基于RNA-Seq挖掘玫瑰冠鸡与科宝鸡胚胎期胸肌组织差异表达基因

作     者：张蕾 任嵩 杨娴婧 孙杰 廖和荣 ZHANG Lei;REN Song;YANG Xian-jing;SUN Jie;LIAO He-rong

作者机构：石河子大学动物科技学院新疆石河子832000 

出 版 物：《江苏农业学报》 (Jiangsu Journal of Agricultural Sciences)

年 卷 期：2020年第36卷第5期

页      面：1237-1246页

核心收录：

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 090501[农学-动物遗传育种与繁殖] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31660654、31860641) 

主　　题：玫瑰冠鸡 科宝鸡 胚胎期 胸肌 差异表达基因 RNA-Seq 

摘      要：本研究旨在挖掘玫瑰冠鸡与科宝鸡胚胎期胸肌组织中差异表达基因,探讨2种鸡肌肉发育及肌内脂肪(IMF)沉积的分子遗传机理。本研究利用RNA-Seq技术对玫瑰冠鸡和科宝鸡胚胎期胸肌组织中差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)进行筛选,通过GO富集和KEGG数据库对DEGs的功能进行注释与分析。结果显示:4个文库共鉴定到4643个差异表达基因,其中玫瑰冠公鸡胸肌和科宝公鸡胸肌中有1909个显著表达的基因,以科宝鸡为参照,929个上调,980个下调;玫瑰冠母鸡胸肌和科宝母鸡胸肌中有2734个显著表达的基因,其中1444个上调,1290个下调。经荧光定量PCR验证,选取的12个差异基因的表达趋势与测序结果一致。GO富集结果表明,MYL2调控骨骼肌的生长发育,MYOG参与肌细胞的形成与分化;ACACA、ACOX2和ACOX3参与脂肪酸代谢过程;Notch1参与了胚胎发育及脂肪分化相关过程。此外,KEGG通路分析结果显示,能量代谢相关的信号通路(mTOR)与肌肉发育相关的信号通路相互作用影响肌纤维的发育。细胞连接相关通路(局部粘附、ECM-受体互作)参与了肌肉脂肪代谢过程。本研究结果为进一步解析鸡优质肉质性状相关的遗传机制奠定了基础。