家蚕基因组中二核苷酸构成的SSR和三核苷酸构成的SSR的多态性研究

作     者：唐国斌 

作者单位：西南农业大学 

学位级别：硕士

导师姓名：鲁成

授予年度：2005年

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 0905[农学-畜牧学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 090501[农学-动物遗传育种与繁殖] 

主      题：家蚕 二核苷酸重复构成的SSR 三核苷酸重复构成的SSR DNA多态性 稳定遗传信息 

摘      要：微卫星DNA(SSR)是一种由1～6个核苷酸为单位多次串联重复的长达几十甚至几百个核苷酸的序列,广泛分布在真核细胞的基因组。SSR是非常有用的遗传标记,广泛用于遗传图谱的构建、研究遗传多样性、指纹图谱构建、目的基因寻找、QTL分析、种质资源的保存与利用等方面。 家蚕是重要的经济昆虫和模式生物。本论文以家蚕四个品种为材料,以聚丙烯酰胺凝胶电泳PCR产物,然后银染的方法,对家蚕基因组中二核苷酸重复构成的SSR和三核苷酸重复构成的SSR的多态性情况进行了研究,并将两类SSR的多态性进行了初步比较,探讨了它们位点数与遗传信息可靠性的关系。 一、二核苷酸重复构成的SSR的多态性研究 二核苷酸重复构成的SSR共23对组合,对家蚕四品种48个样品共扩增得到106条带,平均每对引物扩增出4.61条带,大部分带(62条)长度在100bp～500bp间,一部分带(37条)长度在100bp以下,少部分带(7条)长度在500bp以上。其中多态性带63条,平均每对引物扩增出2.74条多态性带,品种J115、意16、大造、余杭二化(甲)的多态性分别是:36.5%、6.9%、36.05%、38.3%,品种间多态性是59.43%,这表明二核苷酸重复构成的SSR具有丰富的多态性,品种间多态性高于品种内多态性。聚类结果表明二核苷酸重复构成的SSR基本适合家蚕系统学分析。 二、三核苷酸重复构成的SSR的多态性研究 三核苷酸重复构成的SSR共23对组合,对家蚕四品种48个样品共扩增得到107条带,平均每对引物扩增出4.65条带,大部分带(66条)长度在100bp～500bp间,一部分带(29条)长度在100bp以下,少部分带(12条)长度在500bp以上。其中多态性带60条,平均每对引物扩增出2.61条多态性带,品种J115、意16、大造、余杭二化(甲)的多态性分别是:41.58%、20.45%、26.14%、34.74%,品种间多态性是56.07%,这表明三核苷酸重复构成的SSR也具有丰富的多态性,品种间多态性高于品种内多态性。聚类结果表明三核苷酸重复构成的SSR较适合家蚕系统学分析。 三、两类SSR多态性的比较 我们计算了两类SSR标记的多态位点比率、平均基因多样度指数、平均Shannon多样性指数,三种指数都可以用来作为标记检测多态能力的标准。二核苷酸重复构成的SSR三指数分别是:59.43%、0.2199、0.3258,三核苷酸重复构成的SSR三指数分别是:56.07%、0.1987、0.2960,三种指数的比较一致表明二核苷酸重复构成的SSR检测多态能力比三核苷酸重复构成的SSR高。 四、两类SSR DNA位点数与遗传信息稳定性的关系