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血液样本处理对RNA测序数据影响的研究

血液样本处理对RNA测序数据影响的研究

作者：欧阳汀兰东南大学

学位级别：硕士

人类基因组计划顺利实施及后续的影响使高通量测序技术得到了空前的发展,然而其面临的问题也日益凸显。高通量测序数据标准不统一,数据质量也因各技术环节的影响而参差不齐,其中较为繁琐的最繁琐的样本准备过程带来的影响最为复杂,这一... 详细信息

人类基因组计划顺利实施及后续的影响使高通量测序技术得到了空前的发展,然而其面临的问题也日益凸显。高通量测序数据标准不统一,数据质量也因各技术环节的影响而参差不齐,其中较为繁琐的最繁琐的样本准备过程带来的影响最为复杂,这一问题目前已经得到了大家的普遍重视和日益关注。临床检测已经成为高通量测序技术应用发展的主要方向,明确影响测序数据质量的因素具有深远的意义。本论文以血液这一最为常用的临床样本为研究对象,重点研究了血液储存时间以及外周血单核细胞(PBMC)样本分离方法对其RNA测序数据质量的研究,对测序数据质量及准确度进行了探索分析,在差异表达基因分析的基础上找到了一些规律性变化且与储存时间相关的基因。该研究能够拓展高通量测序在临床相关研究中的应用,促进其进一步发展。论文的主要研究内容如下:1)在PBMC样本研究中,通过比较不同样品处理间的基因表达差异,发现随着贮藏时间的延长,差异逐渐扩大,而对总基因的影响不显著。在PBMC测序数据中发现了5个随时间呈梯度差异的基因,它们都是免疫相关基因,这些基因在以前的研究中没有提及,这提示我们按照常规的生物标记分子筛选方法而不注重样本处理无疑会产生偏差。此外,离心速度的影响大于保存时间,不同的离心速度可诱导差异表达。本文还分析了不同的贮存时间和离心速度对相同样品的影响,为血液保存时期如何操作和处理样本提供了理论依据。2)在全血样本研究中,通过比较相同样品不同储存时间的基因表达差异,发现24小时之内的基因表达差异不明显。甚至于,人群差异大于储存时间影响。然而,全血与PBMC的测序结果表明,大部分差异基因与红细胞功能相关,这很有可能是血红蛋白的权重太大造成的背景干扰。因此,全血试剂盒提取RNA替代传统PBMC提取虽然操作简便,但血红蛋白基因相关的背景干扰影响了结果。

关键词： RNA-seq 二代测序样本处理储存时间离心速度批次效应

海南岛东北部沿岸表层海水中快速生长型可培养细菌及病原菌分析

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中华预防医学杂志 2023年第8期57卷 1206-1216页

作者：邢楣符秋叶林思思符雄王晓霞王立程朱雄欧阳汀兰海南省文昌市人民医院检验科文昌571300 海南省三亚市人民医院检验科&中心实验室三亚572000

目的获得不同方案培养海南岛东北部沿岸表层海水中快速生长型细菌的多样性和丰度,从而为海水来源的细菌样本分离以及海洋源病原菌感染预防提供参考。方法基于分类设计原则,在2021年3月、6月、10月和12月对海南岛东北部沿岸6个地点的表... 详细信息

目的获得不同方案培养海南岛东北部沿岸表层海水中快速生长型细菌的多样性和丰度,从而为海水来源的细菌样本分离以及海洋源病原菌感染预防提供参考。方法基于分类设计原则,在2021年3月、6月、10月和12月对海南岛东北部沿岸6个地点的表层海水进行收集采样。然后,使用传统沙门菌、弧菌、类鼻疽伯克霍尔德菌、放线菌以及通用海洋细菌培养方案进行细菌的富集培养。之后,使用16S rDNA一代测序和宏基因组测序鉴定细菌物种分类。结果5种方案共培养到了1151株快速生长型可培养细菌,可鉴定为66个属,213个种。在不同培养方案中,芽孢杆菌(Bacillus)和克雷伯菌(Klebsiella)具有广泛的鉴别优势,并且数量排名前列。方案1的优势属为埃希菌(Escherichia)、克雷伯菌(Klebsiella)以及柠檬酸杆菌(Citrobacter)。在实验已论证的病原菌中,方案1的优势检出菌为肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)和大肠杆菌(Escherichia coli),数量分别为37株和29株,独特检出菌为肠道沙门菌(Salmonella enterica),数量为7株。方案2的优势属为变形杆菌(Proteus)、肠球菌(Enterococcus)和普罗威登斯菌(Providencia)。方案2的优势检出病原菌为奇异变形杆菌(Proteus mirabilis),数量为66株,丰度较高的独特检出菌为霍乱弧菌(Vibrio cholerae),数量为6株。方案3的优势菌属为克雷伯菌、埃希菌和不动杆菌(Acinetobacter)。方案3的优势检出病原菌为肺炎克雷伯菌,数量为53株。丰度较高的独特检出菌是医院不动杆菌(Acinetobacter nosocomialis),共培养到7株。方案4的优势属为弧菌(Vibrio)和假交替单胞菌(Pseudoalteromonas),在分离培养海洋性弧菌上具有优势。方案5的优势属为微小杆菌(Exiguobacterium)、葡萄球菌(Staphylococcus)和芽孢杆菌(Bacillus)。优势检出病原菌为蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)和乳酸乳球菌(Lactococcus lactis),数量为20株和15株,丰度较高的独特检出菌也是乳酸乳球菌。宏基因组测序发现,肺炎克雷伯菌具有显著优势,基因丰度达到51.11%,其次为Alcanivorax sp.,占比12.57%。结论海南岛东北部沿岸表层海水中的细菌具有丰富的多样性,肺炎克雷伯菌在该区域海水中丰度很高。不同培养方案对不同菌属和病原菌的选择性优势不同,个别海洋细菌需要进一步优化培养条件。

关键词：海洋微生物细菌分离细胞培养不同培养方案

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杏鲍菇菌渣产漆酶及其在染料脱色中的应用

食品与生物技术学报 2019年第7期38卷 116-121页

作者：张永田乔鹏任海燕欧阳汀兰胡琪管政兵蔡宇杰廖祥儒江南大学工业生物技术教育部重点实验室

以杏鲍菇菌渣为原料,探讨了其固态发酵产漆酶的条件,并对粗酶液在染料脱色中的应用进行了初步探索。结果表明,当添加质量分数4%甘蔗渣、质量分数1.2%硝酸铵、质量分数1.0%碱木素时,杏鲍菇菌渣产酶能力最强,达到386.9 U/gds。相对于杏鲍... 详细信息

以杏鲍菇菌渣为原料,探讨了其固态发酵产漆酶的条件,并对粗酶液在染料脱色中的应用进行了初步探索。结果表明,当添加质量分数4%甘蔗渣、质量分数1.2%硝酸铵、质量分数1.0%碱木素时,杏鲍菇菌渣产酶能力最强,达到386.9 U/gds。相对于杏鲍菇菌渣初始漆酶酶活18.6 U/gds,优化后提高了20倍以上。最适条件下,发酵粗酶液在无介体存在下对甲基红、活性艳蓝K3R、酸性蓝209、活性艳蓝KNR的脱色率分别达到85.8%、85.6%、68.3%、71.2%,在添加介体的条件下活性艳蓝K3R、酸性蓝209、活性艳蓝KNR的脱色率分别达到88.8%、93.4%、89.7%。显示出杏鲍菇菌渣漆酶良好的环保应用前景。

关键词：菌渣漆酶发酵条件脱色

利用冷冻电镜研究蛋白质机器的非平衡统计物理

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物理学报 2024年第13期73卷 1-8页

作者：杨添欧阳颀北京大学物理学院北京100871 北京大学定量生物学中心北京100871

对蛋白质机器的完整描述应包括其微观结构、热力学和动力学性质与工作机制.最近兴起的冷冻电镜技术为蛋白质热力学与动力学的研究提供了全新的机遇.目前已经有一些工作不仅利用冷冻电镜技术解析蛋白质的高分辨率结构,还结合数据处理方... 详细信息

对蛋白质机器的完整描述应包括其微观结构、热力学和动力学性质与工作机制.最近兴起的冷冻电镜技术为蛋白质热力学与动力学的研究提供了全新的机遇.目前已经有一些工作不仅利用冷冻电镜技术解析蛋白质的高分辨率结构,还结合数据处理方法来分析蛋白质的构象分布并进一步推测其热力学性质.然而,利用冷冻电镜技术直接对蛋白质的动力学过程作观测与定量分析的方法还在发展的初级阶段.本文选取了一个理想的蛋白质系统,即蓝藻生物钟蛋白对冷冻电镜分析蛋白质非平衡过程的可能性进行探索.基于已有的实验数据,将蓝藻生物钟蛋白KaiC的平衡态统计物理模型推广至非平衡态,对KaiC蛋白处于非平衡态时的动力学特征进行预测.基于动力学预测结果,本文揭示了冷冻电镜技术具有分析蓝藻生物钟蛋白的非平衡过程的可能,为进一步的冷冻电镜实验提供了理论依据.

关键词：蛋白质动力学非平衡态统计物理冷冻电镜

婉约词里的爱国情怀——品读李清照的词话人生

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考试与招生 2024年第3期 49-50页

作者：张红艳谢汀兰不详

李清照(1084年一1155年),号易安居士,汉族,齐州章丘(今济南章丘)人。宋代女词人,婉约词派代表,有“千古第一才女”之称。李清照出生于书香门第,早期生活优裕,其父李格非藏书甚富,她小时候就在良好的家庭环境中打下文学基础。出嫁后与丈... 详细信息

李清照(1084年一1155年),号易安居士,汉族,齐州章丘(今济南章丘)人。宋代女词人,婉约词派代表,有“千古第一才女”之称。李清照出生于书香门第,早期生活优裕,其父李格非藏书甚富,她小时候就在良好的家庭环境中打下文学基础。出嫁后与丈夫赵明诚共同致力于书画金石的搜集整理。金兵入据中原后,流寓南方,境遇孤苦。

关键词：李清照易安居士婉约词派赵明诚李格非爱国情怀章丘词话

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《九章·哀郢》中的家国情怀

考试与招生 2024年第1期 53-54页

作者：崔义忠谢汀兰不详

屈原(公元前340年一公元前278年),战国时期楚国诗人、政治家,是中国最伟大的爱国诗人,是中国浪漫主义文学的奠基人,被誉为“中华诗祖”“辞赋之祖”。作为“楚辞”这一诗歌体裁的创立者和代表作者,他不仅开辟了“香草美人”的诗歌传统。

关键词：诗歌体裁香草美人家国情怀诗歌传统爱国诗人哀郢战国时期中国浪漫主义文学

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大加速度环境下板式贮箱内极限导流特性

空间控制技术与应用 2024年第4期50卷 87-94页

作者：杨琦肖汀兰彭若玲李德友刘锦涛李益哈尔滨工业大学哈尔滨150001 北京控制工程研究所北京100094 星箭科技股份有限公司宁波315153

大范围快速机动的在轨服务能力是航天器追求的目标之一,推进系统需要适应大加速度环境,具备在轨大填充比的加注能力,因而,贮箱在大加速度下的推进剂管理性能对飞行器的总体设计十分重要.本文采用数值模拟方法对板式表面张力贮箱的极限... 详细信息

大范围快速机动的在轨服务能力是航天器追求的目标之一,推进系统需要适应大加速度环境,具备在轨大填充比的加注能力,因而,贮箱在大加速度下的推进剂管理性能对飞行器的总体设计十分重要.本文采用数值模拟方法对板式表面张力贮箱的极限管理性能展开仿真研究,对贮箱内气液两相分布以及推进剂液面高度曲线进行分析,重点关注平行导流板在大加速度环境下的极限导流能力,通过设置不同平板板宽与间隙距离探究了结构参数对导流板导流特性的影响规律.结果表明,在10-2 g加速度下,适当增加平板板宽与减小导流板与贮箱壁之间的间隙距离均有利于提升平行导流板的导流效果,本文研究成果可为板式贮箱的优化设计提供理论参考.

关键词：表面张力贮箱平行导流板重力加速度数值模拟极限导流能力

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桥梁工程中非接触位移测量技术研究综述

交通运输工程学报 2024年第1期24卷 43-67页

作者：晏班夫欧阳康梁才广西大学土木建筑工程学院广西南宁530004 广西交通设计集团有限公司广西南宁530029

系统总结了视觉测量、微波雷达与激光测振这3种非接触位移测量技术的测量方法、测量原理与工程应用影响因素,阐述了非接触位移测量技术在桥梁工程动位移测量、模态识别、索杆张力测试中的创新成果,探讨了非接触位移测量面临的关键挑战... 详细信息

系统总结了视觉测量、微波雷达与激光测振这3种非接触位移测量技术的测量方法、测量原理与工程应用影响因素,阐述了非接触位移测量技术在桥梁工程动位移测量、模态识别、索杆张力测试中的创新成果,探讨了非接触位移测量面临的关键挑战与后续研究发展方向。分析结果表明:非接触位移测量方法能够实时获取桥梁结构动位移、自振频率、模态振型等信息,测试精度受硬件、算法、测量距离和环境条件等多重因素影响;视觉测量技术易低成本实现面内多目标位移的实时测量,但对环境条件变化较为敏感,且一般应设置靶标,适用于短距离长期或远距离短期情形下的位移监测;微波雷达具有抗天气干扰能力强、测量距离远(可达2 km)、成本可接受、全天候全天时工作、可长期监测等特点,一般也需设置角反射器提高径向位移测试精度;激光测振技术具有微米级位移测量精度,且抗电磁干扰能力强,但难以实现远距离多点同步测量,穿透性较差,易受天气影响,且设备昂贵,适用于短期径向位移监测;应针对桥梁结构监测时长、测量距离、环境条件、单(多)点监测需求、测量精度要求等的不同,选用合适的非接触测量方法;未来可通过提高硬件系统性能提升远距离多点同步测试能力,发展各种自适应环境(光照、大气)扰动校正算法提高位移测试精度和可靠性,将视觉测量、微波雷达、激光测振等技术与加速度计、全站仪、GPS等测试手段进行多源信息融合,通过相互校准减少不确定性,提升不同环境条件下的测量稳健性,实现全天候三维测试。

关键词：桥梁工程非接触测量结构位移视觉测量微波雷达激光测振信息融合索杆张力识别

“法国理论”与未来哲学:一种新哲学范式的构建

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国外理论动态 2024年第2期 41-49页

作者：欧阳谦中国人民大学哲学院

当代西方哲学正处于剧烈的变革之中,而当代法国哲学的理论创新又是其中最为突出的。英美学术界之所以给当代法国哲学贴上了“法国理论”这一标签,就是因为当代法国哲学已经无法被归类到既有哲学的标准之内,而是具有了某种未来哲学的风... 详细信息

当代西方哲学正处于剧烈的变革之中,而当代法国哲学的理论创新又是其中最为突出的。英美学术界之所以给当代法国哲学贴上了“法国理论”这一标签,就是因为当代法国哲学已经无法被归类到既有哲学的标准之内,而是具有了某种未来哲学的风范。尽管未来哲学的样貌如何还是一个未知数,但是从“法国理论”的问题逻辑、思想方法、理论创新来看,似乎有一种新哲学范式渐渐浮现出来。从“批判的体系”到“体系的批判”,从“宏大叙事”到“微观透视”,从“意识哲学”到“文化研究”,可以归结为“法国理论”的三个基本变形。这些变形所体现出来的思想框架或许预示着未来哲学的某些可能样式。

关键词： “法国理论” 未来哲学新哲学范式哲学批评后现代转向