超级增强子相关基因SCARB1通过PI3K/AKT途径调节胃癌细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭

作     者：胡鑫 

作者单位：贵州医科大学 

学位级别：硕士

导师姓名：黄海

授予年度：2023年

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主      题：胃癌 SCARB1 AKT 增殖 迁移 侵袭 凋亡 超级增强子 

摘      要：目的:明确超级增强子相关基因SCARB1在胃癌细胞中表达情况,探究其对胃癌细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭的影响,为胃癌治疗和预后分析提供可能的新靶点。方法:1.生物信息学方法(1)利用GEO数据库中胃癌细胞MKN45 Ch IP-seq数据绘制超级增强子图谱,通过GO分析初步确定超级增强子相关基因SCARB1为研究目标分子;(2)利用KM plotter数据库探索SCARB1表达水平与胃癌预后的关系;(3)利用GEPIA和TNMplot数据库比较SCARB1在胃癌组织和邻近正常组织中表达情况;(4)利用Expression Atlas数据库分析SCARB1在人胃癌细胞AGS、HGC27、MKN45中的表达情况。***-q PCR和Western blot分析和检测SCARB1在人胃黏膜上皮细胞GES1和人胃癌细胞AGS、HGC27、MKN45中的表达。3.将AGS、HGC27、MKN45各随机分为三组:分别为转染SCARB1小干扰RNA的si-SCARB1组(实验组),转染阴性si RNA序列的scramble组(阴性对照组)及不转染si RNA的mock组(空白对照组);对各组细胞进行相应处理48h后验证干扰效率。4.克隆形成实验和CCK-8法检测SCARB1对胃癌细胞增殖的影响。5.流式细胞术检测SCARB1对胃癌细胞凋亡的影响。6.细胞划痕实验和Transwell迁移侵袭实验检测SCARB1对胃癌细胞迁移和侵袭能力的影响,同时Western blot检测MMP2、MMP9蛋白的表达。*** blot检测蛋白AKT、p-AKT(ser473)、PI3K的相对表达情况并评估AKT磷酸化水平。结果:1.生信分析结果显示:(1)MKN45细胞的超级增强子总共有489个,超级增强子相关基因总共有892个,SCARB1与超级增强子5＿MACS＿peak＿7443＿loci Stitched相关,GO分析提示SCARB1可能与上皮细胞迁移和增殖有关;(2)KM plotter数据库分析得到,SCARB1高表达的胃癌患者五年总体生存率、五年首次进展生存率和五年进展后生存率均低于相对低表达患者;(3)GEPIA、TNMplot数据库分析得到,胃癌组织中SCARB1的表达高于邻近正常组织;(4)Expression Atlas数据库分析得到,SCARB1在AGS、HGC27、MKN45中高表达。***-q PCR结果显示,AGS、HGC27、MKN45中SCARB1的m RNA相对表达量高于GES1(P0.05)。5.流式细胞术结果显示,下调SCARB1表达后,AGS、HGC27、MKN45细胞凋亡率增加(P0.05)。***侵袭实验显示,下调SCARB1表达后,AGS、HGC27、MKN45细胞侵袭数量减少(P0.05)。*** blot结果显示,下调SCARB1表达后,AGS、HGC27、MKN45细胞MMP2、MMP9、AKT、p-AKT(ser473)、PI3K(p110)表达均降低,AKT磷酸化水平下降(P0.05)。结论:***1在MKN45细胞株中与超级增强子5＿MACS＿peak＿7443＿loci Stitched相关。2.生物信息学提示SCA