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一例东北马鹿白化病的病例分析

特产研究 2024年第4期 25-30页

作者：陈旭唐丽昕邢秀梅董崇山王莘皓高鹤轩苏伟林刘欣东北林业大学野生动物与自然保护地学院中国农业科学院特产研究所甘肃创兴生物工程有限责任公司广东长隆集团有限公司

为了探究一只东北马鹿的白化病的遗传机制,对其进行了30×全基因组重测序及生物信息分析并进行验证。结果表明。通过筛选与白化病致病基因相关的SNPs最终定位到这只白化马鹿的5个SNPs分别涉及到HPS3(c.A1652G),LYST(c.C3338T、c.G3635A... 详细信息

为了探究一只东北马鹿的白化病的遗传机制,对其进行了30×全基因组重测序及生物信息分析并进行验证。结果表明。通过筛选与白化病致病基因相关的SNPs最终定位到这只白化马鹿的5个SNPs分别涉及到HPS3(c.A1652G),LYST(c.C3338T、c.G3635A、c.C4613T),TYR(c.C1204T)3个基因。同源蛋白序列分析排除了HPS3和LYST上突变位点的致病性,而TYR基因上为终止突变。RT-PCR分析进一步证实TYR基因的终止突变蛋白结构预测分析显示,TYR基因的突变位点位于蛋白的胞质区与跨膜区之间,而作为与网格衔接蛋白AP-3接合的双亮氨酸基序(EEXXXPLL)位于膜内区,因突变而丢失。综上分析,TYR基因(c.C1204T)突变导致了马鹿的白化病。该突变使TYR尾端丢失,包含了双亮氨酸基序和跨膜区丢失,TYR蛋白无法从内质网转移到黑素体上,黑素体功能性缺失导致白化病。

关键词： TYR基因黑色素白化病东北马鹿

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牛、羊和鹿科动物遗传多样性及起源研究进展

特产研究 2024年第4期46卷 150-155页

作者：杨苏坤陈旭唐丽昕董世武王洪亮邢秀梅中国农业科学院特产研究所农业农村部特种经济动物遗传育种与繁殖重点实验室吉林长春130112 东北林业大学野生动物与自然保护地学院黑龙江哈尔滨150006

牛、羊和鹿资源是人类的宝贵财富,不仅能够为人类提供丰富的肉奶等产品,而且在医药、科学研究等方面有着无可替代的价值,但这些遗传资源正在丢失并且部分品种已经濒危甚至灭绝。探究其遗传多样性和起源可全面的了解群体现状、遗传变异... 详细信息

牛、羊和鹿资源是人类的宝贵财富,不仅能够为人类提供丰富的肉奶等产品,而且在医药、科学研究等方面有着无可替代的价值,但这些遗传资源正在丢失并且部分品种已经濒危甚至灭绝。探究其遗传多样性和起源可全面的了解群体现状、遗传变异和分化以及明确祖先类型和迁徙路线,并提出科学的保种选育方案,为遗传资源保护提供科学依据。本文综述了牛、羊和鹿科动物的遗传多样性的研究方法以及父系、母系起源的研究进展,为保护种质资源和濒危物种以及遗传资源的开发利用提供参考依据。

关键词：遗传标记遗传多样性父系起源母系起源

基于GBS技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代基因组SNP特征的分析

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畜牧兽医学报 2019年第12期50卷 2422-2430页

作者：董世武王天骄刘华淼王磊唐丽昕邢秀梅中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室

旨在利用基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)基因组的SNP特征进行分析。本试验采用GBS技术对梅花鹿(63个)、马鹿(12个)及其杂交后代(F1代112个,F2代38个,未知类型个体1个)共226个个体... 详细信息

旨在利用基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)基因组的SNP特征进行分析。本试验采用GBS技术对梅花鹿(63个)、马鹿(12个)及其杂交后代(F1代112个,F2代38个,未知类型个体1个)共226个个体的血液基因组DNA进行测序,并利用本实验室前期110只梅花鹿、197只马鹿和1只F1代杂交鹿的测序数据,以梅花鹿全基因组为参考序列进行比对分析。结果,226个个体共产生Clean data 322.683 Gb,平均每个样品1427.802 Mb;将所有样本作为一个群体检测SNP变异,共检测出SNP位点23943582个,质控过滤后得到SNP位点31630个。对31630个SNPs使用最大似然(maximum likelihood,ML)法构建的分子进化树显示,梅花鹿、马鹿、F1及F2代区分明显。对梅花鹿和马鹿的SNPs进行比对分析,筛选出可用于鉴别马鹿、梅花鹿、F1、F2的物种特异SNP位点1032个(马鹿特异SNP位点474个,梅花鹿特异SNP位点558个),计算结果显示,F1代个体包含马鹿特异SNPs的比例主要在40%~60%之间,F2代个体含马鹿特异SNPs的比例主要在10%~30%之间,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,梅花鹿中55.49%的个体不含马鹿特异SNPs,17.34%的个体含马鹿特异SNPs的比例低于1%,13.29%的个体含马鹿特异SNPs的比例在1%~10%之间,其余个体含马鹿特异SNPs的比例为10%~20%(其中有一个个体含马鹿特异SNPs的比例为33.3%)。该研究为花马杂交鹿后代的鉴定提供了可靠标记,并定量估计了F1和F2代个体含马鹿特异SNPs的比例,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,这对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)的鉴别具有重要意义。

关键词： GBS 梅花鹿马鹿杂交鹿 SNP 鉴别

梅花鹿与欧洲马鹿染色体水平基因组的比较研究

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畜牧兽医学报 2021年第2期52卷 376-388页

作者：唐丽昕王天骄刘华淼张然然邢秀梅中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室长春130112

旨在从基因组层面揭示梅花鹿与欧洲马鹿的起源进化,找到与进化过程相关的信号通路并与表型进行关联。本试验以成年雌性梅花鹿与成年雄性欧洲马鹿染色体水平基因组作为研究对象,利用比较基因组学的方法对梅花鹿和欧洲马鹿基因组进行染色... 详细信息

旨在从基因组层面揭示梅花鹿与欧洲马鹿的起源进化,找到与进化过程相关的信号通路并与表型进行关联。本试验以成年雌性梅花鹿与成年雄性欧洲马鹿染色体水平基因组作为研究对象,利用比较基因组学的方法对梅花鹿和欧洲马鹿基因组进行染色体共线性分析,获得两个物种间基因组序列的同源关系和基因组发生的染色体倒位现象,并对被倒位截断和在倒位内部未被截断的两类基因分别进行GO和KEGG功能富集分析;同时对两个物种染色体上的基因进行共线性分析,识别二者基因组间的直系同源区域,检测直系同源基因,估算两个物种的分化时间。结果显示,梅花鹿与欧洲马鹿基因组表现出同源性,有27条染色体的同源性在95%以上;通过基因组的比对确定了梅花鹿的23号染色体是X染色体;而对染色体倒位的统计及基因的GO和KEGG功能富集分析发现,梅花鹿基因组共有37847个倒位,片段长度为1~5 kb的倒位数目最多;而倒位涉及基因的GO功能富集的生物学过程及分子功能有嗅觉中化学刺激的检测、嗅觉感觉、嗅觉感受器活动、信号传感器活动;KEGG富集的是嗅觉传导信号通路。而梅花鹿与欧洲马鹿基因共线性分析共检测出79个同源区段,12629个直系同源基因,利用同源基因的同义突变率(Ks)估算出梅花鹿与欧洲马鹿的分化时间是0.318 MYA(millions of years ago)。本研究利用比较基因组学的方法,获得了梅花鹿与欧洲马鹿基因组间的同源关系以及两个物种染色体倒位现象,通过功能富集分析发现,染色体倒位与嗅觉表型有关,为鹿属动物染色体进化的研究提供新的理论基础。

关键词：梅花鹿欧洲马鹿染色体水平基因组比较基因组学

聚吡咯基本征可拉伸导电纤维构建及电热理疗应用

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高分子学报 2024年第3期55卷 309-319页

作者：李沂蒙李雯昕刘晓莉唐丽琴王莎莎王富军王璐毛吉富东华大学纺织学院纺织面料技术教育部重点实验室、纺织行业生物医用纺织材料与技术重点实验室、上海市现代纺织前沿科学研究基地上海201620

为解决现有可拉伸电极存在的制备工艺复杂和本征可拉伸性能差的问题,采用简单的原位聚合方法,通过优化掺杂剂,开发了一种具有本征可拉伸性的聚吡咯基导电纤维.在导电纤维的制备过程中,磺基水杨酸钠被用作掺杂剂和增塑剂,使得导电纤维展... 详细信息

为解决现有可拉伸电极存在的制备工艺复杂和本征可拉伸性能差的问题,采用简单的原位聚合方法,通过优化掺杂剂,开发了一种具有本征可拉伸性的聚吡咯基导电纤维.在导电纤维的制备过程中,磺基水杨酸钠被用作掺杂剂和增塑剂,使得导电纤维展现出出色的初始电导率(6.34 S/cm),并且在100%拉伸应变下仍保持5.37 S/cm的良好导电性能.此外,基于弹性导电纤维的加热器具有优秀的焦耳热性能.当施加5V电压时,其表面温度可达到60℃,为热疗提供了可靠的加热效果.进一步将导电纤维集成到电热手套中,实验发现在手指关节运动过程中,手套表面温度仅下降了4.89%,可实现对运动关节的稳定热疗.这为雷诺综合征和关节损伤疼痛等疾病的物理治疗提供了便捷有效的实施方案.

关键词：聚吡咯导电纤维本征可拉伸焦耳热热疗

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鹿科动物染色体研究进展

特产研究 2020年第2期42卷 61-64,89页

作者：唐丽昕张然然董世武邢秀梅中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物学重点实验室吉林长春130112

在细胞遗传学中,染色体的研究是很重要的一部分。在通过查阅相关文献后,本文对近年来鹿科动物染色体的相关研究方法,包括核型、显带分析以及荧光原位杂交等其他技术进行了概述,并指出应该在此基础上拓展新的、更具意义的研究领域。

关键词：鹿科动物染色体核型显带荧光原位杂交(FISH)

基于高通量测序技术的敖鲁古雅驯鹿鹿茸转录组分析

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中国畜牧兽医 2020年第7期47卷 1981-1989页

作者：鞠妍刘华淼何金明王磊赵佩张然然董依萌董世武唐丽昕邢秀梅中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物重点实验室长春130112 吉林农业大学长春130000

试验旨在通过高通量测序技术获得驯鹿的遗传信息和鹿茸组织的转录组特征,并进一步挖掘其中与鹿茸经济性状相关的关键基因信息。对驯鹿鹿茸组织提取RNA,检测RNA纯度、完整性及是否有污染,合格后构建文库,文库构建成功需要进行库检,库检... 详细信息

试验旨在通过高通量测序技术获得驯鹿的遗传信息和鹿茸组织的转录组特征,并进一步挖掘其中与鹿茸经济性状相关的关键基因信息。对驯鹿鹿茸组织提取RNA,检测RNA纯度、完整性及是否有污染,合格后构建文库,文库构建成功需要进行库检,库检合格后使用Illuminanovaseq平台进行转录组测序分析。利用Diamond、HMMER、KAAS、Blast2GO等软件对驯鹿鹿茸转录组序列进行了功能注释、基因丰度分析和其他分析。结果显示,测序获得47818202条raw reads,经过滤和质量检查得到了46964478条clean reads,组装后得到49171个Unigenes,表明本次测序获得了高质量的鹿茸转录组。基于序列一致性分析,Unigenes与NR、Swiss-Prot、KOG、KEGG、Pfam、GO数据库比对注释成功总共占89.54%,共44029条序列。Corset聚类后得到49171个Unigenes,在这些Unigenes中共找到13795个SNPs位点和18446个SSRs位点。GO注释结果显示22955个Unigenes得到注释,占总注释结果的46.68%。与KEGG数据库进行比对分析,发现49171个Unigenes可能参与或涉及代谢途径,其中20258个Unigenes共注释到32个KEGG代谢通路。此外,在转录组结果中发现了一些高丰度的基因,如OPN、TMSB4、TMSB10等,它们的功能可能与驯鹿生茸有关。本试验结果不仅对驯鹿的基因组数据进行了补充,而且还初步揭示了生长期驯鹿鹿茸的基因特征,为驯鹿分子遗传学研究、资源保护与利用及种群资源恢复提供了参考。

关键词：驯鹿鹿茸高通量测序转录组

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梅花鹿蜡片茸与血片茸脂质组分比较研究

特产研究 2020年第3期42卷 1-5,11页

作者：唐丽昕张然然刘华淼邢秀梅中国农业科学院特产研究所特种经济动物分子生物学重点实验室吉林长春130112

梅花鹿鹿茸是一种传统名贵中药材,在我国已沿用两千多年。本研究通过LC-MS-MS技术对梅花鹿鹿茸的脂质组分进行比较分析。结果表明,共获得752种梅花鹿鹿茸脂质成分,共分为15个类别,其中磷脂酰乙醇胺相对含量最高,其次为磷脂酰胆碱和甘油... 详细信息

梅花鹿鹿茸是一种传统名贵中药材,在我国已沿用两千多年。本研究通过LC-MS-MS技术对梅花鹿鹿茸的脂质组分进行比较分析。结果表明,共获得752种梅花鹿鹿茸脂质成分,共分为15个类别,其中磷脂酰乙醇胺相对含量最高,其次为磷脂酰胆碱和甘油三酯;利用OPLS-DA多元统计方法与单因素方差检验筛选到133种显著差异表达脂质分子(VIP> 1,P 2),包含58种甘油三脂,22种磷脂酰胆碱,7种磷脂酰丝氨酸,35种磷脂酰乙醇胺,2种溶血磷脂酰胆碱,5种溶血磷脂酰乙醇胺和4种神经酰胺;相对定量结果显示,甘油三脂与磷脂类化合物在蜡片茸中高表达,而能够维持皮肤水分、调节细胞凋亡的神经酰胺类化合物在血片茸中高表达;另外,筛选到5种甘油三脂在三杈蜡片茸相对含量显著高于二杠蜡片茸。本研究详细分析了蜡片茸与血片茸的脂质组分,为鹿茸有效活性成分的挖掘与鹿茸生长机制的探究奠定了理论基础。

关键词：蜡片茸血片茸脂质

一种基于面元梯度重建的格心型有限体积空间离散方法

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航空学报 2024年第1期45卷 210-234页

作者：魏雁昕刘君大连理工大学航空航天学院大连116024

梯度重构过程决定了有限体积法的空间离散精度和鲁棒性,针对二阶格心型有限体积法,研究并提出了一种新型梯度重构方法。该方法基于加权最小二乘原理,首先计算确定面元中心的变量值和变量梯度,然后针对不同网格类型分别使用中心差分、算... 详细信息

梯度重构过程决定了有限体积法的空间离散精度和鲁棒性,针对二阶格心型有限体积法,研究并提出了一种新型梯度重构方法。该方法基于加权最小二乘原理,首先计算确定面元中心的变量值和变量梯度,然后针对不同网格类型分别使用中心差分、算术平均的方法求解单元格心变量梯度,在此基础上将边界条件与梯度重构过程相结合,发展了适配新方法的边界约束算法。利用精确测试函数进行网格收敛性研究,证明本文方法在光滑解条件下可以实现全场梯度的线性精确,一系列的无黏和黏性流动算例验证表明,相较于传统方法,本文方法可以有效降低近边界区域的数值耗散,提高计算精度,同时在大长宽比三角形网格条件下也具有良好的鲁棒性。

关键词：有限体积法最小二乘法梯度重构边界约束重构虚拟单元