标记辅助选择育种中QTL基因型的多点联合推断

作     者：汤在祥 陈志军 王学枫 徐辰武 Tang Zaixiang;Chen Zhijun;Wang Xuefeng;Xu Chenwu

作者机构：扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室扬州225009 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2006年第4卷第2期

页      面：293-298页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 0836[工学-生物工程] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：国家自然科学基金项目(30270724 30370758)联合资助 

主　　题：标记辅助选择 四向杂交设计 分子育种 贝叶斯原理 隐马尔可夫模型 

摘      要：传统的育种方法对数量性状的选择存在很大难度,现代分子标记技术为实现控制数量性状基因的准确选择提供了有效的技术手段。目前分子标记辅助选择实践仅是对标记基因型的选择,而非直接对QTL基因型进行选择。尽管标记基因型容易获得,但标记基因型通常并非QTL基因型,除非有关的QTL恰巧在标记座位。因此,如何鉴别QTL的基因型成为分子标记辅助选择的关键。QTL基因型通常需要通过分子标记基因型进行推断,由于标记信息的不完全或缺失,使得对个体QTL基因型的鉴别会发生困难。本文在四向杂交设计的基础上,结合贝叶斯理论和马尔可夫链原理,提出一种通用的QTL基因型多点联合推断方法,该方法能够很方便地处理显性标记和缺失标记,同时结合标记信息和表型数据联合推断QTL基因型的条件概率。模拟研究发现,表型数据选择的效果较差,其选择的个体QTL基因型基本上都是错误的,而应用本文所论述的方法,将表型数据与标记数据相结合选择,对QTL基因型的判断正确,且推断的把握性很高。