山核桃MITE序列识别和MITE-PCR反应体系的建立

作     者：夏晓庆 董昂 曾燕如 Xia Xiaoqing;Dong Ang;Zeng Yanru

作者机构：浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室杭州311300 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2020年第18卷第19期

页      面：6424-6432页

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31370678) 浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室项目(ZY20180208) 浙江省自然科学基金重点项目(LZ13C160002)共同资助。 

主　　题：山核桃(Carya cathayensis) 转座子 MITE 

摘      要：微型反向重复转座元件(miniature inverted repeat transposable elements,MITEs)在植物中广泛分布,可产生适应性的遗传变异,尤其可在非重组无性繁殖物种中产生变异,可用于遗传多样性分析。为促进山核桃的遗传学研究,本研究运用MITE Digger软件对山核桃基因组测序数据进行扫描,共识别得到739条山核桃MITE序列。基于MITE序列,使用Primer-BLAST在线设计引物680对,占MITE序列的92.02%。基于小麦的MITE-PCR体系,通过降低退火温度5℃优化了山核桃的反应体系。随机挑选300对引物进行筛选,其中108对引物具有稳定的扩增产物。108对引物中100对引物在不同单株山核桃个体中扩增呈现单条带,占92.6%,8对引物扩增呈现双条带,占7.4%。PCR产物测序结果发现,呈现单条带的PCR扩增产物均包含MITE序列,但呈现双条带的PCR扩增产物中大多不含有MITE序列。研究结果为山核桃遗传多样性研究提供了科学依据。