基于SVM的高通量dPCR基因芯片荧光图像分类研究

作     者：刘丽 孙刘杰 王文举 LIU Li;SUN Liu-jie;WANG Wen-ju

作者机构：上海理工大学上海200093 

出 版 物：《包装工程》 (Packaging Engineering)

年 卷 期：2020年第41卷第19期

页      面：223-229页

学科分类：0810[工学-信息与通信工程] 08[工学] 081002[工学-信号与信息处理] 

基　　金：上海市科学技术委员会科研计划(18060502500) 

主　　题：dPCR 支持向量机 方向梯度直方图 荧光图像 亮点分类 

摘      要：目的为了实现高通量dPCR基因芯片荧光图像的亮点分类与计数,提出一种基于支持向量机(SVM)的荧光图像分类与计数方法。方法首先对荧光图像进行去噪、对比度增强等图像预处理,对预处理后荧光图像进行亮点区域提取标注,去除背景与暗点的冗余信息,利用方向梯度直方图(Histogram of Oriented Gradient,HOG)提取鉴别特征,计算合并所有样本的亮点特征得到HOG特征向量,根据已得到的HOG特征向量创建一个线性SVM分类器,利用训练好的SVM分类器对荧光图像亮点进行分类与计数。结果对比传统算法,文中算法具有较高的分类识别精度,平均准确率高达98%以上,可以很好地实现荧光图像亮点分类与计数。结论在有限的小样本标注数据下,文中算法具有良好的分类性能,能够有效识别荧光图像中的亮点,对其他荧光图像分类研究也具有一定参考价值。