒体不仅可以作为病毒免疫反应的载体,还可以通过产生ROS参与抗菌反应。线粒体受到损伤、刺激后,可释放m... 详细信息

线粒体是真核细胞至关重要的细胞器,参与机体细胞能量代谢和细胞凋亡等多种生物学过程。线粒体还参与机体的天然免疫反应的调节。线粒体不仅可以作为病毒免疫反应的载体,还可以通过产生ROS参与抗菌反应。线粒体受到损伤、刺激后,可释放mt DNA,TFAM,ROS,ATP,心磷脂和甲酰肽等内容物。这些分子可以作为损伤相关模式分子(damage-associated molecular patterns,DAMPs)被模式识别受体识别,从而参与宿主的免疫调节。研究表明,线粒体已成为内源性DAMPs的重要来源,在先天性免疫应答以及疾病进展过程中发挥着重要的作用。本文就线粒体来源的损伤相关模式分子在机体免疫调节中的作用进行综述。

关键词：线粒体损伤相关模式分子免疫调节

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电动汽车火灾事故分析及防控对策探究

消防科学与技术 2024年第7期43卷 1037-1042页

作者：万绍杰广西壮族自治区消防救援总队广西南宁530200

通过对电动汽车火灾事故进行统计分析,阐释了电动汽车火灾事故的发生机理,基于引发火灾事故的电池内部短路、电池外部短路、电池过充电或过放电3大因素,结合其蔓延快、危险大、灭火难、易复燃的特点,从电动汽车的生产、销售、使用、维... 详细信息

通过对电动汽车火灾事故进行统计分析,阐释了电动汽车火灾事故的发生机理,基于引发火灾事故的电池内部短路、电池外部短路、电池过充电或过放电3大因素,结合其蔓延快、危险大、灭火难、易复燃的特点,从电动汽车的生产、销售、使用、维护、回收5个环节提出了相应的防控措施,以期为电动汽车的安全防控与消防救援提供参考。

关键词：电动汽车火灾事故火灾原因起火机理防控对策

基于Cas9靶向富集的纳米孔高通量基因测序技术的应用进展

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赣南医学院学报 2022年第4期42卷 342-347页

作者：杨影谢水莲万绍贵冷小敏赣南医学院赣南医学院基础医学院赣南医学院基础医学院分子病理中心江西赣州341000

高通量测序已逐渐成为医学与生命科学领域的一种重要技术方法,但全基因组序列分析的复杂性和测序的高成本仍是目前高通量测序的障碍。靶向测序是一种捕获基因组特定区域DNA并进行高深度测序的方法,它在遗传性疾病、癌症测序和精准医学... 详细信息

高通量测序已逐渐成为医学与生命科学领域的一种重要技术方法,但全基因组序列分析的复杂性和测序的高成本仍是目前高通量测序的障碍。靶向测序是一种捕获基因组特定区域DNA并进行高深度测序的方法,它在遗传性疾病、癌症测序和精准医学等方面具有广泛应用。目前常见的靶向富集方法主要有杂交捕获法和多重PCR扩增法。杂交捕获法过程繁琐、成本昂贵,PCR扩增法容易受扩增效率影响导致靶序列文库丰度不均匀,且会丢失DNA序列的表观修饰信息。近年来,基于纳米孔测序平台开发了CRISPR/Cas9靶向富集高通量测序方法(nCATs),可在无需PCR扩增的条件直接对感兴趣的基因位置进行靶向测序。该方法具有直接识别碱基修饰、读长长、实时检测、速度快等优势,在基因结构性变异、突变检测和基因的甲基化修饰检测等方面展现了良好应用前景。尤其是在融合基因的检测方面,该技术通过结合生物信息学的分析工具可检测新的融合基因和断裂位点,在临床诊疗方面具有重要的指导意义。本文将对CRISPR/Cas9靶向富集纳米孔基因测序技术的基本原理和上述应用场景进行综述,并重点阐述该技术在融合基因检测方面的最新进展。

关键词： CRISPR/Cas9靶向富集高通量测序方法靶向测序融合基因纳米孔测序

猪繁殖与呼吸综合征病毒核衣壳蛋白基因的克隆与原核表达研究

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中国病毒学 2003年第2期18卷 146-151页

作者：邱德新陈焕春万绍贵华中农业大学畜牧兽医学院湖北武汉430070

采用RT-PCR方法自猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组分离出核衣壳蛋白基因(orf 7),克隆到pMD18-T载体构建成重组质粒pMD18N并进行测序比较,结果表明,所克隆的核衣壳蛋白基因序列与PRRSV美洲型ATCC VR-2332株的同源性为100%,表明orf 7 是PRRS... 详细信息

采用RT-PCR方法自猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组分离出核衣壳蛋白基因(orf 7),克隆到pMD18-T载体构建成重组质粒pMD18N并进行测序比较,结果表明,所克隆的核衣壳蛋白基因序列与PRRSV美洲型ATCC VR-2332株的同源性为100%,表明orf 7 是PRRSV基因组内很保守的序列;将orf 7亚克隆到原核表达载体pGEX-KG,构建成重组质粒pGEX-KGN,用pGEX-KGN转化表达菌株BL21,经SDS-PAGE和 Western-blot分析表明:克隆在谷胱苷肽转移酶(Glutathione S-transferase(GST)下游的核衣壳蛋白基因与GST获得了高效融合表达,表达的融合蛋白GST-N分子量约为41kDa,并且有免疫学反应活性;这为猪繁殖与呼吸综合征的血清学诊断方法的建立打下了基础。

关键词：猪繁殖呼吸综合征病毒核衣壳蛋白基因克隆原核表达血清学诊断

染色体碎裂化在肿瘤中的作用及其检测技术研究进展

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赣南医学院学报 2022年第4期42卷 331-337页

作者：李颖罗娟娟徐天菡万绍贵赣南医学院基础医学院赣南医学院基础医学院分子病理中心江西赣州341000

染色体碎裂化是指在一次细胞灾难性事件当中,染色体片段被全部打碎,然后这些片段以另一种顺序重组。经过染色体碎裂化的细胞一般会死亡,仅极少数细胞幸存下来,可能是由于大规模基因组重排让细胞有转化为癌细胞的趋势。染色体碎裂化导致... 详细信息

染色体碎裂化是指在一次细胞灾难性事件当中,染色体片段被全部打碎,然后这些片段以另一种顺序重组。经过染色体碎裂化的细胞一般会死亡,仅极少数细胞幸存下来,可能是由于大规模基因组重排让细胞有转化为癌细胞的趋势。染色体碎裂化导致的后果包括癌基因的扩增、抑癌基因的丢失以及融合基因的形成等。在染色体碎裂化的过程中,那些未参与重组的碎裂片段,一些会丢失,另一些则作为染色体外DNA(Extrachromosomal DNA,ecDNA)持续存在。这些ecDNA中的一些促进了癌细胞的生长,并能形成微小尺寸染色体,称为双微体。目前染色体碎裂化检测技术可分为常规检测技术与高通量基因测序检测技术。常规检测技术有荧光原位杂交、外周淋巴细胞核型分析和染色体微阵列技术,高通量基因测序检测技术有下一代测序技术以及长读长基因测序技术。在分析染色体碎裂化技术上,长读长基因测序技术具有更大的优势,它不仅可准确检测出染色体碎裂的断点位置,还可对破碎的片段进行定向识别与排序,检测出复杂重排位点,弥补短读长基因测序和常规检测技术上的缺陷。本文主要对染色体碎裂化在促进肿瘤进展和耐药中的作用以及当前相关检测技术的优缺点进行综述。

关键词：染色体碎裂化染色体外DNA 肿瘤进展肿瘤耐药长读长基因测序技术

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数字PCR及其在现代医学分子诊断中的应用

中国生物化学与分子生物学报 2017年第9期33卷 861-866页

作者：胡思宏鲍登克万绍贵河南大学肿瘤标志物与液体活检实验室河南开封475000

数字PCR(digital PCR,d PCR)技术被认为是精确定量核酸分子的全新技术手段,因为具有较高的灵敏度和特异性等特点而得到迅速发展。数字PCR在临床上的多个领域展现出良好的应用前景,比如肿瘤液体活检、器官移植物损伤评估、无创产前筛查... 详细信息

数字PCR(digital PCR,d PCR)技术被认为是精确定量核酸分子的全新技术手段,因为具有较高的灵敏度和特异性等特点而得到迅速发展。数字PCR在临床上的多个领域展现出良好的应用前景,比如肿瘤液体活检、器官移植物损伤评估、无创产前筛查、病原微生物分子诊断以及二代测序文库质控和结果验证等。本文就数字PCR在上述领域中的应用研究及其进展进行综述。

关键词：数字PCR 液体活检器官移植无创产前筛查病原微生物分子诊断二代测序