蛋白—蛋白相互作用界面与非相互作用表面中残基构象优化程度差异的比较

作     者：黎明民 

作者单位：中国海洋大学 

学位级别：硕士

导师姓名：张士璀

授予年度：2006年

学科分类：0710[理学-生物学] 071010[理学-生物化学与分子生物学] 081704[工学-应用化学] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 

主      题：蛋白-蛋白相互作用界面 骨架构象 侧链构象 构象的优化程度 

摘      要：许多蛋白质的功能是通过与其它蛋白的相互作用表现出来的。更多的了解蛋白-蛋白相互作用界面的特征显得尤为迫切。本文以挑选的55对蛋白为数据源,研究了蛋白质残基局部骨架构象及局部骨架构象下侧链构象优化程度定量的方法、蛋白质表面残基局部骨架构象及侧链构象优化程度在蛋白-蛋白相互作用界面与非相互作用表面之间的差异、单体在形成复合物的过程中蛋白质表面残基局部骨架构象及侧链构象优化程度的变化以及蛋白-蛋白相互作用界面与非相互作用表面之间变化趋势的差异。以下是我们得到的结果: 定量分析了蛋白质残基局部骨架构象及局部骨架构象下侧链构象优化程度。 从“局部骨架构象下残基类型分布的优化程度在蛋白-蛋白相互作用界面与非界面间的区别与“一定残基类型采取的局部骨架构象的优化程度在蛋白-蛋白相互作用界面与非界面间的区别以及综合以上两方面的研究结果可以看出:蛋白质残基局部骨架构象优化程度,蛋白-蛋白相互作用界面有比非界面更低的倾向性。 蛋白-蛋白相互作用界面残基局部骨架构象下侧链构象优化程度比非相互作用界面更低是界面残基的重要特征之一。 在单体到复合物的变化中,粗短型的小侧链残基,有部分形状发生较大改变,侧链构象优化程度降低,而这些侧链构象优化程度降低的残基大多原来的优化程度相对较高,并不是最古怪的5%;细长型的大侧链残基在单体中侧链构象最古怪、能量最高的部分残基,侧链构象优化程度大幅度提升,在复合物中基本都不再是最古怪的5%。