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基于DNA微阵列数据的基因聚类方法

生物医学工程学杂志 2008年第3期25卷 729-733页

作者：肖静王学枫徐辰武扬州大学试验统计教研室

聚类分析并不是一个新的统计问题,但是微阵列实验产生的大量复杂多元数据集对聚类的计算方法提出了新的挑战。本文对微阵列基因表达数据分析的多种聚类方法及其优缺点作了详细的介绍,包括监督聚类、非监督聚类以及基于模型的聚类。由于... 详细信息

聚类分析并不是一个新的统计问题,但是微阵列实验产生的大量复杂多元数据集对聚类的计算方法提出了新的挑战。本文对微阵列基因表达数据分析的多种聚类方法及其优缺点作了详细的介绍,包括监督聚类、非监督聚类以及基于模型的聚类。由于各种方法的有效性和适用场合不同,探索开发更为适用、聚类效果更为理想的专用于微阵列表达谱数据的聚类新方法显得尤其重要。

关键词：微阵列监督聚类非监督聚类基于模型聚类

多亲本杂交衍生的多个相关群体QTL作图的通用方法

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中国水稻科学 2008年第4期22卷 427-431页

作者：敖雁胡治球汤在祥王学枫徐辰武扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室江苏扬州225009

对多亲本杂交衍生的多个群体的联合分析将有助于QTL的定位和基于QTL分析的育种实践,但目前还没有一个可对这类群体进行联合分析的通用方法。在以往发展的双亲杂交衍生的多个相关群体QTL图谱的联合构建方法的基础上,进一步拓展为可以对... 详细信息

对多亲本杂交衍生的多个群体的联合分析将有助于QTL的定位和基于QTL分析的育种实践,但目前还没有一个可对这类群体进行联合分析的通用方法。在以往发展的双亲杂交衍生的多个相关群体QTL图谱的联合构建方法的基础上,进一步拓展为可以对多个亲本杂交衍生的多个相关群体进行联合分析。首先建立了多亲本杂交衍生的多个相关群体QTL联合作图的通用遗传模型,然后根据混合分布理论建立基于EM(expectationmaximization)算法实现的QTL作图的极大似然估计方法。以循环杂交设计的3个F2群体为例用计算机模拟数据研究了QTL遗传力和样本容量2个因素对方法的影响。结果表明,无论是统计功效,还是参数估计的准确度和精确度,相同遗传力下,对循环杂交设计的3个F2群体联合作图均优于对其中的任2个F2群体联合作图。该方法的主要优点:一是可以比较和综合已有的对单个作图群体的定位结果,提高QTL检测的功效和定位的精度;二是在多亲本涉及的等位基因数更多的情形下,可以扩大和发掘有关数量性状的基因资源,从而为育种学家改良相应的数量性状奠定重要基础。

关键词：相关群体数量性状座位基因定位极大似然估计方法

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塔河油田TK1110X井盐膏层钻井液技术

石油钻探技术 2008年第2期36卷 77-80页

作者：王学枫卢逍李广中国石油大学(华东)石油工程学院山东东营257061 长庆石油勘探局钻井总公司陕西西安710021 胜利石油管理局井下作业公司山东东营257077

TK1110X井盐膏层顶界面井深5197 m,下244.5 mm套管封住盐上井段,盐膏层段采取专封专打。该井在钻进盐膏层井段时,选用了抗温、抗盐性强,润滑、防塌能力好的欠饱和盐水聚磺钻井液体系,有效抑制了盐膏层的蠕变和坍塌,在钻井过程中未发... 详细信息

TK1110X井盐膏层顶界面井深5197 m,下244.5 mm套管封住盐上井段,盐膏层段采取专封专打。该井在钻进盐膏层井段时,选用了抗温、抗盐性强,润滑、防塌能力好的欠饱和盐水聚磺钻井液体系,有效抑制了盐膏层的蠕变和坍塌,在钻井过程中未发生井下复杂情况,安全钻穿厚200 m的盐膏层,经过2次扩孔、2次电测,顺利下入206.4 mm套管,在固井过程中未发生漏失等复杂情况,固井质量优。整个盐膏层井段施工周期比设计施工周期缩短了12.2 d。详细介绍了该井钻井液体系的优选、体系转换及现场维护处理措施。

关键词：盐膏层盐水钻井液钻井液性能塔河油田 TK1110X井

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基于贝叶斯统计的遗传连锁分析方法

遗传 2006年第9期28卷 1117-1122页

作者：汤在祥王学枫吴雯雯徐辰武扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室扬州225009

贝叶斯学派是不同于经典数理统计的一个重要学派,其发展的贝叶斯统计方法在现代科学的许多领域已有着广泛的应用。探讨了贝叶斯统计在遗传连锁分析中的应用,包括遗传重组率的贝叶斯估计、遗传连锁的贝叶斯因子检验和基于马尔可夫链蒙特... 详细信息

贝叶斯学派是不同于经典数理统计的一个重要学派,其发展的贝叶斯统计方法在现代科学的许多领域已有着广泛的应用。探讨了贝叶斯统计在遗传连锁分析中的应用,包括遗传重组率的贝叶斯估计、遗传连锁的贝叶斯因子检验和基于马尔可夫链蒙特卡罗理论的遗传连锁图谱构建。用编制的SAS/IML程序进行了模拟研究和实例分析,验证了贝叶斯方法在遗传连锁分析中的有效性和实用性。

关键词：贝叶斯统计重组率马尔可夫链蒙特卡罗 Metropolis-Hastings算法

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胚乳性状主基因的分离分析方法

中国农业科学 2005年第7期38卷 1317-1323页

作者：徐辰武胡治球王学枫王伟扬州225009 江苏省作物遗传生理重点实验室江苏省作物遗传生理重点实验室扬州大学数量遗传研究室

根据胚乳性状的数量遗传模型,发展出专用于胚乳性状主基因检测、主基因效应与变异估计的分离分析方法。该方法以EM算法实现的极大似然估计方法进行主基因的分离比例、主基因效应和剩余变异估计,以似然比统计量进行主基因检测。用水稻杂... 详细信息

根据胚乳性状的数量遗传模型,发展出专用于胚乳性状主基因检测、主基因效应与变异估计的分离分析方法。该方法以EM算法实现的极大似然估计方法进行主基因的分离比例、主基因效应和剩余变异估计,以似然比统计量进行主基因检测。用水稻杂交组合IR50×CP231的P1、P2和F2胚乳世代直链淀粉含量(AC)资料演示了分析程序。结果表明该组合的AC遗传涉及一个主基因,该主基因无第一显性效应,其加性效应和第二显性效应分别为5.37和6.85;主基因变异尺度约为微基因变异尺度的两倍。

关键词：胚乳性状主基因分离分析极大似然估计 EM算法

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八向杂交设计的QTL区间作图方法

扬州大学学报（农业与生命科学版） 2007年第4期28卷 36-41页

作者：敖雁胡治球王学枫徐辰武扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室江苏扬州225009

用8个纯系亲本杂交衍生的八向杂交设计分离群体进行QTL作图的新方法,先建立八向杂交设计的数量遗传模型及其基因型的两点概率转移矩阵,以此计算基因组任一假定座位QTL基因型的条件概率;然后根据混合分布理论建立基于EM(Expectation-maxi... 详细信息

用8个纯系亲本杂交衍生的八向杂交设计分离群体进行QTL作图的新方法,先建立八向杂交设计的数量遗传模型及其基因型的两点概率转移矩阵,以此计算基因组任一假定座位QTL基因型的条件概率;然后根据混合分布理论建立基于EM(Expectation-maximization)算法实现的QTL区间作图的极大似然估计方法。方法的有效性通过计算机模拟分析加以验证,结果表明:对于信息完全的QTL位置和效应估计的准确度和精确度,除5个QTL位置的估计均很准确外,其余均表现为样本容量越大、QTL遗传力越高,其准确度和精确度越高,表现出令人满意的结果。对于信息不完全的QTL,其统计功效未因信息不完全而受影响。此外,在该模拟设置下,标记偏分离未使QTL的统计功效、位置和效应估计的准确度和精确度显著降低。

关键词：八向杂交设计 QTL作图极大似然估计 EM算法

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屋面防水工程施工质量问题研究

居业 2015年第9X期 179-180页

作者：王学枫白城市房屋产权管理中心吉林白城137000

屋面防水工程是一项系统的复杂工程,本文从房屋防水工程施工质量出发,分析了房屋防水渗漏的原因并给出防治措施。

关键词：建筑施工防水工程质量控制

Bootstrap方法在平均数假设测验中的应用

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中国卫生统计 2006年第6期23卷 542-544页

作者：敖雁王学枫汤在祥伏广成徐辰武扬州大学试验统计研究室 225009

1979年美国Stanford大学统计系教授Efron在总结前人研究成果的基础上,首次提出一种新的统计方法-Bootstrap方法,即重抽样自举法.该方法借助计算机对原始样本资料进行重复抽样以产生一系列"新"的样本.二十多年来,包括Efron本人在内的许... 详细信息

1979年美国Stanford大学统计系教授Efron在总结前人研究成果的基础上,首次提出一种新的统计方法-Bootstrap方法,即重抽样自举法.该方法借助计算机对原始样本资料进行重复抽样以产生一系列"新"的样本.二十多年来,包括Efron本人在内的许多统计学家做了大量的研究,证明了Bootstrap方法在解决实际问题时有着广泛的应用.

关键词： Bootstrap 平均数测验统计方法计算机统计学抽样样本

双亲本杂交衍生的多个相关群体QTL图的联合构建方法

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麦类作物学报 2009年第4期29卷 553-558页

作者：敖雁胡治球汤在祥王学枫徐辰武扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室江苏扬州225009

为了研究双亲杂交衍生的多个群体QTL作图分析的方法,对两个亲本通过任意杂交设计衍生的任意多个相关群体联合分析的方法进行了探讨。其要点是:首先利用染色体上所有标记基因型联合计算该染色体上任一假定位置QTL的条件概率,然后根据混... 详细信息

为了研究双亲杂交衍生的多个群体QTL作图分析的方法,对两个亲本通过任意杂交设计衍生的任意多个相关群体联合分析的方法进行了探讨。其要点是:首先利用染色体上所有标记基因型联合计算该染色体上任一假定位置QTL的条件概率,然后根据混合分布理论建立基于EM算法实现的QTL作图的极大似然估计方法。以双亲杂交衍生的F2和BC群体联合分析为例,用计算机模拟数据研究了QTL遗传力和样本容量两个因素对方法的影响。结果表明,在染色体水平模拟时,相同的遗传力下,F2和BC群体联合分析的统计功效明显高于这两个群体单独分析的统计功效。此外,即使两个群体联合分析时的样本容量与两个群体单独分析时的样本容量相等,联合分析的统计功效亦明显高于单独分析的统计功效。且随着遗传力和样本容量的提高,本方法的统计功效逐步提高。在参数估计的准确度和精确度上,相同的遗传力下,F2和BC群体联合分析普遍高于这2个群体的单独分析,尤其是在低遗传力(5%)和较少样本容量下(50),这种优势更为明显。且随着遗传力和样本容量的提高,各参数估计的准确度和精确度亦逐步提高。为了验证本方法的效用,在全基因组水平进行了模拟分析,同样得到了预期的结果。

关键词：双亲本杂交相关群体 QTL作图极大似然方法