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β-甘露聚糖酶理化性质与其最适pH的相关性

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计算机与应用化学 2014年第8期31卷 929-933页

作者：林源清王粲张光亚华侨大学化工学院生物工程与技术系福建厦门361021

为了探究影响GH5家族β-甘露聚糖酶最适pH的各种因素,利用该酶的序列信息,构建了基于氨基酸组成的β-甘露聚糖酶理化性质与其最适pH的相关性模型。结果表明:该酶N端氨基酸序列是影响其最适pH的重要因素,在243个理化性质中有17个呈极显... 详细信息

为了探究影响GH5家族β-甘露聚糖酶最适pH的各种因素,利用该酶的序列信息,构建了基于氨基酸组成的β-甘露聚糖酶理化性质与其最适pH的相关性模型。结果表明:该酶N端氨基酸序列是影响其最适pH的重要因素,在243个理化性质中有17个呈极显著相关,其中7个呈正相关。优化的转移能量参数相关性最高,为0.78:7个正相关的理化性质中,与螺旋相关的理化性质占3个。优化的转移能量参数和螺旋是影响pH稳定性的最重要的因素。所建立的模型为研究该酶酸碱适应性机理提供了一种简单有效的方法。

关键词： β-甘露聚糖酶最适pH 理化性质优化的转移能量参数螺旋

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基于不同标度伪氨基酸组成预测脂肪酶的类型

生物工程学报 2008年第11期24卷 1968-1974页

作者：张光亚李红春高嘉强方柏山华侨大学生物工程与技术系厦门361021

从序列出发预测某蛋白质是否为脂肪酶以及属于哪种脂肪酶具有重要的理论和应用价值。提出了基于Z标度和T标度的伪氨基酸组成方法提取序列特征值,采用了k-近邻算法回答上述问题。经参数选择后,三种方法在各自最优运行参数下,其10倍交叉... 详细信息

从序列出发预测某蛋白质是否为脂肪酶以及属于哪种脂肪酶具有重要的理论和应用价值。提出了基于Z标度和T标度的伪氨基酸组成方法提取序列特征值,采用了k-近邻算法回答上述问题。经参数选择后,三种方法在各自最优运行参数下,其10倍交叉验证的结果为:对脂肪酶和非脂肪酶预测精度分别为92.8%、91.4%和91.3%;对脂肪酶类型预测的精度分别为92.3%、90.3%和89.7%。其中基于Z标度伪氨基酸组成效果最佳,基于T标度的次之,但均明显优于其他6种常见的特征值提取方法,并对其可能的原因进行了探讨。

关键词：脂肪酶 Z-标度 T-标度伪氨基酸组成 k-近邻

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智能多肽的自组装机理及其生物学应用

中国生物工程杂志 2014年第5期34卷 87-91页

作者：沈婷婷张光亚华侨大学化工学院厦门361021

智能多肽是指智能响应外界刺激并做出相应回应的多肽。由于其形成过程为自发的自组装,故智能多肽又可称为自组装多肽。智能多肽的氨基酸构成使其拥有良好的生物相容性及生物可降解性,作为构筑基元拼接成为功能性材料,在新型生物材料方... 详细信息

智能多肽是指智能响应外界刺激并做出相应回应的多肽。由于其形成过程为自发的自组装,故智能多肽又可称为自组装多肽。智能多肽的氨基酸构成使其拥有良好的生物相容性及生物可降解性,作为构筑基元拼接成为功能性材料,在新型生物材料方面展示出了广阔的应用前景。概括了智能多肽的性质、自组装机理及应用,重点阐述了它在生物能源、生物医学工程和分离工程上的应用,以期在系统认识智能多肽的基础上,发掘其应用潜能,突破开发瓶颈。

关键词：智能多肽自组装机制构筑基元生物材料类弹性蛋白多肽

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蛋白质突变仿真&虚拟筛选系统的开发和应用

计算机与应用化学 2012年第3期29卷 365-370页

作者：洪雪梅林毅张光亚华侨大学信息学院福建厦门361021 华侨大学化工学院生物工程与技术系福建厦门361021

筛选因过程复杂造成费钱费时费力,成为定向进化的瓶颈。因此,开发出蛋白质突变仿真&虚拟筛选系统,以部分替代实验筛选,提高筛选效率,具有十分重要的意义。利用对字符串的随机替换来模仿蛋白质序列的突变,通过加权二肽组成、偏最小二乘... 详细信息

筛选因过程复杂造成费钱费时费力,成为定向进化的瓶颈。因此,开发出蛋白质突变仿真&虚拟筛选系统,以部分替代实验筛选,提高筛选效率,具有十分重要的意义。利用对字符串的随机替换来模仿蛋白质序列的突变,通过加权二肽组成、偏最小二乘回归等数学模型对产生的蛋白质序列进行筛选。开发的蛋白质突变仿真&虚拟筛选系统软件,可以部分替代实验筛选。软件在WINDOWS XP及DotNetFramework 2.0下运行稳定,计算速度快,拟合结果良好,基本可以满足数据处理的需要。软件的参数灵活可调,能够输出各种数据,可以方便分析验证,也可与其它软件整合进行数据分析以达到研究目的。

关键词：蛋白质工程:突变仿真虚拟筛选软件

塔里木盆地哈拉哈塘地区奥陶系一间房组岩溶储集层地震识别与控制因素

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古地理学报 2014年第1期16卷 125-132页

作者：客伟利张光亚潘文庆张磊张仁焕中国石油勘探开发研究院北京100083 中国石油塔里木油田勘探开发研究院新疆库尔勒841000 哈里伯顿(中国)能源服务有限公司北京100020

哈拉哈塘地区位于塔里木盆地北部隆起轮南低凸起奥陶系潜山背斜西翼上,其中奥陶系一间房组碳酸盐岩岩溶储集层具有成因复杂、非均质性强和识别困难等特点。以该地区现有钻井资料、地震解释成果为基础,在现代岩溶研究成果的指导下,利用... 详细信息

哈拉哈塘地区位于塔里木盆地北部隆起轮南低凸起奥陶系潜山背斜西翼上,其中奥陶系一间房组碳酸盐岩岩溶储集层具有成因复杂、非均质性强和识别困难等特点。以该地区现有钻井资料、地震解释成果为基础,在现代岩溶研究成果的指导下,利用分时窗提取、断裂属性(Fault Fracture Attribute,FFA)裂缝预测等特色技术,详细刻画了一间房组孔洞、裂缝型储集层空间分布特征。利用地层CT扫描古河道识别、残厚法古地形恢复、基于优化算法的构造识别体断裂精细刻画等特色技术开展了岩溶储集层控制因素分析,指出古地形较高、水系发达、小断裂发育等是一间房组岩溶储集层发育的有利控制因素。面对现有碳酸盐岩岩溶储集层勘探难题,以现代岩溶理论为指导,钻井—地震结合,综合利用多种地震预测技术是开展研究区碳酸盐岩岩溶储集层识别和控制因素分析的重要手段。

关键词：塔里木盆地奥陶系岩溶储集层孔洞储集层识别裂缝储集层识别地层CT扫描古地形恢复

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基于支持向量机识别嗜热和常温蛋白的研究

计算机与应用化学 2006年第8期23卷 707-710页

作者：张光亚刘桂兰方柏山华侨大学工业生物技术研究所福建泉州362021

采用支持向量机对嗜热和常温蛋白进行模式识别并和偏最小二乘回归比较。结果表明,当惩罚因子C为1,核函数选取线性函数,不敏感常数epsilon取0．01时,经320组数据训练,支持向量机预测的平均正确率为84．9％,后者为86．8％。经1720组数据训... 详细信息

采用支持向量机对嗜热和常温蛋白进行模式识别并和偏最小二乘回归比较。结果表明,当惩罚因子C为1,核函数选取线性函数,不敏感常数epsilon取0．01时,经320组数据训练,支持向量机预测的平均正确率为84．9％,后者为86．8％。经1720组数据训练,支持向量机对嗜热蛋白预测正确率达97．4％,对常温蛋白预测的正确率为84．2％,平均90．8％。建立了一种基于序列的识别嗜热和常温蛋白的新方法。

关键词：支持向量机偏最小二乘回归模式识别热稳定性

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塔里木盆地巴楚地区构造样式与演化

石油勘探与开发 1999年第5期26卷 10-11页

作者：付建奎张光亚马郡李洪辉中国石油天然气集团公司石油勘探开发科学研究院华北石油管理局勘探开发研究院

塔里木盆地巴楚地区断裂较发育，可分为３组（北西向，分布最广泛；东西向和北西西向；北北东向，主要分布于该区东南部），主要是基底卷入型断裂，断面较陡，上盘发育断展褶皱和伴生断裂。巴楚地区构造样式可分为盖层滑脱型和基底... 详细信息

塔里木盆地巴楚地区断裂较发育，可分为３组（北西向，分布最广泛；东西向和北西西向；北北东向，主要分布于该区东南部），主要是基底卷入型断裂，断面较陡，上盘发育断展褶皱和伴生断裂。巴楚地区构造样式可分为盖层滑脱型和基底卷入型。下寒武统泥岩、膏泥岩和下第三系膏泥岩是该区的两套区域性滑脱层，盖层滑脱型构造可分为两种：沿下寒武统滑脱层发育的断展背斜、叠瓦状逆冲断片和沿下第三系滑脱层发育的滑脱型逆冲断块。基底卷入型构造有多种构造样式，包括单斜式断块、“Ｙ”形及反“Ｙ”形断块和背冲式、对冲式断块。巴楚地区构造发育史可分为３期：加里东期—海西期，海西晚期，这两期构造形成与中、晚志留世西昆仑早古生代火山弧和塔里木板块碰撞及西昆仑晚古生代火山弧的演化相关；喜山期，构造形成与印度板块同欧亚大陆南缘的碰撞密切相关。图３参３（王孝陵摘）

关键词：构造地质构造样式构造演化塔里木盆地

基于foldon介导的寡聚化以提高阿魏酸酯酶催化效率

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生物工程学报 2019年第5期35卷 816-826页

作者：张雷雷林超张光亚李夏兰华侨大学化工学院福建厦门361021

将foldon结构域与阿魏酸酯酶C-末端进行融合表达并用组氨酸标签对融合蛋白进行纯化。实现基于foldon的寡聚化阿魏酸酯酶及单体阿魏酸酯酶在毕赤酵母GS115中表达,并应用目标蛋白与foldon结构域融合可自发形成三聚体结构的特性对阿魏酸酯... 详细信息

将foldon结构域与阿魏酸酯酶C-末端进行融合表达并用组氨酸标签对融合蛋白进行纯化。实现基于foldon的寡聚化阿魏酸酯酶及单体阿魏酸酯酶在毕赤酵母GS115中表达,并应用目标蛋白与foldon结构域融合可自发形成三聚体结构的特性对阿魏酸酯酶进行改造,以提高阿魏酸酯酶的催化性能。经纯化获得寡聚化及单体阿魏酸酯酶,寡聚化阿魏酸酯酶表观分子量约为110kDa,单体阿魏酸酯酶表观分子量为40 kDa;寡聚化阿魏酸酯酶的最适反应温度和pH分别为50℃和5.0,而单体阿魏酸酯酶则分别为50℃和6.0。寡聚化阿魏酸酯酶的底物亲和力(K_m)及催化效率(k_(cat)/K_m)较单体阿魏酸酯酶分别提高3.42倍和7.57倍。结果表明,寡聚化及单体阿魏酸酯酶均成功表达,且寡聚化阿魏酸酯酶在底物亲和力和催化效率上具有明显优势,该提高阿魏酸酯酶催化效率的方法简单、高效,有很好的应用前景。

关键词：阿魏酸酯酶寡聚化 foldon 催化性能酶工程

准噶尔盆地西北缘风城组白云岩成因及油气富集因素

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石油勘探与开发 2011年第6期38卷 685-692页

作者：冯有良张义杰王瑞菊张光亚吴卫安中国石油勘探开发研究院

利用钻井、岩心、地震、测井及地球化学资料,分析准噶尔盆地西北缘二叠系风城组白云岩沉积环境、成因、分布规律及白云岩储集层油气富集高产因素。风城组白云岩按产状和沉积构造可分为纹层状泥质白云岩、薄层状白云岩和斑状白云岩,主要... 详细信息

利用钻井、岩心、地震、测井及地球化学资料,分析准噶尔盆地西北缘二叠系风城组白云岩沉积环境、成因、分布规律及白云岩储集层油气富集高产因素。风城组白云岩按产状和沉积构造可分为纹层状泥质白云岩、薄层状白云岩和斑状白云岩,主要为准同生白云岩和后生白云石化白云岩。准同生白云岩形成于半深湖咸水环境;后生白云石化白云岩是发育在半深湖咸水环境下的碳酸盐岩灰泥在成岩期经后生白云石化作用形成。白云岩主要分布在火山喷发或逆冲断裂活动形成的古地貌斜坡上。白云岩储集层的储集空间主要为溶蚀孔隙和裂隙。白云岩储集层富集高产的控制因素是裂缝及构造背景。

关键词：白云岩油气富集沉积环境风城组准噶尔盆地西北缘