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Crystal structure of Rot, a global regulator of virulence genes in Staphylococcus aureus

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Crystal structure of Rot, a global regulator of virulence ge...

中国生物化学与分子生物学会第十一次会员代表大会暨2014年全国学术会议

作者：朱玉威范晓娇滕脉坤李旭中国科学技术大学

Staphylococcus aureus is a highly versatile pathogen that can infect the tissue ofhuman by producing a large arsenal of virulence factors,which was tightly regulated by acomplex regulatory ***,sharing sequence similarity to SarA homologues,is aglobal regulator that regulates numerous virulence ***,the recognition modelof Rot to the promoter region of target genes and the putative regulation mechanism *** this study,we report the 1.77resolution X-ray crystal structure of *** structure reveals that two Rot molecules form a compact homodimer,each of whichcontains a typical helix-turn-helix module and aβ-hairpin motif connected by a *** fluorescence polarization results indicate that Rot preferentially recognizes ATrichdsDNA with≈30 base pair nucleotides,and the conserved positively charged residueson the winged-helix motif are vital for binding to the AT-rich *** propose that theDNA recognization model of Rot may be similar to that of SarA,SarR and SarS,in whichthe helix-turn-helix motifs of each monomer interact with the major grooves of targetdsDNA and the winged motifs contact the minor ***,the structureshows that Rot adopts a novel dimerization model differing from that of other SarA *** expected,perturbation of the dimer interface abolishes the dsDNA binding abilityof Rot,suggesting that Rot functions as a *** addition,we further confirm our resultsin vivo by measuring the transcriptional regulation ofα-toxin,a major virulence factorsproduced by most *** strains.

关键词： Rot virulence genes Staphylococcus aureus

新型眼镜蛇毒类心脏毒素碱性蛋白抑制肿瘤血管生成实验研究

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新型眼镜蛇毒类心脏毒素碱性蛋白抑制肿瘤血管生成实验研究

第九届中国生物毒素学术研讨会

作者：朱柳余清声余红娥刘新艳王桂平袁牧楼晓华滕脉坤广州医学院药物研究中心广东药学院中国科学技术大学生命科学学院

目的意义观察新型眼镜蛇毒类心脏毒素碱性蛋白对血管生成的影响、体内抗瘤活性研究及初步机制探讨,为寻找以抑制肿瘤血管生成为靶点的天然活性物质提供依据。材料和方法新型眼镜蛇毒类心脏毒素碱性蛋白（novel cardiotoxin-like basic p...

目的意义观察新型眼镜蛇毒类心脏毒素碱性蛋白对血管生成的影响、体内抗瘤活性研究及初步机制探讨,为寻找以抑制肿瘤血管生成为靶点的天然活性物质提供依据。材料和方法新型眼镜蛇毒类心脏毒素碱性蛋白（novel cardiotoxin-like basic protein from Naja naja atra venom,NCBP）由中国科技大学生命科学学院滕脉坤教授提供,该蛋白能选择性地抑制血管内皮细胞的增殖并诱导内皮细胞凋亡。本研究采用鸡胚绒毛尿囊膜血管生成模型及建立C57BL/6小鼠移植黑色素瘤模型,通过血管显微图像分析及对荷瘤小鼠瘤体称重、瘤体免疫组化染色以及肺组织HE染色等方法,观察NCBP对血管生成的影响及对肿瘤生长、肿瘤血管生成和抗肺转移作用及其对VEGF、bFGF表达的影响。结果NCBP呈剂量依赖性减少鸡胚绒毛尿囊膜血管生成,通过各组局部血管面积分析,以溶剂对照组血管面积为100%参照,当NCBP用药剂量为0.05、0.1、0.2、0.4、0.8μg/胚时,各组实验区域血管面积比溶剂对照组血管面积减少,减少率分别为9.10%、26.29%、46.08%、64.51%、66.70%,血管面积的减少程度与NCBP剂量呈正相关（r=0.848,P＜0.001）。NCBP能抑制C57BL/6小鼠移植黑色素瘤的生长:①对小鼠移植瘤的抑瘤率比较,荷瘤小鼠在用药14天后,NCBP实验组低剂量（0.075mg/kg）抑瘤率为7.31%,中剂量（0.3mg/kg）抑瘤率为27.78%（P＜0.05）,高剂量（1.2mg/kg）抑瘤率为41.81%（P＜0.01）,1.2mg/kg NCBP的抑瘤率与临床常用的抗黑色素瘤药氮烯米胺（DTIC）（60mg/kg）的抑瘤率（47.66%）相近（P＞0.05）。相关分析表明瘤重与NCBP剂量呈负相关（r=-0.524,P＜0.01）,有剂量效应关系。②对小鼠移植瘤瘤体体积的比较,在给药14天后,1.2mg/kg和0.3mg/kg NCBP组及DTIC组测定的肿瘤体积,与生理盐水组比较,差异有显著性（P＜0.05）。表明NCBP对肿瘤的生长有一定的抑制作用。③对小鼠移植瘤血管生成微血管密度及瘤体组织表达VEGF、bFGF的影响,经1.2mg/kg NCBP治疗14天后瘤组织内微血管密度计数明显减少,其MVD计数为6.3±1.1,与阴性对照组（14.6±2.0）相比,有显著性差异（P＜0.01）;瘤组织内VEGF、bFGF蛋白表达也显著降低（P＜0.05）;④对肺转移的抑制作用,C57BL/6小鼠皮下接种黑色素瘤后第21天后发现有肺转移,1.2mg/kg NCBP可抑制黑色素瘤的自发性肺转移,其转移结节数为5.3±3.0,与阴性对照组（12.7±6.3）相比,有显著性差异（P＜0.01）。结论:新型眼镜蛇毒类心脏毒素碱性蛋白具有抑制鸡胚绒毛尿囊膜血管生成的作用,并对C57BL/6小鼠移植黑色素瘤小鼠,通过减少瘤组织内的微血管数目、降低移植瘤内VEGF、bFGF的表达等达到抑瘤作用及抗瘤的自发性肺转移作用。表明新型眼镜蛇毒类心脏毒素碱性蛋白是一种潜在的具有以抑制肿瘤血管生成为靶点的抗肿瘤活性的天然活性物质,值得深入探讨。

关键词：

Crystal structure and RNA Interactions of the first RRM and the C-Terminal RRM Domains of hnRNP-L

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Crystal structure and RNA Interactions of the first RRM and ...

生命的分子机器及其调控网络——2012年全国生物化学与分子生物学学术大会

作者：张文娟吕荟滕脉坤李旭中国科学技术大学

Heterogenous nuclear ribonucleoprotein(hnRNP) -L is an abundant RNA-binding protein which shuttles between the nucleus and the *** is a multifunctional protein implicated in many bioprocesses such as pre-mRNA processing,mRNA export of intronless genes,IRES-mediated translation,chromatin modification and so *** contains four RRM domains to bind CA repeat or CA-rich elements as well as other proteins.A surface plasmon resonance(SPR) spectroscopy assay revealed that the four individual

关键词：

Preliminary X-ray diffraction study on haemorrhagin AaHⅢ from snake venom of Agkistrodon acutus

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Chinese Science Bulletin 1996年第21期41卷 1824-1826页

作者：龚为民朱中良牛立文滕脉坤 Department of Biology University of Science and Technology of ChinaHefei 230026China Young Scientist Laboratory of Structure Biology University of Science and Technology of China Hefei 230026 China State Key Laboratory of Biomacromolecules Chinese Academy of SciencesBeijing 100080China

Haemorrhagins,Which cause local haemorrhage or even death after injection into exper-imental animals,exist widely in many kinds of snake *** allthe haemorrhagins reported are zinc-metalloproteinases with highly conserved amino acid *** of them could degrade the proteins in matrices so that they are the im-portant targets for drugs to combat diseases such as arthritis and *** venommetalloproteinases can be divided into three classes based on their molecular

关键词： crystal haemorrhagin metalloprotcina.se snake venom.

A novel RRM-protein interaction mode revealed by crystal structure of human CFIm25-CFIm68RRM complex

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A novel RRM-protein interaction mode revealed by crystal str...

第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会

作者：李恒童水龙施慧李旭牛立文滕脉坤中国科学技术大学生命学院

＜正＞Cleavage factor Im（CFIm）是前体信使RNA转录后加工的关键成分,参与多聚腺苷酸位点剪切和合成这个重要生理过程。该复合物是由25kDa亚基和59,68,72kDa的同源

关键词：

Q20L及G247D定点突变对葡萄糖异构酶酶活和最适pH的改善

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生物工程学报 2000年第4期16卷 469-473页

作者：朱国萍罗丹蔡云飞朱学勇滕脉坤王玉珍中国科学技术大学生命科学学院分子生物和细胞生物学系合肥230026

用双引物法对GI基因进行体外定点突变 ,构建了突变体Q2 0L和G2 47D。含突变基因的重组表达质粒pTKD GIQ2 0L及 pTKD GIG2 47D在E .coliK38菌株中表达。纯化的突变酶与野生型酶相比 :(1)GIQ2 0L的最适反应温度下降 5℃ ,热稳定性为野生... 详细信息

用双引物法对GI基因进行体外定点突变 ,构建了突变体Q2 0L和G2 47D。含突变基因的重组表达质粒pTKD GIQ2 0L及 pTKD GIG2 47D在E .coliK38菌株中表达。纯化的突变酶与野生型酶相比 :(1)GIQ2 0L的最适反应温度下降 5℃ ,热稳定性为野生型酶的 78% ,对底物的亲和性增强 ;(2 )GIG2 47D的酶活提高约 33% ,最适pH下降 0 6个单位 ,但热稳定性降低。初步分析认为 ,Gln 2 0位于α0～α1螺旋之间 ,其亲水侧链被Leu的疏水侧链取代后 ,分子表面增强的疏水作用 ,反而不利于蛋白质的稳定 ,使GIQ2 0L的热稳定性降低。Gly2 47是酶活性中心β 折叠 (2 42～ 2 47aa)的最后一个残基。引入电负性极强的Asp后 ,可能改变分子的静电场分布 ,影响了活性部位的电荷传递过程 ,使GIG2 47D酶活提高。引入的电荷 ,可能改变活性中心可解离基团的 pKa ,使其最适pH下降。另外Asp2 47的侧链在周围空间结构中显得过于拥挤 ,易与其他侧链产生排斥 ,由此影响到 β 折叠的稳定性 ,接近亚基结合面的Asp2 47,可能进一步影响到亚基间相互作用的稳定性 ,最终导致酶热稳定性的降低。GI酶活和最适pH的改善更利于工业生产。

关键词：葡萄糖异构酶酶活最适pH 高果糖浆定点突变

PRPS1基因功能缺失性突变导致X-连锁非综合征性DFN2型耳聋

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中华耳科学杂志 2010年第1期8卷 1-8页

作者：韩冰李建忠程静金占国李旭王幼勤 Maria Bitner-Glindzicz 孔祥银许恒 Albena Kantardzhieva Roland D Eavey Christine E Seidman Jonathan G Seidman 陈正一戴朴滕脉坤 Denise Yan 刘学忠袁慧军韩东一中国人民解放军总医院耳鼻咽喉科北京100853 南京军区福州总医院耳鼻咽喉头颈外科福州350025 中国科技大学生命科学院微量物理学合肥国家实验室合肥230026 中国科学院结构生物学重点实验室合肥230026 贵州省人民医院听力中心贵阳550002 伦敦大学儿童健康学会临床和分子遗传学部伦敦WC1N 1EH 上海第二医科大学和中国科学院生命科学上海研究所健康科学中心上海200025 哈佛医学院马萨诸塞眼耳医院耳鼻咽喉科Eaton-Peabody实验室波士顿02114 哈佛医学院遗传学部波士顿02115 哈佛休斯医学研究所美国马萨诸塞州波士顿02115 迈阿密大学耳鼻咽喉科美国佛罗里达州迈阿密FL33136

本文报道了一个X连锁非综合征型语后聋的中国家系,该家系的致聋基因定位于X染色体一个遗传间距为5.41cM、物理距离为15.1Mb的区域,与已知的DFN2位点重叠。对此家系及以前报道的3个国内外DFN2家系进行PRPS1基因突变筛查,鉴定出PRPS1基因... 详细信息

本文报道了一个X连锁非综合征型语后聋的中国家系,该家系的致聋基因定位于X染色体一个遗传间距为5.41cM、物理距离为15.1Mb的区域,与已知的DFN2位点重叠。对此家系及以前报道的3个国内外DFN2家系进行PRPS1基因突变筛查,鉴定出PRPS1基因的4种不同错义突变。通过对酶分子结构的分析,及来自于患者的红细胞和成纤维细胞的体外酶活性测定,证实这些突变可导致磷酸核糖焦磷酸(PRPP)合成酶1活性下降。通过原位杂交,我们证实Prps1在小鼠的前庭和耳蜗毛细胞中皆有表达,并且在毛细胞中持续表达,出生后在螺旋神经节中仍有表达。PRPS1作为第二个X染色体上发现的非综合征型耳聋基因,是进行X连锁遗传性聋基因诊断很好的候选基因。

关键词：耳聋基因突变 PRPS1 DFN2 X-连锁遗传

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中华眼镜蛇细胞毒素晶体生长的研究

Zoological Research 1981年第S1期2卷 139-141页

作者：林政炯桂璐璐梁丽董北滕脉坤龚海韵杜雨苍吴文玉吴翠蓉中国科学院生物物理研究所中国科学院上海生物化学研究所

为了用X射线衍射方法测定细胞毒素的三维结构,我们尝试了生长适合于X射线工作的单晶体,用气相扩散方法得到了中华眼镜蛇细胞毒素的两种成分的四种晶型。

关键词：晶体生长细胞毒素气相扩散三维结构单晶体 X射线衍射方法 X射线工作

7号淀粉酶链霉菌M1033菌株木糖异构酶晶体结构研究

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中国科学（C辑） 1997年第1期27卷 21-27页

作者：徐庆平伍传金崔涛王玉珍王淳朱学勇龚为民牛立文滕脉坤中国科学技术大学结构生物学青年实验室合肥230026 中国科学技术大学生物系合肥230026

7号淀粉酶链霉菌M1033菌株木糖异构酶(SDXyI).19nm分辨率晶体结构已经解出.晶体空间群为I222,晶胞参数为a=9.884nm,b=9.393nm,c=8.798nm.参考锈赤链霉菌木糖异构酶(SRXyI)的晶体结构模型,通过分析晶体密堆积关系和晶体学R因子搜索,获得... 详细信息

7号淀粉酶链霉菌M1033菌株木糖异构酶(SDXyI).19nm分辨率晶体结构已经解出.晶体空间群为I222,晶胞参数为a=9.884nm,b=9.393nm,c=8.798nm.参考锈赤链霉菌木糖异构酶(SRXyI)的晶体结构模型,通过分析晶体密堆积关系和晶体学R因子搜索,获得了SDXyI晶体结构的初始模型.采用PROLSQ软件包使用0.60～0.19nm分辨率衍射数据对模型进行了修正.最终模型的晶体学R因子为0.177,键长键角均方根偏差分别为0.0019nm和2.1°.与SRXyI相比较,SDXyI整体构象未发生明显变化,活性中心构象有显著差异.

关键词：链霉菌木糖异构酶晶体结构淀粉酶