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中国人兽共患病杂志 2004年第11期20卷 1016-1016,1015页

作者：鲍倡俊祖荣强李亮安志杰倪大新单位不详

在自上世纪九十年代中期我省狂犬病疫情出现逐渐回升的趋势[1],特别是近两年报告病例数成倍增长.为了摸清我省狂犬病发病的流行病学特点,对收集的152份病例资料进行分析,为进一步采取控制措施提供依据.

关键词：狂犬病死亡病例调查分析流行病学

江苏省2010-2017年其他感染性腹泻病时空流行特征

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中华流行病学杂志 2019年第10期40卷 1269-1273页

作者：方欣玉刘文东艾静鲍倡俊南京医科大学公共卫生学院 210000 江苏省疾病预防控制中心南京210000

目的分析2010-2017年江苏省其他感染性腹泻病的时空流行特征,为制定防控政策提供科学依据.方法数据来源于中国CDC及江苏省统计局.采用描述性流行病学研究方法分析江苏省2010-2017年其他感染性腹泻病三间分布特征.采用Moran’sI值进行报... 详细信息

目的分析2010-2017年江苏省其他感染性腹泻病的时空流行特征,为制定防控政策提供科学依据.方法数据来源于中国CDC及江苏省统计局.采用描述性流行病学研究方法分析江苏省2010-2017年其他感染性腹泻病三间分布特征.采用Moran’sI值进行报告发病率的全局自相关性分析.采用KulldorffM的时空扫描统计量分析时空聚集区.应用ArcGIS10.0、SaTScan 9.4和Excel2017软件进行分析.结果2010-2017年江苏省累计报告其他感染性腹泻病126341例,年均报告发病率为19.96/10万.病例主要集中在<5岁幼龄儿童,占报告病例总数的55.08%(69590/126341).发病率呈逐年递增趋势且存在明显季节性后移现象.无锡市、苏州市、盐城市和徐州市为高发地区.全局空间自相关分析结果显示,各年份Moran'sⅠ值在0.19~0.33之间(P<0.01).时空聚集性分析共发现4个时空聚集区,均出现在其他感染性腹泻病高峰时段.一类聚集区出现在无锡市、常州市交汇地区(RR=7.61,LLR=2605.80,P<0.01).结论2010-2017年江苏省其他感染性腹泻病流行水平呈现逐年上升的趋势,<5岁幼龄儿童是主要发病人群,苏南、苏中、苏北地区流行强度不同,高发季节的后移提示病原谱可能发生变化,需在高发地区和高发季节针对重点人群加强病原学监测.

关键词：其他感染性腹泻病流行病学特征时空聚集性

滨州市2015-2020年人间布鲁菌病流行特征分析及预测

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医学动物防制 2024年第1期40卷 8-14页

作者：孙喆鲍倡俊吴杰颜伟南京医科大学公共卫生学院江苏南京211166 江苏省疾病预防控制中心传染病防制所滨州市疾病预防控制中心传染病防制科

目的了解滨州市人间布鲁菌病(简称“布病”)的流行病学特征,并探讨差分整合移动平均自回归(autoregressive integrated moving average, ARIMA)模型在人间布病发病预测中的应用,为制定相应的防控措施提供参考依据。方法收集滨州市2015... 详细信息

目的了解滨州市人间布鲁菌病(简称“布病”)的流行病学特征,并探讨差分整合移动平均自回归(autoregressive integrated moving average, ARIMA)模型在人间布病发病预测中的应用,为制定相应的防控措施提供参考依据。方法收集滨州市2015-2020年人间布病的监测资料,进行描述性统计分析;应用SPSS 20.0软件建立滨州市人间布病ARIMA模型,并进行短期预测。结果滨州市2015-2020年布病疫情呈逐年下降趋势,每年的3~8月为发病高峰,5月发病例数最多。发病率居前3位的地区分别为沾化区、阳信县和无棣县。发病年龄为8个月~85岁,60~<70岁发病例数最多;男性发病率(7.90/10万)高于女性(2.77/10万),差异有统计学意义(χ^(2)=286.231,P<0.01);职业以农民为主,占90.58%。ARIMA(0,1,0)(0,1,1)12为选取的最优模型,能较好地拟合滨州市人间布病月发病数,预测2022年发病例数,总体趋势与往年相似。结论 2015-2020年滨州市人间布病疫情存在明显的季节、地域和人群分布特征,应进一步加强对重点地区、重点人群的干预工作,开展定期监测,落实好综合防控措施。

关键词：人间布鲁菌病流行特征预测防控滨州市

江苏省1999-2003年狂犬病流行特征监测

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中华流行病学杂志 2004年第12期25卷 1089-1090页

作者：鲍倡俊朱凤才宋俐李亮祖荣强江苏省疾病预防控制中心南京210009

为掌握江苏省近年来狂犬病流行特征,探讨狂犬病高发的流行因素,为制定狂犬病的防制策略提供科学依据,现对1999-2003年江苏省人间狂犬病疫情、流行病学调查资料进行综合分析.

关键词：狂犬病流行特征监测流行病学调查疫情流行因素防制策略综合分析资料

2015—2022年江苏省柯萨奇病毒A10型全基因组序列特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2023年第12期43卷 945-954页

作者：樊欢鲍倡俊朱立国胡建利嵇红江苏省疾病预防控制中心急性传染病防制所卫生部肠道病原微生物重点实验室南京210009

目的对江苏省2015—2022年柯萨奇病毒A10型(CVA10)分离株全基因组序列特征进行分析,阐明其分子流行病学特征。方法选取2015—2022年间江苏省地区流行的45株CVA10分离株进行全基因组测序,基于CVA10全基因组、VP1、P1、P2和P3区序列分别... 详细信息

目的对江苏省2015—2022年柯萨奇病毒A10型(CVA10)分离株全基因组序列特征进行分析,阐明其分子流行病学特征。方法选取2015—2022年间江苏省地区流行的45株CVA10分离株进行全基因组测序,基于CVA10全基因组、VP1、P1、P2和P3区序列分别构建系统进化树,运用DNAStar、MEGA7.0和Similarity plots3.5.1等生物信息学软件对获取的全基因组序列进行比对,分析同源性、基因重组情况和主要氨基酸变异位点。结果45株CVA10分离株全基因组核苷酸和氨基酸序列同源性分别为90.3%~99.1%和97.9%~99.8%;各区段比对发现,P1区核苷酸序列同源性最高,为92.1%~100.0%;P3区段序列同源性差异较大为84.7%~100.0%,但相比于核苷酸序列的多样性,各区段氨基酸序列均较为保守。基于VP1序列的系统进化树将CVA10分为A~H共8个基因型,其中江苏与其他国内大部分流行株均属于C基因型,全基因组进化树和VP1进化树分析结果接近一致。基于基因组各区段序列的系统进化与Simplot重组分析结果显示,江苏分离株GD07/Lianyungang/2017和N180/Suqian/2016与CVA10原型株在P1区域高度匹配,而在非结构蛋白(P2、P3)、5′-UTR和3′-UTR区均观察到与其他EVA存在重组信号。而氨基酸突变位点分析结果显示,与原型株AY421767/Kowalik/2004相比,VP1区以及多个重要氨基酸位点变异频繁,这可能会使得CVA10衣壳蛋白的结构、潜在的受体结合位点产生一些难以察觉的变化。结论本研究通过探究江苏地区CVA10在基因组水平的进化方向和重组特征,及时把控基因重组和氨基酸位点突变对CVA10感染及疾病发生造成的影响,为江苏省手足口病的防控工作提供了基础资料。

关键词：柯萨奇病毒A10 手足口病全基因组分子特征系统发育基因重组

2009—2018年江苏省EV71分子流行病学及其基因特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2019年第9期39卷 686-692页

作者：樊欢嵇红霍翔胡建利祁贤鲍倡俊江苏省疾病预防控制中心急性传染病防制所南京210009

目的阐明2009—2018年江苏省肠道病毒71型(EV71)的流行病学、基因变异及遗传进化特征。方法对2009—2018年江苏省EV71发病资料和病原学检测情况进行统计分析。选取80株EV71病毒分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸及氨基酸序列... 详细信息

目的阐明2009—2018年江苏省肠道病毒71型(EV71)的流行病学、基因变异及遗传进化特征。方法对2009—2018年江苏省EV71发病资料和病原学检测情况进行统计分析。选取80株EV71病毒分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸及氨基酸序列与疫苗株进行差异性比较并构建系统进化树。结果2009—2018年江苏省共报告手足口肠道病毒阳性病例41 858例,EV71为主要病原,占36.52%,重症病例中,以EV71为主,但EV71所占病原构成比逐渐下降。EV71在每年的4—6月出现流行高峰,主要感染6个月~5岁年龄段儿童,男性比例高于女性,地区分布上,江苏省EV71流行呈现一定的地区聚集性,高发地区主要集中在南京、苏州、无锡、连云港。江苏省地区流行的EV71毒株属于C4a亚型;80株EV71分离株的VP1基因核苷酸序列与3株EV71疫苗株(H07、FY23、FY7VP5)差异性分别为0.6 %~5.5%、0.8 %~5.7%和1.9 %~6.9%;EV71分离株的VP1基因氨基酸序列与H07、FY23、FY7VP5差异性分别为0~1.4%、0.3%~2.0%和0.3%~2.0%;80株EV71分离株免疫表位中的氨基酸除个别位点发生突变,并未呈现年度和地区规律性的氨基酸突变。结论2009—2018年,江苏省地区流行的EV71具有明显的时间、人群和地理分布特征。80株EV71分离株属于C4a亚型,EV71分离株与疫苗株核苷酸序列变异较大,但氨基酸同源性较高,推断存在一定的同义突变,不存在抗原漂移的风险,为EV71疫苗在江苏省的应用提供了参考。

关键词：手足口病 EV71 流行病学遗传特征

2015—2022年江苏省柯萨奇病毒A组4型全基因组序列特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第3期44卷 249-258页

作者：樊欢鲍倡俊朱立国胡建利嵇红江苏省疾病预防控制中心急性传染病防制所卫生部肠道病原微生物重点实验室南京210009

目的回顾性分析2015—2022年江苏省柯萨奇病毒A组4型(CVA4)的分子流行病学特征及重组情况。方法收集疱疹性咽峡炎和手足口病患者咽拭子或肛拭子标本,采用荧光定量PCR检测试剂盒对CVA4进行鉴定。利用72个CVA4完整基因组序列、99个CVA4 VP... 详细信息

目的回顾性分析2015—2022年江苏省柯萨奇病毒A组4型(CVA4)的分子流行病学特征及重组情况。方法收集疱疹性咽峡炎和手足口病患者咽拭子或肛拭子标本,采用荧光定量PCR检测试剂盒对CVA4进行鉴定。利用72个CVA4完整基因组序列、99个CVA4 VP1序列进行全面系统的系统发育分析,同时采用生物信息学软件DNAStar、MEGA7.0和Similarity plots3.5.1对江苏省CVA4分离株同源性、基因重组和氨基酸变异位点进行分析。结果根据现有VP1核苷酸序列CVA4被分为A、B、C和D基因型,基因型C可以进一步分为C1~C55个亚基因型,其中,C2基因型是与手足口病相关的CVA4主要亚基因型。江苏省分离株序列在P1区与CVA4原型具有较高的同源性,而在P2和P3区与其他肠道病毒A组(EV-A)流行株具有较高的同源性。重组分析表明,江苏省分离株在P2、P3和3′-UTR区与其他EV-A流行株存在3种基因重组模式,这些重组模式是CVA4在人群中持续和广泛传播过程中获得的,更利于CVA4传播。结论分析28个江苏省分离株CVA4完整基因组的系统发育和分子特征,丰富了已知CVA4基因组多样性;研究基因重组和VP1氨基酸位点突变情况、及时把控CVA4感染及疾病发生造成的影响,可更好地了解CVA4的进化关系和传播途径,从而帮助指导疾病控制和预防。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A4 分子特征系统发育基因重组

2016-2023年江苏省哨点医院耐碳青霉烯铜绿假单胞菌临床分离株耐药及基因特征分析

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疾病监测 2024年第9期39卷 1210-1216页

作者：徐奥博杨阳周璐鲍倡俊谈忠鸣南京大学附属金陵医院外科江苏南京210993 国家卫生健康委员会肠道病原微生物重点实验室江苏省新发突发重大传染病病原微生物重点实验室江苏省疾病预防控制中心江苏南京210009

目的了解江苏省临床分离的耐碳青霉烯铜绿假单胞菌的耐药、血清型及基因特征。方法收集2016—2023年江苏省各哨点医院临床分离的耐碳青霉烯铜绿假单胞菌,采用肉汤稀释法对分离株进行10类19种抗生素的敏感性测定,将分离株全基因组测序... 详细信息

目的了解江苏省临床分离的耐碳青霉烯铜绿假单胞菌的耐药、血清型及基因特征。方法收集2016—2023年江苏省各哨点医院临床分离的耐碳青霉烯铜绿假单胞菌,采用肉汤稀释法对分离株进行10类19种抗生素的敏感性测定,将分离株全基因组测序并多位点序列分型,血清型预测,对耐药基因、转座子及可移动元件进行分析。结果本研究收集患者分离耐碳青霉烯铜绿假单胞菌菌株68株。药敏实验结果显示,全部菌株对氯霉素、复方新诺明、头孢噻肟和头孢唑啉、四环素、氨苄西林和氨苄西林–舒巴坦以及阿莫西林–克拉维酸共计7类9种抗生素全部耐药,检出33种耐药表型,其中2株菌是对所有19种抗生素耐药的泛耐药菌株。所有分离株鉴定出43个序列型(ST),ST235数量最多,聚类图显示,以ST241中心点向两个主要方向发散。共检出8个血清型,以O6、O11和O3血清型为主,占全部菌株的67.65%。共检出8类23种抗生素耐药基因,54.41%(37/68)的菌株存在整合和共轭元件,39.71%(27/68)的菌株存在整合和移动元件,未发现有菌株携带质粒。结论本研究从基因组水平阐述了江苏省耐碳青霉烯铜绿假单胞菌耐药性、高风险ST型和高耐药性/血清型的特征情况,为有效治疗及防控该菌引起的感染提供了科学依据。

关键词：铜绿假单胞菌碳青霉烯耐药耐药性全基因组测序血清型耐药基因多位点序列分型

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人感染H7N9禽流感流行病学研究进展

江苏预防医学 2015年第1期26卷 43-47页

作者：许可鲍倡俊江苏省疾病预防控制中心南京210009

通过整理WHO网站公布的疫情数据,Pubmed文献数据库上发表的人感染H7N9禽流感流行病学、临床、免疫等相关文献,对人感染H7N9禽流感的疫情概况、流行特征及影响因素、预防控制措施等进行综述。该疾病从2013年2月从我国华东地区开始流行,... 详细信息

通过整理WHO网站公布的疫情数据,Pubmed文献数据库上发表的人感染H7N9禽流感流行病学、临床、免疫等相关文献,对人感染H7N9禽流感的疫情概况、流行特征及影响因素、预防控制措施等进行综述。该疾病从2013年2月从我国华东地区开始流行,目前主要分布在我国华东、华南,蔓延全国多省市。冬春季是高发季节,禽类是传染源,主要通过接触传播,60岁以上有基础疾患的男性和禽类环境暴露者是高危人群。临床表现以重症肺炎为主,儿童感染后疾病谱以轻症病例为主。预后主要受年龄、基础疾患、免疫反应、遗传基因影响。做好三早预防、控制传染源、及时开展风险评估与沟通,多部门合作是防控的主要措施。

关键词： A(H7N9)流感病毒流行特征影响因素防控策略

人感染高致病性H5N6禽流感病毒表面糖蛋白分子进化特征

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中华疾病控制杂志 2020年第4期24卷 456-461页

作者：顾宏伟祁贤陈磊垚鲍倡俊南京市中西医结合医院南京210014 江苏省疾病预防控制中心南京210009

目的对19例人感染高致病性H5N6禽流感病毒的血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)蛋白进行分子进化分析。方法运用下一代测序平台对病毒分离物进行全基因组测序,从美国国家生物技术信息中心(national center for bio... 详细信息

目的对19例人感染高致病性H5N6禽流感病毒的血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)蛋白进行分子进化分析。方法运用下一代测序平台对病毒分离物进行全基因组测序,从美国国家生物技术信息中心(national center for biotechnology information,NCBI)和全球流感序列数据库(global initiative on sharing avian influenza data,GISAID)下载参考序列,利用Blasts、Mega 6.1及Clustal X 2.1等软件进行序列分析。结果2014-2018年中国共发生23例人感染H5N6禽流感病毒病例。对19个病例的H5N6病毒的HA和NA基因进行进化分析。HA进化分析显示病毒都属于Clade 2.***.4.4,其中涉及17个病例的病毒属于Group C;首例H5N6病例毒株(A/Sichuan/26221/2014)属于Group D;福建一个病例(A/Fujian-Sanyuan/21099/2017)属于Group B。所有19个病例的病毒HA蛋白的裂解位点含有多个碱性氨基酸。所有病毒的HA蛋白的受体结合位点226~228位氨基酸是QS(R)G(氨基酸排序以H3-HA为准),理论上对禽类受体α2-3半乳糖苷唾液酸(SAα2-3Gal)有嗜性。18病例病毒的HA蛋白发生了T160A的突变,导致在158N位点失去糖基化。除了A/Sichuan/26221/2014外,18个病例的病毒NA蛋白在58~68位缺失了10个氨基酸。9个病例的病毒PB2蛋白发生E627K突变。结论2014-2018年间中国人感染H5N6病毒进化活跃,具有明显的基因多样性,需要加强对病毒分子进化的监测。

关键词：禽流感病毒 H5N6亚型人感染病例分子进化