凋亡相关基因的整合分析及基因表达芯片的制备

作     者：黄茉莉 孙道春 娄雅欣 尹燕斌 李川昀 张勇 高歌 王升启 伯晓晨 魏丽萍 李松岗 HUANG Mo-Li;SUN Dao-Chun;Lou Ya-Xin;YIN Yan-Bin;LI Chuan-Yun;ZHANG Yong;GAO Ge;WANG Sheng-Qi;BO Xiao-Chen;WEI Li-Ping;LI Song-Gang

作者机构：北京大学生物信息中心北京大学生命科学学院北京大学蛋白质工程和植物基因工程国家重点实验室北京100871 北京放射医学研究所北京100850 中国医学科学院肿瘤研究所肿瘤医院细胞和分子生物实验室北京100021 

出 版 物：《生物化学与生物物理进展》 (Progress In Biochemistry and Biophysics)

年 卷 期：2008年第35卷第12期

页      面：1451-1460页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 0831[工学-生物医学工程（可授工学、理学、医学学位）] 08[工学] 09[农学] 0703[理学-化学] 0901[农学-作物学] 0836[工学-生物工程] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：国家高技术研究发展计划(863)资助项目(2002AA231051)~~ 

主　　题：凋亡 生物信息 NAIF1 生物芯片 

摘      要：利用IPI和GenBank,收集了与凋亡相关的5333条基因序列,用一定的标准,整合筛选得到1384个凋亡相关的基因.通过亚细胞定位、组织表达差异显著性分析、自然正义/反义RNA对预测、基因簇在pathway上的定位、蛋白质/蛋白质相互作用等方面的分析发现,一些基因只在一个组织里显著差异表达,一些基因存在自然正义/反义RNA对现象,一些基因簇同时位于多条pathway等重要信息.同时,制作了一张凋亡相关基因的寡核苷酸芯片,并且对于一对NAIF1表达质粒转染前后的HeLa样品,通过该芯片的筛选,得到24个差异表达的基因.发现NAIF1过表达诱导的细胞凋亡,伴随了PAX2、PDCD8、PDCD10、DFFA、CASP7等基因表达的显著变化,同时还发现,U58668,该mRNA没有任何基因或蛋白质的注释信息,当camptothecin诱导U937细胞系凋亡时上调,在这里的NAIF1过表达诱导的HeLa细胞系中也上调(上述数据结果见http://***:2005/chip).