COL6A3在肾癌中的表达及临床意义

作     者：陈佳琦 

作者单位：吉林大学 

学位级别：硕士

导师姓名：李洪军

授予年度：2021年

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主      题：肾癌 COL6A3 液相色谱-质谱联用技术 免疫印迹技术 生物信息学 

摘      要：目的:本研究应用液相色谱-质谱联用技术(LC-MS)和免疫印迹技术(Western Blot),检测COL6A3在肾癌及癌旁组织中的差异表达情况,再结合生物信息学技术分析整理相关信息,进一步探究COL6A3在肾癌中的表达及其临床意义。方法:1.收集手术切除的经病理确诊为肾癌的肾组织和癌旁组织标本,通过液相色谱-质谱联用技术构建结肾癌的差异蛋白表达谱,并找出目标蛋白COL6A3。2.用免疫印迹技术验证目标蛋白COL6A3在肾癌及癌旁组织中表达的情况。3.运用生物信息学技术,在网络上分别登录STRING、Oncomine、COSMIC、c Bio Portal这四个数据库,分析并整理与COL6A3相关信息,探究肾癌与COL6A3之间的关系。结果:1.运用液相色谱-质谱联用技术进行分析,在所取得的肾癌及其癌旁组织标本中,共获得了21个存在差异表达的蛋白,其中,14个是上调表达蛋白,剩余7个是下调表达蛋白,本次研究的目标蛋白COL6A3是上调表达蛋白。2.免疫印迹技术结果表明,与癌旁组织标本相比,肾癌组织中COL6A3的表达量是明显上调的,这一结果进一步验证了液相色谱-质谱联用技术的结果。3.进行STRING数据库的分析,获得了COL6A3的互作蛋白,并得知COL6A3的主要生物学功能是结合血小板源性生长因子、SMAD蛋白、蛋白酶和整联蛋白,以及构成细胞外基质;参与的主要生物过程包括内胚层细胞的分化、胶原蛋白的合成及代谢、血小板的活化等;介导的相关通路主要有蛋白质的消化吸收、ECM受体的相互作用等。检索Oncomine数据库可知,COL6A3基因在肾癌组织中表达上调。探索COSMIC数据库发现在肾组织中COL6A3基因可发生基因点突变、拷贝数变异、基因过表达、甲基化四种基因变异,但变异概率均较低;基因突变中占比最高的是错义突变,为62.03%,占比最低的是框内缺失,为1.27%。搜索c Bio Portal数据库,得出COL6A3在肾癌中的共表达基因,依照相关性排列,相关程度最高的是COL5A1。结论:1.COL6A3在肾癌组织中为上调表达蛋白。2.数据库分析表明,COL6A3参与了内胚层细胞分化、胶原蛋白的合成及代谢等生物过程;COL6A3基因在肾癌组织中上调表达,与实验中蛋白的表达一致;编码COL6A3蛋白的基因最易发生错义突变,为疾病的发生机制提供了新思路;COL6A3与COL5A1基因在肾癌中相关性最高,可作为后续深入研究的方向。3.COL6A3与肾癌的发生、发展有密切联系,可能是肾癌的促癌基因,其临床意义在于有望成为肾癌早期诊断及筛查的指标,并且能够成为判断肾癌预后的新的标志物。