日本落叶松小RNA文库构建及其microRNA鉴定

作     者：吴涛 张俊红 韩素英 杨文华 李万峰 齐力旺 WU Tao;ZHANG Jun-hong;HAN Su-ying;YANG Wen-hua;LI Wan-feng;QI Li-wang

作者机构：中国林业科学研究院林业研究所细胞生物学实验室北京100091 云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201 中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所北京100091 

出 版 物：《林业科学研究》 (Forest Research)

年 卷 期：2012年第25卷第6期

页      面：677-684页

核心收录：

学科分类：0907[农学-林学] 08[工学] 0829[工学-林业工程] 09[农学] 

基　　金：国家自然科学基金重点项目(30830086) 国家“973”项目(2009CB119106)资助 国家“863”计划重点项目(2011AA100203) 

主　　题：日本落叶松 小RNA 文库 miRNA 转录组 

摘      要：以2年生日本落叶松实生苗为材料构建其小RNA文库,对283个克隆进行PCR验证后测序,通过生物信息学分析鉴定文库中的microRNA并进行qRT-PCR验证。结果表明:(1)小RNA文库的体积为50 mL,总库容量为5.25×106cfu,重组率为92.6%,插入片段长度约65 bp,与小RNA连接片段长度吻合。(2)去除rRNA(86个)、tRNA(14个)等非目的序列后,获得日本落叶松28个保守miRNAs,属于17个miRNA家族;其中,15个miRNAs(miR159c、miR160a、miR162a、miR164b、miR165a、miR166a、miR166a*、miR166b*、miR169a、miR169b、miR171a、miR171b、miR172a、miR319b、miR396a)的序列与其它植物完全一致,其余13个miRNAs(miR156a、miR159a、miR159b、miR164a、miR166b、miR168a、miR169b*、miR319a、miR396b、miR408、miR482a、miR2111、miR3701)则高度相似。(3)测序结果与本室落叶松转录组数据进行序列比对,新发现4个miRNAs(lle-miR1、lle-miR2、lle-miR3、lle-miR4)及其前体。(4)qRT-PCR验证表明,miR159a、miR159b等16个保守的和lle-miR1 lle-miR4等共20个miRNAs存在于日本落叶松中。(5)通过靶基因预测及UniProt数据库分析发现,32个miRNAs中有24个对应69个靶基因,其功能主要为转录因子、信号转导、胁迫抗性和代谢相关酶及未知功能蛋白。