织锦巴非蛤不同颜色斧足的转录组分析

作     者：邓素贞 

作者单位：集美大学 

学位级别：硕士

导师姓名：刘贤德;韩芳

授予年度：2019年

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

主      题：织锦巴非蛤 总类胡萝卜素 斧足 颜色 转录组测序 差异表达基因 

摘      要：织锦巴非蛤(Paphiatextile)作为一种经济价值较高的双壳类海洋生物,探索其不同组织总类胡萝卜素分布规律及斧足颜色差异的分子机制对下一步选育经济价值高的织锦巴非蛤具有重要的参考价值。本研究首先分析了雌、雄织锦巴非蛤不同组织总类胡萝卜素的分布规律,然后用二代和三代测序技术对织锦巴非蛤不同颜色的斧足进行了转录组测序,初步探讨了斧足颜色差异的分子机制。研究结果如下:(1)随机选取100个织锦巴非蛤,比较了斧足、外套膜、闭壳肌、鳃、性腺5种组织的总类胡萝卜素含量,结果显示:各组织总类胡萝卜素含量从高到低依次为:斧足性腺鳃外套膜闭壳肌;各组织总类胡萝卜素含量除鳃与性腺之间没有显著性差异之外,其它各组织之间的差异均达到极显著水平(P0.01);雌、雄织锦巴非蛤的斧足、外套膜、闭壳肌、鳃中总类胡萝卜素的含量没有显著性差异,但精巢中总类胡萝卜素的含量显著高于卵巢(P0.01)。(2)对织锦巴非蛤橘黄色和浅白色的斧足进行二代和三代转录组测序及差异表达分析。二代测序结果显示:6个样品的Clean Data均达到6.90Gb,GC含量在35.30%～38.21%,Q30碱基百分比在94.43%及以上;三代测序结果显示:经过对低质量的全长转录本矫正后,橘黄色斧足组和浅白色斧足组分别得到16,968、21,611条高质量序列;将高质量的全长转录本序列与各大数据库进行比对,共获得5058条有注释信息的全长转录本。利用RSEM软件对Bowtie 2比对结果进行统计,得到57个差异表达基因,橘黄色斧足组相对于浅白色斧足组有34个基因表达量上调,23个基因表达量下调,这些差异表达基因参与到PPAR信号通路、FoxO信号通路、PI3K-Akt信号通路和糖酵解等许多细胞内信号通路,进而形成影响斧足颜色的潜在调控网络。该研究结果为进一步发掘颜色相关基因、阐明颜色差异的分子机制奠定了基础,为选育经济价值高的织锦巴非蛤提供参考。