非小细胞肺癌甲醛固定石蜡包埋组织储存年限对DNA靶向捕获二代测序的影响

作     者：郭连英 向婵 赵瑞英 马圣吉 丁博闻 董楠 韩昱晨 Guo Lianying;Xiang Chan;Zhao Ruiying;Ma Shengji;Ding Bowen;Dong Nan;Han Yuchen

作者机构：上海市胸科医院上海交通大学附属胸科医院病理科200030 

出 版 物：《中华病理学杂志》 (Chinese Journal of Pathology)

年 卷 期：2020年第49卷第6期

页      面：619-622页

核心收录：

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

主　　题：甲醛固定 靶向捕获 磁珠法 阳性结果 储存条件 NSCLC 二代测序 单碱基突变 

摘      要：目的探讨非小细胞肺癌(NSCLC)甲醛固定石蜡包埋(FFPE)组织样本的不同保存年限对DNA质量及靶向捕获二代测序的影响。方法收集上海市胸科医院经手术切除、FFPE后常规储存的NSCLC标本共147例。这些标本按储存年限分为3~5年(n=37)、5年(n=27)4组,采用磁珠法提取DNA,然后对其进行靶向捕获二代测序。分析不同保存时间对DNA片段化程度、文库产量、文库复杂度、测序成功率及测序突变类型的影响。结果随标本保存年限的增长,DNA片段化程度增高;文库总产量、总建库复杂度、测序成功率降低;测序单碱基突变类型CT(GA)频率最高。结论在常规FFPE标本储存条件[可控的低湿度室温(20~25℃)环境]下,3年内的FFPE标本能够进行二代测序且结果高度可信;3~5年的FFPE标本可进行二代测序,但存在假阴、阳性结果;5年以上的FFPE标本大部分仅可尝试进行二代测序检测。