miR-486-5p的靶基因预测及其在胰腺腺癌中作用的生物信息学分析

作     者：任天宇 周新童 党胜春 REN Tianyu;ZHOU Xintong;DANG Shengchun

作者机构：江苏大学附属医院普通外科江苏镇江212001 

出 版 物：《中国普通外科杂志》 (China Journal of General Surgery)

年 卷 期：2020年第29卷第6期

页      面：715-722页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：江苏省镇江市重点研发计划-社会发展基金资助项目(SH2019061)。 

主　　题：胰腺肿瘤 miR-486-5p 基因 预后 计算生物学 

摘      要：背景与目的:胰腺癌是癌症相关性死亡的主要原因之一,是消化系统恶性程度最高的肿瘤,其主要的病理类型为胰腺腺癌(PAAD),预后较差。miR-486-5p在不同癌症中起重要的作用,但尚缺乏miR-486-5p在PAAD中的研究报告。本研究通过生物信息学方法探寻miR-486-5p的靶基因并分析靶基因在PAAD中的表达及意义。方法:使用PROGmiRV2数据库分析miR-486-5p与PAAD预后的相关性。综合运用多个数据平台来预测miR-486-5p的靶基因,并使用DAVID在线数据库对筛选出的靶基因进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科(KEGG)信号通路分析,再以STRING数据库构建靶基因蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用Cytoscape软件进行可视化编辑,筛选PPI网络中的核心基因,最后验证筛选出的核心基因,找出与PAAD预后相关的核心基因。结果:miR-486-5p低表达PAAD患者的总生存时间较miR-486-5p高表达患者明显缩短(P0.05)。得到至少被3个数据库预测到的靶基因数目共187个。GO分析显示,靶基因主要参与蛋白质稳定、蛋白质磷酸化、RNA聚合酶II启动子的转录正调节及凋亡过程的负调节等生物学过程;KEGG分析显示靶基因主要参与FOXO信号通路、p53信号通路、Ras信号通路及PI3K-Akt信号通路等。miR-486-5p潜在靶基因的蛋白网络分析发现,SIRT1、PTEN、SMAD2、CSNK2A1、SE RPINE1是PPI网络中关键靶基因;进一步通过GEPIA验证发现CSNK2A1、SERPINE1在PAAD组织中均明显上调(均P0.05),这些基因的高表达与PAAD患者的总体存活和无病生存相关(均P0.05),CSNK2A1和SERPINE1的高表达的PAAD患者有更差的预后。结论:miR-486-5p通过对靶向基因的调控,作用于PAAD患者体内多种信号通路的网络,参与PAAD的发生和发展,影响PAAD患者的预后。