苏州地区住院儿童耐碳青霉烯肠杆菌分子流行病学特征、耐药基因及毒力基因研究

作     者：郑义寒 

作者单位：苏州大学 

学位级别：硕士

导师姓名：陈正荣

授予年度：2023年

学科分类：1010[医学-医学技术（可授医学、理学学位）] 10[医学] 

主      题：儿童 耐碳青霉烯肠杆菌科细菌 耐药率 耐药基因型 毒力基因 

摘      要：目的了解苏州地区2016年至2020年住院儿童耐碳青霉烯肠杆菌(Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae,CRE)流行现状、临床特征及对各种抗菌药物的耐药性,研究CRE携带耐药基因及毒力基因特征分布,为临床用药、疾病预防和院感防控提供科学依据。方法1.收集2016年1月至2020年12月苏州大学附属儿童医院临床非重复标本中分离的6262株肠杆菌科细菌,菌株鉴定采用全自动质谱仪(IVD MALDI Biotyper)鉴定。采用全自动细菌鉴定药敏分析仪(VITEK2 COMPACT)和纸片琼脂扩散法(Kirby-Bauer)进行药敏实验。筛选对亚胺培南、美罗培南抗菌药物耐药的菌株作为研究菌株。回顾性分析五年间281株CRE菌株流行现状及临床分布特征。2.统计281株CRE菌株耐药率情况。采用聚合酶链反应法(Polymerase chain reaction,PCR)检测CRE菌株所携带的耐药基因,包括碳青霉烯酶基因(blaNDM、blaKPC、blaOXA、blaVIM、blaIMP、blaAIM、blaGIM、blaSIM、blaSPM、blaBIC、blaDIM)、超广谱 β-内酰胺酶基因(Extended-spectrum β-Lactamase,ESBLs)(blaCTX-M、blaTEM、blaSHV、blaVEB、blaPER)以及AmpC酶(Amperclass C,头孢菌素酶)基因(blaDHA、blaACT、blaFOX、blaCMY、blaACC、blaCIT、blaEBC、blaMOX),阳性的PCR产物送公司进行测序验证,所得序列于网上BLAST进行比对,最终确定其基因亚型。3.采用PCR法检测157株耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(Carbapenems resistant Klebsiella pneumonia,CRKP)菌株毒力基因(iucA、prmpA、prmpA2、peg-344、crmpA、iroB)及 103 株耐碳青霉烯大肠埃希菌(Carbapenem resistant Escherichia coli,CRECO)菌株毒力基因(Stx1、Stx2、eae),分析毒力基因分布情况。对157株CRKP菌株进行拉丝试验超过5毫米且PCR检测携带毒力基因的菌株初步认定为耐碳青霉烯高毒力肺炎克雷伯菌CR-hvKP(Carbapenem-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae)。研究五年间CR-hvKP菌株检出情况,统计CR-hvKP临床资料、药敏结果、携带耐药基因及毒力基因情况,对CR-hvKP与CR-non-hvKP的临床特征及耐药率进行比较。结果1.2016年1月至2020年12月五年间,肠杆菌共检出6262株,其中最多年份为2020年(1885株),最常见肠杆菌为大肠埃希菌(2077株),其次是肺炎克雷伯菌(1550株)。五年间共检出281株CRE菌株,2017年CRE分离率最高,为6.97%;不同年份之间CRE检出率有显著差异(P0.001)。CRE主要包括CRKP和CRECO,其中CPKP分离最多为 157 株,分离率为 10.12%(157/1550),占比 55.87%(157/281);CRECO共 103 株,分离率为 4.96%(103/2077),占比 36.65%(103/281),CRKP和CRECO在各年度间检出率均有显著差异((P0.001)。281株CRE菌株主要集中于小于1月龄婴儿,主要分离来自新生儿科97(34.52%)株和新生儿重症监护室36(12.81%)株。标本来源以尿液及痰液最多见,分别占40.57%(114/281)和40.21%(113/281),CRKP分离主要集中在痰液(47.77%),CRECO分离主要来源于尿液(53.40%)。2.药敏结果显示:CRE对常用抗生素的耐药性普遍较高。281株CRE菌株对头孢菌素类及头孢菌素类+酶抑制剂药物的耐药率基本在80%以上,其中头孢曲松96.80%(272/281)、头孢唑啉 93.59%(263/281)、头孢呋辛 93.24%(262/281)、头孢他啶92.53%(260/281)、氨苄西林/舒巴坦 91.81%(258/281)、头孢哌酮/舒巴坦 91.10%(256/281)、头孢唑肟 90.75%(255/281)、头孢西丁 89.68%(252/281)、头孢替坦 86.83%(244/281)、头孢吡肟80.78%(227/281)。氨基糖苷类、氟喹诺酮类、单环β内酰胺类、磺胺类药物的耐药率不高。氟喹诺酮类抗生素药敏结果显示环丙沙星耐药率49.11%(138/281)、左氧氟沙星耐药率35.94%(10