树麻雀的遗传多样性分析及亚种分化的初步研究

作     者：张苗苗 

作者单位：河北师范大学 

学位级别：硕士

导师姓名：吴跃峰;武明录

授予年度：2009年

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 0905[农学-畜牧学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 090501[农学-动物遗传育种与繁殖] 

主      题：树麻雀 DNA D-loop基因 Cyt b基因 遗传多样性 亚种分化 

摘      要：树麻雀(Passer montanus)在自然界的分布极为广泛,适应性较强,与人类的关系较为密切。自20世纪80年代以来,我国对于树麻雀的研究较少,用分子生物学方法对其的研究几乎是空白。本文对树麻雀的遗传多样性及亚种分化进行初步研究,期望为其研究提供基础资料。 论文包括两个部分,第一部分通过测定河北省62只树麻雀线粒体DNA D-loop基因的部分序列,分析河北省树麻雀的遗传多样性;第二部分通过测定来自我国四个地区的15只树麻雀线粒体Cyt b基因全序列,初步研究我国树麻雀部分亚种的分化情况。主要结论如下: 1、线粒体DNA D-loop基因序列平均长度为741bp,所有序列平均A+T含量为57%,G+C含量为43%,A+T含量高于G+C含量。共检测到32个变异位点,占4.44%,其中简约信息位点6个,单核苷酸变异位点26个。 2、运用MEGA软件分析树麻雀线粒体DNA D-loop基因,结果为核苷酸多样性(Pi)为0.0021±0.0004;单倍型多样性(h)为0.755±0.057。在32个变异位点中,共统计到22个单倍型。单倍型的系统发生树结果表明,河北省树麻雀种群没有发生进化分歧现象。 3、核苷酸错配曲线呈现单峰泊松分布;Fu s Fs检验呈现偏离中性突变,综合这两个结果可以推测出树麻雀种群历史上曾发生过扩张现象。 4、线粒体Cyt b基因全序列长度为1143bp。所有序列平均碱基组成腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)分别为27.0%、22.9%、14.8%和35.3%。嘧啶(T+C)的含量为58.2%,嘌呤(A+G)含量为41.8%,嘧啶含量高于嘌呤含量。同义密码子的使用存在着很大偏倚。 5、所有线粒体Cyt b基因全序列共统计到9个缺失/插入位点,1110个保守位点、24变异位点、7个简约信息位点、17个单核苷酸变异位点。转换频率高于颠换频率,R值为2.0。其中,密码子第一、二位点核苷酸替换频率较低,远远未达到饱和;第三位点达到饱和。 6、采用Jukes-Cantor方法估计所有序列间碱基替换平均值d=0.004。因此用p-距离表示遗传距离,各种群间的遗传距离为0.0038～0.0058;两两序列之间的遗传距离为0～0.010。采用MEGA软件中的非参数-Tajima法对核苷酸替代速率进行检验,结果显示主要分支的替换速率相同,存在着相对恒定的分子钟。因此估算出树麻雀的分化时间约为0.19～0.29Ma。