GATOR1与肝细胞癌关系的研究 ——基于Meta分析和生物信息学分析

作     者：祖玲 

作者单位：广西中医药大学 

学位级别：硕士

导师姓名：刘天奇

授予年度：2023年

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主      题：DEPDC5 肝细胞癌 Meta分析 肿瘤免疫微环境 NPRL2 NPRL3 预后 免疫浸润 肝细胞癌 

摘      要：第一部分DEPDC5基因多态性与肝细胞癌易感性关系的Meta分析目的:DEPDC5是GATOR1复合体的其中一个亚基,近年来关于DEPDC5基因多态性和肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)易感性关系的研究有不同的结论,因此,我们对DEPDC5基因rs1012068和rs5998152位点单核苷酸多态性与HCC易感性的关联研究进行系统评价,再初步探讨这两个位点的生物学功能。方法:1.基于Meta分析的方法对DEPDC5基因rs1012068和rs5998152单核苷酸多态性与HCC易感性的关系进行系统评价:截至2022年10月31日,联合应用NCBI Pub Med、Embase、Scopus、Web of Science和中国知网(CNKI),全面检索关于rs1012068、rs5998152与HCC易感性关系的研究。计算五种遗传模式的效应指标OR值及95%CI,采用Rev Man5.3软件进行Meta分析分析。2.利用3d SNP在线分析软件对rs1012068和rs5998152进行分析,探索突变可能导致的生物学功能的改变。结果:***分析中共纳入12篇文献,关于rs1012068 SNP位点的11篇文献,共纳入肝细胞癌患者2609例,对照者8171例;关于rs5998152SNP位点的3篇文献,共纳入肝细胞癌患者411例,对照者1448例。Meta分析结果显示,rs1012068SNP位点的5种遗传学模式中,等位基因模式(G vs T:P=0.02)、显性模式(GG+TG vs TT:P=0.01)和杂合子模式(TG vs TT:P=0.009)在病例组和对照组之间比较,差异有统计学意义(P0.05),在纯合子模式(GG vs TT:P=0.05)和隐性模式(GG vs TG+TT:P=0.08)中,rs1012068基因多态性与肝癌易感性无相关性。rs5998152SNP位点5种遗传学模式中,等位基因模式(C vs T:P=0.03)、显性模式(CC+TC vs TT:P0.001)和杂合子模式(TC vs TT:P0.001)在病例组和对照组之间比较,差异有统计学意义(P0.05),隐性模式(CC vs TC+TT:P=0.31)和纯合子模式(CC vs TT:P=0.09)中,rs5998152基因多态性与肝癌易感性无相关性。2.3d SNP分析显示,rs1012068、rs5998152的突变在染色体层面与之相关联的基因间的相互关系产生影响。结论:***1012068SNP位点在等位基因模式和显性基因模式和杂合子模式中,与肝癌易感性之间存在相关性,是导致肿瘤发生的促进性遗传因素。rs5998152SNP位点的等位基因模式、显性模式和杂合子模式可增加肝癌的患病风险,其他模式未发现有相关性。***1012068、rs5998152的变异可能影响其在染色质环中与之关联的相互作用的基因的生物学功能。第二部分NPRL2、NPRL3在肝癌中的预后价值以及和免疫浸润的关系目的:探讨NPRL2、NPRL3在HCC中的表达、生物学功能以及和预后、免疫浸润的关系并构建预后预测模型。方法:通过多个基因表达数据库分析NPRL2、NPRL3在肝细胞肝癌(liver hepatocellular carcinoma,LIHC)和正常肝组织中的表达差异,利用UALCAN数据库和HPA数据库分析e IF4E3蛋白表达与LIHC的不同临床病理特征的关系,应用GSCA、UALCAN和GEPIA2数据库以及Kaplan-Meier Plotter进行生存分析。利用Linked Omics、GEPIA2数据库对e IF4E3的共表达基因进行探索,将两个数据库的共表达基因取交集,韦恩图得到的基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析。使用TISIDB数据库、Sanger Box数据库、TIDE数据库和TIMER数据库分析e IF4E3与肿瘤微环境中免疫浸润的关系,利用Kaplan-Meier Plotter绘制不同免疫状况下的预后情况。最后,下载TCGA-LIHC和GSE10141数据集的转录信息和临床信息,整合数据,利用R软件分别构建与NPRL2、NPRL3共表达基因相关的预后预测模型。结果:LIHC中NPRL2、NPRL3的表达水平明显高于配对的正常肝组织(P0.05)。在4个数据库中,e IF4E3过度表达与较差的生存显著相关(P0.05)。功能富集分析表明,NPRL2的共表达基因主要参与线粒体基因表达以及多肽生物合成过程,在核糖体,蛋白酶体,RNA降解以及R