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新冠病毒非选择性突变增加相关的非结构蛋白突变探究

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病毒学报 2024年

作者：边紫薇刘蕊艳欧阳灏童马李恩胡贵方王海鹰南方医科大学公共卫生学院流行病学系

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（新冠病毒，Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2）基因组不断发生变异，新冠病毒非结构蛋白可影响新冠病毒基因组复制和组装。研究发现，通常认为比较保守的非结构蛋白也存在... 详细信息

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（新冠病毒，Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2）基因组不断发生变异，新冠病毒非结构蛋白可影响新冠病毒基因组复制和组装。研究发现，通常认为比较保守的非结构蛋白也存在不同程度的变异。本研究旨在找出可能与新冠病毒非选择性突变增加相关的热点非结构蛋白基因突变。从全球共享流感数据倡议组织（Global Initiative of Sharing All Influenza Data, GISAID）数据库下载新冠病毒序列，将得到的序列与参考序列进行比对得到各序列突变情况。采用逻辑回归检验方法筛选出与病毒非选择性突变增加相关的非结构蛋白，分析这些非结构蛋白中突变频率前五位的核苷酸突变与病毒非选择性突变的关系，找出与非选择性突变频率增加有关的热点核苷酸突变。本研究共纳入236,235条序列进行分析，各序列突变数量平均值为39.11。选取选择压力较小的M蛋白和E蛋白（Membrane protein or Envelope protein, MoE）的突变总和代表病毒非选择性突变。调整发病时间、地理位置及变异株等因素后，多因素逻辑回归显示，NSP1中T670G、T445C、C745T,NSP3中C3037T、C7124T、C6402T,NSP4中C8986T、G9053T、C9891T,NSP6中T11418C、C11514T,NSP7中C11956T、C12008T,NSP12中C14408T,NSP13中C16466T、A17615G,NSP14中C19220T、A18163G、C18744T、C18877T、C19524T与MoE突变呈正相关（P<0.05），与病毒非选择性突变增加有关。新冠病毒非结构蛋白NSP1、NSP3、NSP4、NSP6、NSP7、NSP8、NSP12、NSP13、NSP14的某些热点核苷酸突变可能与基因组非选择突变增加有关。

关键词： SARS-CoV-2 突变非结构蛋白非选择性突变

新冠病毒非结构蛋白氨基酸变异与疾病严重程度的关系探究

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现代预防医学 2024年第11期51卷 2094-2099页

作者：边紫薇李东黄小丽徐映华王茜刘书洁胡贵方王海鹰南方医科大学公共卫生学院流行病学系

目的本研究旨在探讨严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（severe acute respiratory syndrome corona coronavirus 2,SARS-CoV-2）非结构蛋白氨基酸变异是否与新型冠状病毒感染（corona virus disease 2019,COVID-19）疾病严重程度有关。方... 详细信息

目的本研究旨在探讨严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（severe acute respiratory syndrome corona coronavirus 2,SARS-CoV-2）非结构蛋白氨基酸变异是否与新型冠状病毒感染（corona virus disease 2019,COVID-19）疾病严重程度有关。方法对全球共享流感数据倡议组织（GISAID）数据库得到的数据进行分析，筛选SARS-CoV-2序列中突变频率较高的非结构蛋白氨基酸突变。将患者结果分为轻症和重症，采用χ2检验比较组间基线特征，逻辑回归检验选择的突变与患者预后之间的关系。结果共纳入数据23 498例，其中男性11 444例（48.70%），女性12 054例（51.30%），中位数年龄[M（P25,P75）]为38（26,53）岁。男性新冠病毒感染重症率高于女性（χ2=226.564,P<0.001）；随着年龄增加（χ2=6 088.032,P<0.001），新冠病毒感染重症率增加。发病年份（χ2=1 604.070,P<0.001）、大洲（χ2=4 520.240,P<0.001）与新冠病毒感染严重程度显著相关。确定了SARS-CoV-2基因组中几种可能与新冠病毒感染严重程度相关的氨基酸变异，NSP4＿T492I（aOR=0.574, 95%CI:0.487～0.676）、NSP12＿G671S （aOR=0.657, 95%CI:0.458～0.941）、NSP6＿T77A（aOR=0.422, 95%CI:0.235～0.759）、NSP3＿P1228L （aOR=0.124, 95%CI:0.080～0.190）与新冠病毒感染重症呈负相关，而NSP12＿P323L （aOR=2.126, 95%CI:1.531～2.953）、NSP13＿P77L （aOR=1.923, 95%CI:1.115～2.369）、NSP14＿A394V（aOR=20.486, 95%CI:9.649～43.495）与新冠病毒感染重症呈正相关。结论 SARS-CoV-2非结构蛋白氨基酸变异可能与新冠病毒感染严重程度相关，需要进一步验证筛选可能与新冠病毒感染严重程度相关的非结构蛋白氨基酸变异。

关键词： SARS-CoV-2 疾病严重程度氨基酸变异非结构蛋白新冠病毒感染

江门市两条新型HIV-1 CRF55_01B/CRF07_BC重组体的基因组特征分析

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病毒学报 2022年第5期38卷 1150-1159页

作者：李志菊屈雅丽关心王立华张冬合胡贵方南方医科大学公共卫生学院流行病学系广州510515 江门市疾病预防控制中心江门529030

不同亚型和循环重组亚型(Circulating recombinant forms,CRFs)在同一人群中的传播往往导致独特重组型(Unique recombinant forms,URFs)的出现。在本研究中,我们发现了两条新的HIV-1 CRF55_01B/CRF07_BC第二代重组体(Second-generation recombinant forms,SGRs),它们分别来自江门市的同性恋和异性恋群体。系统进化分析表明,***44和***64的近全长基因组(Near full-length genomes,NFLGs)均以CRF55_01B为骨架,插入了CRF07_BC的基因片段,但断点位置不同。将本研究发现的两种新的NFLGs与其他研究中发现的CRF55_01B/CRF07_BC SGRs进行比较,目前未发现有相同的CRF55_01B/CRF07_BC重组体。

关键词： HIV-1 CRF55_01B/CRF07_BC 江门地区重组体

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非计划再入院患者的分布特征及影响因素

中国病案 2023年第3期24卷 56-59页

作者：郭慧玲胡贵方南方医科大学公共卫生学院广东省广州市510515

目的探讨某三级综合医院2020年1月1日-2020年12月31日期间住院患者非计划再入院的影响因素,为减少重复入院提供依据,提高医疗资源的利用效率和医院管理质量。方法采用Excel 2013软件对某院2020年1月1日-2020年12月31日期间住院患者数... 详细信息

目的探讨某三级综合医院2020年1月1日-2020年12月31日期间住院患者非计划再入院的影响因素,为减少重复入院提供依据,提高医疗资源的利用效率和医院管理质量。方法采用Excel 2013软件对某院2020年1月1日-2020年12月31日期间住院患者数据75810人次进行初步整理和分析,利用SPSS25.0软件先对各影响因素进行统计描述、单因素关联分析,将单因素分析结果中P<0.05的变量纳入多因素二分类Logistic回归。结果非计划再入院患者2016人次,非计划再入院率2.66%。相对于男性患者,女性降低了非计划再入院的风险(OR=0.82,95%CI 0.75-0.90, P<0.05),住院天数是非计划再入院的保护因素(OR=0.97,95%CI 0.96-0.98, P<0.05),其他离院方式(OR=1.05,95%CI 1.01-1.10,P=0.03)、手术(OR=1.93,95%CI 1.63-2.27, P<0.05)增加了非计划再入院的风险;年龄组、疾病分型和手术级别与非计划再入院呈正相关,差异具有统计学意义。结论非计划再入院的主要影响因素包括患者性别、年龄组、离院方式、疾病分型、是否手术、手术级别、住院天数。医院应重视非计划再入院指标,加强非计划再入院的管理和诊疗规范,增强老年患者的健康宣教,制定合理的监管指标和考核体系,有效降低非计划再入院率。

关键词：非计划再入院单因素关联分析 Logistic回归影响因素策略

广州市“5.10”大观路危险化学品灾害事故分析

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第三军医大学学报 2006年第24期28卷 2483-2484页

作者：葛长荣胡贵方俞守义南方医科大学公共卫生与热带医学学院流行病系广州510515

2006年5月10日广州市大观路发生一起化学事故,现对事故的经过、起因和应急处置情况进行分析,以期能揭示目前存在的问题,总结成功处置的经验,最终为相关职能部门做出防范、处置城市化学灾害事故的科学决策提供启示.

关键词：危险化学品重大危险源化学事故应急救援

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l6Mn钢焊接接头疲劳裂纹的扩展

机械强度 1990年第4期12卷 69-73页

作者：胡贵方葛太华郑州纺织工学院洛阳拖拉机厂

用金相分析、电镜观察和断裂力学分析方法,对16Mn钢常用的两种焊接工艺即CO_2气体保护焊和手工电弧焊的焊接接头(包括焊缝区和热影响区)、疲劳裂纹的扩展规律进行了初步探讨。测定了两种焊接工艺在两种应力比时,焊接接头中疲劳裂纹的扩... 详细信息

用金相分析、电镜观察和断裂力学分析方法,对16Mn钢常用的两种焊接工艺即CO_2气体保护焊和手工电弧焊的焊接接头(包括焊缝区和热影响区)、疲劳裂纹的扩展规律进行了初步探讨。测定了两种焊接工艺在两种应力比时,焊接接头中疲劳裂纹的扩展速率。并确定了Paris公式中的c、n数值。观察了疲劳裂纹的萌生和扩展的全过程。

关键词： 16Mn钢焊接接头疲劳裂纹护展

肿瘤患者血清过氧化脂质和水溶性荧光物质的变化

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陆军军医大学学报 1991年第5期13卷 500-501页

作者：糜漫天胡贵方夏文彬第三军医大学卫防系营养卫生教研室第三军医大学卫防系营养卫生教研室 630038

过氧化脂质(LPO)是游离的或结合的不饱和脂肪酸受自由基的作用而形成的过氧化物,水溶性荧光物质(WSFS)是一些脂类过氧化物降解产物和血清蛋白质的结合物,它们可作为体内脂类过氧化的指标。近来发现自由基与肿瘤的关系较为密切,为此本研... 详细信息

过氧化脂质(LPO)是游离的或结合的不饱和脂肪酸受自由基的作用而形成的过氧化物,水溶性荧光物质(WSFS)是一些脂类过氧化物降解产物和血清蛋白质的结合物,它们可作为体内脂类过氧化的指标。近来发现自由基与肿瘤的关系较为密切,为此本研究用两种方法间接测定了不同类型肿瘤患者血清自由基的含量,以期更好说明自由基与肿瘤发生的关系。

关键词：肿瘤过氧化脂质水溶性荧光物质

空气微生物气溶胶富集、检测与空气消毒技术研究进展

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中国消毒学杂志 2012年第12期29卷 1115-1120页

作者：谈书勤胡贵方顾大勇南方医科大学广州510515 深圳出入境检验检疫局

空气微生物气溶胶与人类生活和健康密切相关,对空气微生物气溶胶的富集、检测和消毒是实现微生物气溶胶监测和处理的基础。气溶胶（aerosol）是指固态或液态微粒悬浮在气体介质中的分散体系。根据微粒存在状态可以把气溶胶分为固态气溶... 详细信息

空气微生物气溶胶与人类生活和健康密切相关,对空气微生物气溶胶的富集、检测和消毒是实现微生物气溶胶监测和处理的基础。气溶胶（aerosol）是指固态或液态微粒悬浮在气体介质中的分散体系。根据微粒存在状态可以把气溶胶分为固态气溶胶和液态气溶胶;

关键词：空气微生物气溶胶富集检测

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广东省禽流感/流感专题学术研讨会会议纪要

第一军医大学学报 2005年第12期25卷 1587-1588页

作者：俞守义陈清胡贵方广东省热带医学学会广东省预防医学会流行病学专业委员会广东广州510515

2005年11月8日,广东省热带医学会联合广东省预防医学会流行病专业委员会在南方医科大学举行了“广东省禽流感/流感专题学术研讨会”。针对当前禽流感的流行态势,与会专家经过认真讨论后,达成如下共识:目前禽流感病毒H5N1未具备导致人流... 详细信息

2005年11月8日,广东省热带医学会联合广东省预防医学会流行病专业委员会在南方医科大学举行了“广东省禽流感/流感专题学术研讨会”。针对当前禽流感的流行态势,与会专家经过认真讨论后,达成如下共识:目前禽流感病毒H5N1未具备导致人流感大流行的条件,但存在可疑的人传人个案发生的病例报告,H5N1宿主范围和流行区域在不断扩大;发生新的流感大流行是不可避免的,而且有可能对人类产生灾难性后果;政府对禽流感和可能发生的流感大流行既要高度重视,但也应该保持适度的理性,要重视科学家的作用,及时组织科学家根据我国的实际情况预测广东省流感可能发生的规模和应采取的对策;加大对禽流感科学研究的投入,重点开展流感流行的预测和监测方法、早期快速诊断技术、流感病毒的变异规律、禽流感病毒感染人和适应人类宿主的机制、有效防治药物和措施、疫苗制备等方面的研究;加强禽流感实验室生物安全管理,严防病毒从实验室逸出;呼吁新闻媒体客观报道禽流感方面的消息,须在专家的指导下发布有关防治禽流感和人流感的消息,以免引起公众不必要的恐慌。

关键词：禽流感流感大流行会议纪要广东省