基于分子倒置探针的高通量Kidd血型基因分型

作     者：周水梅 

作者单位：武汉大学 

学位级别：硕士

导师姓名：沈长新

授予年度：2019年

学科分类：1002[医学-临床医学] 1010[医学-医学技术（可授医学、理学学位）] 100215[医学-康复医学与理疗学] 10[医学] 

主      题：Kidd血型 二代测序 分子倒置探针 血型基因分型 

摘      要：背景:血清学方法是Kidd血型分型的传统方法。然而,这种技术存在一些局限性,无法满足对Kidd抗原分型日益增长的需求。本研究旨在开发一种基于分子倒置探针(molecular inversion probe,MIP)捕获技术的靶向二代测序(Next generation sequencing,NGS)血型分型方法,以允许在一次运行中同时鉴定大量患者的Kidd血型。方法:提取基因组DNA后,使用MIP探针捕获靶标。然后,使用带有样品条形码和Illumina衔接子的引物通过聚合酶链式反应(PCR)扩增产物,之后使用Illumina Next Seq对样品进行测序。用序列特异引物引导的聚合酶链反应(PCR-SSP)和新建方法同时检测10例献血者样品的Kidd血型以确定新建立的方法是否能够有效检测JKA,JKB等位基因。然后用基于MIP的NGS方法和血清学方法检测100例样本并比较结果的一致性。结果:基于MIP的NGS血型分型方法检测10例样本的结果均与PCR-SSP所得结果相同,表明新建方法能够有效检测JKA,JKB等位基因。建立的基于MIP的NGS分型方法检测100例样本的基因分型结果与血清学方法检测结果一致率为100%。在100例随机样本中,Jk和Jk的频率分别为0.39和0.61,抗原频率符合其在东方人群中的分布规律。结论:基于MIP的NGS方法是一种可行的血型分析策略,允许进行大规模的Kidd血型检测。此外,将这种MIP方法扩展到新的血型系统只需要加入新的捕获探针。