SIRT6敲除的肺腺癌A549细胞株构建及转录组学分析

作     者：吴龙俊云 

作者单位：右江民族医学院 

学位级别：硕士

导师姓名：李也鹏

授予年度：2023年

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主      题：肺腺癌 SIRT6 基因敲除 转录组测序 

摘      要：目的:通过构建SIRT6基因敲除的肺腺癌A549稳转细胞系,探讨SIRT6在肺腺癌A549细胞中的可能作用分子机制。方法:(1)根据CRISPR/Cas9技术靶点设计原则,通过生物信息学设计向导RNA(single-guide RNA sg RNA),构建sg RNA-SIRT6质粒并包装成慢病毒感染A549细胞,筛选SIRT6基因敲除的A549细胞并行基因组测序鉴定,应用Western blotting检测SIRT6基因的敲除情况。(2)应用转录组测序技术检测SIRT6基因敲除肺腺癌细胞和正常细胞基因表达谱,通过生物学信息方法分析两组间的差异表达基因,对差异基因进行GO和KEGG富集分析。结果:(1)DNA测序结果显示sg RNA-SIRT6重组质粒构建成功,Western blotting结果显示,转染sg RNA-SIRT6重组质粒的细胞无SIRT6表达。(2)转录组测序分析发现发现差异表达基因1276个,其中969个下调基因,307个上调基因基因(Q value0.05)。GO富集分析显示差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)涉及生物粘附、细胞粘附、细胞迁移等生物学过程。KEGG富集分析显示DEGs涉及多个通路,其中包括化学致癌作用、细胞色素P450对药物代谢、细胞色素P450对异生物素的代谢、视黄醇代谢等。结论:成功构建了SIRT6基因敲除的肺腺癌A549细胞系;转录组测序分析揭示了SIRT6在肺腺癌A549细胞中调控的DEGs及其参与的相关信号通路,为后续研究SIRT6在肺腺癌中的生物学功能及其分子机制提供科学依据。