SARS冠状病毒的基因组变异与进化研究

作     者：商磊 

作者单位：浙江大学 

学位级别：硕士

导师姓名：冯明光;于军

授予年度：2005年

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

主      题：SARS冠状病毒 基因组 单核苷酸多态性 插入缺失 正向选择压力 

摘      要：2003年3月,一种新的冠状病毒(CoV)—SARS冠状病毒被确认为引起SARS(severe acute respiratory syndrome)的病原。在本研究中,我们获取了10株直接来源SARS病人 粪便或咽拭子样本及其细胞传代培养物的SARS-CoV全基因组序列,并会同公共数据 库中的115株SARS-CoV基因组序列进行了系统地比较分析。以GZ02序列为参照,发 现266个在2个以上基因组中同时存在的单核苷酸多态(SNP)位点。这些多态位点在 SARS-CoV基因组中呈偏态分布。同时发现了18种主要的缺失类型和2种主要的插入 类型,定义了2种与发病时期及致死率相关的基因型。S蛋白在发病早期受到最大的正 向选择压力,然后逐步稳定下来。我们应用邻位连接法(neighbor-joining)构建了125株 SARS-CoV的亲缘树。通过来源于同一病人的直接取样样本及其细胞传代培养物的 SARS-CoV基因组序列对比分析发现,在细胞培养过程中SARS-CoV基因组序列几乎 不会产生突变,但取样时间策略将会影响这一过程。推测这种现象有可能是由于细胞传 代培养过程会选择出某种优势株病毒造成的。