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病毒宏基因组学及其在动物病毒鉴定中的应用

中国兽医学报 2023年第7期43卷 1574-1581页

作者：李玉铎赵建军邵西群黑龙江八一农垦大学动物科技学院黑龙江大庆163319 中国农业科学院特产研究所吉林长春130112

病毒宏基因组学(viral metagenomics, VM)是一种以待测样本中存在的病毒群体为研究对象,基于高通量基因测序技术来研究样本中病毒组构成的技术。相对于一代测序技术,高通量测序技术具备通量高、速度快、对未知病毒具有良好检出性等优势... 详细信息

病毒宏基因组学(viral metagenomics, VM)是一种以待测样本中存在的病毒群体为研究对象,基于高通量基因测序技术来研究样本中病毒组构成的技术。相对于一代测序技术,高通量测序技术具备通量高、速度快、对未知病毒具有良好检出性等优势。因此,VM对研究环境中病毒多样性、快速检测已知和未知病毒、实时监测特定病毒动态变化等具有重要意义。近年来,VM技术已应用到动物传染病防控等多个领域,包括动物神经系统、呼吸道系统和肠道组织中病毒组检测与分析,针对新发传染病病原高精度识别等。本文从病毒宏基因组学的技术发展、原理以及在动物病毒鉴定中的应用等进行了综述。

关键词：病毒宏基因组学高通量测序动物病毒鉴定

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水貂阿留申病防治的研究进展

特产研究 2023年

作者：彭倩文王桂武邵西群章秀婷吉林农业科技学院中国农业科学院特产研究所

水貂阿留申病是由水貂阿留申病毒持续性感染引起水貂免疫系统紊乱的疾病。尚无有效疫苗和治疗药物，该病是严重危害毛皮动物养殖业的主要疫病。水貂阿留申病毒的致病、免疫机制等与水貂肠炎细小病毒不同，存在自身特异性。目前，国内外... 详细信息

水貂阿留申病是由水貂阿留申病毒持续性感染引起水貂免疫系统紊乱的疾病。尚无有效疫苗和治疗药物，该病是严重危害毛皮动物养殖业的主要疫病。水貂阿留申病毒的致病、免疫机制等与水貂肠炎细小病毒不同，存在自身特异性。目前，国内外学者已建立完备的水貂阿留申病毒和抗体检测方法，水貂阿留申病的检疫从净化感染貂向区分水貂感染状态发展，水貂阿留申病毒疫苗研发虽遇到瓶颈但正在积极探索。使用免疫调节剂和中药组方显现出明显的早期抗感染治疗效果。本文主要综述了水貂阿留申病毒的致病机制、检测技术、现场分级检疫措施、疫苗研发，以及感染早期干预治疗药物方面的研究进展，对水貂阿留申病系统防治的未来趋势进行展望，为水貂阿留申病综合防治提供理论指导。

关键词：水貂阿留申病防治策略检疫疫苗干预药物

节瘤拟杆菌早期鉴别诊断—PCR检测方法的建立与应用

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节瘤拟杆菌早期鉴别诊断—PCR检测方法的建立与应用

作者：邵西群中国农业科学院

学位级别：硕士

腐蹄病是危害反刍动物养殖业发展的重要疾病之一,瘤拟杆菌(***)是引起牛、羊、鹿等反刍动物腐蹄病的原发性病原菌,为指导疫苗预防需要建立***的早期鉴别诊断技术。本研究根据节瘤拟杆菌特有保守序列设计引物,利用聚合酶链式反应(PCR)建... 详细信息

腐蹄病是危害反刍动物养殖业发展的重要疾病之一,瘤拟杆菌(***)是引起牛、羊、鹿等反刍动物腐蹄病的原发性病原菌,为指导疫苗预防需要建立***的早期鉴别诊断技术。本研究根据节瘤拟杆菌特有保守序列设计引物,利用聚合酶链式反应(PCR)建立了一种简单区分该菌菌群的检测方法。(1)比对纤毛蛋白基因相关序列,依据Ⅰ,Ⅱ菌群的保守序列,设计了可区分两大菌群的三条引物,其中上游引物共用,下游引物分别对两大菌群特异。(2)对可能影响PCR反应的一系列因素进行了较详细的研究,选择了适宜PCR反应的快捷处理病样及血样获得反应模板的方法:病样离心分离细菌,2TE—1%TritonX—100煮沸裂解细菌,离心取上清作模板;用EDTA抗凝血样,温和裂解红细胞,离心沉淀细菌,以后操作同病样处理。对PCR反应条件进行了优化:选3个因素Mg、引物、Taq酶,各3个水平,9个反应组合,选出最佳反应条件,95℃2分钟;94℃35秒,60℃30～40秒,70℃30～35秒,35个循环:70℃5分钟。25ul,30ul,50ul反应体系:MgSO0.2—0.25mM,引物0.2—0.3um,Taq酶1.5—1.75U(50ul体系),1U(30ul体系),0.8U(25ul体系),PCR反应体系用带有(NH)SO的反应缓冲液。灵敏度最高可检测30个菌/30ul反应体系。(3)验证引物特异性试验:设计用鹿、牛、羊等健康群体的环境存在菌(鲜粪,圈泥及其MEB厌氧,有氧培养物)制备模板扩增,用鹿、牛、羊等健康血样制备基因组核酸作模板扩增,及以上模板同时掺入已知节瘤拟杆菌基因组核酸,观察到掺入的扩增阳性,未掺入的直接用上述模板扩增阴性,重复实验,结果一致,证明引物对节瘤拟杆菌是特异的。(4)PCR方法用于病样的检测,共有16个临床病样扩增阳性,其余样品扩增阴性,重复PCR实验,扩增结果一致。向阴性反应体系掺入节瘤拟杆菌基因组核酸,掺入扩增阳性;20份临床病样中13份直接PCR阳性,病样培养物PCR阳性11例与病样直接PCR阳性结果吻合;病样涂片镜检疑有***病样11例与病样直接PCR阳性结果吻合,表明PCR方法检出符合率高。临床病样检测发现采自趾叉皮炎的16份病样与病样直接PCR检测阳性吻合,趾叉皮炎是腐蹄病的初期感染症状,表明PCR检测方法适宜腐蹄病的早期诊断;用病样对应血清与纤毛抗原琼扩实验,健康动物存在该菌的抗体,表明通过检测血清抗体间接确定抗原的血清学方法受抗体产生消退延迟影响不能区分曾经感染和当前感染的菌型。此外发现制约PCR直接检测临床病样的限制因素是病样中细菌外的抑制物,采样部位及病样处理直接影响PCR对目标菌的检出率。为进一步验证扩增条带为目标菌序列片段,采用PCR特异扩增条带测序验证,节瘤拟杆菌扩增产物和病样扩增阳性产物测序显示,扩增产物序列一致。在保证病原采集质量,防止实验操作中交叉污染情况下,本实验建立的PCR检测方法,一次实验还可区分Ⅰ、Ⅱ血清群。可实现对临床初期感染病样中节瘤拟杆菌快速、灵敏、准确的直接检测。

关键词：节瘤拟杆菌 PCR早期诊断腐蹄病

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水貂出血性肺炎病原铜绿假单胞菌的分子特征

中国兽医科学 2014年第4期44卷 340-345页

作者：邵西群胡博章秀婷白雪闫喜军杨福合中国农业科学院特产研究所吉林长春130112

为了解水貂出血性肺炎病原铜绿假单胞菌的流行特点,对来自水貂出血性肺炎和貂场环境经生化培养鉴定的41株疑似铜绿假单胞菌分离株,用PCR快速鉴定;对鉴定的菌株以纤毛、鞭毛结构蛋白基因的核苷酸序列进行分型,并进行LPS血清分型。结果显... 详细信息

为了解水貂出血性肺炎病原铜绿假单胞菌的流行特点,对来自水貂出血性肺炎和貂场环境经生化培养鉴定的41株疑似铜绿假单胞菌分离株,用PCR快速鉴定;对鉴定的菌株以纤毛、鞭毛结构蛋白基因的核苷酸序列进行分型,并进行LPS血清分型。结果显示,建立了快速鉴定铜绿假单胞菌的二重PCR方法和纤毛、鞭毛结构蛋白基因序列的分型方法。菌株分型结果显示,分离的铜绿假单胞菌株被分为6种核酸分子型和6种血清型(G、B、I、C、D、F)。分型结果表明,水貂出血性肺炎的主要流行株属于LPS血清型G、核酸分子型4f4p或4f5p;另外,少数其他分子型铜绿假单胞菌也可对水貂致病。

关键词：水貂出血性肺炎铜绿假单胞菌 PCR 分型

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水貂健康养殖与动物福利研究进展

经济动物学报 2023年

作者：刘宗岳李虎邵西群李想张海华任二军王宝东张铁涛河北科技师范学院辽宁省农业发展服务中心东北农业大学石家庄农林科学研究院河北省毛皮动物养殖技术创新中心中国农业科学院特产研究所

随着水貂殖业的不断发展，从业人员和动物保护组织越来越关注水貂的健康养殖和动物福利。本文介绍了欧洲健康养殖与动物福利的“四大自由”，综述水貂养殖过程中，公兽、母兽和仔兽的养殖福利，运输福利和环境福利等方面，为我国水貂的... 详细信息

随着水貂殖业的不断发展，从业人员和动物保护组织越来越关注水貂的健康养殖和动物福利。本文介绍了欧洲健康养殖与动物福利的“四大自由”，综述水貂养殖过程中，公兽、母兽和仔兽的养殖福利，运输福利和环境福利等方面，为我国水貂的健康养殖提供参考。

关键词：水貂健康养殖动物福利 “四大自由”

犬瘟热疫苗株CDV_3的血凝素基因的克隆与序列分析

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黑龙江畜牧兽医 2007年第7期 118-120页

作者：王凤雪闫喜军邵西群柴秀丽温永俊吴威中国农业科学院特产研究所吉林吉林132109

犬瘟热是由犬瘟热病毒(CDV)引起的犬科、鼬科、浣熊科等多个科属动物感染的一种急性、热性传染病,犬、水貂、狐狸、貉等动物极易感染此病.近年来,国外对CDV蛋白组成和基因组结构的研究已经较为深入.

关键词：犬瘟热病毒血凝素基因序列分析疫苗株基因组结构克隆动物感染蛋白组成

肉食兽阿留申病毒VP2和NS1蛋白功能区回顾及比较分析

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病毒学报 2020年第4期36卷 726-734页

作者：吴艳虹韦韬丛丽赵永强邵西群中国农业科学院特产研究所长春130112

水貂阿留申病毒(Aleutian mink disease virus,AMDV)是引起水貂阿留申病(Aleutian mink disease,AD)的病原体,归属肉食兽阿留申病毒基因I型,是主要研究的阿留申病毒种。AMDV结构蛋白VP2与病毒趋性、致病性和宿主范围密切相关,非结构蛋白... 详细信息

水貂阿留申病毒(Aleutian mink disease virus,AMDV)是引起水貂阿留申病(Aleutian mink disease,AD)的病原体,归属肉食兽阿留申病毒基因I型,是主要研究的阿留申病毒种。AMDV结构蛋白VP2与病毒趋性、致病性和宿主范围密切相关,非结构蛋白NS1在病毒的复制、转录调控和衣壳组装过程中起重要作用。本文首先回顾了与AMDV的复制、致病性、宿主范围和抗原性相关的VP2、NS1功能位点及区段的研究进展,在此基础上,与近年来发现的其它5种肉食兽阿留申病毒对应位点、区段进行比对分析,有助于认识肉食兽阿留申病毒蛋白功能区的自然变异和预测病毒的未知功能区,为阿留申病毒的蛋白功能研究和疫苗株筛选提供新的视角。

关键词：水貂阿留申病毒(AMDV) 阿留申病毒结构蛋白VP2 非结构蛋白NS1 生物学功能区段关键位点

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犬副流感病毒血清抗体流行病学调查

黑龙江畜牧兽医 2007年第5期 75-76页

作者：闫喜军夏咸柱柴秀丽田宏宇王凤雪邵西群吉林大学农学部畜牧兽医学院吉林长春130062 军事医学科学院军事兽医研究所吉林长春130062 中国农业科学院特产研究所吉林吉林132109

犬副流感病毒(CPIV)属副黏病毒亚科茹布拉病毒属成员,是引起犬窝咳和脑脊髓炎的主要病因.CPIV对犬、狐的神经系统有较强的感染力,病情严重可导致患病动物死亡.

关键词：犬副流感病毒流行病学调查血清抗体血凝抑制试验犬科动物副黏病毒脑脊髓炎神经系统

北极狐γ-干扰素cDNA的克隆、表达及活性测定

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生物工程学报 2008年第9期24卷 1625-1630页

作者：张海玲柴秀丽罗国良王凤雪易立邵西群闫喜军中国农业科学院特产研究所吉林132109

为研究狐γ-干扰素的生物学活性,应用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)从北极狐外周血淋巴细胞中扩增出γ-干扰素(VuIFN-γ)cDNA。序列分析表明VuIFN-γcDNA全长501bp,编码23个氨基酸的信号肽和144个氨基酸的成熟肽蛋白,与已发表的银黑狐和... 详细信息

为研究狐γ-干扰素的生物学活性,应用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)从北极狐外周血淋巴细胞中扩增出γ-干扰素(VuIFN-γ)cDNA。序列分析表明VuIFN-γcDNA全长501bp,编码23个氨基酸的信号肽和144个氨基酸的成熟肽蛋白,与已发表的银黑狐和犬IFN-γ核苷酸序列同源性为99.8%和99.4%;氨基酸同源性均为100%。应用原核表达系统高效表达北极狐γ-干扰素成熟肽蛋白,SDS-PAGE和Western blotting分析表达的融合蛋白分子量约为19kD,以不溶性的包涵体形式存在。重组蛋白经纯化和复性,在Vero和MDCK细胞上可明显抑制VSV病毒的复制,并测出北极狐重组γ-干扰素的活性单位分别为1.0×106u/mg和1.56×105u/mg,为进一步开发基因工程狐干扰素奠定基础。

关键词：北极狐干扰素-γ 抗病毒活性