基于不同标度伪氨基酸组成预测脂肪酶的类型

作     者：张光亚 李红春 高嘉强 方柏山 Guangya Zhang;Hongchun Li;Jiaqiang Gao;Baishan Fang

作者机构：华侨大学生物工程与技术系厦门361021 

出 版 物：《生物工程学报》 (Chinese Journal of Biotechnology)

年 卷 期：2008年第24卷第11期

页      面：1968-1974页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 071010[理学-生物化学与分子生物学] 081704[工学-应用化学] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 

基　　金：高等学校博士学科点专项科研基金项目(No.20070385001) 福建省自然科学基金项目(No.2007J0360)资助~~ 

主　　题：脂肪酶 Z-标度 T-标度 伪氨基酸组成 k-近邻 

摘      要：从序列出发预测某蛋白质是否为脂肪酶以及属于哪种脂肪酶具有重要的理论和应用价值。提出了基于Z标度和T标度的伪氨基酸组成方法提取序列特征值,采用了k-近邻算法回答上述问题。经参数选择后,三种方法在各自最优运行参数下,其10倍交叉验证的结果为:对脂肪酶和非脂肪酶预测精度分别为92.8%、91.4%和91.3%;对脂肪酶类型预测的精度分别为92.3%、90.3%和89.7%。其中基于Z标度伪氨基酸组成效果最佳,基于T标度的次之,但均明显优于其他6种常见的特征值提取方法,并对其可能的原因进行了探讨。