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河南许昌市委办公室(市档案局)加强档案管理制度化建设 002

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基于蛋白语言模型ESM的噬菌体分类及SARS-CoV-2病毒突变分析研究

中国档案报

作者：李天伟董可帅

本报讯近期，河南省许昌市委办公室（市档案局）在局馆联动、网格推动、典型驱动、示范带动等方面加强档案管理制度化建设，推动档案工作高质量发展。围绕全市档案工作中的全局性问题和重点难点工作，许昌市委办公室（市档案局）、市... 详细信息

本报讯近期，河南省许昌市委办公室（市档案局）在局馆联动、网格推动、典型驱动、示范带动等方面加强档案管理制度化建设，推动档案工作高质量发展。围绕全市档案工作中的全局性问题和重点难点工作，许昌市委办公室（市档案局）、市档案馆通过局馆协商制度，定期研究解决

关键词：档案局市委办公室管理制度化河南许昌

来源： cnki报纸评论

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基于蛋白语言模型ESM的噬菌体分类及SARS-CoV-2病毒突变分析研究

作者：董可北京化工大学

学位级别：硕士

随着测序技术的发展,积累了大量的蛋白序列数据,这为大型的蛋白语言模型发展提供了必要条件。ESM(Evolutionary Scale Modeling)是一系列基于transformer的蛋白语言模型,ESM模型发展经历了很多个阶段,从最初的ESM-1b再到ESM-2,ESM模型... 详细信息

随着测序技术的发展,积累了大量的蛋白序列数据,这为大型的蛋白语言模型发展提供了必要条件。ESM(Evolutionary Scale Modeling)是一系列基于transformer的蛋白语言模型,ESM模型发展经历了很多个阶段,从最初的ESM-1b再到ESM-2,ESM模型不断的改进和发展,推动了蛋白质的结构预测和功能预测。噬菌体中的基因分为必需基因和非必需基因,对噬菌体的基因进行分类,去除其非必需基因,从而增加其DNA包装容量,装载更多有用的功能性基因,可以扩大噬菌体在生物技术领域的应用,但目前采用机器学习的方法对噬菌体必需基因进行分类,效果欠佳。ESM-2是ESM系列最新的模型,被广泛应用于蛋白质结构和功能预测以及蛋白质序列分析中,因此,本文针对必需基因分类问题,提出了一个基于ESM-2的必需基因分类模型G-ESM,以提高必需基因分类效果。SARSCoV-2跟噬菌体一样,同属于病毒,也可以采用蛋白语言分析,ESM-1v模型是一个零学习模型,在数亿蛋白质序列上训练,能捕捉到蛋白质序列突变效应,为了加深对SARS-CoV-2突变的认识,本文应用ESM-1v模型用于分析SARS-CoV-2的突变,探究突变本身以及不同谱系突变的区别。具体而言,本文的工作分为以下三个部分:(1)构建噬菌体数据集。针对当前对噬菌体有关必需基因分类的数据较为缺乏,本文根据国家生物技术中心(NCBI)的数据,构建了一个噬菌体数据集D1,包含了1007条蛋白序列。通过查阅相关文献,构建了一个基于CRISPR/Cas9的噬菌体数据集D2,包含了603种蛋白序列。(2)本文首次将蛋白语言模型应用于噬菌体必需基因分类中,提出了一个基于ESM-2的必需基因分类模型G-ESM。当前在对必需基因分类的模型中,EP-GBDT和DeepCellEss分类效果较好,本文提出的G-ESM效果更佳,其中AUC超过了其它模型。由于数据集较少,本文采用了五折交叉验证,为了进一步验证模型的性能,在人类必需基因数据集D3上进行了重复实验。本文还采用了focalloss损失函数解决了因数据集类别不均,导致训练效果较差的问题。(3)对SARS-CoV-2的突变进行统计分析并使用蛋白语言模型ESM-1v分析SARS-CoV-2突变。本文从全球流感数据共享倡议(GISAID)网站上下载了1300万条蛋白序列数据,进行统计分析发现,Omicron包含了大量的突变,占整体突变的85%,且在可突变空间较少时,依然产生了大量的新发突变。当前分析SARS-CoV-2突变仅限于突变对功能的影响,并没有探究突变的规律,本文通过将蛋白语言模型ESM-1v应用于SARSCoV-2的突变分析,代替生物实验方法,通过分析发现,Omicron谱系的突变不符合一般蛋白序列突变模式,整体突变的分数与排名趋势偏低。为进一步验证结论,本文还对模型进行微调,并采用ESM-2模型进行验证。最后通过统计SARS-CoV-2的关键突变在Omicron谱系中的比例,以对此现象进行解释。通过此发现,针对于当前Omicron谱系突变模拟,给出了一般性建议。

关键词：噬菌体必需基因蛋白语言模型严重急性呼吸综合征冠状病毒2 奥密克戎

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不孕症合并生长激素缺乏的诊治

中国实用妇科与产科杂志 2024年第6期40卷 587-592页

作者：罗璐董可欣中山大学附属第一医院生殖中心广东广州510080

生长激素在调节生长发育和代谢中起着关键作用,在女性生殖方面亦有不可替代的作用。各种原因导致的生长激素绝对缺乏除影响生长发育外,还会对女性生殖功能,包括卵泡募集和发育、排卵和黄体功能、胚胎种植及妊娠维持等产生影响。值得注... 详细信息

生长激素在调节生长发育和代谢中起着关键作用,在女性生殖方面亦有不可替代的作用。各种原因导致的生长激素绝对缺乏除影响生长发育外,还会对女性生殖功能,包括卵泡募集和发育、排卵和黄体功能、胚胎种植及妊娠维持等产生影响。值得注意的是,与年龄增长相关的后天性生长激素水平下降可能导致生长激素相对缺乏,从而影响多种生殖病理改变。虽然存在争议,但有证据表明,不孕症合并生长激素相对缺乏的女性在卵巢刺激期间使用生长激素可在一定程度上提高辅助生殖技术治疗的效率,包括卵母细胞数量、受精率、胚胎质量、胚胎种植率、妊娠率和活产率,特别对于卵巢低反应和反复植入失败的患者。因此,不孕症合并生长激素相对缺乏的临床诊断标准及治疗规范亟需进一步明确。

关键词：生长激素缺乏不孕症辅助生殖技术诊断治疗

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Hes1在肝细胞癌中的表达及意义

临床外科杂志 2014年第9期22卷 659-662页

作者：李常海廖铂张尊义涂震宵童兵吴俣董可帅陈孝平华中科技大学同济医学院附属同济医院肝脏外科中心武汉430030

目的：检测Hes1基因在人肝细胞癌、癌旁、肝硬化和正常肝组织中的表达情况，分析其与乙肝病毒（HBV）的关系和临床意义，探讨Hes1通路在HBV致癌过程中发挥的作用。方法通过免疫组化技术检测60例人肝细胞癌标本（癌、癌旁组织），20例肝... 详细信息

目的：检测Hes1基因在人肝细胞癌、癌旁、肝硬化和正常肝组织中的表达情况，分析其与乙肝病毒（HBV）的关系和临床意义，探讨Hes1通路在HBV致癌过程中发挥的作用。方法通过免疫组化技术检测60例人肝细胞癌标本（癌、癌旁组织），20例肝硬化组织和20例正常肝组织标本中Hes1蛋白的表达情况；同时利用蛋白质印迹技术（Western-Blot）技术对组化结果进行验证（分别检测10例标本）。比较Hes1在四种组织中的表达差异，分析其与HBV的相关性和与分化程度的关系。结果免疫组化显示，Hes1蛋白在肝癌组织中呈强阳性表达，癌旁和肝硬化组织中呈中度阳性表达，而正常肝组织中呈阴性表达；Hes1在肝癌、癌旁、肝硬化和正常肝组织中的阳性率分别为65．12％、40．23％、32．23％和15．00％，差异有统计学意义（P＜0．05）。Hes1在癌旁和肝硬化组织中表达无差别（P＞0．05）。在HBsAg阳性和HBsAg阴性肝组织中，前者的阳性率显著高于后者（P＜0．05），Hes1的表达与HBV呈显著正相关（r＝0．787，P＝0．001）。低分化肝细胞癌中Hes1的表达明显强于高分化肝细胞癌（P＜0．05）。结论 Hes1在肝癌组织中表达升高与肝癌的发生发展有关，Hes1在HBV相关性肝癌的发病机制中可能起重要作用，Hes1高表达可能意味着预后较差。

关键词： Hes1 乙肝病毒肝细胞癌

基于CBAS_Unet的无人机多视角影像钢轨线自动提取方法

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中国铁道科学 2024年第3期45卷 26-37页

作者：王广帅中国铁路设计集团有限公司测绘地理信息研究院天津300251 天津市轨道交通导航定位及时空大数据技术重点实验室天津300251

针对无人机影像场景复杂、视角差异大、异物遮挡多,因而难以实现影像钢轨线高精度自动提取的问题,提出基于CBAS_Unet的无人机多视角影像钢轨线自动提取方法。在传统U-net网络基础上增加并行的空洞空间金字塔模块(Atrous Spatial Pyramid... 详细信息

针对无人机影像场景复杂、视角差异大、异物遮挡多,因而难以实现影像钢轨线高精度自动提取的问题,提出基于CBAS_Unet的无人机多视角影像钢轨线自动提取方法。在传统U-net网络基础上增加并行的空洞空间金字塔模块(Atrous Spatial Pyramid Pooling,ASPP)及卷积注意力模块(Convolutional Block Attention Module,CBAM),以增强网络对不同尺度的邻域信息的获取能力,有效提升对钢轨的分割性能;再通过基于RANSAC最小二乘拟合的像素编组及邻域钢轨线串联,实现完整钢轨矢量线的高精度提取。结果表明:与Unet及Deeplab v3+2种经典模型相比,所提方法针对多视角无人机影像钢轨分割的交并比分别提升2.09%和1.98%,综合能力评价指标分别提升1.50和1.42;钢轨线提取完整度达到了90.7%,优于U-net模型的83.3%;钢轨线提取的误差平均值约0.58像素,中误差约0.77像素,实现了亚像素级的钢轨线提取。该方法能够满足无人机多视角影像中钢轨线提取的自动化、完整性以及高精度应用的需求。

关键词：无人机影像钢轨线提取空洞空间金字塔注意力机制 U-net

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超薄空间复杂边界条件下气体流动压降实验

化工学报 2024年第7期75卷 2505-2521页

作者：董可豪周敬之周峰陈海家淮秀兰李栋南京师范大学能源与机械工程学院江苏南京210023 中国科学院大学南京学院江苏南京211135 中科南京未来能源系统研究院江苏南京211135 中国科学院工程热物理研究所北京100190

随着超薄热管等元件进一步超薄化,蒸汽腔厚度减小导致蒸汽流动压降急剧增大,传热热阻增加,传输极限降低。搭建了超薄受限空间气体流动压降实验装置,开展空气流动实验,获得了不同通道高度(0.1~0.5 mm)、不同表面丝网孔径(0.036~0.104 mm... 详细信息

随着超薄热管等元件进一步超薄化,蒸汽腔厚度减小导致蒸汽流动压降急剧增大,传热热阻增加,传输极限降低。搭建了超薄受限空间气体流动压降实验装置,开展空气流动实验,获得了不同通道高度(0.1~0.5 mm)、不同表面丝网孔径(0.036~0.104 mm)和不同流速(1~10 m/s)下的压降变化。结果表明:通道高度和流速对压降产生显著影响,而表面丝网孔径并不会;3个影响因素按显著程度依次为通道高度、流速、表面丝网孔径;随表面丝网孔径的减小,压降逐渐增大;随通道高度的减小,压降先缓慢增大,在减至0.3 mm后压降开始剧烈上升;随流速的增加,压降增大且近似呈正比例变化关系。最后基于实验数据修正了微通道层流情况下沿程阻力系数相关性预测关联式,以便更准确地预测气体压降。

关键词：微通道流动摩擦因子微尺度压降超薄均热板超薄环路热管

黄芪多糖提取方法、生物学功能及其在动物生产中的应用

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动物营养学报 2024年第8期36卷 4872-4880页

作者：曾致罗羽欣董可沈留红四川农业大学动物医学院成都611130 四川育强本草生物技术有限公司成都611130

黄芪属于豆科黄芪属植物,富含多糖、皂甙、黄酮、氨基酸等活性成分。其中,黄芪多糖作为黄芪主要生物活性成分之一,可通过调节动物机体核因子E2相关因子2、核因子-κB等信号通路发挥免疫调节、抗炎、抗氧化等作用,已在家禽、猪、反刍动... 详细信息

黄芪属于豆科黄芪属植物,富含多糖、皂甙、黄酮、氨基酸等活性成分。其中,黄芪多糖作为黄芪主要生物活性成分之一,可通过调节动物机体核因子E2相关因子2、核因子-κB等信号通路发挥免疫调节、抗炎、抗氧化等作用,已在家禽、猪、反刍动物和水生动物等养殖生产中广泛应用。本文从黄芪多糖的提取方法、生物学功能及其在动物生产中的应用等方面进行综述,以期为黄芪多糖的进一步研究和开发利用提供参考。

关键词：黄芪多糖提取方法生物学功能动物生产应用

基于TCN-GAT与混合神经网络的汽车涂装烘干系统能耗异常检测

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中国机械工程 2024年

作者：李聪波翟贺旺吴畏董可张祥飞重庆大学高端装备机械传动全国重点实验室

汽车涂装烘干系统长期处于高温高压的工作环境，设备、管路易发生劣化导致生产异常，能耗作为系统运行状态最直接的反映，可为判别系统是否存在异常提供指导。因此，本文提出一种基于TCN-GAT与混合神经网络的烘干系统能耗异常检测方法... 详细信息

汽车涂装烘干系统长期处于高温高压的工作环境，设备、管路易发生劣化导致生产异常，能耗作为系统运行状态最直接的反映，可为判别系统是否存在异常提供指导。因此，本文提出一种基于TCN-GAT与混合神经网络的烘干系统能耗异常检测方法。首先，引入多尺度时间卷积网络(TCN)和多头图注意力网络(GAT)分别捕获温度、压力等数据的时间特征与空间特征；其次，联合反向传播神经网络(BPNN)与变分自编码器(VAE)搭建异常检测模型；然后，基于预测误差与重构概率构建能耗异常指标，并引入超阈值模型(POT)拟合帕累托分布建立异常阈值；最后在重庆某汽车工厂涂装车间开展案例验证，利用物联网设备(IoT)采集烘干系统能耗等数据，通过数据分析验证了所提方法的有效性和优越性。

关键词：烘干系统时空特征提取能耗异常检测能耗异常指标