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细菌全基因组测序技术用于沙门氏菌流行病学调查的可行性分析

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中国动物检疫 2022年第6期39卷 125-131页

作者：林本夫任欣悦袁晓琪梁梦诗丘穗萍潘婧淇原丽红广州市花都区动物卫生监督所广东广州510800 广东药科大学生命科学与生物制药学院广东广州510006

为探讨细菌全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)技术在基层沙门氏菌防控中的优势与可行性,对前期分离的9株沙门氏菌进行细菌全基因组测序,并进行血清型预测、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和耐药基因分析,将... 详细信息

为探讨细菌全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)技术在基层沙门氏菌防控中的优势与可行性,对前期分离的9株沙门氏菌进行细菌全基因组测序,并进行血清型预测、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和耐药基因分析,将全基因组测序结果与传统血清分型和耐药性分析结果进行对比。结果显示:基于全基因组测序数据的血清分型结果与传统血清分型结果符合率为100%,两种方法对9株沙门氏菌血清分型结果完全一致;两种方法分析出的β-内酰胺类、氯霉素类、喹诺酮类和氨基糖苷类药物的耐药基因与耐药表型符合率为100%,即耐药菌株中均含有4大类抗菌药物的耐药基因;用全基因组测序检测到利福平、磺胺类和四环素3大类抗菌药物的7个耐药基因,表明9株沙门氏菌可能对这3大类抗菌药物耐药。结果表明:全基因组测序结果与传统实验室诊断结果完全一致,且具有快速、低成本、操作简单等优势,并且随着测序技术的发展,其检测成本和周期将进一步缩减,因此基于细菌全基因组测序开发沙门氏菌快速分型和耐药性分析方法有一定的应用价值和可行性。

关键词：沙门氏菌基因分型耐药基因细菌全基因组测序

基于One health理念开展广州市花都区禽类养殖产业链沙门菌本底调查

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热带医学杂志 2023年第10期23卷 1456-1460页

作者：林本夫孙新宇丘穗萍袁晓琪梁梦诗潘婧淇陆家海原丽红广州市花都区动物卫生监督所广东广州510800 广东药科大学生命科学与生物制药学院广东广州510006 中山大学公共卫生学院广东广州510080

目的基于One health理念,评估广州市花都区禽类养殖、屠宰和销售过程中沙门菌污染的关键环节和潜在的传播风险。方法采集人群鼻拭子、禽类口腔/泄殖腔拭子样品、环境(空气、土壤、污泥等)样品;根据GB4789.4-2016进行沙门菌增菌、选择性... 详细信息

目的基于One health理念,评估广州市花都区禽类养殖、屠宰和销售过程中沙门菌污染的关键环节和潜在的传播风险。方法采集人群鼻拭子、禽类口腔/泄殖腔拭子样品、环境(空气、土壤、污泥等)样品;根据GB4789.4-2016进行沙门菌增菌、选择性培养,阳性样品进行PCR复筛鉴定和统计分析。结果共采集人、动物、环境样品361份,沙门菌总检出率为11.36%,其中屠宰环节沙门菌检出率最高(18.82%),职业人群鼻拭子沙门菌阳性率(35.00%)显著高于普通人群(0.00%)。不同环境样品间沙门菌阳性率差异有统计学意义(P<0.05),其中污泥样品沙门菌污染最严重(55.56%),空气气溶胶次之(37.50%)。此外,鹦鹉样品沙门菌检出率显著高于家禽(29.17%vs.3.33%),差异有统计学意义(χ^(2)=9.411,P<0.05)。结论屠宰场是沙门菌污染的关键环节,应做好污水和空气消杀,防止沙门菌外溢,职业人群应定期体检。此外,应加强对鹦鹉等特种禽类沙门菌的日常监控。

关键词： One health 禽类产业链沙门菌食源性致病菌

广东省广州市猪禽屠宰场环境沙门氏菌血清分型与耐药性分析

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中国动物检疫 2021年第4期38卷 44-50页

作者：林本夫潘婧淇梁梦诗丘穗萍袁晓琪王梦华原丽红广州市花都区动物卫生监督所广东广州510800 广东药科大学生命科学与生物制药学院广东广州510006 仲恺农业工程学院广东广州510000

为了解广东省广州市屠宰环节环境中沙门氏菌血清型分布及其耐药性,对广州市大型生猪、家禽屠宰企业环境进行监控,对比分析猪禽屠宰场污染的沙门氏菌主要血清型和耐药谱。采集屠宰场的空气、土壤、污泥样品,以及运输车辆、待宰圈/舍、屠... 详细信息

为了解广东省广州市屠宰环节环境中沙门氏菌血清型分布及其耐药性,对广州市大型生猪、家禽屠宰企业环境进行监控,对比分析猪禽屠宰场污染的沙门氏菌主要血清型和耐药谱。采集屠宰场的空气、土壤、污泥样品,以及运输车辆、待宰圈/舍、屠宰车间等环境拭子样品,利用沙门氏菌特异性引物进行PCR扩增和测序鉴定;通过玻片凝集法,对PCR鉴定阳性菌落进行沙门氏菌血清分型;同时,对鉴定出的沙门氏菌进行12种抗生素耐药性分析。结果显示:55个样品池中,沙门氏菌阳性检出率为18.18%;猪禽屠宰场之间沙门氏菌污染率无显著差异(P>0.05),而不同类型样品之间差异显著(P<0.05),其中排污池污泥(75.00%)、土壤(33.33%)和屠宰车间(23.53%)污染率较高;猪屠宰场沙门氏菌优势血清型为鼠伤寒沙门氏菌(***),而禽屠宰场为肠炎沙门氏菌(***);所有分离菌株对阿莫西林、氨苄西林2种抗生素完全抗药,对亚胺培南完全敏感,对头孢曲松、头孢他啶、头孢噻吩、氨曲南4种抗生素高度敏感。结果表明:猪禽屠宰场环境中,沙门氏菌污染较为严重,污泥、土壤和屠宰车间是沙门氏菌污染扩散的主要环节;猪禽屠宰场污染的沙门氏菌优势血清型并不同,且环境中污染的沙门氏菌都对部分常用抗生素产生了完全抗药。结果提示:应加强猪禽屠宰环节的沙门氏菌污染控制,将污泥、土壤、屠宰车间作为日常消毒的重点;基层应针对猪禽各自的优势血清型菌株,选用高度敏感抗生素进行沙门氏菌病防治。

关键词：屠宰场沙门氏菌血清型耐药性