单氨基酸多态性数据库的构建

作     者：曹瑞芳 

作者单位：华东师范大学 

学位级别：硕士

导师姓名：石铁流

授予年度：2015年

学科分类：0710[理学-生物学] 12[管理学] 071010[理学-生物化学与分子生物学] 1201[管理学-管理科学与工程(可授管理学、工学学位)] 081704[工学-应用化学] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 

主      题：鸟枪法蛋白质组学 单核苷酸多态性 基因突变 单氨基酸多态性 LAMP架构 

摘      要：液相色谱(LC)串联质谱(MS/MS)联用的鸟枪法蛋白质质谱分析技术因质谱仪器的高通量及日益提高的分辨率,逐渐成为蛋白质组学研究中的一项最为常用的技术。从LC-MS/MS分析得到的谱图信息需要进一步与理论蛋白参考序列库进行比较鉴定,得到相应的肽段序列再匹配回对应的蛋白,即我们常说的数据库搜索方法鉴定蛋白。然而,随着质谱仪分辨率的不断提高,质谱数据的解析率并未以相应的比例增加,目前一组实验中谱图解析率通常在20%左右,这与我们想要深入探究蛋白质组及其涉及的生物过程的愿望是不相符的。造成这一现象的原因可能就是由于蛋白质组学的数据分析通常依赖于数据库搜索算法,而算法参照的理论蛋白库并不包含关于蛋白质变异的相关信息,而单核苷酸多态性或是基因突变造成的突变蛋白是存在的。而且突变基因编码的蛋白,尤其是突变的分泌蛋白,很可能与疾病发生相关联。蛋白的突变本质上就是氨基酸的改变,因此单氨基酸多态性数据库的建立对于我们研究蛋白变异是至关重要的。本文中我们就是根据来自dbSNP、Cosmic、HPMD、Ensemb、Uniprot、PMD、 MSIP、CanProVar8个数据库的单核苷酸多态性和突变信息构建了一个蛋白变异参考库,根据这一参考库再对原始谱图利用数据库搜索算法进行解析,得到4358条高质量的肽段对应的907211张谱图。利用这些肽段及相关的蛋白基因信息我们构建了单氨基酸多态性数据库,同时我们还引入了其他与疾病和药物作用靶点相关的数据库,将分子层面的基因蛋白肽段信息,与临床疾病信息关联起来,为相关研究人员提供一个便捷直观的信息资源库。