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在恒河猴基因组学框架下研究人类演化与调控

生命科学 2017年第3期29卷 230-236页

作者：钟晓明申晴彭继光李玉梅李川昀北京大学分子医学研究所

恒河猴作为人类近缘的模式生物,在基础与转化医学研究中具有独特优势,但其应用受到功能基因组学数据匮乏、基因结构混乱、研究平台缺乏等限制。近年来,深度测序技术的发展为突破这些技术瓶颈提供了机遇。现综述在深度测序技术支撑下,以... 详细信息

恒河猴作为人类近缘的模式生物,在基础与转化医学研究中具有独特优势,但其应用受到功能基因组学数据匮乏、基因结构混乱、研究平台缺乏等限制。近年来,深度测序技术的发展为突破这些技术瓶颈提供了机遇。现综述在深度测序技术支撑下,以恒河猴为背景开展的基因组学与分子演化研究,以期抛砖引玉,推动非人灵长类领域的研究进程。

关键词：恒河猴深度测序人类演化猴基因组学

凋亡相关基因的整合分析及基因表达芯片的制备

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生物化学与生物物理进展 2008年第12期35卷 1451-1460页

作者：黄茉莉孙道春娄雅欣尹燕斌李川昀张勇高歌王升启伯晓晨魏丽萍李松岗北京大学生物信息中心北京大学生命科学学院北京大学蛋白质工程和植物基因工程国家重点实验室北京100871 北京放射医学研究所北京100850 中国医学科学院肿瘤研究所肿瘤医院细胞和分子生物实验室北京100021

利用IPI和GenBank,收集了与凋亡相关的5333条基因序列,用一定的标准,整合筛选得到1384个凋亡相关的基因.通过亚细胞定位、组织表达差异显著性分析、自然正义/反义RNA对预测、基因簇在pathway上的定位、蛋白质/蛋白质相互作用等方面的分... 详细信息

利用IPI和GenBank,收集了与凋亡相关的5333条基因序列,用一定的标准,整合筛选得到1384个凋亡相关的基因.通过亚细胞定位、组织表达差异显著性分析、自然正义/反义RNA对预测、基因簇在pathway上的定位、蛋白质/蛋白质相互作用等方面的分析发现,一些基因只在一个组织里显著差异表达,一些基因存在自然正义/反义RNA对现象,一些基因簇同时位于多条pathway等重要信息.同时,制作了一张凋亡相关基因的寡核苷酸芯片,并且对于一对NAIF1表达质粒转染前后的HeLa样品,通过该芯片的筛选,得到24个差异表达的基因.发现NAIF1过表达诱导的细胞凋亡,伴随了PAX2、PDCD8、PDCD10、DFFA、CASP7等基因表达的显著变化,同时还发现,U58668,该mRNA没有任何基因或蛋白质的注释信息,当camptothecin诱导U937细胞系凋亡时上调,在这里的NAIF1过表达诱导的HeLa细胞系中也上调(上述数据结果见http://***:2005/chip).

关键词：凋亡生物信息 NAIF1 生物芯片

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基于深度测序技术的RNA编辑调控研究

生命科学仪器 2016年第Z1期14卷 3-11页

作者：杨欣壮丁晚秋陈加余李川昀北京大学分子医学研究所

RNA编辑是一种重要的转录后修饰,可以导致成熟RNA不同于模板DNA序列。长期以来,受鉴定策略等因素限制,该领域研究举步维艰。近年来,随着深度测序技术的兴起,RNA编辑领域迎来了前所未有的机遇,在全基因组水平上实现了对多物种RNA编辑位... 详细信息

RNA编辑是一种重要的转录后修饰,可以导致成熟RNA不同于模板DNA序列。长期以来,受鉴定策略等因素限制,该领域研究举步维艰。近年来,随着深度测序技术的兴起,RNA编辑领域迎来了前所未有的机遇,在全基因组水平上实现了对多物种RNA编辑位点的鉴定,并对其整体的生物学功能开展了初步的探讨。本文就近年来利用深度测序技术对RNA编辑的鉴定、调控元件的特征分析以及RNA编辑功能研究等方面的进展进行综述。

关键词：深度测序 RNA编辑编辑组 ADAR酶分子演化

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大学生 2013年第3期 124-125页

作者：李川昀北京大学分子医学研究所

我的专业是生物信息学．一门由信息科学和生命科学交叉而成的新型学科。入学伊始．我对科研的认识是很模糊的．只是觉得它有挑战、很刺激。然而进实验室的第一周．现实就让我意识到科研艰辛的一面：脑海里充斥着纷乱如麻的课题线索、良... 详细信息

我的专业是生物信息学．一门由信息科学和生命科学交叉而成的新型学科。入学伊始．我对科研的认识是很模糊的．只是觉得它有挑战、很刺激。然而进实验室的第一周．现实就让我意识到科研艰辛的一面：脑海里充斥着纷乱如麻的课题线索、良莠不齐的参考文献、错误连篇的PERL程序代码、晦涩难懂的微分方程和师兄论文被别人抢发后的无奈表情．与大众媒体所描述的美好光环形成了鲜明的对比。

关键词：高等教育大学生劳动就业职业

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第三代测序技术在转录组学研究中的应用

生命科学仪器 2018年第Z1期16卷 114-121+113页

作者：李玉梅李书娴李向上李川昀北京大学分子医学研究所

转录组学从整体水平系统研究转录过程,其发展离不开深度测序技术的不断进步。近年来,以单分子、长读长为特征的第三代测序技术,为从全长转录本水平研究转录组提供了机遇。本文就第三代测序技术在基因结构注释、RNA可变调控事件的鉴定及... 详细信息

转录组学从整体水平系统研究转录过程,其发展离不开深度测序技术的不断进步。近年来,以单分子、长读长为特征的第三代测序技术,为从全长转录本水平研究转录组提供了机遇。本文就第三代测序技术在基因结构注释、RNA可变调控事件的鉴定及其组合搭配规律、以及候选基因结构与功能研究中的应用进行综述,并对其在全长转录本水平的定量转录组学研究、RNA修饰研究以及单细胞研究领域的应用前景进行展望。

关键词：转录组学第三代测序技术

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网络隔空猥亵犯罪的规范原理与认定标准

法学论坛 2024年第1期39卷 51-62页

作者：李川东南大学法学院江苏南京211189

网络猥亵基于隔空实施的特点在认定猥亵犯罪时存在适用争议。即便司法解释规定了部分对未成年人的网络猥亵犯罪认定标准,但网络隔空猥亵犯罪在行为方式、手段强制性、罪量判断、侵害对象区分、加重情节上仍存在认定困境。造成这些困境... 详细信息

网络猥亵基于隔空实施的特点在认定猥亵犯罪时存在适用争议。即便司法解释规定了部分对未成年人的网络猥亵犯罪认定标准,但网络隔空猥亵犯罪在行为方式、手段强制性、罪量判断、侵害对象区分、加重情节上仍存在认定困境。造成这些困境的原因在于猥亵犯罪基于身体接触禁忌的传统规范原理无法适用于网络隔空猥亵情形,应根据网络猥亵的特点向隔空防范的规范原理转型,在法益上扩张性自主权范围,在强制属性上转向精神强制,在行为方式上明确隔空操纵式与暴露式猥亵的新形式,并以心理侵害程度确定罪量标准。在规范原理更新的基础上,可以有效解决网络隔空猥亵认定难题,在行为方式上明确隔空实施的特性与类型,明确精神强制的认定标准,以心理侵害程度进行罪量区分判断,同时明晰成年人与未成年人对象的认定标准差异、明确网络聚众与公共场所当众的隔空认定标准。

关键词：网络猥亵猥亵犯罪接触禁忌隔空防范

生成式人工智能场域下个人信息规范保护的模式与路径

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江西社会科学 2024年第8期44卷 68-80+206页

作者：李川东南大学法学院

生成式人工智能场域下现有的个人信息规范保护机制失灵，引发个人信息规范保护的新问题，体现为对个人信息知情同意的判断困难以及对个人信息非法转移、过度处理与非法篡改等治理难题。而造成这些问题的原因是构建于生成式人工智能兴起... 详细信息

生成式人工智能场域下现有的个人信息规范保护机制失灵，引发个人信息规范保护的新问题，体现为对个人信息知情同意的判断困难以及对个人信息非法转移、过度处理与非法篡改等治理难题。而造成这些问题的原因是构建于生成式人工智能兴起前的个人信息保护规范采用赋权保护模式，难以满足生成式人工智能带来的动态化、差别化与风险控制的个人信息保护需求，因此应根据生成式人工智能阶段化的特点更新采用个人信息分阶保护模式，在生成式人工智能不同阶段采取类型化的个人信息保护路径：在初始预训阶段根据内部性特征确立基于权利的合规治理路径，在应用部署阶段根据场景化特征采取基于场景的风险控制路径，在结果生成阶段根据后果固定性特征采取基于后果的责任追究路径，在生成式人工智能全生命周期中实现对个人信息的有效规范保护。

关键词：生成式人工智能个人信息规范保护风险控制

来源：博看期刊

基于个体活跃度异质性的网络空间无标度系统模型及机制研究

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河南科技大学学报（自然科学版） 2024年第4期45卷 94-104,M0008页

作者：李川上海理工大学复杂系统科学研究中心上海200093

以网络空间个体活跃度异质性为前提,探索构建强关系与弱关系社交网络系统模型及机制。基于个体传播源的活跃程度及传播积极性得到非线性动态系统,结合模型阈值进行了数值模拟,构建了强关系与弱关系社交网络系统模型。通过无标度网络上... 详细信息

以网络空间个体活跃度异质性为前提,探索构建强关系与弱关系社交网络系统模型及机制。基于个体传播源的活跃程度及传播积极性得到非线性动态系统,结合模型阈值进行了数值模拟,构建了强关系与弱关系社交网络系统模型。通过无标度网络上的数值模拟验证了理论分析,从正面信息传播源传播能力异质性、信息传播源积极程度异质性、信息传播源异质性以及层间活跃度异质性等方面探讨了不同设定条件下强弱社交网络的传播和演化特征。

关键词：无标度网络社交网络个体活跃度系统模型

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四叉树网格线源频率域电磁法二维正演研究

地球物理学报 2024年第5期67卷 1999-2014页

作者：王培杰陈小斌张赟昀中国地震局地质研究所北京100029 应急管理部国家自然灾害防治研究院北京100085

可控源电磁法正演面临的问题,主要表现在源的奇异性和边界条件的处理困难.本文首先利用面积分将源的模拟精度转化为网格的离散精度,然后利用四叉树网格局部任意加密的特性,有效解决了奇异源模拟精度不高的问题.由于大地中的电磁场迅速衰... 详细信息

可控源电磁法正演面临的问题,主要表现在源的奇异性和边界条件的处理困难.本文首先利用面积分将源的模拟精度转化为网格的离散精度,然后利用四叉树网格局部任意加密的特性,有效解决了奇异源模拟精度不高的问题.由于大地中的电磁场迅速衰减,在距源很远的侧边界,地下的电磁场主要是由空气中的电磁场感应产生的,而非从源经由大地传播而来,因此在地中使用一维平面波侧边界条件比一阶吸收侧边界条件更为合理,精度更高.通过算例分析,我们还发现空气侧边界的场强叠加了大地介质感应的二次场而显著改变,因此空气侧边界使用基于一次场的一阶吸收边界条件,是导致线源正演边界处计算精度不高的主因.本文中,我们使用四叉树网格将边界发散式向外扩展,以较少的网格覆盖更大的边界区域,来确保核心区的计算精度.研究还发现,线源全区视电阻率能较好地反映地下电性结构的变化,且趋势形态与大地电磁卡尼亚视电阻率相似,使用成熟的大地电磁反演技术对线源全区视电阻率进行反演,可以得到地下电性结构较好的近似模型.特别是倾子计算的全区视电阻率也能反映地下结构的变化,这为无电场观测的地下结构探测提供了可能.但二者之间仍存在差别,线源全区视电阻率还具有一定的几何测深能力,需开发基于线源全区视电阻率正演的二维/三维反演技术.

关键词：线源频率域电磁法正演四叉树网格有限差分法全区视电阻率