利用全基因组重测序对野生大豆染色体片段代换系群体进行深度分型
作者单位：南京农业大学大豆研究所/农业部大豆生物学与遗传育种重点实验室/国家大豆改良中心/作物遗传与种质创新国家重点实验室
会议名称：《第十届全国大豆学术讨论会》
会议日期：2017年
摘 要：以NN1138-2为受体亲本、野生大豆豆N24852为供体亲本,经过连续回交和自交获得了一套由182份家系组成的染色体片段代换系群体。经184个均匀分布在各条染色体上SSR标记分型,群体携带野生片段覆盖整个大豆基因组。采用全基因组重测序技术,对该群体进一步分型:亲本NN1138-2和N24852分别进行了9X和11X深度测序,182份家系测序深度平均为2X。通过亲本测序,共获得2,216,645个SNP标记,结合家系测序结果,群体中共包含了1347个bin标记,平均每条染色体含有67.4个bin标记,每个标记平均含有1645.6个SNP。其中bin10-20包含有SNP最多,为59602个。以新获得的高密度bin标记对代换系群体基因型分型,发现仅有四个区段不包含野生片段,分别是bin03-28、bin05-3、bin07-15和bin07-19,其他bin标记覆盖了整个染色体。同时对bin标记进行片段划分,我们获得了1402染色体片段。随后我们对SSR标记和bin标记相比,结果发现有97.4%的符合度,主对角线上的标记有99%的符合度。在标记数目上,bin标记是SSR的7.3倍:在片段数目上,以bin划分的片段是以SSR标记划分片段数(782个片段)的1.8倍,高密度的bin标记可以全面反映野生片段的导入情况。我们以籽粒硬实性状对bin标记进行定位验证,结果表明利用bin标记定位到3个QTL与硬实相关,分别为bin02-63(44212203bp-46086339bp)、bin08-16(4640853bp-5144930bp)和bin10-44(45016743bp-45128633bp),它们的LOD值分别为7.5、5.9和2.9,其中bin02-63中包含有已被报道验证的导致籽粒硬实基因GmHs-1。