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合浦珠母贝热休克蛋白hsp70基因的克隆与表达分析

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中国水产科学 2007年第5期14卷 726-732页

作者：黄桂菊曲妮妮喻达辉李莉好上海200090 上海水产大学中国水产科学研究院南海水产研究所中国水产科学研究院南海水产研究所广东广州510300 华中农业大学水产学院湖北武汉430072

采用同源克隆和RT-PCR技术对合浦珠母贝(Pinctada fucata)热休克蛋白hsp70基因进行了克隆和表达分析。获得cDNA全长序列2 365 bp,其中3’非编码区域(UTR)为318 bp,5’UTR为88 bp,开放阅读框(ORF)为1 959 bp,编码652个氨基酸,分子量约为7... 详细信息

采用同源克隆和RT-PCR技术对合浦珠母贝(Pinctada fucata)热休克蛋白hsp70基因进行了克隆和表达分析。获得cDNA全长序列2 365 bp,其中3’非编码区域(UTR)为318 bp,5’UTR为88 bp,开放阅读框(ORF)为1 959 bp,编码652个氨基酸,分子量约为71.39 kD,理论等电点为5.22,并含有3个HSP70家族的签名序列IDLGTTYS、DLGGGTFD和EEVD。同源性分析表明,合浦珠母贝HSP70的氨基酸序列与太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)等双壳贝类的相似性高达86%以上,基于氨基酸序列的聚类分析表明,合浦珠母贝与牡蛎属种类亲缘关系最近。高温、高盐刺激后,半定量RT-PCR检测发现hsp70基因的表达明显增加,高温刺激的表达量高于高盐刺激,高温刺激组不同组织的表达量由大到小依次为鳃、消化腺、外套膜、肌肉、性腺,高盐刺激组不同组织的表达量由大到小依次为鳃、外套膜、肌肉、消化腺、性腺,表明HSP70参与了机体对刺激的应答过程。该基因的克隆为进一步深入研究合浦珠母贝的抗逆机理及其遗传改良奠定了重要基础。

关键词：合浦珠母贝热休克蛋白HSP70 同源克隆体内表达

基因组微卫星DNA位点的分离方法及其在水产动物中的应用

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南方水产 2006年第5期2卷 74-80页

作者：李莉好喻达辉中国水产科学研究院南海水产研究所

微卫星 DNA 是分布于基因组的1～6个碱基组成的串联重复序列,或简单序列重复。微卫星 DNA 具有多态性高、数量丰富、共显性遗传和分析简单等特点,应用越来越广泛,已成为最受青睐的分子标记之一。微卫星分子标记的获得首次必须从实验生... 详细信息

微卫星 DNA 是分布于基因组的1～6个碱基组成的串联重复序列,或简单序列重复。微卫星 DNA 具有多态性高、数量丰富、共显性遗传和分析简单等特点,应用越来越广泛,已成为最受青睐的分子标记之一。微卫星分子标记的获得首次必须从实验生物中分离。分离微卫星 DNA 位点的方法有多种。文章对几种微卫星 DNA 位点分离技术进行介绍和分析比较,为选择合适的分离方法提供参考。

关键词：微卫星DNA 分离方法多态性磁珠富集

企鹅珍珠贝热休克蛋白70基因的克隆与序列比较分析

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热带海洋学报 2008年第1期27卷 46-51页

作者：黄桂菊喻达辉曲妮妮郭奕慧李莉好杜博童馨中国水产科学院南海水产研究所广东广州510300

采用同源克隆和锚定PCR技术,从企鹅珍珠贝Pteria penguin中克隆到热休克蛋白hsp70基因的cDNA全序列。cDNA全长2 308 bp,3’非编码区域(UTR)为234 bp,5’UTR为118 bp,开放阅读框(ORF)为1 956 bp,编码651个氨基酸,分子量为70.97 kd,理论... 详细信息

采用同源克隆和锚定PCR技术,从企鹅珍珠贝Pteria penguin中克隆到热休克蛋白hsp70基因的cDNA全序列。cDNA全长2 308 bp,3’非编码区域(UTR)为234 bp,5’UTR为118 bp,开放阅读框(ORF)为1 956 bp,编码651个氨基酸,分子量为70.97 kd,理论等电点为5.24,有2个糖基化位点:NKSI和NVSA,并含有HSP70家族的3个签名序列:IDLGTTYS,DLGGGTFD和IVLVGGSTRIPKIQK,以及C末端的保守序列EE-VD。结合BLAST分析的结果,可以确认获得的cDNA序列为企鹅珍珠贝HSP70的编码序列。与合浦珠母贝Pinctada fucata hsp70的氨基酸序列相比,企鹅珍珠贝多1个糖基化位点NVSA,少1个氨基酸,包括1个氨基酸插入和2个缺失。两者的氨基酸序列一致性高达92%,突变位点52个;两者的核苷酸序列一致性高达79%,突变位点416个。系统发育分析表明两者的亲缘关系最近,与传统分类相符,然后与太平洋牡蛎等聚合在一起。该基因的克隆和比较分析为进一步深入研究珍珠贝类的抗逆机理、抗性育种及其进化具有重要意义。

关键词：企鹅珍珠贝Pteria penguin 热休克蛋白70基因 cDNA克隆序列比较

中国主要养殖罗非鱼亲缘关系的COI序列分析

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华中农业大学学报 2009年第1期28卷 75-79页

作者：郭奕惠喻达辉黄桂菊李莉好符云叶卫中国水产科学研究院南海水产研究所广州510300 中国水产科学研究院水产种质资源与养殖技术重点开放实验室广州510300 国家级广东罗非鱼良种场广州511453

对中国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥（尼罗×奥利亚）、奥尼（奥利亚×尼罗）和红罗非鱼（莫桑比克×尼罗）的线粒体COI基因的部分序列进行了PCR扩增、克隆和测序分析，探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。6种罗... 详细信息

对中国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥（尼罗×奥利亚）、奥尼（奥利亚×尼罗）和红罗非鱼（莫桑比克×尼罗）的线粒体COI基因的部分序列进行了PCR扩增、克隆和测序分析，探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。6种罗非鱼中大部分个体均获得长586-708bp的基因序列。其碱基组成GC含量为47．7％。序列分析表明，莫桑比克罗非鱼2个个体分为2个单倍型，单倍型之间的碱基差异为1个碱基，其余几种罗非鱼均只有1个单倍型。其中，尼罗和尼奥、奥利亚和奥尼的单倍型序列相同，但种间核苷酸序列差异达4．3％-7．7％。根据聚类分析结果可将这6个（杂）种分为3个组：尼罗-尼奥，红罗-莫桑比克和奥利亚-奥尼罗非鱼组。其中前2组亲缘关系较近，与后1组亲缘关系较远。表明C01可作为罗非鱼种类判别和亲缘关系分析的重要标记。

关键词：罗非鱼 COI基因亲缘关系

合浦珠母贝热休克蛋白hsp70基因的克隆与表达分析

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合浦珠母贝热休克蛋白hsp70基因的克隆与表达分析

尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼及其正、反杂交群体的遗传多样性

中国动物学会、中国海洋湖沼学会贝类学分会第八次会员代表大会暨第十三次全国贝类学术讨论会

作者：黄桂菊曲妮妮喻达辉李莉好中国水产科学院南海水产研究所

采用同源克隆和 RT-PCR 技术对合浦珠母贝(Pinctada fucata)热休克蛋白 hsp70基因进行了克隆和表达分析。获得 cDNA 全长序列2 365 bp,其中3′非编码区域(UTR)为318 bp, 5′UTR 为88 bp,开放阅读框(ORF)为1 959 bp,编码652个氨基酸,分... 详细信息

采用同源克隆和 RT-PCR 技术对合浦珠母贝(Pinctada fucata)热休克蛋白 hsp70基因进行了克隆和表达分析。获得 cDNA 全长序列2 365 bp,其中3′非编码区域(UTR)为318 bp, 5′UTR 为88 bp,开放阅读框(ORF)为1 959 bp,编码652个氨基酸,分子量约为71.39 kD, 理论等电点为5.22,并含有3个 HSP70家族的签名序列 IDLGTTYS、DLGGGTFD 和 EEVD。同源性分析表明合浦珠母贝 HSP70的氨基酸序列与太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)等双壳贝类的相似性高达86%以上,基于氨基酸序列的聚类分析表明合浦珠母贝与牡蛎属种类亲缘关系最近。高温、高盐刺激后,半定量 RT-PCR 检测发现 hsp 70基因的表达明显增加,高温刺激的表达量高于高盐刺激,高温刺激组的表达量由大到小依次为鳃、消化腺、外套膜、肌肉、性腺,高盐刺激组的表达量由大到小依次为鳃、外套膜、肌肉、消化腺、性腺,表明 HSP70 参与了机体对刺激的应答过程。该基因的克隆为进一步深入研究合浦珠母贝的抗逆机理及其遗传改良奠定了重要基础。

关键词：合浦珠母贝 hsp70 外套膜克隆与表达热休克蛋白

来源： cnki会议评论

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中国水产科学 2008年第4期15卷 585-592页

作者：李莉好喻达辉黄桂菊叶卫杜博符云童馨郭奕惠中国水产科学研究院南海水产研究所广东省国家级罗非鱼良种场

用7对微卫星引物检测了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)和奥利亚罗非鱼(***)群体及其正、反交群体共128个个体的遗传多样性。共检测到38个等位基因,尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、正交群体和反交群体的平均等位基因数分别为4.0、1.4、5.... 详细信息

用7对微卫星引物检测了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)和奥利亚罗非鱼(***)群体及其正、反交群体共128个个体的遗传多样性。共检测到38个等位基因,尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、正交群体和反交群体的平均等位基因数分别为4.0、1.4、5.3和2.7,平均PIC值分别为0.557、0.099、0.590和0.497,平均观测杂合度分别为0.505、0.071、0.826和0.883,平均期望杂合度分别为0.622、0.117、0.684和0.598,杂合子偏离指数(D)分别为-0.146、-0.241、0.215和0.522。结果表明,正交群体的遗传多样性比两个亲本群体都高,反交群体介于两个亲本群体之间;正交群体的观测杂合度和期望杂合度也高于两亲本群体,反交群体的期望杂合度介于两者之间,但实际观测杂合度却最高;两亲本群体存在一定的杂合子缺失,而杂交群体则存在杂合子增加的现象,尤其是反交群体的观测杂合度大量增加。卡方检验表明,正交群体偏离Hardy-Weinberg平衡的位点较少(3个位点),而其他3个群体大部分位点均偏离平衡,存在遗传漂变现象。4个养殖群体间遗传分化具有显著性(FST为0.081~0.610,P<0.01)。UPGMA系统树显示,正交种与尼罗罗非鱼的亲缘关系较近。表明正交群体受亲本群体的影响最大,其生长优势除了性别因素外,遗传因素可能也具有重要作用。

关键词：杂交罗非鱼遗传多样性遗传分化微卫星DNA

尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus、奥利亚罗非鱼***和红罗非鱼***.群体遗传多样性的比较

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热带海洋学报 2012年第2期31卷 102-109页

作者：李莉好喻达辉黄桂菊杜博符云童馨郭奕惠叶卫农业部南海渔业资源开发利用重点实验室中国水产科学研究院南海水产研究所广东广州510300 上海海洋大学上海210306 华中农业大学水产学院湖北武汉430070 广东省国家级罗非鱼良种场广东广州511453

用9对微卫星引物对尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus、奥利亚罗非鱼***和红罗非鱼***.群体的遗传变异进行了比较研究。在3个群体109个个体中共检测到60个等位基因,3个群体的平均等位基因数分别为4.11、1.33和3.44,平均观测杂合度分别为0... 详细信息

用9对微卫星引物对尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus、奥利亚罗非鱼***和红罗非鱼***.群体的遗传变异进行了比较研究。在3个群体109个个体中共检测到60个等位基因,3个群体的平均等位基因数分别为4.11、1.33和3.44,平均观测杂合度分别为0.528、0.056和0.491,平均期望杂合度分别为0.644、0.091和0.526,平均多态信息含量分别为0.580、0.077和0.466。杂合子偏离度D值分别为0.148、0.222和0.044,表明3个罗非鱼群体存在不同程度的杂合子缺失。卡方检验表明3个群体的大部分位点偏离Hardy-Weinberg平衡,存在遗传漂变现象。群体间遗传分化显著(遗传分化指数FST在0.329到0.656之间,P<0.01)。尼罗罗非鱼和红罗非鱼群体间的遗传距离最小(0.47)。上述分析表明,尼罗罗非鱼的遗传多样性最高,奥利亚罗非鱼的遗传多样性最低,群体间分化显著。表明尼罗罗非鱼和红罗非鱼尚具有一定的选育潜力,而奥利亚罗非鱼遗传多样性低,不利于选择育种,需要引进新的种群。

关键词：罗非鱼养殖群体遗传多样性遗传分化微卫星DNA

我国主要养殖罗非鱼的16S rRNA序列特征分析

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上海水产大学学报 2007年第5期16卷 490-494页

作者：郭奕惠黄桂菊喻达辉李莉好符云叶卫中国水产科学研究院南海水产研究所广东广州510300 国家级广东罗非鱼良种场广东广州511453

对我国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥(尼罗♀×奥利亚♂)和红罗非鱼(莫桑比克×尼罗)的线粒体16S rRNA部分序列进行了PCR扩增和测序分析,探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。PCR产物经直接测序,5种罗非鱼中大部分... 详细信息

对我国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥(尼罗♀×奥利亚♂)和红罗非鱼(莫桑比克×尼罗)的线粒体16S rRNA部分序列进行了PCR扩增和测序分析,探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。PCR产物经直接测序,5种罗非鱼中大部分个体均获得长546 bp的基因序列。其碱基组成GC含量为47.4%。序列比对分析显示变异位点18个,没有插入/缺失位点,转换/颠换比率为2.7。序列分析表明,红和奥利亚各有2个单倍型,尼奥、莫桑比克与尼罗各有1个单倍型。其中,尼奥与尼罗的单倍型序列相同,莫桑比克与红罗非鱼的1个单倍型序列相同。表明部分红罗非鱼的母本为莫桑比克。UPGMA聚类分析表明,尼奥与尼罗聚成一支、红罗非鱼与莫桑比克成一支、奥利亚独成一支。

关键词：罗非鱼 16SrRNA基因种类鉴定序列特征

浅色黄姑鱼线粒体16S rRNA基因片段序列特征分析

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海洋水产研究 2007年第3期28卷 85-91页

作者：童馨杜博喻达辉龚世园郭奕惠黄桂菊李莉好华中农业大学水产学院武汉430070 中国水产科学研究院南海水产研究所广州510300

PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR... 详细信息

PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位点、55个单突变子和16个插入/缺失位点。聚类分析显示,浅色黄姑鱼与黄姑鱼亲缘关系较近,与形态分类相符。

关键词：浅色黄姑鱼线粒体16s rRNA基因序列分析 RFLP