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玉米体细胞胚胎发生的转录组分析及相关基因克隆

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玉米体细胞胚胎发生的转录组分析及相关基因克隆

作者：丁美琪吉林大学

学位级别：硕士

随着对玉米需求量和品质要求的不断提升,快速有效地创制优良玉米新种质已经成为玉米分子育种的重要任务。植物组织培养与基因工程技术在转基因育种中的应用有效地促进了植物分子育种的发展。然而,植物组织再生培养有着明显的基因型依赖... 详细信息

随着对玉米需求量和品质要求的不断提升,快速有效地创制优良玉米新种质已经成为玉米分子育种的重要任务。植物组织培养与基因工程技术在转基因育种中的应用有效地促进了植物分子育种的发展。然而,植物组织再生培养有着明显的基因型依赖性特征,这也限制了玉米转基因育种的快速发展。本实验室从200份玉米骨干自交系中筛选出遗传转化效率高的玉米自交系Y423,Y423有着高体胚诱导率特征,在没有外源激素的分化培养基中能够同时分化出根和芽,形成完整的植株,且移栽成活率高。为了探究玉米体胚发生过程中的细胞内源激素代谢调控以及复杂分子调控机制,本研究进行了体细胞胚胎发生的转录组分析及相关基因的克隆,为今后的玉米遗传转化及分子育种奠定理论基础。激素是体胚诱导过程中重要的调节因子。外源激素的施加会引起内源激素代谢水平的变化,从而诱导体细胞获得胚性能力,形成体胚。实验采用生物素双抗体夹心酶联免疫吸附法(ELISA)对内源IAA、ABA以及CTK在体胚发生过程中的浓度水平进行测定。结果表明在外源激素2,4-D的刺激下,细胞内激素水平发生显著变化,而各种激素间的相互平衡使得细胞脱分化最终形成体细胞胚胎。为了解玉米体细胞胚胎发生的分子机制,实验利用RNA-seq技术对来自玉米自交系Y423的幼胚(IE)、胚性愈伤组织(EC)、体细胞胚胎(SE)进行转录组分析。两个差异表达数据库(IE-vs-EC、IE-vs-SE)中的差异表达基因(DEGs)分别为3844和7449个。比较胚性愈伤组织与体胚的基因表达水平时,发现了260个DEGs显著差异表达。通过层次聚类算法分析,将筛选后的6888个DEGs的基因聚类到8个表达模式组中。分析发现,体胚发生相关的一些基因主要聚类到E或F组中,这些基因在体胚诱导过程中大多呈现出上调表达。Gene Ontology(GO)注释与KEGG pathway分析表明,E和F组中的DEGs大多与激素信号转导、胁迫响应以及代谢有关。在差异表达的转录因子中,主要的一些转录因子家族与胁迫响应有关,参与了细胞分化、胚胎发生及胚胎成熟。一些激素生物合成、激素极性运输、信号转导、代谢相关基因参与了玉米体胚发生分子调控。利用q RT-PCR对9个候选基因在玉米体胚发生过程中的表达模式进行分析,结果表明这9个基因可能在玉米体胚发生过程中起到重要的正调控作用。利用RT-PCR技术成功克隆了5个体细胞胚胎发生相关的候选基因并构建了植物表达载体,分别为:Pro35S:BAK1:GFP、Pro35S:Zm LBD17:GFP、Pro35S:Zm MADS11:GFP、Pro35S:RTCS1:GFP和Pro35S:Zm LBD24:GFP。对这5个基因进行生物信息学与功能分析,推测这几个候选基因可能参与调控体胚发生。5个表达载体均通过农杆菌介导侵染了拟南芥,获得Zm MADS11、RTCS1 T1代阳性拟南芥植株。异位表达Zm MADS11基因促进拟南芥在没有外源激素的培养下根部产生自发愈伤组织。综上所述,本文对玉米体细胞胚胎发生过程中的内源激素浓度的动态变化进行了测定。利用转录组数据对玉米体胚发生相关的信号通路以及基因表达调控网络进行分析。同时对筛选的候选基因在体胚诱导过程中的表达模式进行分析。克隆了5个候选基因,并进行了功能验证。

关键词：玉米体细胞胚胎 RNA-seq 转录调控分析基因克隆

哈尔滨市大气中PM2.5污染变化特征和传输路径研究

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哈尔滨市大气中PM2.5污染变化特征和传输路径研究

作者：丁美琪哈尔滨师范大学

学位级别：硕士

本论文利用环境空气自动监测系统对2011-2020年中哈尔滨市各监测点位的监测数据进行了定量分析,并对2021-2025年哈尔滨市环境空气污染物浓度变化趋势进行了预测。采用灰色关联度法对各月的数据建立GM(1,1)模型并将其应用于哈尔滨2011-2... 详细信息

本论文利用环境空气自动监测系统对2011-2020年中哈尔滨市各监测点位的监测数据进行了定量分析,并对2021-2025年哈尔滨市环境空气污染物浓度变化趋势进行了预测。采用灰色关联度法对各月的数据建立GM(1,1)模型并将其应用于哈尔滨2011-2020年近10年来大气环境质量的动态预测之中。根据分析研究的趋势和特点,整理出环境空气污染物变化特征和环境空气质量变化规律。通过对哈尔滨市主要大气污染物浓度与各种自然影响要素之间内在联系的综合研究,并利用所获得的信息对哈尔滨市未来五年环境空气质量状况进行了预测,得出了哈尔滨市未来五年环境空气质量变化趋势。采用反轨迹模型和潜在源贡献算法对哈尔滨市2020年的大气污染传输路径进行了分析。为哈尔滨市大气污染现状提供科学的数据支持,为污染控制政策的制定和实施提供合理的方向。从而得出了如下结论:时间变化角度分析和污染物特征变化趋势,1月、2月和10月-12月PM都位于24小时平均标准线以上,浓度值区间在为81μg/m3-132μg/m,PM浓度贡献占比达到全年的68.60%,5月-9月PM浓度值区间为22μg/m-29μg/m,浓度贡献率只占全年的17.28%;PM的浓度在不同季节有较大的差异性,冬季的平均浓度值明显高于其他季节。PM的浓度峰值主要出现于冬季,夏季和秋季都是逐年降低的,其中秋季降低最明显,而春季基本持平;从污染物PM逐年数据分析,污染物PM浓度值呈逐年递减趋势,区间在30μg/m-90μg/m,从2014年起污染物PM浓度值就低于年平均标准线。通过定量分析检验法求取出,当n=10时,置信度为0.95,显著性水平为0.05时,γs的临界值WP=0.648。PM的秩相关系数γs为负数,说明其污染浓度变化趋势为逐年下降;又因|γs|相对湿度0.6159>降水量0.6108>气温0.6065>日照时长0.5489>风速0.5476;各个自然影响因素与PM浓度变化的具体表现为:气温与PM浓度之间为负相关,平均气温的升高,污染物扩散越快;降水量和相对湿度增大,污染物PM浓度相应减小;风速对PM的扩散有明显促进作用;气压和PM浓度之间的相关性较大,浓度随着气压的下降而上升趋势;日照时长与其污染物二者为负相关趋势,日照时间增长有利于污染物的扩散。PM的预测模型为x(t+1)=181.0772exp(-0.0384t),a=0.0384,b=184.5332;灰色系统模型检验结果表明:模型的后验差比C=0.091≤0.35,误差概率p=1.000≤1.0,意味着模型精度为一级好;且模型的相对误差最大值为0.140,其≤0.2,因此模型拟合效果达到要求。未来五年污染物PM的浓度变化均呈下降趋势。在2021年-2025年间PM的浓度将会低于国家年标准(35μg/m)。气流后向轨迹统计分析、聚类分析和污染源区分析,高度500米时间48小时的后向轨迹线主要来源于俄罗斯东西部和内蒙古东部占比43.95%,春季内蒙古东部占比最大,冬季俄罗斯西部次之,最后是夏季和秋季气流,且占比最大的轨迹都来自于黑龙江省省内;20米高度近距离气流,来自于黑龙江省内的气流轨迹是最多的,占比在57.04%,外省中占比最多的是吉林省。四季气流受省内气流影响最大,吉林西部次之,最后是内蒙古东部。春季、夏季的最长轨迹线从正西方向进入哈尔滨,秋季、冬季的最长轨迹从西南方向进入哈尔滨。对哈尔滨PM的污染较为严重,且主要为短距离传输,除本地污染外,污染源区是西南方向上主要途径的内蒙古通辽、吉林松原和哈尔滨市双城区,夏季与内蒙古通辽、吉林松原和本市有关,冬季则与吉林大安、松原、扶余和本市有关。PSCF模型对于哈尔滨市污染物的识别与后向轨迹得到的气流轨迹较为接近,主要的污染方向与聚类后得到的气流轨迹的方向相接近。

关键词：定量分析检验灰色关联后向轨迹聚类分析污染源区

基于微波光子滤波器射频强度的叶绿素检测研究

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中国激光 2023年第21期50卷 221-231页

作者：李乾坤丁美琪桂林连枭轩钱敏上海第二工业大学智能制造与控制工程学院上海201209 上海第二工业大学计算机与信息工程学院上海201209

叶绿素的检测和监测在植物生理、水质状况、农业管理和生态系统健康等方面具有重要意义。笔者设计了一种基于微波光子滤波器(MPF)射频强度的叶绿素检测系统,该系统利用叶绿素质量浓度变化导致光纤端面反射率发生变化的原理,根据射频强... 详细信息

叶绿素的检测和监测在植物生理、水质状况、农业管理和生态系统健康等方面具有重要意义。笔者设计了一种基于微波光子滤波器(MPF)射频强度的叶绿素检测系统,该系统利用叶绿素质量浓度变化导致光纤端面反射率发生变化的原理,根据射频强度与叶绿素质量浓度之间的关系,实现对叶绿素的检测。该系统具有体积小、抗干扰能力强的特点,而且可以实现长距离检测。在该系统中,宽谱光源、微波信号源、掺铒光纤放大器、电光调制器、隔离器、光耦合器、光电探测器、频谱仪、光纤等构成了迈克耳孙干涉仪结构的微波光子滤波器。提取不同蔬菜的叶绿素溶液,采用该系统对叶绿素溶液进行检测,验证了其在植物叶绿素检测方面的可行性。采用该系统检测了叶绿素实验原液以及由叶绿素标准溶液配制的不同质量浓度梯度的叶绿素溶液,验证了射频强度与叶绿素质量浓度之间存在较好的线性关系,其中最大射频强度与叶绿素质量浓度的线性拟合度(R2)达到了0.9741,灵敏度为0.007881 d B/(μg·L^(-1)),最小射频强度与叶绿素质量浓度的线性拟合度达到了0.9841,灵敏度为0.02258 d B/(μg·L^(-1))。上述实验结果表明该系统在高质量浓度叶绿素和低质量浓度叶绿素情况下均具有较好的传感性能。

关键词：传感叶绿素叶绿素质量浓度检测微波光子滤波器微波光子传感光纤传感

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工业企业健康教育读本

1992年

作者：谢谷芬丁美琪等编写

包括劳动卫生、常见的工业性外伤与急救、饮食起居卫生、常见病的防治等7章。

ISBN: (纸本)7562701458

包括劳动卫生、常见的工业性外伤与急救、饮食起居卫生、常见病的防治等7章。

关键词：劳动卫生学科:职工教育学科:教材

来源：汇雅图书（南通市图书馆... 评论

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汇雅图书（南通市图书馆）

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泊马度胺导致急性肝功能损伤1例

中国肿瘤临床 2023年第15期50卷 805-806页

作者：高灵素褚先登丁美琪安徽医科大学附属六安医院血液科安徽省六安市237006

患者男性,75岁,2021年8月因“纳差、恶心半个月余,发现肾功能异常3天”就诊于安徽医科大学附属六安医院。血常规显示:血肌酐408.8μmol/L,血尿素20.5 mmol/L,尿酸538.3μmol/L。入院完善骨髓检查诊断为多发性骨髓瘤。化疗前免疫组织化学... 详细信息

患者男性,75岁,2021年8月因“纳差、恶心半个月余,发现肾功能异常3天”就诊于安徽医科大学附属六安医院。血常规显示:血肌酐408.8μmol/L,血尿素20.5 mmol/L,尿酸538.3μmol/L。入院完善骨髓检查诊断为多发性骨髓瘤。化疗前免疫组织化学:乙肝病毒表面抗原52.94 IU/mL,乙肝病毒核心抗体7.33 PEIU/mL。乙型肝炎病毒DNA荧光定量<100 IU/mL。

关键词：泊马度胺不良反应急性肝功能损伤

具核梭杆菌外膜囊泡蛋白组分和抗原性分析及对宿主细胞毒性研究

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中国病原生物学杂志 2022年第6期17卷 665-670页

作者：丁美琪李依秋张革中山大学药学院微生物与生化药学实验室广东广州511400

目的研究具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum,Fn)外膜囊泡(Outer membrane vesicle,OMV)蛋白质组学特征及其对宿主细胞的毒性作用。方法使用梯度离心法从Fn的培养上清液中分离纯化出OMV (Fn-OMV),通过中文名称(Nano-LC/MS/MS)分析鉴... 详细信息

目的研究具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum,Fn)外膜囊泡(Outer membrane vesicle,OMV)蛋白质组学特征及其对宿主细胞的毒性作用。方法使用梯度离心法从Fn的培养上清液中分离纯化出OMV (Fn-OMV),通过中文名称(Nano-LC/MS/MS)分析鉴定Fn-OMV携带的蛋白质;利用GO数据库进行分类,并通过KEGG注释通路进行分类和分析。通过流式细胞术检测Fn-OMV处理人白血病T细胞Jurkat细胞和小鼠巨噬细胞RAW264.7后细胞凋亡的情况,同时使用Fn活菌作为对照;通过细胞增殖毒性实验(CCK8)探究Fn-OMV对人结肠癌RKO细胞增殖的影响。结果通过革兰染色观察确定Fn形态,粒径分析所提取的Fn-OMV平均大小为126.5 nm,质量良好。Nano-LC/MS/MS结果表明Fn-OMV共携带509个蛋白,占Fn全菌蛋白的25%,其中主要的细菌外膜蛋白有10个,均具有良好的抗原性和多个抗原决定簇。通过GO分类发现Fn-OMV携带大量分子功能相关蛋白,经KEGG注释通路分析包含蛋白数目最多的前10个通路为:抗生素合成,碳代谢,核糖体,氨基酸合成,嘌呤代谢,氨酰tRNA合成,丁酸盐代谢,糖酵解/糖异生,丙酮酸代谢,氨基酸和核苷酸糖代谢。流式细胞术结果表明Fn活菌可促进Jurkat细胞和RAW264.7细胞凋亡,但Fn-OMV对二者凋亡无显著作用。Fn-OMV对RKO细胞的增殖无显著作用。结论 Fn-OMV携带的细菌外膜蛋白有10个,均具有良好的抗原性和多个抗原决定簇,与Fn相比,其对细胞凋亡和增殖无显著作用。因此,本研究对基于OMV的Fn疫苗设计提供了基础信息,具有潜在的应用价值。

关键词：具核梭杆菌外膜囊泡蛋白质组学研究

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心肌肌钙蛋白I监测蒽环类药物心肌损害

上海医学 2014年第11期37卷 987-988页

作者：詹其林吴福红丁美琪上海市第六人民医院金山分院血液肿瘤科上海201599 安徽省六安市人民医院血液科

蒽环类药物是治疗恶性肿瘤的有效药物,但会引发剂量累积性心脏毒性的不良反应[1],患者甚至可能进行性发展为充血性心力衰竭（CHF）。蒽环类药物的不良反应存在个体差异,部分患者应用较小累积量的蒽环类药物即发生心肌病,大多数患者在接... 详细信息

蒽环类药物是治疗恶性肿瘤的有效药物,但会引发剂量累积性心脏毒性的不良反应[1],患者甚至可能进行性发展为充血性心力衰竭（CHF）。蒽环类药物的不良反应存在个体差异,部分患者应用较小累积量的蒽环类药物即发生心肌病,大多数患者在接受蒽环类药物治疗后1年内发生CHF[2]。心肌肌钙蛋白I（cTnI）水平可作为监测蒽环类药物治疗白血病患者心脏毒性不良反应的指标[3]。

关键词：心肌肌钙蛋白I 蒽环类药物心肌损害监测白血病患者充血性心力衰竭不良反应药物治疗

脂肪间充质干细胞外泌体对人子宫内膜异位症细胞纤维化形成的影响

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药物评价研究 2024年第9期47卷 2032-2040页

作者：李冰冰丁美琪孙新慧王荣济宁医学院山东济宁272000 北京中医药大学北京100029

目的探讨脂肪间充质干细胞外泌体(ADSCs-Exos)对子宫内膜异位症细胞(12Z)增殖以及纤维化相关因子表达的影响。方法采用超速离心法提取ADSCs-Exos,并通过透射电镜(TEM)、纳米颗粒跟踪分析(NTA)、Western blotting鉴定;采用PKH26标记外泌... 详细信息

目的探讨脂肪间充质干细胞外泌体(ADSCs-Exos)对子宫内膜异位症细胞(12Z)增殖以及纤维化相关因子表达的影响。方法采用超速离心法提取ADSCs-Exos,并通过透射电镜(TEM)、纳米颗粒跟踪分析(NTA)、Western blotting鉴定;采用PKH26标记外泌体法观察12Z细胞对外泌体的吞噬内化情况;采用CCK-8法检测ADSCs-Exos(12.5、25.0、50.0μg·mL^(-1))对12Z细胞增殖的影响;将12Z细胞分为:对照组、模型组、ADSCs-Exos(12.5、25.0、50.0μg·mL^(-1))组,除对照组外,其余各组采用TGF-β1(5 ng·mL^(-1))诱导细胞纤维化,给药24 h后采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测纤维化因子基因mRNA的表达。结果提取的ADSCs-Exos呈现圆形颗粒,清晰可见;总萃取物的平均粒径为122.6 nm,浓度为1.8×10^(6)颗粒·mL^(-1);CD9、CD63和TSG101在ADSCs-Exos均有表达,且Calnexin蛋白未表达,符合外泌体的特征。12Z细胞可以成功将ADSCs-Exos吞噬内化;CCK-8检测结果显示,与对照组相比,采用25μg·mL^(-1)ADSCs-Exos干预24 h后12Z细胞的相对存活率显著降低(P<0.01)。qRT-PCR结果显示,与对照组相比,模型组细胞的CTGF、COL1A1、α-SMA mRNA表达水平显著升高(P<0.001);与模型组比较,12.5、25.0μg·mL^(-1)ADSCs-Exos组CTGF、COL1A1、α-SMA mRNA表达水平降低(P<0.05、0.01、0.001);50.0μg·mL^(-1)ADSCs-Exos组α-SMA mRNA表达水平明显降低(P<0.001)。结论ADSCs-Exos可被12Z细胞所吞噬,抑制12Z细胞的增殖,并且降低细胞纤维化相关因子基因的表达水平。

关键词：脂肪间充质干细胞外泌体子宫内膜异位症纤维化吞噬

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当代中国山水画中传统与现代符号的碰撞

美与时代（美术学刊）（中） 2023年第7期 21-23页

作者：丁美琪渤海大学

符号学关联着人类生活的各个领域。在当代中国山水画中,传统符号和现代符号的碰撞体现了传统文化的延续,也反映了当代社会的变化和发展。同时,符号具有多义性,在当代山水画中这种多义性促进了传统符号的重新解释和创新。基于符号的多义... 详细信息

符号学关联着人类生活的各个领域。在当代中国山水画中,传统符号和现代符号的碰撞体现了传统文化的延续,也反映了当代社会的变化和发展。同时,符号具有多义性,在当代山水画中这种多义性促进了传统符号的重新解释和创新。基于符号的多义性,当代山水画符号的再创作和表达方式将会持续发展,进而推动当代中国山水画的创新发展。

关键词：符号当代山水画多义性