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一种面向基因与疾病关系的文本挖掘方法

东南大学学报（自然科学版） 2010年第3期40卷 486-490页

作者：龚乐君韦有兵谢建明袁志栋孙啸东南大学生物电子学国家重点实验室南京210096 淮阴工学院计算机工程学院淮安223003

结合模式匹配、生物医学本体及共现技术,设计了一种自动抽取基因与疾病、基因与基因之间关系的文本挖掘方法,并开发了一个可以处理海量文本数据的系统.该系统可抽取与疾病相关的基因实体,挖掘基因与疾病、基因与基因之间的关系,衡量基... 详细信息

结合模式匹配、生物医学本体及共现技术,设计了一种自动抽取基因与疾病、基因与基因之间关系的文本挖掘方法,并开发了一个可以处理海量文本数据的系统.该系统可抽取与疾病相关的基因实体,挖掘基因与疾病、基因与基因之间的关系,衡量基因与疾病实体的相关性,并为分析基因与疾病、基因与基因之间的关系提供了网络可视化工具.实验结果表明,系统在测试数据集上抽取基因与疾病之间的关系可获得83.0%的综合测评率,抽取基因与基因之间的关系可获得78.5%的综合测评率.该系统已成功应用于乳腺癌及相关基因的研究.

关键词：生物医学文本挖掘关系抽取实体识别

利用SYBR Green real-time PCR方法监控鸡外周血淋巴细胞中马立克病毒的载量

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中国兽医学报 2013年第8期33卷 1170-1173,1178页

作者：金元昌韦平袁志栋李玉峰湖南科技大学生命科学学院湖南湘潭411201 广西大学养禽与禽病研究所广西南宁530004

建立基于SYBR GreenⅠ的real-time FQ-PCR方法检测并定量鸡外周血淋巴细胞(peripheral blood leukocytes,PBLs)中马立克病毒(Mareks disease virus,MDV)的载量(以meq基因为定量标准),并将此技术的敏感性与标准PCR方法进行对比。应用PCR技术从MDV-1攻毒后的霞烟鸡PBLs中扩增MDVmeq基因的部分片段,纯化上述基因的DNA扩增产物,然后克隆到pGM-T载体,重组质粒通过PCR和EcoRⅠ酶切及测序分析进行确认;将浓度梯度的meq基因的重组标准品质粒DNA进行real-time FQ-PCR,建立其相应的标准曲线。同样以质粒DNA为模板,real-time FQ-PCR方法的最低检出率为10拷贝,而标准PCR的最低检出率则为32拷贝。结果表明,在检测MDV时,real-time FQ-PCR敏感度比标准PCR要高。

关键词：马立克病毒外周血淋巴细胞 real—time FQ-PCR meq基因

鸡BF1和BF2基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

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中国生物制品学杂志 2013年第2期26卷 275-279页

作者：金元昌李玉峰袁志栋湖南科技大学生命科学学院湖南湘潭411201

目的建立鸡主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)BF1和BF2基因实时荧光定量PCR[Real-time fluorescent quantitative(FQ)-PCR]检测方法。方法从鸡外周血淋巴白细胞(Peripheral blood leuk-ocytes,PBLs)中提取细胞总RNA,以其为模板,根据BF1、BF2和GAPDH基因相对保守序列各设计一对引物,应用RT-PCR法扩增目的基因,分别克隆至pGM-T载体上,制备重组质粒标准品,经PCR、EcoRⅠ酶切及测序鉴定;优化反应体系及反应条件,绘制标准曲线,建立Real-time FQ-PCR检测方法,并验证其敏感性、特异性及重复性。结果重组质粒标准品经PCR、酶切及测序鉴定构建正确;建立的定量标准曲线临界循环数(Threshold cycle,Ct)与BF1、BF2和GAPDH起始质粒DNA拷贝数的对数之间线性关系良好,相关系数分别为1.00、0.98、0.99,扩增效率分别为0.8、1.1、1.1;该方法的敏感性可达101copies/μl;融解曲线分析表明扩增效率一致,特异性较好;质粒DNA标准品3次检测的CV值误差不超过0.5,均小于5%。结论已成功建立了鸡BF1和BF2基因实时荧光定量PCR检测方法,为下一步应用该法检测BF1和BF2基因的转录水平奠定了基础。

关键词：主要组织相容性复合体实时荧光定量PCR

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水生无脊椎动物金属硫蛋白研究进展

生物技术通报 2012年第4期28卷 35-40页

作者：谭树华袁志栋钟彩良湖南科技大学生命科学学院湘潭411201

金属硫蛋白在水生无脊椎动物中分布广泛、容易被诱导,在水环境生态响应研究中具有重要意义。对水生无脊椎动物金属硫蛋白分类和特性、MT的诱导及影响因素、基因克隆与表达等方面取得的进展进行概述;并对其金属离子调节功能及其在水环境... 详细信息

金属硫蛋白在水生无脊椎动物中分布广泛、容易被诱导,在水环境生态响应研究中具有重要意义。对水生无脊椎动物金属硫蛋白分类和特性、MT的诱导及影响因素、基因克隆与表达等方面取得的进展进行概述;并对其金属离子调节功能及其在水环境重金属污染监测、重金属污染生物治理和水产养殖等方面的应用潜力进行展望,提出研究中的不足和今后的研究方向。

关键词：金属硫蛋白水生无脊椎动物进展

鸡IL-6和IL-18基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

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中国兽医学报 2014年第6期34卷 883-888页

作者：金元昌李玉峰袁志栋湖南科技大学生命科学学院湖南湘潭411201

本研究旨在建立鸡白细胞介素6(interleukin-6,IL-6)和白细胞介素18(IL-18)基因实时荧光定量PCR(Realtime FQ-PCR)检测方法。应用RT-PCR方法扩增鸡外周血淋巴白细胞(peripheral blood leukocytes,PBLs)的IL-6和IL-18基因片断,分别克隆至pGM-T载体上,将浓度梯度的IL-6和IL-18基因的重组质粒DNA进行实时荧光定量PCR,并建立相应的标准曲线。经PCR、双酶切和测序分析显示,成功地构建了重组克隆质粒pGM-T-IL-6和pGM-T-IL-18。标准曲线分析显示,IL-6和IL-18基因标准曲线的Ct值与其标准品浓度的对数值之间有良好的线性关系,IL-6和IL-18检测的灵敏度均达到10拷贝/μL。为下一步应用实时荧光定量PCR技术检测IL-6和IL-18基因的转录水平奠定了基础。

关键词：鸡白细胞介素6 白细胞介素18 Real-time FQ-PCR 标准曲线

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microRNA序列和表达模式的多样性

生物化学与生物物理进展 2015年第8期42卷 689-696页

作者：丁素萍刘丽莉黄婷王营严明理袁志栋湖南科技大学生命科学学院湘潭411201 重金属污染土壤生态修复与安全利用湖南省高校重点实验室湘潭411201

microRNA(miRNA)在后生动植物细胞分化、生长发育、正常生理功能的维持、疾病的发生发展和转归中发挥重要功能.通常认为,已知miRNA对应的序列就是存储于miRBase数据库中相应的成熟miRNA序列.然而,人们忽视了miRNA序列长度和碱基的可变性... 详细信息

microRNA(miRNA)在后生动植物细胞分化、生长发育、正常生理功能的维持、疾病的发生发展和转归中发挥重要功能.通常认为,已知miRNA对应的序列就是存储于miRBase数据库中相应的成熟miRNA序列.然而,人们忽视了miRNA序列长度和碱基的可变性,低估了来源于同一miRNA基因、非主要表达的miRNA的多样性及其功能的重要性.由于测序技术的快速发展和广泛使用,人们利用二代测序技术数据发现了miRNA序列和miRNA表达水平的多样性.基于miRNA序列和表达的多样性,本文介绍了miRNA序列5′端、3′端和内部的变异体、miRNA变异体的时空差异性表达和miRNA优势表达臂转换等方面近年来的研究进展.

关键词： miRNA 多样性 isomiR miRNA编辑臂转换

短尾负鼠microRNA前体的计算鉴定与分析

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生命科学研究 2013年第4期17卷 283-291页

作者：姜毅罗野婯刘沅郑新娟孙远东袁志栋湖南科技大学生命科学学院中国湖南湘潭411201

目前,关于microRNA(miRNA)的研究越来越多,但是有关负鼠miRNA的研究却相对较少.为了研究灰色短尾负鼠(Monodelphis domestica)的miRNA,以人和小鼠的miRNA为参考序列,分别利用BLAST、比较基因组学两种方法获得可能的短尾负鼠前体序列(pre... 详细信息

目前,关于microRNA(miRNA)的研究越来越多,但是有关负鼠miRNA的研究却相对较少.为了研究灰色短尾负鼠(Monodelphis domestica)的miRNA,以人和小鼠的miRNA为参考序列,分别利用BLAST、比较基因组学两种方法获得可能的短尾负鼠前体序列(pre-miRNA),并各自用机器学习方法分类鉴定,取这两个结果的交集即得到54条新的短尾负鼠pre-miRNA.将这些新发现的pre-miRNA与miRBase19中已经报道的156条pre-miRNA序列合并,设置miRNA基因间距为5 000 bp时,这些miRNA基因可以形成26个基因簇.这些新发现的miRNA均位于编码基因的间区,同时除部分外,新发现的miRNA基因可以归类到31个已知的miRNA家族.最后,计算分析了保守的新发现的39个miRNA基因的靶基因及其功能.

关键词： miRNA BLAST 比较基因组学短尾负鼠

鸡MHC Ⅱ基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

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中国兽医学报 2014年第12期34卷 1912-1915页

作者：金元昌李玉峰袁志栋湖南科技大学生命科学学院湖南湘潭411201

为了建立鸡主要组织相容性复合体Ⅱ类(major histocompatibility complex class II,MHC II)基因实时荧光定量PCR(real-time FQ-PCR)的检测方法。本研究应用RT-PCR方法扩增鸡外周血淋巴白细胞(peripheral blood leukocytes,PBLs)的MHC II基因片断,将得到的目标片断克隆至pGM-T载体上,然后对重组质粒进行双酶切、PCR及测序鉴定;利用浓度梯度MHC II基因的重组标准品质粒DNA进行Real-time FQ-PCR,建立MHC II基因的标准曲线。经双酶切、PCR及测序分析显示,成功构建重组克隆质粒pGM-T-MHC II;对标准曲线进行分析表明,Ct值与其标准品浓度的对数值之间有良好的线性关系,为下一步应用Real-time FQ-PCR技术检测MHC II基因的转录水平奠定了基础。

关键词：鸡 MHC II Real-time FQ-PCR 标准曲线

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人工诱导湘云金鳙雌核发育的研究

水产学报 2015年第1期39卷 8-15页

作者：孙远东袁志栋谭树华范军豪周工健湖南科技大学生命科学学院湖南湘云生物科技有限公司

湘云金鳙的卵子经适宜UV剂量灭活处理的异源四倍体鲫鲤精子激活后,在4;℃下冷休克11;3 min,抑制第二极体排出和第一次卵裂使染色体加倍,成功获得了极体雌核发育（mei G）和有丝分裂雌核发育（mit G）湘云金鳙二倍体个体。结果发现,用异... 详细信息

湘云金鳙的卵子经适宜UV剂量灭活处理的异源四倍体鲫鲤精子激活后,在4;℃下冷休克11;3 min,抑制第二极体排出和第一次卵裂使染色体加倍,成功获得了极体雌核发育（mei G）和有丝分裂雌核发育（mit G）湘云金鳙二倍体个体。结果发现,用异源四倍体鲫鲤精子诱导获得mei G、mit G成活率可达到19.4%±2.3%和7.3%±1.9%。运用形态学测量、染色体计数和微卫星标记技术对雌核发育二倍体个体（mei G、mit G）进行了分析,其染色体数目为48;微卫星分析表明,雌核发育二倍体基因组完全来自于母本,没有受到父本染色体的污染,证实其为雌核发育二倍体。对雌核发育湘云金鳙性腺发育进行连续跟踪观察,所有雌核发育个体全为雌性,其中89%的个体的卵巢发育正常,为证明其雌性的性别决定类型为XX提供了证据。此外,雌核发育湘云金鳙F1的体色较普通湘云金鳙的体色偏红。雌核发育湘云金鳙的获得对其体色的稳定、种质资源的遗传改良和性别决定的研究等具有一定意义。

关键词：湘云金鳙雌核发育遗传育种体色