甜瓜ADF7基因的克隆与生物信息学分析

作     者：吕艳玲 何明 张家旺 张丽丽 刘石磊 闫大波 汪澈 LÜ Yan-ling;HE Ming;ZHANG Jia-wang;ZHANG Li-li;LIU Shi-lei;YAN Da-bo;WANG Che

作者机构：辽宁省农业科学院蔬菜研究所沈阳110161 沈阳农业大学生物科学技术学院沈阳110161 

出 版 物：《沈阳农业大学学报》 (Journal of Shenyang Agricultural University)

年 卷 期：2020年第51卷第4期

页      面：417-424页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：国家重点研发计划项目(2018YFD0201309) 国家自然科学基金项目(31970183) 国家西甜瓜产业技术体系沈阳综合试验站项目(CARS-25) 辽宁省教育厅项目(2019-2021) 辽宁省“百千万人才工程”项目(2019-2021) 辽宁省农业科学院院长基金项目(2020QN2403) 

主　　题：肌动蛋白解聚因子 CmADF7 甜瓜 克隆 生物信息学分析 

摘      要：肌动蛋白解聚因子(actin-depolymerizing factors,ADFs)通过剪切和解聚微丝来调控微丝组织和动态,被认为是肌动蛋白变化的重要调控因子。通过RT-PCR方法扩增得到甜瓜ADF7(CmADF7)基因序列,进行生物信息学分析和组织表达分析。结果表明CmADF7基因的开放阅读框(ORF)为414 bp,编码137个氨基酸,蛋白质理论分子量15.82102 kD,等电点5.32。生物信息学预测该蛋白是不具有跨膜结构的疏水性蛋白,亚细胞定位于细胞质中。基因结构分析显示CmADF7包含3个外显子,2个内含子,其中第1位外显子仅包含起始密码子ATG。结构域分析表明CmADF7具有高度保守的ADF-H结构域,其氨基酸序列为12~137位。同源性与系统进化分析证明CmADF7与同属葫芦科的西瓜的同源ADF亲缘关系较近。利用qRT-PCR分析发现CmADF7基因主要在花中表达,其他组织中检测虽有表达,但表达量都很低。序列分析表明,CmADF7启动子上存在一些参与光响应、胁迫应答及激素调节等相关顺式作用元件。新的甜瓜ADF蛋白结构和组织表达研究,将为进一步探索CmADF7蛋白功能和发掘其他CmADFs奠定基础。